genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54695614--54696092	96	5.0	96	95	2	797	28	30	8	31	1.88
54699564--54699823	40	6.5	40	82	5	296	24	27	23	24	2.00
54699549--54699744	79	2.5	80	86	0	268	25	27	22	24	2.00
54699566--54699823	119	2.2	120	82	5	308	24	27	23	24	2.00
54700128--54700206	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
54700188--54700290	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
54702257--54702730	47	10.1	47	94	3	812	29	30	8	31	1.88
54702257--54702730	96	5.0	93	96	2	808	29	30	8	31	1.88
54705788--54706463	47	14.2	47	90	3	1057	31	8	30	29	1.86
54705788--54706463	96	7.1	94	92	2	1057	31	8	30	29	1.86
54705791--54706463	239	2.8	239	95	1	1185	32	8	30	29	1.86
54706581--54706659	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
54710663--54710736	29	2.6	29	84	4	96	25	16	31	27	1.96
54714528--54714559	5	6.8	5	86	13	50	81	0	0	18	0.70
54714531--54714557	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
54719220--54719404	45	4.1	45	84	5	214	25	15	26	31	1.96
54719220--54719404	90	2.1	90	85	4	248	25	15	26	31	1.96
54726671--54726723	27	1.9	28	88	3	81	18	24	26	30	1.98
54728481--54728638	43	3.7	42	81	7	158	31	25	18	24	1.98
54733832--54733892	30	2.0	30	83	0	77	39	4	24	31	1.77
54734401--54734554	67	2.3	66	81	7	168	33	15	28	22	1.95
54741045--54741312	40	6.7	40	95	0	464	21	26	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54745194--54745378	40	4.6	40	80	6	212	24	23	27	24	2.00
54748758--54748830	26	2.8	25	84	10	69	31	30	13	24	1.94
54748772--54748830	26	2.2	28	87	6	86	30	27	16	25	1.97
54756692--54756842	27	5.6	27	85	3	160	27	15	28	28	1.96
54756691--54756842	55	2.8	54	83	4	171	27	15	28	28	1.96
54756692--54756842	82	1.8	82	81	2	187	27	15	28	28	1.96
54761881--54761922	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
54768126--54768198	27	2.7	27	80	2	76	28	21	16	32	1.95
54768154--54768213	27	2.2	27	87	0	93	26	20	15	38	1.91
54769603--54769683	33	2.5	33	97	0	153	25	23	24	25	2.00
54771997--54772055	31	1.9	31	89	0	91	52	22	10	15	1.72
54772754--54772782	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
54779573--54779703	42	3.1	43	68	12	135	23	29	18	29	1.98
54779571--54779805	84	2.8	84	90	0	362	26	27	17	28	1.97
54781893--54781995	9	11.7	9	80	6	104	32	0	21	46	1.52
54782271--54782390	20	5.7	20	71	16	91	50	2	0	47	1.14
54782291--54782384	47	2.0	47	95	0	170	50	3	0	46	1.17
54782307--54782383	25	3.2	25	76	10	97	50	3	0	45	1.20
54784870--54784947	39	2.0	38	92	2	129	41	3	15	39	1.65
54785435--54785479	21	2.1	21	95	0	81	35	31	6	26	1.82
54786198--54786358	75	2.2	74	80	9	170	31	11	19	36	1.88
54786601--54786629	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54787104--54787172	21	3.2	21	76	10	77	26	1	24	47	1.60
54787100--54787173	14	5.2	14	77	8	60	27	1	22	48	1.59
54790674--54790768	29	3.3	28	73	7	75	26	31	12	29	1.93
54790668--54790750	29	2.9	28	76	1	76	28	31	13	26	1.94
54790688--54790784	29	3.4	29	78	1	88	26	31	13	27	1.94
54797093--54797200	29	3.8	29	79	3	112	25	33	15	25	1.95
54803974--54804033	23	2.7	22	82	5	84	35	18	21	25	1.96
54804790--54804856	34	2.0	34	81	0	80	31	22	19	26	1.98
54814106--54814141	18	2.0	18	94	0	63	52	25	11	11	1.69
54816261--54816813	27	20.6	26	78	5	333	38	20	8	32	1.82
54816716--54817223	54	9.4	54	87	4	413	35	20	18	25	1.95
54816799--54817234	27	16.1	27	91	0	638	33	19	20	25	1.97
54816745--54817234	81	6.1	80	87	2	624	34	20	19	25	1.96
54817687--54817751	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
54817883--54817984	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
54818121--54818197	6	12.3	6	74	17	68	18	18	15	48	1.82
54818121--54818197	31	2.5	31	91	2	118	18	18	15	48	1.82
54818185--54818218	18	1.9	17	88	5	50	20	11	14	52	1.73
54820146--54820215	23	3.1	23	80	12	74	38	20	20	21	1.94
54821087--54821430	27	12.8	26	78	7	156	38	20	8	33	1.82
54821107--54821430	54	6.0	54	74	9	180	37	20	7	33	1.82
54821265--54821430	81	2.0	81	80	2	181	39	22	6	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54821333--54821880	54	10.2	55	84	5	374	35	20	18	25	1.95
54821416--54821879	27	17.3	27	89	0	617	33	19	20	25	1.97
54821362--54821879	81	6.4	80	86	2	603	34	20	19	26	1.96
54822304--54822368	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
54822500--54822601	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
54822738--54822814	6	12.3	6	74	17	68	18	18	15	48	1.82
54822738--54822814	31	2.5	31	91	2	118	18	18	15	48	1.82
54822802--54822835	18	1.9	17	88	5	50	20	11	14	52	1.73
54824764--54824833	23	3.1	23	80	12	74	38	20	20	21	1.94
54831107--54831278	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
54831054--54831276	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
54831134--54831311	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
54840640--54840824	40	4.6	40	78	8	196	25	23	27	24	2.00
54850053--54850207	42	3.7	42	78	3	168	28	16	25	29	1.96
54850722--54850750	15	2.0	15	93	6	51	24	13	20	41	1.89
54859932--54859999	30	2.3	28	80	12	66	19	13	2	64	1.40
54867587--54867845	27	9.6	27	78	7	190	40	23	6	29	1.80
54867694--54867847	81	1.9	80	85	6	213	42	24	5	27	1.77
54867721--54867891	27	6.4	27	78	8	91	39	20	11	28	1.87
54868415--54868522	27	4.0	27	84	5	121	17	21	22	38	1.93
54868415--54868518	54	1.9	53	84	1	136	18	21	21	39	1.93
54868641--54868771	6	21.3	6	69	16	81	19	16	12	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54868644--54868708	25	2.6	25	87	0	76	20	16	13	49	1.80
54868784--54868848	34	2.0	32	82	14	80	23	18	27	30	1.97
54875962--54876099	6	22.8	6	75	15	124	49	13	16	21	1.79
54875962--54876124	30	5.4	30	87	5	220	47	12	17	21	1.81
54875986--54876124	61	2.3	58	90	7	206	46	12	18	21	1.82
54876242--54876307	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
54876242--54876315	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
54876266--54876323	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
54876629--54876708	27	3.0	26	88	3	106	36	21	22	20	1.95
54876907--54877102	27	7.3	27	85	0	230	25	18	19	36	1.95
54876907--54877102	54	3.6	54	85	2	259	25	18	19	36	1.95
54877107--54877327	27	8.2	27	81	7	252	40	9	21	28	1.84
54877112--54877324	54	3.9	54	85	6	279	40	8	21	28	1.83
54877107--54877327	81	2.7	81	84	4	295	40	9	21	28	1.84
54880869--54880914	21	2.2	21	92	0	74	50	0	15	34	1.44
54890947--54891118	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
54890949--54891171	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	2.00
54890947--54891171	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
54891103--54891180	40	1.9	41	82	10	97	25	28	21	24	1.99
54898117--54898289	46	3.7	46	74	15	185	22	20	27	29	1.99
54905577--54905747	46	3.7	46	74	14	172	21	21	28	29	1.98
54913072--54913243	46	3.7	46	78	10	197	22	21	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54913069--54913239	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
54924114--54924377	40	6.7	40	81	6	306	25	20	27	26	1.99
54924116--54924377	79	3.3	78	87	5	339	25	20	27	26	1.99
54924115--54924410	79	3.7	79	84	4	253	26	20	27	25	1.99
54927177--54927646	96	4.9	92	95	1	701	33	8	28	30	1.86
54927177--54927646	49	9.8	49	93	3	807	33	8	28	30	1.86
54928848--54928931	38	2.2	38	93	0	141	11	22	25	40	1.88
54933374--54933508	27	5.0	27	81	1	146	36	17	20	25	1.95
54933375--54933494	54	2.2	54	87	0	168	35	18	20	25	1.95
54933488--54933551	27	2.4	26	75	17	67	20	18	23	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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