genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62293093--62293156	22	2.9	22	79	9	67	35	21	20	21	1.96
62293584--62293993	27	15.3	27	87	0	545	26	21	18	33	1.96
62294055--62294238	27	6.9	26	78	9	183	29	8	21	40	1.83
62294059--62294238	54	3.4	54	85	0	209	28	8	21	41	1.82
62294056--62294238	81	2.3	81	85	4	246	28	8	21	40	1.83
62298212--62298252	21	1.9	22	85	5	57	53	21	2	21	1.57
62299727--62299840	43	2.7	43	84	2	149	25	17	23	33	1.96
62303574--62303654	43	1.9	42	87	2	117	34	30	16	18	1.93
62303585--62303678	42	2.2	43	81	5	111	31	32	15	19	1.93
62304940--62305015	40	1.9	40	88	0	116	19	14	30	35	1.92
62312037--62312148	42	2.6	42	79	9	104	28	23	20	27	1.99
62313939--62314085	37	3.9	37	71	15	104	37	8	10	44	1.68
62315301--62315344	23	1.9	23	86	9	63	61	0	9	29	1.27
62322633--62322730	40	2.5	40	83	3	117	27	25	17	29	1.97
62335118--62335181	32	2.0	32	93	0	110	34	21	12	31	1.91
62336435--62336493	23	2.5	24	86	8	77	23	20	18	37	1.94
62340187--62340217	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
62340184--62340223	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
62340409--62340628	53	4.2	53	78	10	204	23	25	15	35	1.94
62344012--62344109	48	2.2	46	83	9	121	28	20	27	23	1.99
62344029--62344255	48	4.7	48	81	6	255	25	20	28	25	1.99
62344036--62344255	96	2.3	96	85	6	286	25	20	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62347679--62347838	39	4.1	39	93	0	257	21	24	30	23	1.99
62353385--62353543	39	4.1	39	97	0	293	20	25	31	22	1.98
62360672--62360973	27	11.2	27	85	1	358	37	19	18	24	1.94
62361196--62361278	27	3.1	26	84	5	103	19	20	21	38	1.93
62361322--62361369	20	2.4	20	82	0	69	10	18	33	37	1.85
62361386--62361444	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
62361602--62361709	27	4.0	27	78	5	112	17	21	22	38	1.93
62363789--62364022	27	8.7	27	85	0	270	34	19	20	25	1.96
62364245--62364327	27	3.1	26	84	5	103	20	21	21	36	1.96
62364444--62364493	22	2.3	22	78	0	55	24	28	18	30	1.97
62364667--62364752	27	3.2	26	86	4	118	18	20	22	38	1.94
62377366--62377402	6	6.3	6	93	6	67	70	0	0	29	0.88
62377366--62377398	11	2.9	11	95	4	57	69	0	0	30	0.88
62377370--62377402	17	1.9	17	100	0	66	69	0	0	30	0.88
62385867--62386065	40	5.0	40	81	3	240	24	26	24	24	2.00
62385883--62386107	120	1.9	120	83	5	294	24	26	24	23	2.00
62394007--62394250	40	6.1	40	80	6	255	24	27	25	22	2.00
62397209--62397392	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
62397209--62397389	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
62405121--62405304	40	4.6	40	82	6	196	24	21	26	27	1.99
62413390--62413449	27	2.3	26	82	2	66	35	20	23	21	1.96
62428056--62428631	286	2.0	286	99	0	1143	30	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62429474--62429585	28	4.0	28	80	2	109	27	16	29	25	1.97
62429472--62429582	56	2.0	57	82	5	136	27	17	29	25	1.97
62430789--62430857	20	3.5	20	78	7	70	47	15	10	26	1.77
62443803--62444402	47	12.6	47	91	2	930	29	29	8	33	1.86
62443803--62444402	96	6.3	94	94	1	930	29	29	8	33	1.86
62443803--62444402	143	4.2	141	91	3	914	29	29	8	33	1.86
62449073--62449111	10	3.8	10	86	6	60	35	17	15	30	1.91
62449072--62449111	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
62449157--62449226	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
62449157--62449251	50	1.9	50	80	8	113	27	24	22	26	2.00
62454782--62454959	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
62454783--62454938	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
62454779--62454959	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
62460293--62460331	10	3.8	10	86	6	60	35	17	15	30	1.91
62460292--62460331	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
62460377--62460446	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
62460376--62460459	25	3.4	24	88	6	116	28	23	22	25	1.99
62460377--62460471	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
62460667--62460741	31	2.5	31	85	8	93	30	21	25	22	1.99
62466087--62466276	40	4.8	40	81	7	192	25	22	27	24	2.00
62466138--62466302	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
62469029--62469154	61	2.1	61	81	3	146	48	10	12	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62473900--62473986	21	4.1	21	73	2	59	20	13	33	32	1.92
62479953--62480180	40	5.7	40	95	0	402	21	26	20	31	1.98
62488614--62488838	40	5.7	40	94	2	384	22	27	19	30	1.98
62494665--62494747	42	2.0	42	85	7	114	33	24	18	24	1.96
62494665--62494790	44	2.9	43	80	10	116	32	24	19	23	1.97
62494649--62494790	43	3.3	42	76	10	119	31	23	19	26	1.98
62498712--62498763	21	2.5	21	96	0	95	26	15	11	46	1.80
62506129--62506256	46	2.7	48	81	6	154	49	14	8	28	1.72
62508212--62508253	15	2.8	15	75	13	50	76	2	19	2	1.01
62508275--62508326	26	2.0	26	88	0	77	55	5	25	13	1.60
62520575--62520720	37	3.9	37	93	0	229	26	30	19	23	1.98
62520867--62521049	48	3.8	48	94	0	330	31	26	6	36	1.81
62521019--62521212	47	4.1	47	91	0	298	26	29	10	32	1.90
62521112--62521183	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
62526781--62526845	32	2.0	33	88	5	98	43	26	16	13	1.86
62527625--62527684	27	2.2	27	90	0	93	33	13	11	41	1.80
62527666--62527802	27	5.1	27	72	1	87	32	9	20	37	1.85
62530344--62530370	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
62531349--62531439	29	3.2	30	83	9	120	25	14	31	28	1.94
62531734--62531800	27	2.5	27	85	0	89	40	23	8	26	1.84
62535024--62535275	67	3.8	65	78	9	221	23	29	17	29	1.97
62538479--62538895	54	7.9	54	76	11	333	35	15	23	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62538487--62538884	109	3.8	108	79	8	476	35	16	23	24	1.94
62538439--62538884	109	4.3	105	77	9	448	35	15	23	24	1.94
62538426--62538872	209	2.1	209	93	0	761	36	15	23	24	1.94
62538533--62538835	155	2.0	153	80	9	346	35	15	23	25	1.94
62555388--62555593	40	5.2	40	91	0	324	22	21	26	29	1.99
62559371--62559672	47	6.4	47	90	3	380	33	8	30	27	1.87
62559523--62559644	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
62562099--62562173	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
62562227--62562546	40	8.1	40	91	1	491	24	22	28	25	1.99
62565910--62566341	47	8.9	47	83	9	494	31	9	31	27	1.88
62565910--62566325	96	4.3	96	87	7	588	31	9	31	27	1.89
62566011--62566320	105	3.1	102	85	8	406	31	9	30	27	1.89
62566084--62566179	33	3.2	33	67	27	102	29	9	33	28	1.88
62566062--62566179	58	2.0	58	100	0	236	28	8	33	29	1.87
62566117--62566197	25	3.4	25	65	22	73	28	7	32	32	1.85
62566192--62566313	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
62565966--62566273	152	2.0	154	91	1	503	30	9	31	27	1.89
62580845--62580992	22	6.5	23	85	4	185	35	18	21	25	1.96
62586155--62586239	34	2.5	35	84	1	118	28	24	20	27	1.99
62586987--62587150	45	3.7	45	88	3	226	27	28	21	23	1.99
62595773--62595811	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
62598094--62598305	49	4.3	50	81	3	248	25	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62598094--62598297	50	4.1	50	81	3	250	25	18	25	30	1.98
62599667--62599745	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
62599863--62600105	47	5.1	47	86	5	326	27	31	9	30	1.88
62599863--62600105	96	2.5	96	91	1	371	27	31	9	30	1.88
62608955--62609258	47	6.4	47	91	3	425	32	9	30	26	1.88
62609109--62609230	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
62611308--62611513	45	4.6	45	87	1	272	26	28	22	22	1.99
62615355--62615437	27	3.0	27	81	8	87	21	18	20	39	1.92
62618170--62618221	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
62618260--62618319	27	2.3	26	85	2	75	20	21	21	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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