genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62623614--62623715	29	3.6	29	85	1	125	25	16	30	27	1.97
62623614--62623724	57	1.9	57	85	1	150	26	16	30	27	1.96
62628139--62628211	29	2.6	29	80	2	76	27	15	31	26	1.95
62629027--62630540	764	2.0	759	90	2	2401	30	12	19	36	1.89
62636297--62636394	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
62636325--62636407	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
62636297--62636408	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
62644540--62644592	24	2.2	25	86	3	72	7	5	3	83	0.92
62648144--62648245	37	2.8	35	76	15	91	41	6	9	42	1.65
62650357--62650454	28	3.5	28	86	5	117	30	28	13	27	1.94
62655399--62655569	27	6.4	27	84	2	202	35	17	21	25	1.95
62655399--62655567	53	3.2	53	85	0	221	35	16	21	26	1.95
62660766--62660844	31	2.5	31	95	0	140	22	25	18	32	1.97
62661156--62661203	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
62671054--62671092	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
62671556--62671645	27	3.2	27	82	7	110	33	23	23	20	1.97
62671750--62671842	28	3.3	28	92	3	152	31	7	26	34	1.84
62672090--62672121	16	2.1	15	94	5	55	3	18	28	50	1.62
62681900--62682062	85	1.9	85	83	5	213	29	24	18	27	1.98
62685067--62685106	21	2.0	21	85	14	57	17	32	20	30	1.95
62692087--62692149	6	10.3	6	74	16	58	49	14	19	17	1.80
62692108--62692177	25	2.8	25	91	0	113	44	12	24	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62692108--62692205	31	3.4	30	73	16	98	45	12	21	20	1.83
62692612--62692804	27	7.2	27	81	5	203	39	5	22	32	1.76
62692612--62692789	54	3.3	54	86	3	227	41	5	21	31	1.77
62692797--62692950	54	2.9	53	79	6	168	27	9	23	39	1.85
62692798--62692950	27	5.7	27	79	11	127	28	9	23	39	1.85
62701289--62701482	50	3.9	49	78	10	198	25	18	28	27	1.98
62704484--62704558	15	5.0	15	79	9	73	10	10	16	62	1.53
62715316--62715354	13	2.9	13	84	3	51	28	2	10	58	1.44
62717040--62717261	40	5.6	40	89	0	329	24	22	25	27	2.00
62717040--62717261	80	2.8	80	93	0	365	24	22	25	27	2.00
62721550--62721613	28	2.3	28	86	0	83	20	18	34	26	1.96
62721930--62722012	43	1.9	43	87	0	121	40	18	14	26	1.88
62721969--62722232	27	9.8	27	80	8	245	39	20	9	30	1.85
62721969--62722232	81	3.3	80	84	7	313	39	20	9	30	1.85
62722049--62722273	54	4.2	55	79	11	216	39	18	10	32	1.84
62722185--62722273	27	3.3	26	87	6	108	41	16	10	31	1.82
62722788--62722854	27	2.5	27	75	4	64	20	20	28	29	1.98
62725237--62725357	28	4.3	28	90	1	143	23	15	34	26	1.95
62725276--62725373	29	3.4	29	92	1	153	30	16	33	19	1.94
62725649--62725883	27	8.7	27	78	3	222	36	20	12	31	1.89
62725649--62725843	54	3.6	54	83	4	257	36	20	12	31	1.89
62725649--62725881	82	2.9	81	83	3	272	36	19	12	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62725754--62725923	27	6.3	27	78	6	123	37	17	14	31	1.89
62725656--62725909	81	3.1	80	81	6	217	35	20	13	30	1.91
62725854--62725955	27	3.9	27	80	2	91	30	17	21	30	1.96
62725959--62725992	17	2.0	17	94	0	59	23	14	23	38	1.92
62731401--62731485	37	2.3	37	83	4	109	29	17	27	25	1.98
62731465--62731735	48	5.8	48	79	7	279	26	18	25	29	1.98
62731506--62731639	42	3.0	42	88	6	169	27	22	24	25	2.00
62731466--62731736	138	2.0	138	83	2	348	26	19	25	28	1.98
62731696--62731780	42	2.0	42	86	8	120	29	16	23	30	1.96
62733045--62733296	55	4.8	53	80	8	248	36	17	25	21	1.95
62733049--62733249	108	1.8	110	88	4	309	34	16	25	22	1.95
62737307--62737549	51	4.8	50	78	3	227	26	17	26	28	1.98
62737358--62737589	102	2.3	102	82	2	261	26	19	27	26	1.99
62743177--62743265	45	2.0	45	100	0	178	56	6	17	19	1.63
62743942--62744180	49	4.8	49	82	3	298	25	20	26	28	1.99
62747245--62747277	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
62750055--62750279	49	4.5	49	80	4	245	26	18	26	28	1.98
62754363--62754491	39	3.3	38	86	7	177	33	20	24	21	1.97
62754366--62754488	41	3.0	41	88	2	178	32	20	24	22	1.98
62754382--62754510	39	3.3	39	76	10	127	30	22	25	21	1.99
62762371--62762498	39	3.3	39	83	0	166	32	20	25	21	1.97
62764244--62764363	43	2.8	43	85	1	143	21	31	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62772972--62773521	47	11.6	47	92	2	886	33	8	28	29	1.86
62772972--62773521	143	3.9	143	93	1	937	33	8	28	29	1.86
62775182--62775433	55	4.8	53	79	7	221	21	24	18	35	1.96
62775770--62775828	30	2.0	30	86	0	82	28	28	3	38	1.73
62776949--62777050	37	2.8	37	86	5	127	27	19	28	24	1.99
62777012--62777288	48	5.8	48	86	0	374	27	17	25	29	1.98
62777236--62777331	42	2.3	41	83	8	113	26	16	27	30	1.97
62786576--62786826	51	4.9	51	90	0	360	28	25	13	32	1.93
62786848--62786966	52	2.3	52	94	0	211	26	23	15	34	1.94
62786848--62786963	24	4.4	27	82	15	154	26	24	14	34	1.94
62791979--62792088	57	1.9	57	83	8	145	24	31	16	27	1.96
62791976--62792087	28	4.0	28	78	6	111	25	31	16	26	1.96
62793564--62793595	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
62799500--62799604	28	3.8	27	75	14	97	25	29	16	28	1.97
62803764--62803902	46	3.0	46	81	6	154	31	8	12	47	1.71
62809106--62809180	39	1.9	39	86	0	105	36	29	2	32	1.72
62811955--62812022	34	2.0	34	88	0	100	25	20	23	30	1.98
62811958--62812043	34	2.5	34	83	3	93	25	22	25	26	2.00
62820250--62820289	21	1.9	21	84	0	53	22	0	30	47	1.52
62820732--62820888	78	2.0	78	100	0	314	24	22	24	28	1.99
62822801--62822927	54	2.4	54	89	0	182	42	18	13	25	1.86
62822803--62822936	27	5.0	27	79	0	142	41	17	13	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62830742--62830838	39	2.5	40	86	1	133	35	17	29	17	1.93
62834218--62834383	43	3.9	42	80	3	156	28	13	24	33	1.94
62838139--62838186	19	2.5	19	96	0	87	31	27	35	6	1.82
62841179--62841245	33	2.0	33	94	0	116	41	11	20	25	1.87
62844809--62844870	26	2.3	26	75	8	63	38	25	8	27	1.84
62845227--62845326	27	3.7	28	68	29	72	29	20	25	26	1.99
62846117--62846149	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
62849717--62849776	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
62853207--62853324	43	2.7	42	77	10	121	33	24	15	26	1.95
62858063--62858277	40	5.3	40	84	12	182	25	26	23	25	2.00
62858102--62858295	40	4.8	40	85	12	247	24	25	22	26	2.00
62858102--62858330	81	2.8	79	80	12	254	24	26	23	25	2.00
62865883--62866142	39	6.6	39	88	5	325	25	21	27	24	1.99
62865929--62866175	78	3.2	78	86	6	261	27	20	27	24	1.99
62872622--62872770	39	3.8	40	80	14	168	24	26	22	25	2.00
62873119--62873191	37	2.0	37	89	10	114	32	20	13	32	1.92
62879821--62879965	40	3.6	40	83	4	175	23	26	24	25	2.00
62880318--62880393	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
62882506--62882646	70	2.0	71	97	1	266	32	9	14	43	1.78
62882765--62882920	43	3.6	43	83	1	179	27	16	23	33	1.95
62889030--62889205	46	3.8	45	77	10	185	21	20	29	28	1.98
62889026--62889197	93	1.8	93	91	0	281	21	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62891798--62891926	43	3.0	43	88	1	188	27	20	29	22	1.99
62891805--62892006	43	4.9	41	78	6	158	25	19	30	24	1.98
62897967--62898114	44	3.5	42	79	11	133	25	18	25	31	1.98
62900593--62900832	56	4.3	55	81	4	250	27	15	24	33	1.94
62900593--62900834	112	2.2	111	84	3	308	27	15	23	33	1.95
62903053--62903146	40	2.3	41	82	10	106	29	26	13	29	1.94
62907180--62907387	56	3.7	56	90	1	310	36	25	12	25	1.92
62908414--62908454	21	2.0	21	85	0	55	41	2	2	53	1.27
62910914--62911089	50	3.5	49	86	6	237	30	27	17	25	1.97
62910914--62911097	101	1.8	99	88	2	278	29	27	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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