genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57335985--57336204	27	8.1	27	85	1	271	25	20	19	35	1.96
57335987--57336207	81	2.7	81	86	1	300	24	19	18	36	1.94
57336204--57336410	27	7.7	27	76	5	150	29	10	21	38	1.86
57336190--57336369	53	3.4	53	80	3	175	27	9	21	41	1.84
57336204--57336369	54	3.1	52	79	3	170	27	9	19	42	1.83
57336362--57336475	27	4.2	27	85	0	156	38	10	22	28	1.87
57336372--57336488	54	2.2	53	82	3	135	40	11	23	25	1.87
57338248--57338468	47	4.7	46	74	8	176	23	29	19	26	1.98
57340006--57340053	20	2.5	19	76	6	51	52	0	4	43	1.20
57340432--57340471	21	1.9	21	85	10	55	47	17	10	25	1.78
57342301--57342555	55	4.8	53	78	8	252	36	16	25	21	1.94
57342308--57342508	108	1.8	110	88	4	309	34	17	25	22	1.96
57342624--57342668	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
57345325--57345375	20	2.5	21	73	20	54	37	15	11	35	1.84
57352078--57352120	17	2.5	17	80	3	50	16	9	23	51	1.73
57354172--57354213	18	2.3	19	84	8	52	21	2	16	59	1.48
57357886--57358388	47	10.6	47	90	3	706	33	8	29	28	1.87
57357886--57358388	96	5.3	96	91	2	741	33	8	29	28	1.87
57360818--57360892	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
57360946--57361168	40	5.6	40	97	0	421	25	22	27	24	2.00
57361149--57361188	20	2.0	20	95	0	71	25	27	25	22	2.00
57361109--57361228	60	2.0	60	95	0	213	25	24	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57360989--57361348	180	2.0	180	97	0	684	25	22	27	25	2.00
57360950--57361388	220	2.0	220	97	0	833	25	22	27	25	2.00
57361169--57361478	40	7.8	40	93	0	494	25	22	26	25	2.00
57362739--57362917	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
57364180--57364677	47	10.6	47	92	3	756	33	9	29	27	1.88
57364388--57364463	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
57368856--57368901	19	2.5	19	79	10	51	52	8	6	32	1.58
57369028--57369058	14	2.2	14	94	0	53	45	25	0	29	1.54
57369007--57369056	22	2.2	22	79	10	57	48	24	2	26	1.62
57371337--57371380	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
57373793--57373840	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
57373883--57373935	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
57373877--57373943	20	3.3	20	91	0	107	34	10	20	34	1.87
57373992--57374064	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
57373991--57374085	24	4.0	24	89	6	140	29	21	21	28	1.98
57374279--57374342	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
57376329--57376372	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
57378864--57378930	20	3.3	20	89	0	107	34	10	22	32	1.88
57378979--57379051	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
57378978--57379058	24	3.4	24	93	5	137	29	19	22	28	1.98
57379285--57379312	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
57382301--57382463	40	4.1	40	87	0	245	33	19	28	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57382322--57382463	20	7.1	20	61	12	58	32	19	30	17	1.95
57386843--57386884	21	2.0	21	81	9	50	19	4	33	42	1.72
57388098--57388136	15	2.4	17	87	8	55	66	0	23	10	1.22
57391160--57391209	22	2.3	22	100	0	100	20	4	8	68	1.32
57395142--57395176	8	4.5	8	92	3	54	68	0	0	31	0.90
57398914--57399015	43	2.4	42	72	8	100	28	26	18	26	1.98
57400850--57400898	18	2.8	17	90	3	71	73	2	4	20	1.10
57402700--57402731	13	2.5	13	100	0	64	28	31	15	25	1.96
57403573--57403761	40	4.7	40	82	2	209	32	23	15	28	1.95
57403570--57403756	81	2.3	81	86	2	243	33	24	14	27	1.95
57409881--57410003	47	2.6	45	81	11	142	30	17	28	24	1.97
57411214--57411255	21	2.0	21	90	4	68	9	35	28	26	1.88
57411431--57411473	22	2.0	22	100	0	86	23	9	18	48	1.76
57417660--57417700	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
57420960--57421219	39	6.7	40	87	9	319	24	27	22	25	2.00
57420960--57421219	77	3.3	78	85	10	313	24	27	22	25	2.00
57428814--57429023	39	5.3	39	91	2	298	25	26	22	25	2.00
57428849--57429073	78	2.9	78	87	6	278	24	27	22	26	2.00
57428814--57429075	118	2.2	120	82	9	308	24	26	22	26	2.00
57432116--57432156	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
57433347--57433376	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
57450406--57450511	27	4.0	27	81	6	117	36	22	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57456055--57456094	16	2.7	15	88	11	57	20	2	10	67	1.31
57456053--57456094	15	2.8	16	85	10	61	19	4	9	66	1.38
57457068--57457178	27	4.2	26	86	7	143	36	24	24	15	1.94
57457696--57457737	17	2.4	18	80	4	50	38	28	0	33	1.58
57458618--57458686	24	2.9	24	86	0	93	20	42	2	34	1.67
57460147--57460321	46	3.8	46	76	13	169	28	26	20	24	1.99
57460155--57460325	93	1.8	93	88	0	261	28	26	21	23	1.99
57460198--57460341	46	3.1	45	69	19	109	29	27	19	23	1.98
57462661--57462748	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
57462661--57462739	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
57462672--57462748	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
57465658--57465828	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
57465650--57465825	46	3.8	46	77	12	189	28	28	20	22	1.98
57467281--57467338	28	2.1	27	84	6	73	53	15	8	22	1.69
57475381--57475502	46	2.6	48	76	14	123	27	18	29	24	1.98
57487028--57487206	90	2.0	90	96	0	331	22	21	17	38	1.93
57489277--57489317	13	3.2	13	96	3	75	19	21	4	53	1.63
57489971--57490011	22	1.9	22	90	5	66	14	41	24	19	1.89
57494664--57494824	85	1.9	85	82	5	200	26	17	25	30	1.97
57506459--57506629	90	1.9	90	95	0	306	22	20	16	39	1.92
57520780--57520804	7	3.6	7	100	0	50	12	0	40	48	1.40
57522042--57522084	19	2.2	20	91	4	70	37	0	25	37	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57526405--57526580	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
57526402--57526573	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
57533953--57534128	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
57533950--57534121	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
57547085--57547117	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
57548183--57548247	28	2.3	28	91	0	103	33	27	7	30	1.85
57548353--57548443	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
57548353--57548468	56	2.1	55	82	9	137	19	24	21	34	1.96
57559989--57560128	50	2.8	51	88	2	219	25	19	26	29	1.98
57565266--57565454	50	3.8	51	79	4	190	25	19	25	29	1.98
57567412--57567584	26	6.5	27	81	5	151	26	15	27	30	1.96
57567411--57567584	53	3.3	55	79	7	189	27	14	27	30	1.95
57567412--57567563	79	1.9	80	85	6	211	26	15	27	30	1.96
57567408--57567582	79	2.2	80	80	5	203	27	14	26	30	1.95
57580374--57580551	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57580375--57580530	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57580371--57580551	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57599022--57599087	26	2.5	26	77	0	78	22	21	28	27	1.99
57601787--57602005	47	4.7	47	92	5	338	22	19	28	28	1.98
57601787--57602052	94	2.8	92	84	7	356	22	20	28	27	1.99
57604981--57605017	15	2.5	15	90	0	56	13	18	10	56	1.66
57607397--57607572	46	3.8	46	79	10	205	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57607394--57607565	93	1.8	93	93	0	299	21	22	29	27	1.99
57610438--57610474	18	2.1	18	100	0	74	16	37	29	16	1.90
57624553--57624727	46	3.8	46	92	1	271	21	19	28	30	1.98
57636394--57636576	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
57636373--57636576	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
57644477--57644659	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
57644456--57644659	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
57647167--57647292	39	3.2	39	89	2	182	29	26	22	21	1.99
57650849--57651040	40	4.8	40	81	9	221	25	28	21	24	1.99
57650823--57651041	79	2.7	79	82	8	257	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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