genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.342.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112935289--112935495	46	4.6	44	80	10	170	23	29	20	26	1.99
112935332--112935540	46	4.6	44	75	11	163	22	30	19	27	1.98
112938068--112938242	46	3.8	46	76	13	187	29	29	20	21	1.98
112938076--112938246	93	1.8	93	91	0	279	29	29	20	21	1.98
112938798--112938834	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
112939538--112939635	3	32.3	3	78	10	92	30	4	3	62	1.29
112939537--112939635	23	4.2	24	72	12	89	30	5	3	61	1.32
112939941--112939983	22	2.0	21	81	4	50	32	9	0	58	1.30
112941486--112941583	46	2.1	46	96	0	178	35	13	25	25	1.92
112942611--112942873	138	1.9	136	80	6	307	34	20	17	27	1.95
112944889--112945015	62	2.0	62	98	0	245	44	7	6	42	1.57
112947766--112947849	42	2.0	42	90	0	132	41	15	8	34	1.77
112948839--112948896	20	2.9	20	87	10	91	12	31	34	22	1.91
112949381--112949416	13	2.7	13	91	4	54	52	19	0	27	1.46
112950547--112950674	64	2.0	64	96	0	238	14	14	11	59	1.62
112952826--112953216	131	3.0	131	86	3	529	26	17	19	36	1.94
112953270--112953330	31	2.0	31	96	0	113	8	26	24	40	1.83
112954807--112954847	3	14.0	3	80	14	50	63	0	4	31	1.15
112956409--112956473	32	2.0	32	100	0	130	40	15	20	24	1.91
112956788--112957060	138	2.0	138	90	4	435	32	22	11	33	1.90
112963014--112963055	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
112963018--112963054	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112963601--112963639	14	2.8	14	84	7	53	35	17	5	41	1.72
112968548--112968625	28	3.0	27	79	9	90	32	5	2	60	1.32
112968538--112968623	24	3.4	24	75	12	82	32	4	2	60	1.30
112968590--112968649	26	2.3	26	80	8	68	35	3	3	58	1.31
112968654--112968703	25	2.0	26	84	11	68	36	4	2	58	1.29
112968641--112968714	26	2.9	25	80	8	60	35	6	2	55	1.41
112972503--112972554	19	2.7	19	88	5	70	26	17	5	50	1.69
112980308--112980426	44	2.7	44	82	2	132	30	17	24	27	1.97
112980457--112980769	88	3.6	88	85	4	411	30	23	20	26	1.98
112980704--112981131	44	9.5	44	74	6	268	30	19	21	28	1.98
112980656--112980912	88	2.9	88	78	5	234	31	21	20	26	1.98
112980455--112980891	176	2.5	176	80	7	406	30	23	19	26	1.98
112980745--112981131	88	4.3	89	74	10	320	30	19	21	28	1.98
112984349--112984468	48	2.6	47	82	7	138	27	22	14	35	1.93
112985719--112985989	131	2.1	130	84	4	343	36	17	17	28	1.92
112986317--112986346	16	1.9	16	93	6	53	66	13	0	20	1.24
112986299--112986349	27	1.9	26	84	4	66	64	9	1	23	1.34
112988007--112988055	26	1.9	25	83	4	62	28	4	4	63	1.31
112988224--112988301	28	3.0	27	79	9	90	32	5	2	60	1.32
112988214--112988299	24	3.4	24	75	12	82	32	4	2	60	1.30
112988266--112988325	26	2.3	26	80	8	68	35	3	3	58	1.31
112988330--112988379	25	2.0	26	84	11	68	36	4	2	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112988317--112988390	26	2.9	25	80	8	60	35	6	2	55	1.41
112992596--112992633	16	2.4	16	95	4	69	21	10	7	60	1.54
112993074--112993136	23	2.7	24	78	9	67	39	1	0	58	1.07
112993092--112993147	15	3.6	16	80	9	62	42	1	1	53	1.21
112993284--112993351	34	2.0	34	97	0	127	29	13	14	42	1.84
112997551--112997612	25	2.5	25	78	5	72	56	3	1	38	1.25
112998428--112998463	19	1.9	18	88	5	54	47	2	8	41	1.48
112998857--112998888	5	6.6	5	92	7	57	40	0	15	43	1.47
112998861--112998889	14	2.1	14	100	0	58	44	0	13	41	1.44
112998598--112998946	180	1.9	180	80	6	402	45	5	12	36	1.66
112999075--112999108	18	1.9	17	88	5	50	50	8	0	41	1.34
112999107--112999135	5	5.8	5	100	0	58	41	0	17	41	1.49
113003948--113004055	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
113005539--113005590	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
113011030--113011137	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
113015323--113015406	38	2.2	38	86	0	114	17	15	30	35	1.91
113015374--113015425	22	2.4	22	83	0	68	15	15	30	38	1.88
113020654--113020736	9	9.4	9	70	10	55	67	3	1	27	1.15
113020655--113020736	17	4.7	17	73	11	76	67	3	1	28	1.15
113020654--113020736	18	4.8	17	73	10	69	67	3	1	27	1.15
113020655--113020736	25	3.2	25	68	18	60	67	3	1	28	1.15
113020636--113020741	52	2.0	53	83	5	135	64	3	0	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113020671--113020738	26	2.6	25	78	13	75	64	2	1	30	1.17
113026229--113026569	169	2.0	169	99	0	673	34	15	12	37	1.86
113031511--113031545	18	1.9	18	88	0	52	40	17	20	22	1.92
113034008--113034073	30	2.2	30	83	8	80	19	25	15	39	1.91
113034229--113034275	17	2.6	18	80	10	51	34	4	0	61	1.15
113034410--113034465	22	2.5	22	80	5	60	37	10	3	48	1.56
113047232--113047378	75	2.0	74	93	1	249	27	18	22	31	1.97
113047141--113047635	163	3.0	163	93	2	825	28	16	20	34	1.95
113047395--113047541	75	2.0	75	94	0	258	28	17	22	31	1.96
113047477--113047677	87	2.3	88	80	9	223	30	15	19	33	1.93
113048858--113048892	17	2.1	17	88	0	52	22	11	0	65	1.24
113049550--113049596	17	2.6	18	80	10	51	34	4	0	61	1.15
113053928--113053980	19	2.8	20	75	13	58	37	0	0	62	0.96
113053960--113054019	9	6.4	9	75	21	61	31	0	1	66	1.01
113053935--113054012	28	2.6	30	82	12	97	37	0	1	61	1.04
113053967--113054027	19	3.2	19	74	4	61	39	0	1	59	1.08
113055799--113055845	23	2.0	24	84	12	62	46	2	0	51	1.13
113059354--113059454	50	2.0	50	90	0	157	44	12	19	22	1.85
113064543--113064582	15	2.7	15	84	0	53	80	5	15	0	0.88
113078250--113078296	23	2.0	24	84	8	62	2	34	0	63	1.06
113078431--113078485	21	2.5	22	77	8	60	16	10	1	70	1.23
113081707--113081820	26	4.4	26	92	0	192	34	24	7	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113081707--113081820	52	2.2	52	100	0	228	34	24	7	34	1.83
113083097--113083129	6	5.5	6	100	0	66	15	0	0	84	0.61
113083097--113083135	18	2.2	18	90	0	60	12	5	0	82	0.83
113086856--113086882	13	2.1	13	100	0	54	29	0	25	44	1.54
113089022--113089069	17	2.9	16	77	20	53	50	8	2	39	1.44
113099413--113099476	20	3.2	20	85	10	78	34	1	1	62	1.14
113099423--113099480	10	5.6	10	79	6	62	34	0	1	63	1.04
113103615--113103659	22	2.2	20	88	8	63	46	6	0	46	1.29
113103895--113103958	18	3.4	18	79	8	65	67	0	1	31	1.00
113103895--113103945	10	5.2	10	79	6	52	68	0	0	31	0.90
113103968--113104026	19	3.1	19	83	11	77	64	1	6	27	1.28
113107000--113107091	21	4.6	20	68	15	64	27	5	3	64	1.31
113106984--113107072	39	2.3	39	79	9	103	31	4	3	60	1.33
113108296--113108322	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
113110864--113110895	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
113124653--113125310	337	2.0	334	89	0	1010	34	11	21	32	1.89
113126070--113126753	131	5.1	140	82	8	599	26	16	24	32	1.96
113126274--113126755	131	3.7	131	85	3	621	25	16	24	33	1.96
113126139--113126748	261	2.3	261	83	5	706	26	16	24	32	1.96
113126662--113126846	98	1.9	98	87	0	271	23	17	24	34	1.96
113127128--113127280	7	21.7	7	71	16	50	19	0	33	47	1.50
113127124--113127280	14	11.1	14	70	6	93	19	0	33	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113127124--113127280	21	7.4	21	69	11	79	19	0	33	47	1.50
113127952--113128007	21	2.6	21	72	8	51	71	1	5	21	1.15
113128594--113128679	35	2.5	35	86	7	129	13	44	20	20	1.86
113130049--113130080	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
113130050--113130080	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
113134497--113134528	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
113134498--113134528	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
113145552--113145703	75	2.0	75	85	8	204	26	9	19	44	1.82
113145894--113146536	35	17.7	34	69	14	159	27	19	16	35	1.94
113146077--113146195	36	3.3	35	79	10	114	29	23	10	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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