genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4403193--4403289	31	3.2	28	79	15	79	49	3	1	46	1.24
4403210--4403289	31	2.6	30	82	9	99	48	3	1	46	1.28
4403365--4403404	17	2.2	17	86	8	53	57	0	2	40	1.12
4411550--4411610	29	2.1	29	96	0	113	39	18	21	21	1.93
4429392--4429559	69	2.4	70	84	5	200	28	13	23	34	1.93
4429583--4429921	72	4.5	74	86	5	432	31	15	20	32	1.94
4430078--4430216	72	1.9	72	83	2	181	23	17	25	34	1.96
4430320--4430570	73	3.4	72	91	3	396	32	17	18	31	1.94
4431164--4431197	17	2.0	17	100	0	68	52	41	0	5	1.25
4432403--4432443	15	2.6	17	82	17	54	29	4	0	65	1.13
4432415--4432457	18	2.3	18	88	11	61	27	9	0	62	1.25
4438403--4438436	14	2.3	15	90	5	52	52	0	0	47	1.00
4442538--4442595	23	2.6	22	78	5	71	50	0	5	44	1.24
4450425--4450505	25	3.1	24	71	20	72	56	12	12	18	1.66
4454753--4454783	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
4455600--4455660	29	2.1	29	84	6	79	67	8	1	22	1.27
4457175--4457249	37	2.0	37	97	0	141	29	10	20	40	1.86
4457190--4457249	21	3.1	21	63	22	58	28	10	20	41	1.84
4459002--4459177	46	3.8	46	75	12	171	21	19	28	30	1.98
4458999--4459170	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	29	1.98
4463432--4463475	22	1.9	22	86	9	61	36	2	2	59	1.23
4464259--4464435	90	2.0	90	84	2	230	35	11	11	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4469741--4469782	11	3.9	11	84	3	50	30	2	47	19	1.62
4472148--4472219	18	4.0	18	83	0	90	33	13	22	30	1.93
4472760--4472791	10	3.1	10	91	8	55	25	9	46	18	1.79
4472760--4472800	11	3.8	11	93	3	66	26	7	48	17	1.73
4472760--4472800	21	1.9	22	90	5	66	26	7	48	17	1.73
4473534--4473596	18	3.4	17	70	18	54	30	1	4	63	1.24
4473552--4473596	21	2.2	20	84	4	54	26	2	4	66	1.22
4473524--4473611	39	2.2	39	82	6	115	38	2	4	54	1.33
4473613--4473644	16	1.9	17	93	6	57	75	3	0	21	0.95
4477974--4478031	30	1.9	30	100	0	116	27	22	18	31	1.97
4482030--4482092	30	2.1	32	85	11	89	57	9	0	33	1.31
4482782--4483326	273	2.0	273	84	3	713	31	19	19	30	1.96
4483941--4483990	25	2.0	25	100	0	100	28	24	4	44	1.72
4485230--4485302	32	2.3	31	79	6	85	42	6	20	30	1.78
4485230--4485319	32	2.9	32	71	12	80	46	5	18	28	1.72
4485285--4485337	25	2.1	25	85	0	70	60	7	7	24	1.50
4485510--4485540	16	2.0	15	93	6	53	29	0	0	70	0.87
4487413--4487454	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
4487413--4487454	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63
4491498--4491572	18	4.2	18	77	6	89	33	12	22	32	1.91
4491497--4491566	36	1.9	36	91	5	115	32	11	22	32	1.90
4492104--4492157	11	5.0	11	84	4	65	31	5	42	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4495203--4495232	15	1.9	16	93	6	53	76	6	3	13	1.11
4496241--4496270	15	2.0	15	93	0	51	20	6	16	56	1.62
4500277--4500348	35	2.1	35	94	0	126	36	19	8	36	1.82
4502501--4502552	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
4502533--4502627	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
4502789--4502823	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
4502747--4502819	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
4502936--4502970	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
4502951--4503138	61	3.1	61	68	19	185	49	5	2	42	1.41
4502914--4503211	120	2.5	120	92	3	492	50	4	3	42	1.37
4503035--4503080	15	3.0	16	78	9	60	58	0	0	41	0.98
4503029--4503222	54	3.4	54	68	22	144	53	3	3	40	1.32
4503928--4503963	16	2.2	16	100	0	72	19	38	19	22	1.93
4506247--4506297	18	2.9	17	77	14	50	31	3	0	64	1.11
4507417--4507496	41	1.9	41	82	7	99	28	20	20	31	1.97
4507108--4507627	156	3.4	152	77	6	472	31	20	20	27	1.97
4508463--4508492	14	2.1	14	100	0	60	20	0	23	56	1.42
4508517--4508578	7	8.4	7	76	15	54	27	0	32	40	1.57
4508517--4508576	15	4.1	14	77	14	59	26	0	33	40	1.57
4508517--4508578	22	2.8	22	80	4	72	27	0	32	40	1.57
4508663--4508725	7	9.0	7	78	0	54	14	3	41	41	1.61
4509188--4509274	42	2.1	41	82	6	104	45	17	14	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4509926--4509971	24	1.9	24	100	0	92	17	15	8	58	1.61
4510690--4510759	24	2.9	24	72	18	72	40	4	10	45	1.57
4513562--4513601	21	1.9	21	89	0	62	25	22	52	0	1.47
4517453--4517599	40	3.7	39	80	8	129	36	18	21	23	1.95
4518517--4518583	28	2.4	28	77	5	73	14	0	32	52	1.43
4518543--4518596	21	2.6	21	82	5	65	9	0	37	53	1.33
4518559--4518598	14	2.8	14	96	3	71	15	0	35	50	1.44
4518530--4518598	7	9.9	7	72	22	56	13	0	36	50	1.41
4518623--4518654	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
4518629--4518709	37	2.2	37	97	0	153	56	0	2	40	1.12
4520643--4520721	39	2.0	39	97	0	149	22	11	15	50	1.75
4520649--4520712	20	3.2	20	65	20	53	21	9	15	53	1.70
4521926--4521973	21	2.3	21	81	0	60	31	16	50	2	1.57
4522212--4522294	31	2.6	31	82	3	94	15	4	19	60	1.53
4522346--4522447	43	2.4	44	88	5	154	21	29	17	31	1.96
4524970--4524998	12	2.5	12	94	5	51	86	0	6	6	0.72
4530507--4530557	23	2.2	24	86	10	70	62	7	9	19	1.50
4531763--4531863	49	2.1	49	92	0	166	36	19	12	30	1.90
4533146--4533181	18	2.1	18	89	5	56	19	25	38	16	1.92
4535069--4535117	26	1.9	25	95	4	89	55	4	6	34	1.44
4535620--4535681	13	4.7	14	73	18	53	38	0	3	58	1.15
4535757--4535792	18	2.1	17	89	5	54	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4543847--4544385	268	2.0	268	94	1	947	40	13	19	26	1.89
4549542--4549586	17	2.8	16	89	3	63	57	2	0	40	1.11
4552837--4552869	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
4553155--4553413	138	1.9	138	90	0	419	19	24	15	40	1.90
4553150--4553423	46	6.0	46	90	0	370	20	24	14	40	1.90
4554825--4554863	17	2.3	17	100	0	78	15	23	0	61	1.33
4556729--4556821	45	2.1	45	83	4	116	34	15	32	18	1.92
4557904--4557955	25	2.1	25	92	0	86	36	7	25	30	1.84
4558810--4558931	63	1.9	63	94	0	217	27	27	21	23	1.99
4583602--4583636	15	2.3	15	90	0	52	37	0	2	60	1.12
4591780--4591833	16	3.4	16	81	0	63	40	3	24	31	1.72
4593012--4593068	27	2.2	24	84	15	69	54	5	5	35	1.46
4593222--4593264	18	2.4	19	80	11	54	60	2	4	32	1.30
4593235--4593301	24	2.8	24	73	11	64	50	4	5	38	1.47
4593792--4593982	39	5.0	38	89	1	256	28	17	5	48	1.70
4595210--4595295	45	1.9	45	87	0	127	24	33	12	29	1.92
4595512--4596147	210	3.1	209	82	7	869	31	22	17	28	1.96
4595389--4596101	205	3.5	203	81	7	882	31	22	16	29	1.96
4604127--4604157	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
4607858--4607914	27	2.2	24	84	15	69	54	5	5	35	1.46
4608689--4608838	38	3.9	37	83	5	183	27	18	6	48	1.71
4613291--4613376	41	2.1	40	84	2	109	24	2	3	69	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4613299--4613412	41	3.0	40	75	8	103	27	1	5	65	1.23
4623726--4624491	381	2.0	381	99	0	1514	29	25	15	29	1.95
4626562--4626603	21	2.0	22	85	4	59	35	7	0	57	1.26
4644573--4644606	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
4644847--4644873	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
4647306--4647337	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
4657423--4657463	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
4664810--4664853	14	3.2	14	80	6	54	38	25	6	29	1.81
4666837--4666884	13	3.3	13	75	25	51	29	6	8	56	1.53
4666846--4666881	18	1.9	19	94	5	65	30	5	8	55	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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