genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82112945--82113128	40	4.7	40	82	8	216	24	22	27	25	2.00
82112984--82113161	79	2.3	78	78	8	193	26	21	26	25	1.99
82119668--82119710	22	1.9	23	85	4	61	72	2	18	6	1.19
82120937--82121120	40	4.6	41	82	9	222	23	22	27	25	2.00
82120937--82121118	79	2.3	81	83	8	223	24	23	27	25	2.00
82120990--82121153	79	2.1	78	83	7	199	25	21	27	25	1.99
82120944--82121153	39	5.3	39	81	9	196	26	21	26	25	1.99
82124169--82124246	28	2.7	29	84	4	95	28	32	15	24	1.95
82132210--82132288	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
82138953--82139104	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
82138953--82139104	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
82145645--82145736	42	2.2	42	94	0	157	35	21	14	28	1.92
82145881--82145977	25	3.8	26	95	1	162	25	23	24	25	2.00
82145881--82145977	51	1.9	51	91	4	160	25	23	24	25	2.00
82146036--82146100	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
82146154--82146239	27	3.1	27	76	17	95	34	9	16	39	1.80
82146243--82146400	54	2.9	54	83	5	196	29	10	20	39	1.85
82146217--82146367	27	5.6	27	85	6	191	27	7	21	43	1.79
82146217--82146400	81	2.3	81	79	7	196	28	9	20	41	1.84
82146399--82146649	27	9.3	27	81	4	283	39	8	22	29	1.83
82146399--82146649	81	3.1	80	90	1	385	39	8	22	29	1.83
82148140--82148194	11	5.5	11	71	20	57	36	10	18	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82148129--82148194	20	3.3	20	91	8	109	36	10	18	34	1.85
82148252--82148349	25	3.9	25	88	5	128	24	24	20	30	1.98
82148556--82148650	38	2.5	38	96	0	172	35	16	24	23	1.95
82155564--82155699	29	4.8	29	80	4	143	22	15	24	38	1.92
82164575--82164638	30	2.1	30	94	0	110	20	21	23	34	1.97
82170411--82170590	48	3.8	48	83	0	225	26	17	26	29	1.97
82170408--82170590	96	1.9	96	90	0	294	27	16	26	29	1.97
82170780--82170818	20	2.0	19	85	14	53	51	12	7	28	1.67
82171164--82171283	40	3.1	40	61	27	96	36	29	7	26	1.84
82172660--82172761	42	2.4	43	80	6	102	29	23	17	29	1.97
82173955--82174075	48	2.5	49	87	4	174	26	16	27	29	1.97
82178091--82178197	29	3.7	29	79	1	115	21	18	21	38	1.94
82180233--82180289	30	1.9	30	88	0	87	35	7	24	33	1.82
82190104--82190138	17	2.1	17	94	0	61	28	14	11	45	1.79
82192515--82192543	13	2.3	13	94	5	51	89	0	6	3	0.57
82210856--82211098	40	6.1	39	84	6	251	25	20	26	27	1.99
82210863--82211112	79	3.2	79	79	9	269	26	20	26	27	1.99
82220620--82220702	27	3.1	28	84	6	109	19	21	21	37	1.94
82220624--82220701	28	2.9	28	86	5	106	20	23	21	34	1.97
82227939--82227996	8	7.4	8	86	1	55	44	22	24	8	1.80
82227942--82227987	16	2.9	16	93	0	65	39	23	26	10	1.88
82227942--82227987	24	1.9	24	90	0	74	39	23	26	10	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82227952--82227997	24	1.9	24	86	8	67	41	23	23	10	1.86
82228405--82228519	27	4.3	27	83	5	126	20	22	20	35	1.96
82237631--82237691	10	5.9	10	75	5	59	34	11	19	34	1.88
82237739--82237810	25	3.0	24	80	13	76	30	22	22	25	1.99
82238302--82238347	22	2.0	23	83	4	58	32	10	2	54	1.47
82245617--82245683	10	6.6	10	81	6	73	37	11	19	31	1.88
82245617--82245683	21	3.3	21	85	4	84	37	11	19	31	1.88
82245617--82245683	16	4.4	15	77	7	64	37	11	19	31	1.88
82246257--82246302	22	2.0	23	83	4	58	34	13	0	52	1.40
82250788--82250962	39	4.5	39	91	0	296	21	24	29	24	1.99
82250933--82250981	24	2.0	24	96	0	89	22	22	26	28	1.99
82250894--82251020	63	2.0	63	93	0	218	22	24	28	25	1.99
82250957--82251048	39	2.4	39	90	0	139	20	25	29	25	1.99
82250856--82251048	102	1.9	102	93	0	332	21	24	29	24	1.99
82258747--82258802	27	2.1	27	86	6	78	60	3	0	35	1.14
82258824--82258870	18	2.7	17	80	9	51	36	6	0	57	1.24
82259166--82259259	10	9.3	10	71	16	52	32	5	0	61	1.18
82259162--82259234	30	2.4	30	76	13	78	35	2	0	61	1.10
82259416--82259478	9	6.9	9	75	10	56	33	4	1	60	1.27
82259416--82259472	17	3.1	18	78	9	62	33	5	1	59	1.30
82261475--82261557	43	1.9	43	80	4	96	30	19	21	28	1.98
82264997--82265104	38	2.8	38	94	0	180	21	22	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82268733--82268866	43	3.1	43	90	0	214	12	24	32	30	1.92
82281859--82282037	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
82284228--82284737	47	10.6	47	90	4	777	33	8	29	28	1.86
82284228--82284737	96	5.3	96	95	1	853	33	8	29	28	1.86
82284228--82284737	194	2.7	192	93	1	853	33	8	29	28	1.86
82288283--82288372	27	3.3	27	84	3	110	42	21	17	18	1.90
82288434--82288483	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
82297218--82297425	67	3.2	65	74	12	185	32	16	28	22	1.96
82300460--82300650	40	4.8	40	86	2	242	24	24	28	23	2.00
82306736--82306842	36	3.0	36	95	0	196	31	0	45	21	1.58
82311669--82311851	40	4.6	39	80	8	192	25	27	21	25	1.99
82311669--82311852	79	2.3	81	83	6	216	25	27	21	25	1.99
82318774--82318958	40	4.7	40	80	7	200	25	27	21	25	1.99
82320514--82320555	21	2.0	21	90	0	66	26	11	16	45	1.82
82332383--82332610	48	4.9	48	75	7	225	28	25	20	26	1.99
82333491--82333537	23	2.0	23	91	0	76	34	25	14	25	1.94
82342736--82342813	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
82342766--82343093	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
82350817--82350894	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
82350847--82351174	174	1.9	174	94	0	584	30	14	24	31	1.94
82354160--82354197	18	2.2	17	86	9	51	52	7	13	26	1.67
82372834--82373151	48	6.6	48	90	0	483	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82376284--82376409	47	2.7	47	86	0	162	22	14	30	33	1.93
82377725--82377759	13	2.7	13	100	0	70	17	22	42	17	1.88
82378854--82379033	43	4.2	41	76	11	141	30	22	20	27	1.98
82378846--82379059	86	2.5	86	75	8	211	30	22	19	26	1.98
82382662--82382695	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
82383804--82383914	57	2.0	56	80	5	125	27	30	14	27	1.95
82384134--82384170	16	2.3	16	85	0	56	10	16	18	54	1.71
82388852--82388899	18	2.4	20	83	13	55	14	39	25	20	1.91
82391536--82391599	28	2.2	28	81	8	76	32	29	12	25	1.92
82391669--82391706	19	2.1	19	90	5	60	15	39	18	26	1.91
82392778--82392851	28	2.6	29	80	6	89	28	31	12	28	1.93
82393810--82394453	47	13.6	47	93	1	1063	29	29	8	33	1.86
82393810--82394453	143	4.5	141	93	2	1063	29	29	8	33	1.86
82393810--82394453	190	3.4	190	95	1	1116	29	29	8	33	1.86
82394314--82394389	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
82398269--82398825	40	14.0	40	90	0	830	27	28	20	22	1.99
82400241--82400931	47	14.6	47	93	2	1078	28	29	8	32	1.87
82400241--82400931	143	4.9	141	92	2	1096	28	29	8	32	1.87
82400241--82400931	190	3.6	190	93	1	1122	28	29	8	32	1.87
82401685--82401758	28	2.6	29	80	6	89	28	31	12	28	1.93
82402717--82403360	47	13.6	47	92	2	1056	29	29	8	32	1.86
82402717--82403360	143	4.5	141	92	2	1056	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82402717--82403360	190	3.4	190	94	1	1109	29	29	8	32	1.86
82406339--82406368	16	1.9	16	93	6	53	10	16	20	53	1.71
82410209--82410310	28	3.6	28	78	5	107	26	30	13	29	1.94
82410209--82410331	28	4.4	28	78	6	106	26	30	13	30	1.93
82410209--82410316	57	1.9	57	84	3	146	25	32	14	27	1.95
82410400--82410435	19	1.9	18	88	5	54	22	38	13	25	1.91
82411902--82411944	16	2.7	16	85	0	59	9	18	18	53	1.70
82414668--82414891	79	2.8	78	83	9	274	24	27	23	25	2.00
82414668--82414891	39	5.7	40	85	8	257	24	27	23	25	2.00
82453661--82453827	39	4.2	39	79	6	131	25	26	23	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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