genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82453684--82453827	39	3.6	40	84	6	175	24	25	25	25	2.00
82457186--82457573	47	8.4	47	88	5	558	32	8	30	28	1.87
82457186--82457573	139	2.8	139	88	3	570	32	8	30	28	1.87
82461850--82462017	40	4.2	40	80	9	139	27	27	20	24	1.99
82461887--82462017	40	3.3	39	86	4	181	29	27	19	23	1.99
82461885--82462068	80	2.3	79	82	10	214	28	27	20	23	1.99
82467223--82467260	20	1.9	19	85	15	51	26	23	10	39	1.87
82468178--82468203	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
82476427--82476585	43	3.7	43	75	5	135	31	25	18	23	1.98
82476435--82476541	42	2.5	43	77	10	112	30	25	18	25	1.98
82479574--82479764	27	7.0	27	83	1	204	23	21	11	43	1.85
82479574--82479764	54	3.5	54	83	2	231	23	21	11	43	1.85
82479596--82479747	81	1.9	81	88	0	232	22	21	9	46	1.81
82479574--82479764	81	2.3	81	81	2	231	23	21	11	43	1.85
82479757--82479819	32	2.0	32	93	0	108	31	11	6	50	1.63
82482028--82482213	40	4.7	40	86	4	243	20	22	25	32	1.98
82482028--82482200	79	2.2	78	86	4	231	21	21	24	32	1.98
82484467--82484500	14	2.4	14	95	0	59	35	2	11	50	1.54
82486302--82486387	43	2.0	43	83	0	109	27	11	31	29	1.92
82498861--82499031	46	3.7	45	78	10	150	21	32	20	25	1.98
82500739--82500850	23	4.8	23	75	11	86	29	20	21	28	1.98
82505780--82505866	30	2.9	30	86	3	95	26	26	25	21	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82506767--82506813	24	2.0	24	91	0	76	29	19	25	25	1.98
82506800--82506880	22	3.6	22	77	8	76	27	18	22	32	1.97
82509941--82510014	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
82510367--82510401	17	2.1	17	100	0	70	45	11	17	25	1.81
82518077--82518150	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
82527004--82527138	40	3.4	40	98	0	252	29	29	20	20	1.98
82533486--82533610	29	4.3	29	91	1	189	30	28	15	25	1.96
82533825--82533857	16	2.1	16	94	0	57	21	21	12	45	1.84
82540910--82541044	43	3.1	44	84	6	184	24	17	29	28	1.97
82540930--82541044	45	2.6	43	86	6	169	26	15	28	28	1.96
82541314--82541544	114	2.0	114	88	1	338	23	22	23	30	1.99
82541314--82541544	38	6.1	38	89	2	304	23	22	23	30	1.99
82541542--82541669	45	2.9	45	84	4	163	21	22	29	26	1.99
82542485--82542785	27	11.2	27	79	6	189	39	20	7	32	1.81
82542553--82542785	81	2.9	80	88	1	297	42	20	8	29	1.81
82542553--82542785	27	8.7	26	80	5	232	42	20	8	29	1.81
82542553--82542813	54	4.8	52	76	10	195	41	21	8	29	1.81
82542824--82542875	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
82542928--82543014	27	3.3	27	85	6	106	37	20	22	18	1.94
82542920--82543019	27	3.7	27	78	12	91	36	23	21	20	1.96
82543670--82543819	26	5.8	26	85	0	203	28	20	22	29	1.98
82543670--82543814	52	2.8	51	90	4	229	28	20	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82543965--82544056	42	2.2	42	88	3	132	30	14	20	34	1.92
82544080--82544158	31	2.5	31	91	0	131	30	17	24	27	1.97
82551487--82551710	50	4.5	50	76	8	204	31	25	17	25	1.97
82553835--82553913	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
82554032--82554395	47	7.7	47	94	0	595	28	30	8	32	1.87
82558106--82558310	40	5.1	40	90	0	302	25	29	21	23	1.99
82560790--82560957	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
82560827--82560957	40	3.3	39	87	4	190	28	27	20	23	1.99
82560825--82561010	80	2.3	79	83	9	218	27	26	20	24	1.99
82579467--82579539	20	3.7	19	80	8	83	39	15	8	36	1.77
82579453--82579541	40	2.2	40	80	13	103	40	15	8	34	1.79
82579669--82579755	23	3.6	26	78	15	71	29	21	19	28	1.98
82579688--82579803	23	4.9	23	76	14	94	35	20	19	24	1.96
82579710--82579798	45	2.0	45	82	8	110	35	22	19	22	1.95
82582822--82582943	46	2.7	46	90	0	181	31	27	19	21	1.97
82585285--82585373	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
82585285--82585367	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
82585296--82585373	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
82591865--82591960	40	2.4	40	82	6	122	33	15	22	28	1.95
82595739--82595812	36	2.0	37	94	2	132	32	12	10	44	1.76
82597029--82597161	47	2.8	49	79	16	172	29	29	20	21	1.98
82597037--82597177	46	3.0	44	77	14	135	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82610082--82610209	42	3.0	42	74	7	134	30	26	13	29	1.94
82613575--82613738	42	3.9	42	82	4	179	29	23	17	29	1.97
82615202--82615261	29	2.1	29	100	0	120	36	26	10	26	1.88
82615210--82615271	29	2.1	29	88	5	90	40	27	8	24	1.83
82617211--82617265	27	2.0	27	100	0	110	40	18	14	27	1.89
82617578--82617703	46	2.7	46	91	2	191	28	28	21	21	1.99
82620126--82620198	29	2.5	29	81	0	92	35	6	26	31	1.83
82620145--82620308	58	2.8	58	80	4	177	37	11	26	24	1.89
82620145--82620330	29	6.4	29	74	5	144	36	11	26	25	1.91
82620177--82620308	59	2.3	58	83	1	156	38	12	27	21	1.89
82633249--82633500	29	8.8	29	76	6	172	39	13	25	22	1.90
82633224--82633532	58	5.4	57	74	8	198	39	12	25	22	1.89
82633449--82633523	30	2.6	29	82	4	87	38	8	33	20	1.81
82640325--82640473	43	3.5	41	71	18	117	28	18	20	31	1.97
82647171--82647200	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
82662444--82662468	11	2.3	11	100	0	50	68	0	12	20	1.21
82663442--82663520	39	2.0	39	90	0	122	25	13	27	32	1.94
82680223--82680312	39	2.3	39	94	0	153	24	28	21	25	1.99
82692969--82693009	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
82698022--82698124	46	2.2	46	84	6	127	26	23	13	36	1.92
82713036--82713256	40	5.6	40	80	2	223	26	23	25	24	2.00
82718593--82718706	59	1.9	59	94	0	201	21	30	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82730973--82731103	39	3.4	39	88	5	185	27	29	20	22	1.99
82739041--82739223	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
82739020--82739223	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
82742326--82742503	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
82742347--82742502	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
82746431--82746695	40	6.7	40	89	4	340	28	28	19	23	1.98
82754102--82754366	40	6.7	40	89	2	347	28	29	19	23	1.98
82765251--82765319	30	2.3	30	97	0	129	23	36	21	18	1.95
82769829--82770019	48	4.0	48	87	0	256	26	25	18	29	1.98
82769752--82770007	96	2.7	96	79	4	228	28	25	17	28	1.97
82784100--82784196	29	3.3	29	72	5	88	37	10	28	23	1.88
82784100--82784225	58	2.2	58	88	2	182	37	11	28	23	1.89
82784184--82784326	29	5.0	28	79	7	153	34	15	29	20	1.93
82784120--82784325	87	2.4	88	83	4	249	34	15	29	20	1.93
82790004--82790104	48	2.2	46	84	10	129	34	20	12	31	1.91
82797970--82798009	16	2.5	16	87	0	62	17	2	0	80	0.83
82800053--82800092	13	3.1	13	96	0	71	20	32	32	15	1.93
82803487--82803520	13	2.6	13	85	0	50	47	5	0	47	1.26
82803646--82803685	19	2.1	19	90	4	62	50	0	0	50	1.00
82814431--82814508	27	2.9	27	84	0	93	29	16	19	34	1.94
82814502--82814867	27	13.7	27	78	11	308	30	9	20	39	1.84
82814502--82814842	53	6.4	53	77	8	275	30	9	20	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82814475--82814842	80	4.6	82	79	7	380	31	10	19	38	1.85
82814475--82814842	107	3.4	107	81	8	410	31	10	19	38	1.85
82814523--82814859	134	2.5	133	81	7	396	31	10	20	38	1.85
82815183--82815246	28	2.3	28	83	0	74	29	37	14	18	1.90
82824384--82824425	22	1.9	22	85	0	57	42	0	21	35	1.53
82833678--82833713	16	2.2	16	95	0	63	47	13	25	13	1.80
82833946--82834014	28	2.4	29	90	2	104	24	14	34	26	1.94
82834092--82834120	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
82838251--82838350	40	2.5	40	93	1	166	29	28	20	23	1.98
82846125--82846243	40	3.0	40	92	2	195	28	29	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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