genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57662288--57662582	40	7.4	40	83	1	360	23	21	27	28	1.99
57662288--57662624	40	8.5	39	82	2	219	22	21	26	29	1.99
57672187--57672362	46	3.8	46	78	4	210	22	21	28	27	1.99
57672183--57672354	93	1.8	93	91	0	281	22	22	29	26	1.99
57676504--57676681	27	6.6	27	81	3	187	26	15	28	29	1.96
57676505--57676660	82	1.9	81	85	3	215	26	15	28	29	1.96
57676501--57676681	82	2.2	81	81	2	211	27	15	27	29	1.96
57678607--57678677	15	4.7	15	78	5	81	11	19	12	56	1.66
57678598--57678677	30	2.6	31	81	11	94	11	18	15	55	1.69
57681065--57681240	46	3.8	46	81	4	210	20	21	30	27	1.98
57681061--57681232	93	1.8	93	92	0	290	20	22	30	26	1.98
57686913--57686986	22	3.2	22	66	23	62	29	14	29	25	1.95
57686959--57687033	22	3.3	22	68	17	62	34	10	28	26	1.90
57686843--57687036	47	4.1	47	91	0	316	35	12	26	25	1.92
57686843--57687076	94	2.5	94	86	2	283	33	12	28	25	1.92
57686843--57687076	47	5.0	47	81	6	244	33	12	28	25	1.92
57687060--57687232	46	3.8	46	95	0	292	34	9	32	23	1.87
57688871--57688912	20	2.1	20	90	0	66	45	11	7	35	1.69
57693634--57693692	23	2.5	24	88	2	84	25	20	16	37	1.93
57696220--57696293	37	2.0	37	97	0	139	36	16	25	21	1.94
57699385--57699413	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
57700256--57700410	42	3.7	42	78	6	143	31	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57704978--57705010	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
57706122--57706174	26	2.0	26	92	0	88	49	16	16	16	1.81
57710345--57710371	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
57710344--57710410	17	4.1	16	77	11	57	16	5	1	76	1.06
57717984--57718169	41	4.6	41	88	3	252	24	24	26	24	2.00
57717986--57718139	81	1.9	82	90	4	249	24	24	26	25	2.00
57720799--57720875	28	2.8	28	87	0	109	29	27	11	31	1.92
57720884--57720959	40	1.9	40	86	5	109	28	31	18	21	1.97
57722850--57722997	42	3.6	42	81	7	162	31	16	22	29	1.96
57732244--57732286	21	2.0	21	100	0	86	39	18	18	23	1.92
57734640--57734793	40	3.8	40	85	0	209	19	31	15	33	1.93
57734696--57734799	20	5.2	20	68	9	68	20	32	15	31	1.93
57734785--57734850	20	3.3	20	82	0	78	12	28	22	36	1.90
57734640--57734822	80	2.3	80	84	0	222	19	29	16	34	1.93
57734652--57734850	40	5.0	40	83	1	157	18	29	17	35	1.94
57741409--57741445	16	2.4	16	86	8	51	48	0	8	43	1.32
57743725--57743811	25	3.4	25	87	3	120	25	24	21	28	1.99
57743740--57743843	25	4.2	24	77	14	70	27	22	21	28	1.99
57744034--57744119	31	2.8	31	92	1	147	32	17	25	24	1.97
57748420--57748457	20	2.0	19	85	10	51	31	13	21	34	1.91
57748500--57748620	51	2.4	50	88	2	179	27	25	21	25	1.99
57748500--57748620	25	4.8	25	92	2	179	27	25	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57748500--57748645	51	2.9	51	84	6	147	28	24	21	25	1.99
57748840--57748914	31	2.4	31	93	0	123	33	17	26	22	1.96
57751306--57751490	67	2.9	64	77	8	196	28	16	30	24	1.96
57754120--57754270	40	3.8	40	95	1	268	22	22	28	26	1.99
57762109--57762338	40	5.8	40	94	1	383	23	21	28	26	1.99
57763757--57763786	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
57770028--57770193	43	3.9	43	77	7	169	32	25	17	24	1.97
57770028--57770188	85	1.9	85	83	5	209	32	26	18	23	1.97
57777579--57777735	43	3.7	44	80	10	175	29	29	17	22	1.97
57777587--57777742	85	1.8	85	83	8	210	30	28	17	23	1.97
57785034--57785093	27	2.3	26	82	8	68	31	18	25	25	1.97
57785133--57785183	27	1.9	27	84	11	70	35	19	29	15	1.93
57788528--57788581	28	1.9	28	88	0	81	25	29	16	27	1.97
57788536--57788665	57	2.3	57	75	9	140	24	27	16	30	1.97
57791809--57791960	27	5.6	27	92	3	223	26	13	28	30	1.94
57791809--57791960	55	2.8	55	91	0	232	26	13	28	30	1.94
57799970--57800124	27	5.7	27	93	3	238	27	12	29	30	1.93
57799970--57800124	55	2.8	55	93	0	247	27	12	29	30	1.93
57804826--57804926	24	4.2	24	93	0	175	41	19	17	20	1.90
57809088--57809137	22	2.3	21	80	12	57	74	2	0	24	0.93
57819707--57819801	27	3.5	26	84	7	118	36	18	22	22	1.95
57819714--57819814	27	3.7	28	85	4	109	33	18	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57821687--57821747	27	2.2	28	86	11	83	55	19	4	19	1.61
57825681--57825727	22	2.1	22	100	0	94	27	19	12	40	1.88
57826291--57826331	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
57826763--57826819	28	2.0	28	83	6	71	26	26	14	33	1.94
57833091--57833161	28	2.5	28	86	0	88	30	26	11	30	1.91
57841556--57841599	19	2.3	19	84	0	52	52	15	4	27	1.63
57844579--57844647	25	2.8	24	75	14	68	15	28	20	34	1.94
57846165--57846253	27	3.3	25	79	6	79	35	19	17	26	1.94
57859603--57859774	46	3.7	47	85	9	228	27	30	19	22	1.98
57862155--57862231	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
57862145--57862231	29	3.0	29	81	9	106	57	14	17	10	1.64
57865154--57865268	45	2.7	42	89	10	162	26	31	20	21	1.98
57873871--57874042	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
57873863--57874038	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
57879510--57879666	43	3.7	44	78	11	166	29	27	17	25	1.97
57880644--57880753	56	2.0	56	94	0	193	45	23	7	23	1.78
57880660--57880748	28	3.2	28	64	28	71	48	24	4	22	1.69
57882122--57882183	30	2.1	30	87	6	90	22	24	14	38	1.91
57882391--57882584	23	8.4	23	89	6	261	26	22	21	29	1.99
57882391--57882583	68	2.8	69	88	7	284	26	22	21	29	1.99
57882634--57882700	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
57882634--57882689	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57882737--57882784	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57883930--57884007	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
57884052--57884277	27	8.3	27	77	8	154	32	8	19	38	1.82
57884025--57884250	54	4.1	54	74	6	213	31	9	20	38	1.84
57884228--57884362	27	5.0	27	88	3	191	40	10	21	27	1.86
57884318--57884398	38	2.2	37	86	2	108	38	7	29	24	1.83
57884301--57884420	65	1.9	62	86	5	168	36	8	27	27	1.85
57884356--57884420	25	2.5	26	90	5	96	36	6	27	29	1.81
57884426--57884514	27	3.3	27	82	4	110	31	11	19	38	1.87
57884426--57884490	26	2.5	26	89	2	94	33	12	16	36	1.87
57887311--57887374	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
57887568--57887781	24	9.0	24	87	3	290	25	21	24	28	1.99
57887894--57887941	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57888210--57888248	21	1.9	20	84	5	51	15	35	20	28	1.93
57889100--57889177	27	2.9	27	77	11	79	20	17	23	38	1.93
57889222--57889447	27	8.3	27	76	9	136	32	8	19	38	1.83
57889195--57889420	54	4.2	53	75	6	202	31	9	20	38	1.85
57889488--57889569	38	2.2	38	81	0	92	40	7	29	23	1.81
57889399--57889534	27	5.0	27	88	0	173	41	8	21	28	1.83
57889526--57889593	27	2.5	27	92	0	109	36	5	29	27	1.80
57889599--57889688	27	3.3	27	81	3	110	32	10	17	40	1.83
57889582--57889688	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57894356--57894391	18	2.0	18	94	0	63	41	11	36	11	1.76
57904694--57904817	28	4.3	29	84	2	162	24	12	32	31	1.92
57904698--57904810	57	2.0	57	87	3	165	23	13	33	29	1.93
57909253--57909372	29	4.2	28	77	9	109	29	14	26	30	1.95
57913708--57913979	56	4.9	56	87	1	377	30	15	21	32	1.94
57917013--57917236	40	5.6	40	84	3	270	24	22	27	25	2.00
57917018--57917236	83	2.7	80	86	5	282	24	23	27	24	2.00
57921436--57921492	27	2.1	28	96	3	107	54	14	3	28	1.56
57924806--57925011	40	5.2	40	75	5	177	25	24	23	26	2.00
57924827--57925011	80	2.3	82	82	6	209	23	25	24	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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