genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90742850--90742935	19	4.4	20	71	14	56	33	4	2	59	1.31
90742966--90743018	20	2.7	19	75	16	54	32	0	0	67	0.91
90742968--90743020	19	2.8	19	83	11	56	32	0	0	67	0.91
90744158--90744187	12	2.4	13	94	5	53	73	10	0	16	1.09
90745447--90745556	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
90747176--90747288	27	4.2	27	82	3	120	17	23	22	36	1.95
90747174--90747288	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
90751457--90751708	40	6.2	40	81	9	303	26	28	21	23	1.99
90751467--90751704	83	2.9	83	93	1	397	25	29	21	23	1.99
90758603--90758711	43	2.6	42	78	8	114	29	14	26	29	1.95
90762620--90762843	40	5.7	40	83	5	240	25	27	21	25	1.99
90762620--90762843	79	2.8	78	81	4	252	25	27	21	25	1.99
90762775--90762852	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
90770509--90770733	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
90770665--90770742	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
90773705--90773832	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
90773704--90773832	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
90781747--90781874	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
90781746--90781874	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
90793551--90793594	15	2.9	15	83	6	54	20	2	2	75	1.03
90793548--90793606	22	2.7	22	86	0	73	23	1	1	72	1.02
90793548--90793592	7	6.1	7	80	10	54	20	2	2	75	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90794355--90794443	7	12.7	7	74	9	56	41	40	0	17	1.50
90794368--90794424	14	4.0	15	84	4	66	35	47	0	17	1.48
90794423--90794460	15	2.6	14	84	8	58	44	34	0	21	1.52
90794419--90794528	7	15.4	7	67	14	55	47	27	0	24	1.58
90794329--90794523	21	9.2	21	70	14	80	44	32	0	22	1.57
90794484--90794528	14	3.2	14	87	0	63	48	28	0	22	1.50
90794719--90794766	25	1.9	25	83	8	62	37	43	0	18	1.51
90794747--90794781	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
90794742--90794786	22	2.0	22	82	0	54	44	33	0	22	1.53
90794200--90794925	314	2.3	313	86	7	997	45	23	1	30	1.60
90794989--90795145	76	2.1	76	92	0	260	31	19	17	31	1.94
90795170--90795315	40	3.7	39	79	8	152	32	18	21	28	1.97
90802854--90802993	51	2.8	51	81	5	160	27	14	28	30	1.95
90827851--90827962	27	4.2	26	84	7	134	37	22	24	16	1.93
90827851--90827962	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
90829583--90829690	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
90833840--90833988	50	3.0	50	80	3	174	24	18	28	28	1.98
90833841--90834027	51	3.7	50	78	2	149	24	17	27	29	1.97
90833942--90834063	51	2.4	51	80	5	122	27	13	28	29	1.95
90836165--90836201	14	2.4	16	86	8	51	27	18	2	51	1.60
90836165--90836205	16	2.8	14	88	7	55	26	17	4	51	1.65
90839351--90839384	13	2.6	13	95	0	59	17	61	11	8	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90848926--90849101	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
90848923--90849094	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
90856484--90856659	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
90856481--90856652	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
90861251--90861276	12	2.2	12	100	0	52	30	7	0	61	1.24
90863866--90864203	172	2.0	171	94	0	595	44	15	15	24	1.85
90864433--90864474	22	1.9	22	90	9	68	33	23	14	28	1.94
90878118--90878434	47	6.6	48	78	12	309	29	18	29	23	1.98
90887478--90887651	46	3.8	44	76	14	138	27	21	29	22	1.99
90887685--90887818	47	2.8	48	79	6	155	26	20	28	24	1.99
90888760--90888869	28	3.9	28	90	3	168	16	20	43	20	1.88
90890295--90890469	46	3.8	45	77	7	181	28	29	21	21	1.99
90890303--90890474	93	1.8	93	91	0	281	27	29	22	20	1.98
90893327--90893427	28	3.6	28	91	2	166	31	11	22	33	1.91
90893302--90893428	28	4.5	28	88	3	155	29	12	24	33	1.92
90897557--90897596	12	3.5	11	83	10	53	65	0	0	35	0.93
90908107--90908133	14	1.9	14	100	0	54	66	0	7	25	1.17
90912550--90912598	25	2.0	24	84	15	64	63	2	4	30	1.24
90913482--90913506	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
90918418--90918593	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
90925007--90925225	46	4.7	45	82	7	228	29	19	29	21	1.98
90937230--90937268	20	2.0	20	85	10	53	46	2	10	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90940377--90940558	92	2.0	92	92	0	301	19	33	25	21	1.97
90944843--90944900	25	2.3	25	79	5	64	20	15	22	41	1.90
90945835--90945930	30	3.2	30	64	24	76	18	7	21	52	1.70
90945836--90945953	59	2.0	59	96	0	218	21	6	22	50	1.72
90947671--90947876	27	7.6	27	90	0	304	41	21	7	30	1.80
90947671--90947948	27	10.3	27	79	6	242	40	20	7	30	1.81
90947976--90948107	27	4.9	27	80	8	153	35	18	21	24	1.95
90947976--90948112	54	2.5	54	80	6	170	35	18	21	24	1.95
90948624--90948680	6	9.3	6	75	17	55	17	17	15	49	1.81
90951736--90951818	41	2.0	42	95	2	150	46	19	7	26	1.75
90957370--90957475	52	2.0	53	94	1	187	30	12	16	41	1.84
90969527--90969578	20	2.6	20	81	0	59	17	28	30	23	1.97
90972692--90972804	33	3.5	33	87	4	158	38	12	23	26	1.90
90972797--90972913	31	3.8	31	90	0	180	27	18	27	26	1.98
90973010--90973074	27	2.4	27	92	0	103	38	13	26	21	1.91
90973129--90973202	34	2.2	33	85	7	103	27	12	27	33	1.92
90974236--90974277	21	2.0	21	100	0	84	38	4	23	33	1.76
90987487--90987535	25	2.0	25	83	0	62	32	20	16	30	1.94
90987931--90988012	29	2.7	30	83	14	107	29	19	25	25	1.99
90988707--90988932	27	8.4	27	81	5	201	39	20	8	30	1.83
90988707--90988947	54	4.5	53	79	5	236	39	19	9	31	1.83
90988707--90988947	81	3.0	79	80	5	241	39	19	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90988977--90989053	27	2.9	27	80	1	93	33	18	24	23	1.96
90989578--90989629	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
90989645--90989708	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
90989670--90989729	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
90992236--90992292	6	9.3	6	75	17	55	49	15	17	17	1.81
90992411--90992470	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
90992823--90993269	27	16.6	27	85	4	508	25	20	17	36	1.94
90992812--90993269	81	5.7	81	84	2	562	25	21	17	36	1.95
90993254--90993410	81	1.9	81	80	2	181	33	10	19	36	1.86
90993304--90993410	27	4.0	26	76	9	81	31	11	19	37	1.87
90993362--90993594	27	8.6	27	82	0	250	31	8	21	38	1.84
90993308--90993585	81	3.4	80	78	6	213	32	9	21	37	1.86
90993371--90993601	81	2.9	81	82	2	277	33	9	20	37	1.84
90994527--90994588	30	2.1	30	93	0	106	29	33	3	33	1.74
90996165--90996611	27	16.6	27	86	4	526	24	21	18	36	1.95
90996596--90996834	27	8.9	27	76	8	103	34	9	20	36	1.84
90996650--90996927	81	3.4	81	78	5	208	31	9	21	37	1.86
90996704--90996945	27	9.0	27	82	1	252	32	9	21	37	1.85
90996703--90996943	81	3.0	80	81	4	279	32	9	21	37	1.85
90998889--90998945	6	9.3	6	75	17	55	49	15	17	17	1.81
90999064--90999123	27	2.3	26	88	2	84	36	20	21	21	1.95
90999162--90999213	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90999091--90999232	67	2.1	68	89	5	214	30	22	28	18	1.97
90999460--90999923	27	17.2	27	86	3	558	24	20	17	37	1.94
90999908--91000032	27	4.7	26	68	13	74	33	8	20	38	1.81
90999462--90999923	81	5.7	81	87	2	624	24	20	17	37	1.94
90999906--91000222	81	3.9	80	81	10	254	32	9	19	38	1.84
91000016--91000248	27	8.6	27	87	0	313	30	9	20	39	1.84
90999959--91000248	27	10.7	27	84	4	307	31	9	20	38	1.85
91006780--91006909	38	3.4	38	90	2	188	20	20	25	33	1.97
91013809--91014521	48	14.9	48	95	0	1237	35	6	27	30	1.82
91014369--91014449	28	3.2	28	60	26	70	37	6	29	27	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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