genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67428170--67428333	46	3.5	46	73	17	167	20	17	29	32	1.96
67428219--67428385	47	3.6	47	71	16	166	21	16	29	32	1.95
67428166--67428392	93	2.4	93	89	0	346	20	17	29	32	1.95
67433957--67434046	44	2.0	44	100	0	180	50	17	14	17	1.79
67434988--67435152	45	3.6	45	81	10	151	27	21	29	21	1.99
67435128--67435305	50	3.6	49	80	8	161	28	16	29	24	1.97
67438260--67438350	43	2.1	43	100	0	182	37	10	16	35	1.84
67445949--67446027	39	2.0	39	90	0	122	25	26	13	34	1.94
67448496--67448550	24	2.3	24	93	0	92	21	14	29	34	1.93
67448520--67448669	63	2.4	63	81	0	165	26	19	22	32	1.97
67466776--67466819	22	2.0	22	86	0	61	56	0	4	38	1.20
67466802--67466856	27	2.0	27	89	6	85	40	0	5	54	1.23
67467643--67467762	6	19.3	6	70	19	77	48	13	18	20	1.81
67467652--67467762	31	3.5	31	90	1	150	48	12	18	19	1.80
67467917--67467973	27	2.1	27	83	6	71	36	24	22	15	1.94
67468132--67468196	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
67476482--67476576	43	2.2	44	86	1	129	28	22	24	25	1.99
67476841--67476956	44	2.7	43	74	4	115	36	22	16	25	1.94
67477098--67477218	41	2.9	42	90	2	199	28	16	24	29	1.97
67477132--67477197	21	3.2	21	63	4	53	30	19	24	25	1.98
67482661--67482835	46	3.8	46	77	13	214	28	29	21	21	1.99
67482669--67482839	93	1.8	93	98	0	333	27	29	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67485647--67485673	12	2.2	12	100	0	54	40	25	22	11	1.87
67486729--67486755	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
67496176--67496232	26	2.2	26	80	3	60	40	15	15	28	1.88
67507644--67507688	18	2.4	18	85	7	54	15	11	2	71	1.24
67510774--67510979	55	3.8	53	75	2	144	20	23	17	37	1.94
67511312--67511371	30	2.0	30	83	3	77	26	23	8	41	1.82
67515313--67515484	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
67515337--67515520	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
67522978--67523024	15	3.1	14	82	11	58	59	14	12	12	1.61
67524073--67524097	13	1.9	13	100	0	50	16	12	16	56	1.68
67533320--67533367	22	2.2	21	78	10	51	35	4	0	60	1.16
67533333--67533372	10	3.8	10	87	12	62	30	2	0	67	1.04
67533329--67533372	22	2.0	22	95	0	79	31	2	0	65	1.05
67540941--67541025	42	2.0	42	100	0	170	35	16	14	34	1.89
67543201--67543351	48	3.1	48	80	7	180	37	27	13	21	1.92
67545869--67545897	13	2.2	13	100	0	58	65	20	6	6	1.40
67554339--67554463	25	5.2	25	62	30	76	31	11	29	28	1.91
67554291--67554617	141	2.3	140	89	1	501	33	11	29	25	1.91
67554291--67554578	47	6.1	47	96	0	486	34	11	28	25	1.91
67554595--67554881	48	5.9	48	93	1	475	34	6	27	31	1.82
67554595--67554881	146	2.0	144	92	1	475	34	6	27	31	1.82
67555022--67555130	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67558866--67558896	15	2.1	15	93	0	53	16	12	16	54	1.71
67577170--67577252	42	2.0	42	92	0	139	25	15	28	30	1.96
67585006--67585043	17	2.2	18	95	4	69	42	10	23	23	1.85
67585360--67585520	27	6.0	27	87	0	187	41	19	14	24	1.88
67585360--67585520	54	3.0	54	86	1	207	41	19	14	24	1.88
67588774--67588845	18	4.1	18	83	3	92	41	11	23	23	1.86
67589145--67589383	27	8.9	26	83	4	244	41	19	13	25	1.89
67589144--67589383	81	3.0	81	84	1	311	40	20	13	25	1.89
67589144--67589383	54	4.4	54	82	1	293	40	20	13	25	1.89
67591886--67592137	68	3.8	65	76	9	217	24	27	16	31	1.96
67592815--67592875	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67596297--67596353	21	2.7	21	80	2	69	24	28	5	42	1.76
67609156--67609231	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
67609247--67609323	22	3.4	22	67	22	68	29	12	28	28	1.94
67609129--67609462	47	7.1	47	91	0	515	31	11	29	27	1.92
67609150--67609519	94	3.9	92	83	9	444	32	11	28	27	1.91
67609676--67609812	37	3.7	37	91	0	211	24	19	30	24	1.98
67615139--67615316	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67615140--67615295	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67615136--67615316	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67623164--67623341	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
67623165--67623320	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67623161--67623341	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
67649204--67649248	22	2.1	21	91	4	72	77	11	0	11	0.99
67654233--67654270	18	2.1	18	100	0	76	26	15	10	47	1.78
67660934--67661276	48	7.1	48	77	5	203	31	18	27	23	1.97
67660934--67661275	96	3.6	96	78	5	325	31	18	26	23	1.97
67661027--67661286	144	1.8	143	81	6	328	29	18	27	24	1.98
67667683--67668045	47	7.6	47	91	3	541	33	8	29	27	1.87
67667683--67668045	143	2.6	143	89	3	563	33	8	29	27	1.87
67673153--67673471	48	6.6	48	76	5	243	31	18	26	22	1.97
67673258--67673525	144	1.9	144	83	4	353	29	19	27	23	1.98
67674667--67674982	48	6.6	48	78	5	316	28	19	28	23	1.98
67674669--67674982	144	2.2	143	87	4	445	28	19	28	23	1.98
67679283--67679380	27	3.6	27	84	2	90	37	21	13	27	1.91
67679309--67679431	54	2.3	53	79	6	133	38	21	11	29	1.88
67679332--67679431	27	3.7	27	85	5	132	40	21	9	30	1.84
67679332--67679503	27	6.4	26	80	6	125	39	21	8	30	1.83
67679467--67679581	54	2.1	55	81	3	142	32	21	7	38	1.82
67679481--67679581	27	3.7	27	86	1	148	28	22	7	40	1.82
67679578--67679711	27	5.0	27	86	0	178	35	20	20	23	1.96
67679938--67679988	27	1.9	26	88	4	75	19	25	17	37	1.94
67680206--67680315	31	3.5	31	92	0	175	20	20	12	47	1.82
67680206--67680336	6	21.3	6	70	16	90	19	19	12	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67681246--67681346	42	2.4	43	83	6	125	30	20	18	29	1.97
67687713--67687830	42	2.8	41	79	9	130	29	26	18	25	1.98
67690228--67690281	28	1.9	28	100	0	108	38	3	22	35	1.72
67693133--67693195	30	2.1	30	96	0	117	34	25	7	31	1.85
67693552--67693625	37	2.0	37	100	0	148	40	5	2	51	1.39
67695821--67696091	40	6.8	40	90	2	418	26	21	28	23	1.99
67695821--67696091	82	3.4	80	91	2	427	26	21	28	23	1.99
67695821--67696111	79	3.6	80	87	3	406	25	21	28	24	1.99
67700476--67700537	31	2.0	31	90	0	97	38	27	8	25	1.84
67711338--67711377	7	5.6	7	82	5	53	65	2	0	32	1.06
67716605--67716780	46	3.8	46	76	7	194	30	28	19	21	1.97
67716613--67716783	93	1.8	93	92	0	288	29	28	19	21	1.98
67719485--67719539	27	2.0	27	96	0	101	27	23	29	20	1.99
67721530--67721769	47	5.1	47	89	4	358	32	10	30	27	1.89
67721530--67721718	95	2.0	95	97	2	362	32	8	29	29	1.88
67721889--67721966	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
67723861--67723934	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
67724247--67724442	40	4.9	40	80	6	177	26	21	27	25	2.00
67724247--67724442	80	2.4	81	82	6	213	26	21	27	25	2.00
67727854--67727932	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
67727838--67728262	47	9.1	47	95	1	739	32	9	30	28	1.88
67727926--67727999	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67728381--67728459	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
67734768--67734938	45	3.8	44	79	13	204	29	29	19	21	1.98
67734776--67734942	91	1.8	90	94	1	298	29	29	19	21	1.98
67741987--67742095	42	2.6	42	82	7	141	30	23	20	25	1.98
67745206--67745342	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
67745270--67745464	46	4.1	47	81	8	196	27	29	8	34	1.87
67745270--67745464	51	4.1	49	82	10	192	27	29	8	34	1.87
67745321--67745464	52	2.9	48	84	8	191	28	29	9	33	1.88
67745385--67745465	25	3.2	25	65	16	60	32	27	6	34	1.81
67759631--67759853	40	5.7	39	84	8	258	25	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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