genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10998017--10998051	18	2.0	18	88	5	54	48	8	11	31	1.69
11006364--11006622	73	3.5	73	98	0	500	40	24	6	28	1.79
11010862--11011120	73	3.5	73	97	0	491	40	24	6	28	1.79
11011122--11011147	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
11013776--11013847	32	2.3	31	81	11	83	36	9	19	34	1.85
11026709--11026740	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
11027457--11027815	44	8.0	44	79	7	319	31	21	16	30	1.95
11027500--11027757	140	1.8	139	88	0	390	32	20	17	29	1.95
11027626--11027821	89	2.2	89	86	0	284	31	21	14	31	1.94
11032434--11032476	21	2.0	21	90	0	68	32	4	18	44	1.71
11048446--11048503	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
11048482--11048553	19	3.9	19	85	10	114	34	13	11	40	1.81
11050830--11050873	22	2.0	22	100	0	88	40	31	13	13	1.84
11053093--11053330	3	80.3	3	72	15	158	63	1	7	26	1.29
11053256--11053342	18	4.8	17	78	14	63	59	0	9	31	1.28
11054864--11055119	46	5.7	46	71	5	173	27	18	20	33	1.96
11054764--11055207	179	2.5	178	87	3	640	29	17	20	32	1.96
11055189--11055384	88	2.2	89	82	4	227	32	20	18	28	1.96
11055346--11055730	54	7.9	50	68	20	190	27	21	18	32	1.97
11055395--11055724	44	7.0	44	69	17	196	26	20	20	33	1.97
11055461--11055733	96	2.7	98	87	5	379	26	21	20	31	1.98
11056125--11056266	46	3.1	46	81	2	160	25	26	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11056670--11056773	53	2.0	53	92	3	174	51	9	17	21	1.73
11057136--11057166	15	2.1	15	100	0	62	0	0	12	87	0.55
11060517--11060561	19	2.3	20	88	7	67	42	13	22	22	1.88
11062503--11062780	3	93.7	3	72	10	180	61	1	6	29	1.32
11062592--11062669	22	3.4	22	79	13	68	69	5	3	21	1.25
11062679--11062774	43	2.3	42	82	15	110	56	1	6	36	1.32
11068924--11069074	76	2.0	76	92	2	250	31	4	21	42	1.73
11070925--11070955	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
11076657--11076691	16	2.2	16	100	0	70	57	0	25	17	1.40
11081253--11081301	21	2.3	21	85	0	62	30	26	28	14	1.95
11091082--11091130	24	2.0	24	100	0	98	16	16	34	32	1.91
11101819--11101876	29	2.0	28	90	3	89	29	17	24	29	1.97
11102770--11102816	8	5.9	8	89	0	67	36	0	0	63	0.94
11102774--11102818	11	4.3	11	78	15	51	35	0	0	64	0.94
11102739--11102811	19	3.8	19	72	5	67	36	1	1	60	1.14
11102930--11102969	5	8.4	5	83	10	57	40	0	2	57	1.12
11102930--11102969	13	2.9	13	88	7	53	40	0	2	57	1.12
11106853--11107047	43	4.5	43	87	3	277	24	16	31	27	1.96
11106853--11107047	87	2.3	85	87	3	275	24	16	31	27	1.96
11107123--11107202	31	2.5	31	81	2	88	58	18	6	16	1.58
11107905--11107999	46	2.1	46	97	0	181	55	5	4	34	1.42
11113129--11113187	9	6.6	9	86	0	82	28	1	23	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11113130--11113187	27	2.1	27	93	0	98	29	1	22	46	1.62
11113643--11113709	33	2.0	33	94	0	116	44	16	23	14	1.85
11116865--11116974	39	2.8	40	84	8	161	19	21	16	42	1.89
11116865--11116987	40	3.1	40	79	6	142	18	20	16	44	1.86
11116986--11117042	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15
11117402--11117452	14	3.6	14	86	0	66	37	49	0	13	1.43
11117391--11117446	21	2.6	21	88	2	76	35	48	0	16	1.46
11117402--11117482	21	3.9	21	80	0	54	38	44	1	16	1.55
11117450--11117531	14	5.8	14	74	8	58	45	28	2	24	1.66
11117471--11117531	7	8.6	7	80	3	59	49	24	1	24	1.60
11117471--11117521	14	3.6	14	86	5	66	49	25	0	25	1.51
11117475--11117531	22	2.7	22	86	5	82	47	26	1	24	1.62
11118447--11118573	41	3.1	40	83	10	143	18	21	22	37	1.94
11123962--11124012	21	2.4	21	96	0	93	23	3	19	52	1.62
11123962--11124026	21	3.1	21	88	4	69	24	6	18	50	1.69
11124265--11124328	25	2.4	28	79	10	71	15	15	15	53	1.74
11128518--11128544	13	2.1	13	100	0	54	48	14	14	22	1.81
11130354--11130387	17	1.9	18	88	5	52	20	5	2	70	1.21
11135116--11135160	8	5.4	8	82	10	54	35	4	0	60	1.17
11142272--11142301	13	2.3	13	100	0	60	40	6	26	26	1.81
11142422--11142487	16	3.8	16	76	21	62	28	7	0	63	1.21
11142435--11142475	21	2.0	21	100	0	82	24	12	0	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11147629--11147669	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
11151408--11151461	22	2.5	22	84	6	65	50	12	11	25	1.74
11151726--11151759	17	1.9	18	88	5	52	23	2	8	64	1.36
11153070--11153108	14	2.8	14	96	0	69	46	15	7	30	1.74
11153456--11153540	27	3.1	27	72	3	82	23	30	25	20	1.98
11156800--11156833	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
11160608--11160782	40	4.4	40	89	1	244	29	28	20	22	1.98
11163161--11163201	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
11165110--11165143	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
11177886--11177912	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
11182552--11182661	42	2.6	42	86	2	150	29	25	14	30	1.95
11182775--11182892	31	3.8	32	84	6	154	27	27	17	27	1.98
11182775--11182892	62	1.9	62	87	3	175	27	27	17	27	1.98
11182868--11183044	50	3.5	49	84	5	228	25	23	16	34	1.95
11185369--11185408	13	2.9	14	88	11	64	20	0	5	75	0.99
11185364--11185419	23	2.5	23	88	11	89	23	0	5	71	1.06
11186753--11186786	17	2.0	17	94	0	59	70	2	0	26	1.01
11198265--11198294	5	6.0	5	92	0	51	20	3	0	76	0.92
11198824--11198867	21	2.2	20	84	12	54	34	0	9	56	1.31
11198902--11198928	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
11199335--11199370	18	1.9	19	88	5	56	69	2	5	22	1.22
11199311--11199405	48	2.0	47	95	2	172	60	7	8	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11199877--11199911	18	1.9	18	88	11	54	57	0	2	40	1.14
11204077--11204117	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
11209189--11209236	19	2.5	20	80	12	57	35	2	8	54	1.42
11210000--11210088	43	2.1	43	100	0	178	48	22	15	13	1.80
11211018--11211387	185	2.0	185	100	0	740	32	18	15	33	1.92
11213558--11213615	30	1.9	30	86	6	82	65	3	8	22	1.36
11213558--11213616	10	5.9	10	73	15	59	66	3	8	22	1.34
11225317--11225580	46	5.8	45	90	3	325	42	13	21	23	1.88
11225318--11225580	138	1.9	138	85	4	361	42	13	21	23	1.88
11225876--11225907	17	1.9	17	93	6	57	50	0	12	37	1.41
11228044--11228070	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
11229339--11229367	14	2.1	14	100	0	58	31	6	20	41	1.79
11230972--11231043	26	2.8	26	79	10	85	37	20	6	34	1.80
11230972--11231035	13	4.9	13	67	14	51	37	21	6	34	1.79
11241584--11241621	11	3.2	12	85	11	51	63	0	0	36	0.95
11243915--11244025	55	2.0	55	100	0	222	44	1	14	39	1.56
11246624--11246748	60	2.1	60	83	5	155	44	4	8	41	1.56
11247452--11247481	15	2.1	15	93	6	53	33	43	10	13	1.77
11247449--11247487	14	2.9	13	82	17	53	38	38	10	12	1.78
11248864--11248913	25	2.1	23	85	14	66	70	14	12	4	1.31
11249822--11249873	27	2.0	26	84	3	68	40	1	0	57	1.10
11250128--11250201	25	2.7	27	79	12	71	27	9	2	60	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11264677--11264935	46	5.6	47	78	8	191	26	18	30	25	1.98
11266154--11266188	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
11266854--11267135	41	6.9	41	91	2	361	32	28	19	19	1.96
11267250--11267430	64	2.9	63	89	8	262	41	17	8	32	1.79
11273128--11273162	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
11273830--11274070	41	5.9	41	90	2	297	33	28	19	19	1.96
11274185--11274365	64	2.9	63	89	8	262	41	17	8	32	1.79
11277727--11277782	13	4.2	13	80	13	53	23	3	0	73	0.99
11277764--11277869	46	2.4	47	78	16	118	43	0	2	53	1.15
11277777--11277861	23	3.8	22	75	18	77	45	0	3	50	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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