genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58662815--58662871	29	2.0	29	85	0	78	28	12	29	29	1.93
58662861--58662958	29	3.4	29	84	9	121	29	15	31	23	1.95
58665837--58665868	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
58667105--58667149	16	2.8	16	82	0	63	48	17	24	8	1.75
58667399--58667477	29	2.7	29	75	7	97	25	11	32	30	1.91
58669538--58669646	37	2.9	37	94	0	182	26	32	19	22	1.97
58669796--58669977	48	3.8	48	91	2	276	31	25	6	36	1.82
58669947--58670136	47	4.0	47	90	0	281	25	28	12	34	1.92
58669993--58670068	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
58676405--58676443	19	2.1	19	85	9	53	41	20	7	30	1.80
58687253--58687392	50	2.8	50	77	10	117	19	23	17	39	1.92
58687414--58687459	24	2.0	24	91	4	76	13	15	28	43	1.83
58699747--58699814	28	2.4	28	95	0	127	19	36	22	22	1.95
58705572--58705785	41	5.2	41	85	0	259	21	26	14	36	1.93
58707079--58707439	46	7.6	50	74	14	229	24	29	19	26	1.98
58707074--58707442	94	3.9	93	76	11	326	24	29	19	26	1.99
58707661--58707813	76	2.0	76	98	0	297	28	19	9	41	1.83
58714541--58714672	47	2.8	47	83	4	158	22	31	21	23	1.98
58714729--58714837	46	2.3	47	82	4	132	23	29	17	29	1.97
58716525--58716572	24	1.9	26	87	8	73	37	0	22	39	1.55
58722950--58723080	49	2.7	49	89	0	181	27	16	28	27	1.97
58722965--58723132	49	3.5	48	82	2	165	28	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58723324--58723349	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
58726990--58727059	25	2.8	25	95	0	122	24	24	25	25	2.00
58727261--58727475	27	9.0	27	69	23	126	24	23	19	32	1.97
58727350--58727403	18	3.0	18	88	0	81	24	24	18	33	1.97
58727315--58727447	63	2.1	64	92	1	223	24	24	19	32	1.98
58727368--58727474	45	2.4	45	95	0	187	25	24	19	30	1.98
58727409--58727447	18	2.2	18	100	0	78	23	25	20	30	1.98
58727470--58727633	27	6.1	27	79	3	152	31	8	19	40	1.81
58727465--58727618	54	2.9	54	84	2	177	29	9	20	40	1.83
58727468--58727619	81	1.9	80	86	1	214	29	8	20	41	1.82
58727612--58727767	27	5.8	27	90	3	226	39	10	21	27	1.87
58727621--58727767	53	2.7	54	90	4	235	40	11	22	25	1.87
58727612--58727767	80	1.9	81	87	3	226	39	10	21	27	1.87
58729338--58729374	20	1.9	20	88	5	58	48	10	8	32	1.67
58739286--58739339	24	2.3	24	84	9	67	24	22	18	35	1.96
58740530--58740567	12	3.1	13	85	11	53	28	36	26	7	1.84
58743073--58743143	34	2.1	34	91	0	115	35	11	22	30	1.89
58745637--58745697	30	2.0	30	83	0	77	42	3	24	29	1.70
58749659--58749737	26	3.1	26	78	10	83	29	21	24	25	1.99
58753406--58753610	48	4.4	48	75	8	206	27	22	21	27	1.99
58765678--58765803	55	2.2	56	88	2	182	26	12	28	32	1.93
58765678--58765803	28	4.5	28	90	2	182	26	12	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58765706--58765816	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
58770134--58770316	39	4.7	39	92	0	267	25	25	23	25	2.00
58771621--58771657	19	1.9	19	94	0	65	51	13	16	18	1.76
58772192--58772254	24	2.6	24	79	2	72	30	17	23	28	1.97
58772192--58772269	25	3.2	25	79	3	95	30	16	24	28	1.97
58775416--58775466	25	2.0	25	88	7	77	31	21	17	29	1.96
58775510--58775544	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
58775505--58775544	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
58775504--58775556	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
58775590--58775659	25	2.8	25	91	0	104	24	24	22	28	1.99
58775880--58775961	29	2.7	30	83	14	107	29	19	25	25	1.99
58781745--58781801	30	1.9	30	88	0	87	29	7	14	49	1.69
58790108--58790176	29	2.4	29	82	4	86	27	33	11	27	1.91
58789997--58790320	174	1.9	174	95	0	585	31	25	13	29	1.94
58790277--58790354	29	2.7	29	83	2	102	30	30	12	25	1.93
58798265--58798332	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
58798154--58798481	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
58798434--58798512	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
58801246--58801423	40	4.5	40	90	3	254	24	26	24	24	2.00
58809327--58809544	40	5.5	40	88	2	307	25	27	22	24	2.00
58813708--58813734	12	2.2	12	100	0	54	0	25	0	74	0.83
58815433--58815514	33	2.8	28	71	16	74	28	25	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58817941--58818029	42	2.1	42	83	8	110	29	26	16	26	1.97
58817984--58818308	48	6.8	48	86	0	436	28	25	18	27	1.98
58817984--58818308	144	2.3	144	89	1	490	28	25	18	27	1.98
58831904--58832436	44	12.1	45	85	4	667	26	29	14	29	1.95
58831904--58832436	132	4.0	132	90	0	796	26	29	14	29	1.95
58842855--58843182	130	2.5	130	76	7	290	34	20	18	26	1.96
58848223--58848384	84	1.9	84	93	0	279	21	34	22	21	1.97
58848419--58848453	16	2.2	16	90	5	54	5	20	14	60	1.54
58854877--58855103	40	5.7	40	88	0	328	18	22	27	31	1.97
58856160--58856290	28	4.6	28	86	7	165	29	16	27	25	1.97
58856160--58856287	29	4.5	29	88	4	154	30	17	25	26	1.97
58860428--58860474	8	5.9	8	79	0	58	42	21	23	12	1.87
58860424--58860474	16	3.2	16	86	10	77	47	19	21	11	1.81
58860692--58860806	29	4.0	29	78	6	110	31	15	25	27	1.96
58863772--58863812	19	2.2	18	95	4	73	53	4	4	36	1.44
58864458--58864557	49	2.0	49	94	0	173	50	5	7	38	1.52
58864477--58864558	25	3.3	25	74	16	89	51	4	3	40	1.41
58865875--58865906	12	2.7	12	95	0	55	18	0	34	46	1.49
58869758--58869784	13	2.1	13	100	0	54	14	7	14	62	1.51
58873692--58873852	86	1.9	85	85	11	222	33	26	18	21	1.96
58885382--58885557	46	3.8	46	74	17	175	21	20	28	29	1.98
58885379--58885550	93	1.8	93	92	4	294	22	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58892488--58892663	46	3.8	46	77	12	198	21	19	28	30	1.97
58892484--58892656	93	1.9	93	93	0	301	21	19	29	29	1.98
58907107--58907209	28	3.7	28	86	0	143	26	36	14	22	1.92
58907429--58907459	16	1.9	16	93	0	53	16	22	19	41	1.89
58909124--58909244	47	2.6	47	86	10	171	26	20	29	23	1.99
58910866--58911087	67	3.4	64	77	9	223	31	15	28	23	1.96
58919064--58919095	15	2.0	17	88	11	50	31	3	18	46	1.65
58923201--58923234	16	2.2	16	89	5	52	26	5	11	55	1.58
58939148--58939550	47	8.6	47	93	1	637	32	8	29	29	1.87
58939148--58939550	189	2.1	190	93	2	681	32	8	29	29	1.87
58950086--58950269	40	4.6	40	82	6	196	23	21	27	27	1.99
58954563--58954948	47	8.4	47	86	6	524	27	30	8	32	1.87
58958308--58958452	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
58972935--58973118	40	4.6	40	82	6	196	23	21	27	27	1.99
58975599--58975757	43	3.7	43	77	9	162	31	22	15	30	1.95
58979945--58979990	23	2.0	23	83	8	58	50	21	0	28	1.49
58995454--58995656	53	3.8	53	76	3	199	20	23	18	37	1.94
58997982--58998032	20	2.5	20	81	15	61	7	19	23	49	1.74
59005505--59005635	66	1.9	69	80	9	151	32	15	31	20	1.94
59016086--59016155	28	2.5	28	90	4	106	25	14	27	32	1.94
59023078--59023114	19	1.9	19	100	0	74	37	21	2	37	1.68
59026446--59026497	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59026538--59026597	27	2.3	26	82	2	66	21	23	21	33	1.97
59049009--59049046	19	2.0	20	84	5	51	34	2	13	50	1.55
59061185--59061282	43	2.3	43	90	0	151	26	13	26	33	1.93
59062243--59062281	20	2.0	20	89	0	60	17	2	30	48	1.61
59064680--59064737	30	1.9	30	89	0	89	34	8	25	31	1.86
59065072--59065277	46	4.5	45	78	13	179	28	16	29	26	1.97
59067803--59068062	112	2.3	112	84	2	344	28	14	22	34	1.93
59067803--59068065	56	4.7	56	80	1	303	28	15	22	34	1.94
59075063--59075093	5	6.2	5	100	0	62	41	0	0	58	0.98
59082225--59082251	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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