genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67078197--67078319	27	4.6	27	82	0	120	42	19	12	26	1.86
67078244--67078330	27	3.2	26	73	15	79	37	14	17	29	1.90
67078213--67078318	54	2.0	53	86	1	149	40	18	14	26	1.89
67079691--67079805	27	4.3	27	81	4	124	39	22	13	25	1.90
67089622--67089679	29	2.0	29	100	0	116	13	27	3	55	1.55
67095834--67096016	79	2.3	81	81	12	220	26	21	27	25	1.99
67095833--67096016	40	4.7	40	82	8	209	26	21	27	25	1.99
67095885--67096049	79	2.1	79	82	8	194	27	20	27	24	1.99
67097373--67097540	46	3.6	46	79	10	198	21	20	29	28	1.98
67102172--67102222	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
67102172--67102236	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
67102174--67102234	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
67102270--67102341	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
67102533--67102615	31	2.7	31	87	3	116	28	16	25	28	1.97
67104720--67104981	39	6.7	40	86	7	310	26	22	26	24	2.00
67104772--67105014	78	3.1	79	85	6	246	27	21	26	24	1.99
67113275--67113311	10	3.7	10	92	7	58	37	10	18	32	1.86
67113281--67113331	21	2.4	21	86	0	66	37	13	17	31	1.89
67113379--67113450	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
67113642--67113724	31	2.7	31	85	3	107	28	15	25	30	1.96
67125367--67125431	29	2.3	28	81	2	76	33	6	3	56	1.39
67130649--67130842	47	4.1	47	91	0	298	32	10	29	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67130678--67130749	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
67130723--67130798	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
67130812--67130946	48	2.8	48	97	0	252	35	6	26	31	1.82
67131095--67131237	37	3.9	37	95	0	241	23	18	32	26	1.97
67132551--67132603	27	2.0	27	96	0	97	13	24	33	28	1.93
67132580--67132756	77	2.3	76	92	0	282	20	19	28	31	1.97
67134953--67134983	16	1.9	16	93	0	53	45	22	22	9	1.81
67135210--67135286	29	2.7	29	83	0	100	25	15	27	31	1.96
67140385--67140419	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
67141186--67141300	28	4.1	28	85	4	135	36	15	21	26	1.93
67141187--67141297	56	2.0	55	85	5	152	36	16	20	27	1.94
67141593--67141642	24	2.1	24	96	0	91	34	14	22	30	1.93
67144279--67144485	53	3.8	54	77	4	211	20	24	17	37	1.94
67144291--67144485	55	3.6	53	76	6	169	20	24	18	36	1.94
67144636--67146351	856	2.0	856	99	0	3405	33	19	10	36	1.87
67150565--67150748	54	3.4	54	83	0	235	42	17	13	26	1.86
67150565--67150748	27	6.9	27	82	1	208	42	17	13	26	1.86
67155126--67155245	28	4.2	28	77	6	125	30	32	12	25	1.92
67163032--67163153	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
67163709--67163764	28	2.0	28	100	0	112	28	17	14	39	1.89
67165968--67166083	57	2.1	56	82	8	137	26	33	13	25	1.94
67165968--67166083	28	4.1	28	86	2	135	26	33	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67166290--67166321	16	2.0	16	93	0	55	12	21	18	46	1.82
67169355--67169638	80	3.6	80	84	4	353	25	21	27	26	1.99
67169356--67169619	40	6.6	39	81	9	284	25	21	27	26	1.99
67169411--67169626	119	1.8	119	89	2	344	25	19	27	26	1.99
67169392--67169638	119	2.1	120	84	6	340	26	20	27	26	1.99
67172803--67172839	16	2.3	16	95	0	65	64	5	8	21	1.40
67184680--67184790	57	2.0	57	83	5	145	27	31	14	26	1.95
67184676--67184790	28	4.1	29	82	5	130	28	30	13	26	1.94
67186243--67186281	16	2.4	16	86	4	51	10	0	38	51	1.36
67187238--67187266	12	2.3	13	94	5	51	86	0	13	0	0.58
67188135--67188193	25	2.4	25	77	11	75	28	23	22	25	1.99
67188683--67188716	17	2.0	17	94	0	59	26	17	26	29	1.98
67192722--67192797	11	7.5	11	74	16	83	36	11	18	32	1.87
67192718--67192797	20	4.0	21	91	4	130	36	11	18	33	1.87
67193089--67193153	32	2.0	32	90	0	103	36	16	23	23	1.94
67201059--67201125	6	10.8	6	75	12	64	17	17	14	49	1.80
67201062--67201125	25	2.6	25	89	0	92	17	18	15	48	1.81
67203120--67203269	27	5.6	26	82	8	176	40	21	8	29	1.83
67203113--67203325	54	4.0	54	85	2	223	38	21	9	30	1.85
67203113--67203297	54	3.4	54	87	1	228	38	21	9	30	1.84
67203120--67203269	80	1.9	80	87	2	221	40	21	8	29	1.83
67203120--67203345	27	8.4	26	80	8	170	39	20	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67203280--67203355	27	2.8	27	92	4	100	39	25	10	25	1.87
67203398--67204408	27	37.0	27	77	8	554	37	18	16	27	1.92
67205151--67205223	27	2.8	26	85	4	101	17	23	20	38	1.93
67205341--67205388	6	7.8	6	82	13	62	16	20	14	47	1.82
67211766--67212021	39	6.6	39	85	1	327	22	20	26	30	1.98
67213720--67213835	25	4.6	25	79	4	108	24	25	21	28	1.99
67217483--67217659	47	3.8	47	73	12	157	29	15	30	23	1.96
67223289--67223711	209	2.0	209	94	0	747	30	14	22	32	1.94
67227482--67228009	262	2.0	265	96	2	981	29	23	15	32	1.95
67236234--67236266	15	2.2	15	94	0	57	15	6	15	63	1.49
67242062--67242186	46	2.7	45	90	2	196	21	19	28	30	1.97
67248685--67248856	46	3.7	46	77	14	201	22	20	27	29	1.99
67248682--67248851	92	1.8	93	94	1	306	21	21	28	28	1.99
67249724--67249764	21	2.0	21	85	0	55	53	2	0	43	1.13
67261341--67261627	96	3.0	95	84	6	310	25	27	19	27	1.99
67261343--67261628	144	2.0	146	85	1	396	25	27	19	27	1.99
67261343--67261627	48	5.9	48	77	3	277	25	27	19	27	1.99
67265785--67265966	40	4.6	40	93	2	305	25	26	23	24	2.00
67269198--67269245	21	2.3	21	88	0	69	20	33	27	18	1.96
67270614--67270757	43	3.3	43	78	11	152	32	26	13	27	1.94
67283634--67283677	19	2.3	19	100	0	88	4	31	27	36	1.77
67290658--67290717	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67302558--67302592	15	2.3	15	90	0	52	14	2	25	57	1.51
67302565--67302597	15	2.2	15	100	0	66	12	6	18	63	1.48
67316339--67316467	47	2.8	47	93	1	215	19	21	30	28	1.98
67326076--67326230	46	3.3	46	93	2	258	38	15	25	20	1.92
67328897--67329053	43	3.7	42	77	12	124	35	22	17	25	1.95
67334920--67335098	39	4.5	39	87	2	225	20	21	27	30	1.98
67341489--67341664	39	4.5	39	87	2	237	18	22	28	30	1.97
67354325--67354500	68	2.6	68	77	12	166	34	14	28	22	1.94
67359194--67359248	16	3.4	16	92	0	83	30	25	7	36	1.83
67360871--67360920	15	3.4	15	72	5	57	52	8	8	32	1.60
67362326--67362377	10	5.3	9	78	15	50	38	3	0	57	1.17
67363639--67363683	16	2.8	16	82	0	54	40	2	6	51	1.41
67370305--67370475	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
67370300--67370477	46	3.8	46	78	10	209	28	28	20	22	1.99
67370895--67370954	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
67388843--67389038	39	5.0	39	83	4	177	28	28	21	21	1.99
67388875--67389038	78	2.1	78	83	5	199	26	28	21	22	1.99
67390773--67390895	50	2.4	50	82	5	149	30	17	13	39	1.87
67393993--67394042	25	2.0	25	96	0	91	36	20	6	38	1.77
67394086--67394124	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
67395618--67395755	46	3.0	45	78	13	138	24	21	32	21	1.98
67406184--67406434	125	2.0	126	94	0	441	33	25	11	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67406655--67406729	36	2.1	36	100	0	150	42	16	10	30	1.81
67407899--67407951	22	2.4	22	79	17	65	41	0	0	58	0.98
67412946--67413005	32	1.9	31	86	3	84	48	3	0	48	1.18
67417226--67417269	21	2.1	21	100	0	88	13	36	9	40	1.76
67417375--67417549	46	3.8	45	79	7	199	28	29	21	21	1.99
67417383--67417554	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
67417380--67417569	46	4.1	44	70	18	118	28	28	21	22	1.99
67421886--67422031	37	3.9	37	93	0	238	26	30	18	23	1.98
67422194--67422426	47	5.0	47	93	0	367	26	28	11	33	1.91
67422232--67422354	22	5.3	22	64	27	67	25	30	13	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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