Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  119  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
37862821--37863005
40
4.6
39
81
5
194
25
22
27
24
2.00
37862821--37863038
79
2.7
79
81
8
230
26
22
27
24
2.00
37872479--37872556
23
3.4
23
71
15
72
28
2
20
48
1.62
37872495--37872532
15
2.6
15
87
4
51
28
0
18
52
1.45
37872557--37872587
15
2.1
15
93
0
53
41
3
16
38
1.64
37880305--37880373
31
2.3
31
92
2
113
33
10
14
42
1.79
37882718--37882744
14
1.9
14
100
0
54
51
7
18
22
1.70
37888568--37888616
25
2.0
25
95
0
89
44
18
12
24
1.84
37891579--37891742
39
4.2
39
86
0
220
33
19
23
23
1.97
37900888--37901096
104
2.0
103
91
0
337
46
10
8
34
1.68
37901073--37901163
41
2.2
42
84
2
112
51
10
3
34
1.53
37901175--37901222
19
2.6
19
96
3
89
50
12
0
37
1.41
37905485--37905522
11
3.5
11
85
3
51
28
15
0
55
1.41
37905575--37905602
13
2.2
13
100
0
56
35
0
0
64
0.94
37906663--37906736
30
2.4
30
84
2
85
29
40
16
13
1.86
37910868--37910954
34
2.8
30
72
16
77
40
0
4
55
1.21
37913073--37913300
46
5.0
46
89
4
309
39
15
22
22
1.91
37914121--37914382
125
2.1
127
89
5
399
27
16
17
38
1.90
37914637--37914679
22
1.9
23
95
4
79
44
27
0
27
1.55
37914688--37914736
7
6.7
7
81
9
53
46
30
0
22
1.52
37914688--37914740
22
2.4
21
79
17
63
47
30
0
22
1.52
37914719--37914786
35
2.0
33
91
5
109
45
20
0
33
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
37914766--37914840
26
2.7
26
74
15
62
44
9
1
45
1.44
37914807--37914850
22
2.0
22
91
8
72
40
18
0
40
1.50
37914380--37914902
180
3.0
174
88
5
757
44
20
1
34
1.60
37919174--37919202
14
2.1
14
100
0
58
13
13
20
51
1.75
37925717--37925786
28
2.6
27
86
2
86
28
20
28
22
1.98
37925662--37925813
55
2.8
53
81
4
178
28
16
27
26
1.97
37925663--37925818
27
5.7
27
78
6
145
28
16
28
27
1.97
37929250--37929313
18
3.6
18
84
0
92
43
14
20
21
1.87
37930980--37931028
19
2.6
19
74
9
55
61
0
0
38
0.96
37934456--37934536
39
2.1
39
97
0
153
55
4
16
23
1.60
37935362--37935423
3
20.7
3
73
6
54
35
8
0
56
1.29
37935407--37935452
21
2.1
22
84
11
60
32
0
8
58
1.28
37935538--37935661
23
5.5
22
71
23
89
32
1
4
62
1.24
37935547--37935660
14
8.7
13
71
18
62
32
0
4
62
1.21
37935387--37936135
148
5.1
144
88
8
1079
30
3
5
60
1.37
37935687--37935880
22
8.4
23
65
24
72
30
3
5
60
1.34
37935827--37935859
3
10.7
3
93
6
57
36
0
0
63
0.95
37936122--37936183
19
3.4
19
79
18
62
32
1
6
59
1.32
37935447--37936394
433
2.2
429
79
13
917
30
4
5
59
1.41
37949947--37950305
77
4.7
76
81
6
408
29
17
19
33
1.95
37949959--37950305
152
2.3
151
86
7
463
30
17
20
31
1.96
37951894--37951958
3
21.7
3
81
6
78
33
6
0
60
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
37952082--37952133
21
2.8
19
81
18
65
34
0
5
59
1.21
37952074--37952572
22
22.5
20
66
23
81
30
3
5
60
1.36
37951919--37952803
146
6.0
147
82
12
1017
31
3
5
59
1.39
37952366--37952416
3
16.7
3
91
4
84
35
1
0
62
1.06
37952536--37952581
22
2.1
22
84
15
60
34
0
8
56
1.30
37952567--37952610
16
2.8
16
86
6
54
38
4
6
50
1.50
37951909--37952854
451
2.1
451
85
8
1264
30
4
5
59
1.39
37952446--37952876
147
3.0
145
79
9
334
31
5
5
57
1.43
37954735--37954819
31
2.7
33
78
9
95
58
20
4
16
1.55
37955053--37955149
21
4.6
21
80
10
108
1
47
19
31
1.57
37955564--37955592
14
2.1
14
93
6
51
58
6
0
34
1.25
37958879--37958903
12
2.1
12
100
0
50
32
28
8
32
1.86
37960772--37961026
9
28.7
9
81
3
275
35
1
15
47
1.57
37960772--37961006
71
3.3
71
91
2
348
36
2
14
46
1.57
37960779--37961024
44
5.5
44
88
2
280
36
2
15
46
1.57
37961136--37961190
15
3.7
15
79
20
71
54
0
0
45
0.99
37961147--37961220
29
2.6
29
88
0
112
51
2
1
44
1.24
37961394--37961464
24
3.0
24
91
0
115
42
8
21
28
1.82
37961512--37961645
64
2.1
64
95
0
241
46
4
11
37
1.61
37964309--37964351
20
2.2
20
87
4
61
32
2
37
27
1.70
37965579--37965629
14
3.6
14
75
15
59
21
3
33
41
1.72
37966188--37966363
41
4.4
41
86
5
209
22
18
21
37
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
37969260--37969331
36
2.0
36
100
0
144
44
16
0
38
1.48
37974143--37974172
7
4.3
7
100
0
60
53
0
0
46
1.00
37976000--37976043
22
2.0
22
81
0
52
52
6
2
38
1.41
37976275--37976514
44
5.5
44
79
6
220
47
17
19
15
1.83
37976277--37976456
88
2.0
88
91
2
290
49
17
17
15
1.80
37976295--37976514
88
2.5
88
86
3
284
46
18
19
15
1.84
37977351--37977437
43
2.0
43
95
0
156
45
5
5
42
1.51
37984130--37984163
10
3.4
10
83
0
50
14
0
0
85
0.60
37984119--37984163
20
2.2
21
88
7
67
20
0
0
80
0.72
37985102--37985152
21
2.4
21
83
9
68
29
0
7
62
1.23
37985115--37985164
21
2.4
21
79
0
55
40
0
6
54
1.25
37985970--37986125
77
2.0
77
97
0
294
40
17
17
24
1.91
37987239--37987312
10
7.7
10
69
24
52
55
4
0
40
1.19
37995641--37995703
4
16.2
4
72
18
53
0
28
1
69
0.97
37995641--37995703
19
3.3
19
80
13
67
0
28
1
69
0.97
37995644--37995711
30
2.3
30
85
7
86
0
29
1
69
0.98
37995641--37995711
10
7.3
10
76
16
69
0
29
1
69
0.98
37995664--37995711
11
4.7
11
80
19
52
0
31
0
68
0.90
37997461--37997490
3
10.0
3
100
0
60
33
0
0
66
0.92
37999335--37999392
30
1.9
30
89
6
91
22
34
27
15
1.94
38000847--38000968
65
1.9
63
83
6
156
54
13
5
26
1.60
38002960--38003017
28
2.0
30
86
6
84
37
1
0
60
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
38002962--38002994
16
2.1
16
88
11
50
33
3
0
63
1.10
38002959--38003036
28
2.9
28
80
12
74
37
2
0
60
1.11
38003006--38003049
24
2.0
21
86
13
61
36
4
0
59
1.18
38003396--38003435
20
2.0
21
90
5
64
55
0
0
45
0.99
38003883--38003934
13
4.0
13
79
0
59
32
1
19
46
1.61
38003883--38003934
26
2.0
26
84
0
68
32
1
19
46
1.61
38004152--38004207
29
2.0
28
82
10
69
51
0
0
48
1.00
38004233--38004303
31
2.3
31
92
2
115
29
7
15
47
1.71
38004455--38004508
19
2.9
18
76
13
56
64
1
0
33
1.04
38004462--38004510
19
2.5
19
81
15
64
67
2
0
30
1.02
38005063--38005091
12
2.4
12
100
0
58
13
0
0
86
0.58
38007488--38007564
21
3.7
21
82
0
91
27
33
24
14
1.94
38010650--38010699
24
2.1
24
96
0
91
26
6
18
50
1.69
38027995--38028047
20
2.7
20
79
2
63
62
5
0
32
1.19
38030887--38031046
31
5.2
30
69
11
110
21
12
23
41
1.87
38030918--38031019
30
3.4
30
74
8
116
18
15
22
43
1.88
38030789--38031071
61
4.7
60
80
3
262
23
12
22
42
1.87
38032465--38032595
41
3.2
41
92
2
210
51
4
20
22
1.65
38035283--38035540
84
3.1
84
88
3
369
33
5
10
49
1.62
38041373--38041523
44
3.5
42
85
10
191
23
19
26
31
1.98
38041376--38041532
43
3.7
42
78
13
169
22
19
26
31
1.98
38046738--38046774
18
2.1
18
100
0
74
27
10
16
45
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
38046870--38047085
107
2.0
107
92
0
360
27
17
22
33
1.96
38048403--38048461
29
2.0
29
100
0
118
49
6
16
27
1.71
38048934--38049082
41
3.6
40
73
15
124
24
20
23
31
1.98
38049807--38049849
11
4.1
10
80
11
50
16
2
27
53
1.55
38072132--38072176
16
2.6
18
89
10
67
71
2
4
22
1.15
38074917--38075080
87
1.9
86
88
3
249
25
14
23
35
1.93
38081333--38081423
33
2.7
33
89
1
128
37
0
18
43
1.50
38081544--38081870
126
2.6
125
88
1
492
34
18
17
29
1.94
38084673--38084828
42
3.7
42
84
3
188
30
24
15
29
1.95
38084673--38084828
85
1.8
84
83
4
206
30
24
15
29
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349