genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29005682--29005719	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
29009703--29009830	39	3.3	39	88	1	175	25	21	26	25	2.00
29013598--29013712	40	2.9	39	87	3	142	29	20	24	26	1.99
29013609--29013736	39	3.3	39	87	3	168	27	22	25	25	2.00
29013662--29013746	39	2.2	39	89	0	125	25	22	28	23	1.99
29021523--29021650	39	3.3	39	88	1	175	25	21	26	25	2.00
29021576--29021660	39	2.2	39	91	0	134	24	21	30	23	1.99
29035911--29035949	14	3.0	13	82	10	53	61	10	10	17	1.55
29039592--29039628	16	2.3	16	100	0	74	16	21	32	29	1.95
29040103--29040235	45	2.9	45	74	8	135	24	20	18	36	1.95
29040113--29040238	23	5.5	23	77	6	114	23	19	19	38	1.93
29042294--29042324	16	1.9	16	100	0	62	6	29	19	45	1.75
29055574--29055604	16	1.9	16	100	0	62	51	9	12	25	1.70
29057552--29057619	32	2.1	32	97	0	127	25	8	23	42	1.82
29058312--29058362	22	2.3	22	93	0	84	27	15	19	37	1.92
29061161--29061245	25	3.4	25	83	0	89	21	15	24	38	1.92
29061166--29061213	14	3.6	14	78	16	57	20	12	29	37	1.90
29062979--29063612	334	1.9	333	97	0	1187	37	18	7	36	1.79
29067530--29067573	13	3.3	13	90	3	61	20	25	22	31	1.98
29069990--29070064	33	2.5	28	73	19	78	25	26	22	25	2.00
29069996--29070058	33	1.9	33	93	0	108	25	26	20	26	1.99
29070438--29070493	27	2.1	27	93	0	94	26	17	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29070453--29070515	27	2.3	27	91	0	99	26	17	22	33	1.96
29070507--29070674	27	6.2	27	76	5	144	29	11	23	35	1.90
29070536--29070674	54	2.6	54	90	4	192	29	13	22	34	1.92
29082556--29082683	47	2.7	46	80	7	150	24	28	19	28	1.99
29099764--29099983	46	4.7	46	80	11	225	23	30	19	27	1.98
29099763--29099988	94	2.4	92	82	7	269	23	30	18	27	1.98
29103631--29103674	22	2.0	23	90	4	72	54	4	0	40	1.21
29106036--29106074	18	2.2	18	85	0	51	53	12	17	15	1.72
29109431--29109492	31	2.0	31	100	0	124	48	16	9	25	1.76
29110198--29110265	32	2.1	32	100	0	136	47	11	2	38	1.55
29110667--29110751	44	1.9	44	83	4	109	32	25	16	24	1.96
29113723--29113768	23	2.0	23	95	0	83	41	8	15	34	1.78
29114962--29114993	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
29114963--29114993	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
29120185--29120362	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
29120185--29120362	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
29123010--29123041	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
29123760--29123819	6	10.0	6	87	7	50	55	18	6	20	1.65
29123779--29123829	18	2.8	18	77	11	59	52	23	7	15	1.68
29127790--29127846	30	1.9	30	96	0	105	40	3	36	19	1.69
29129178--29129393	111	1.9	111	83	1	272	51	18	9	20	1.74
29138946--29139046	41	2.5	41	96	0	193	26	26	23	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29146079--29146114	18	2.0	18	100	0	72	22	16	27	33	1.95
29148598--29148645	25	1.9	25	84	16	64	58	14	6	20	1.58
29151001--29151052	24	2.2	24	79	3	61	28	30	13	26	1.94
29151019--29151064	24	1.9	24	86	0	65	28	32	13	26	1.93
29151629--29151692	18	3.6	17	75	8	56	20	14	25	40	1.89
29153674--29153757	40	2.0	41	86	6	116	27	30	17	23	1.97
29155985--29156102	42	2.8	42	85	5	166	29	23	18	27	1.98
29156421--29156453	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
29159357--29159413	12	5.3	11	78	16	50	78	1	5	14	0.99
29159362--29159412	18	2.9	17	82	5	57	80	1	3	13	0.94
29164579--29164611	13	2.6	13	90	4	50	42	12	6	39	1.67
29169737--29169833	28	3.5	28	70	16	85	25	26	14	32	1.94
29170971--29171040	35	2.0	35	100	0	140	22	8	28	40	1.84
29171838--29172021	40	4.6	39	84	6	212	24	22	27	25	2.00
29171838--29172021	78	2.3	80	82	9	216	24	22	27	25	2.00
29179778--29179963	40	4.6	39	81	11	198	24	22	27	25	2.00
29179778--29179963	80	2.3	81	81	9	220	24	22	27	25	2.00
29179830--29179996	81	2.1	79	82	8	196	26	20	26	25	1.99
29184356--29184436	34	2.3	34	82	4	99	27	24	28	19	1.99
29187877--29187958	39	2.1	39	90	0	128	23	29	24	23	1.99
29191103--29191203	17	5.5	17	69	20	62	67	2	26	2	1.19
29191161--29191210	21	2.4	22	71	21	54	68	0	32	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29193284--29193375	46	2.0	46	95	0	166	36	15	23	23	1.93
29193284--29193413	46	2.7	46	87	7	154	40	13	24	22	1.89
29197892--29198112	49	4.7	45	75	11	169	23	26	19	30	1.98
29197850--29198160	46	6.6	47	73	12	203	23	27	18	30	1.97
29197850--29198207	140	2.5	140	79	10	345	24	26	18	30	1.98
29203471--29203532	14	4.2	14	76	15	63	33	24	12	29	1.92
29203471--29203532	21	2.8	22	90	7	99	33	24	12	29	1.92
29206242--29206267	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
29208781--29208885	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
29218748--29218823	37	2.1	37	83	14	95	43	22	7	26	1.80
29222637--29222758	46	2.6	46	81	5	136	27	22	13	36	1.92
29231310--29231381	34	2.1	34	84	5	92	23	23	27	25	2.00
29231898--29231964	34	2.0	34	90	0	107	28	8	19	43	1.81
29237515--29237656	53	2.6	53	80	2	149	36	18	23	21	1.95
29240463--29240559	48	2.0	48	92	4	160	20	27	13	38	1.90
29250382--29250459	27	3.0	27	79	7	90	37	16	15	30	1.90
29250810--29250888	27	3.0	27	79	1	79	22	21	17	37	1.94
29252342--29252535	24	8.0	24	85	4	255	28	22	20	29	1.98
29252585--29252651	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
29252585--29252640	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
29252995--29253035	17	2.4	17	95	0	73	19	34	31	14	1.92
29253861--29254096	27	8.7	27	78	5	163	31	9	19	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29253973--29254129	54	2.9	54	80	3	165	29	10	19	40	1.85
29253918--29254088	81	2.1	81	83	4	209	30	8	19	40	1.82
29254128--29254325	27	7.3	27	89	2	263	38	7	25	29	1.82
29254128--29254325	81	2.4	81	91	0	306	38	7	25	29	1.82
29268076--29268330	39	6.5	39	91	1	377	30	28	21	19	1.98
29275669--29275814	41	3.6	42	79	10	121	21	31	21	26	1.98
29275751--29275902	45	3.7	37	76	20	124	25	28	22	23	1.99
29275772--29275920	45	3.3	45	93	0	253	28	27	22	22	1.99
29278404--29278478	37	2.0	37	94	0	132	20	14	20	45	1.85
29278408--29278470	20	3.3	20	69	13	69	20	15	15	47	1.82
29278419--29278478	17	3.4	17	73	13	57	20	16	18	45	1.86
29282631--29282659	10	2.9	10	100	0	58	10	41	10	37	1.73
29286039--29286202	46	3.5	46	73	18	142	21	16	29	32	1.95
29294934--29294977	6	7.3	6	85	10	63	81	0	2	15	0.78
29294923--29294977	18	3.1	17	82	10	65	80	0	5	14	0.89
29297341--29297565	40	5.6	40	80	2	254	25	23	26	24	2.00
29297341--29297601	80	3.3	80	79	3	276	25	22	26	25	2.00
29297341--29297565	120	1.9	121	83	4	294	25	23	26	24	2.00
29305459--29305683	40	5.6	40	80	6	224	26	24	26	23	2.00
29305459--29305719	80	3.3	80	82	3	285	26	23	25	24	2.00
29305459--29305719	120	2.2	120	81	6	298	26	23	25	24	2.00
29311852--29311883	13	2.3	15	89	10	50	59	3	21	15	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29323391--29323540	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
29323415--29323598	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
29323921--29323955	16	2.1	17	89	5	54	8	0	14	77	0.99
29325263--29325303	21	2.0	21	85	0	55	48	29	9	12	1.72
29330837--29330864	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
29332934--29333010	22	3.5	22	80	0	82	14	32	25	27	1.94
29335658--29335694	17	2.2	17	95	0	65	24	18	8	48	1.75
29341433--29341558	29	4.4	28	85	3	162	29	11	24	34	1.91
29341433--29341558	57	2.2	57	87	2	173	29	11	24	34	1.91
29356304--29356429	63	2.0	63	100	0	252	26	9	17	46	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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