genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100087187--100087217	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
100094417--100094671	55	4.8	53	77	8	234	35	17	25	21	1.95
100094424--100094624	108	1.8	110	88	4	309	33	18	25	22	1.97
100094863--100094893	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
100105640--100105797	68	2.3	68	80	11	169	20	27	16	34	1.94
100114820--100114952	49	2.7	49	78	2	133	24	30	15	29	1.96
100122570--100122677	49	2.2	49	85	6	139	23	26	19	30	1.98
100124856--100124902	22	2.2	20	85	14	60	53	0	2	44	1.12
100124955--100125011	29	2.0	29	82	6	71	45	10	7	36	1.66
100131709--100131750	21	2.0	20	82	13	50	45	14	7	33	1.72
100151166--100151437	47	5.7	49	76	9	249	26	19	29	24	1.98
100151165--100151438	94	2.9	94	82	7	320	26	18	29	24	1.98
100152589--100152628	21	2.0	21	85	5	55	17	37	22	22	1.94
100159802--100160046	49	4.9	49	82	4	294	28	26	18	26	1.98
100159801--100160046	100	2.5	99	85	4	334	28	26	18	26	1.98
100160694--100160753	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
100170274--100170567	50	5.8	50	78	2	277	30	26	17	25	1.97
100170280--100170518	101	2.4	99	85	3	309	30	26	16	26	1.97
100170278--100170563	151	1.9	151	85	3	396	31	26	16	25	1.97
100173157--100173195	15	2.6	15	95	0	69	53	15	15	15	1.73
100176102--100176226	39	3.2	39	84	0	160	23	23	20	33	1.97
100179905--100179934	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100180145--100180426	50	5.6	50	79	5	266	33	24	16	25	1.96
100180138--100180426	151	1.9	150	85	4	402	32	24	16	25	1.96
100193192--100193242	21	2.4	21	83	0	66	17	27	41	13	1.87
100193601--100193645	22	2.0	22	83	8	56	20	26	37	15	1.92
100193895--100194070	56	3.1	56	97	0	334	44	9	23	22	1.81
100195200--100195346	40	3.7	40	83	8	174	24	22	27	25	2.00
100197758--100197831	24	3.3	24	80	16	104	41	22	4	31	1.72
100197753--100197819	20	3.1	21	80	16	91	43	20	4	31	1.72
100213551--100213726	46	3.8	44	73	12	131	25	27	17	30	1.97
100215269--100215324	28	2.0	28	92	0	94	28	10	28	32	1.90
100222343--100222443	40	2.5	40	85	0	121	22	18	25	32	1.97
100222377--100222487	40	2.8	40	88	0	159	23	16	25	35	1.95
100222475--100222586	28	4.0	28	86	4	154	27	9	29	33	1.89
100222477--100222584	56	1.9	56	94	0	189	26	10	29	33	1.89
100230527--100230627	24	4.2	23	85	10	141	37	4	37	19	1.74
100235493--100235670	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
100235494--100235649	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
100235490--100235670	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
100243286--100243463	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
100243287--100243442	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
100243283--100243463	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
100249150--100249248	24	4.1	23	89	5	135	37	4	37	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100249150--100249241	12	7.7	12	66	9	53	36	3	36	22	1.71
100250077--100250116	16	2.3	18	84	16	50	32	0	30	37	1.58
100250864--100250944	33	2.4	34	75	8	85	27	17	24	30	1.97
100261008--100261035	12	2.3	12	100	0	56	7	57	14	21	1.61
100266812--100266869	29	2.0	29	86	6	82	41	12	25	20	1.87
100269013--100269201	54	3.5	54	79	5	179	40	12	24	22	1.89
100269341--100269568	59	3.8	59	89	2	312	21	8	27	42	1.82
100269387--100269544	28	5.3	30	66	13	85	21	7	28	42	1.80
100272537--100272571	18	1.9	19	88	11	56	28	37	5	28	1.80
100276019--100276057	14	2.8	14	84	0	51	51	17	23	7	1.71
100278765--100278980	40	5.4	38	86	7	209	26	19	27	25	1.99
100278771--100278980	80	2.6	80	83	5	248	25	20	28	25	1.99
100278719--100279015	80	3.7	80	80	7	223	26	20	27	24	1.99
100281247--100281287	21	2.0	21	90	0	64	19	12	24	43	1.85
100289397--100289659	46	5.7	46	71	16	193	31	29	17	21	1.96
100289458--100289617	47	3.4	47	75	14	177	31	31	16	21	1.95
100289406--100289669	93	2.8	93	88	1	404	30	29	18	21	1.97
100306827--100306869	21	2.0	21	95	0	77	32	11	9	46	1.72
100308868--100308944	38	2.0	38	100	0	154	41	15	12	29	1.85
100318129--100318497	27	13.7	27	78	7	167	36	21	8	33	1.83
100318143--100318301	54	2.9	54	82	3	185	31	22	7	38	1.82
100318130--100318314	81	2.3	81	76	0	199	34	22	7	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100318251--100318525	81	3.4	79	80	5	257	39	22	8	29	1.83
100318265--100318504	54	4.5	52	77	6	201	40	21	7	30	1.82
100318292--100318504	27	7.9	27	79	3	189	39	21	7	30	1.82
100318251--100318525	54	5.1	52	72	12	175	39	22	8	29	1.83
100318536--100318587	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
100318642--100318727	27	3.2	27	85	4	95	37	17	24	20	1.94
100318653--100318731	27	3.0	26	87	5	97	34	20	25	20	1.96
100319532--100319682	26	5.9	26	88	2	234	27	20	22	29	1.99
100319532--100319695	51	3.2	51	92	0	274	28	20	22	28	1.99
100319851--100319941	42	2.2	42	83	0	119	29	13	20	36	1.91
100319966--100320049	31	2.7	31	90	1	134	30	16	23	28	1.96
100328648--100328758	58	1.9	57	88	1	168	27	14	28	28	1.95
100328635--100328749	29	4.0	29	83	6	137	27	13	28	29	1.95
100329320--100329358	20	1.9	21	89	5	62	17	5	51	25	1.66
100357669--100357880	114	1.9	114	98	0	415	23	22	18	35	1.95
100359236--100359420	40	4.7	40	82	6	207	25	27	22	25	2.00
100359236--100359420	79	2.3	82	81	7	211	25	27	22	25	2.00
100361904--100361986	23	3.6	23	88	0	130	15	24	30	30	1.96
100365179--100365218	21	1.9	21	100	0	80	32	5	20	42	1.73
100365934--100365970	18	2.1	18	94	0	65	32	0	24	43	1.55
100369218--100369338	47	2.5	48	79	1	136	19	17	29	33	1.94
100383186--100383210	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100383557--100383847	156	1.9	155	84	7	394	40	4	9	45	1.57
100383714--100383992	145	1.9	142	81	7	330	39	5	8	47	1.56
100383711--100384025	145	2.2	143	77	9	318	40	5	8	45	1.58
100399852--100400274	27	15.6	27	78	5	372	38	20	9	31	1.85
100399852--100400281	54	7.9	54	81	3	479	38	20	9	31	1.85
100400313--100400507	27	7.2	27	86	0	255	35	17	20	26	1.95
100400712--100400806	25	3.8	25	87	2	138	27	24	21	27	1.99
100400712--100400819	25	4.4	25	83	8	125	29	22	21	26	1.99
100400723--100400831	50	2.2	50	81	6	123	27	24	21	26	1.99
100408016--100408057	21	2.0	22	86	13	61	35	26	2	35	1.70
100418571--100418780	40	5.3	40	88	4	230	23	20	27	28	1.99
100425881--100426090	40	5.3	40	88	5	230	23	20	27	28	1.99
100425884--100426099	79	2.7	80	82	3	249	23	21	27	27	1.99
100430243--100430370	50	2.6	51	84	9	167	25	32	19	23	1.98
100430240--100430549	45	6.6	48	75	13	215	23	30	19	26	1.98
100443025--100443069	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
100462880--100463093	107	2.0	105	85	1	284	35	24	15	23	1.94
100463754--100463807	21	2.6	21	81	0	72	33	9	35	22	1.86
100484942--100485123	37	4.9	37	95	0	292	26	30	18	25	1.98
100485330--100485665	47	7.1	47	89	2	492	26	30	12	30	1.92
100485406--100485681	145	2.0	138	85	7	369	28	30	11	28	1.92
100494634--100494683	25	2.0	25	100	0	100	28	8	0	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100494634--100494676	15	3.2	15	69	30	51	27	6	0	65	1.18
100494638--100494691	25	2.3	23	84	12	67	35	7	0	57	1.27
100495701--100495728	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
100498486--100498611	47	2.7	47	85	2	173	22	14	27	35	1.93
100503673--100503797	62	2.0	62	100	0	250	36	12	17	33	1.88
100506414--100506484	29	2.4	29	92	2	115	16	38	9	35	1.82
100506429--100506494	29	2.3	29	89	0	96	13	34	15	36	1.87
100508218--100508306	20	4.4	20	75	2	79	10	26	20	42	1.83
100508218--100508256	21	1.9	20	89	5	60	7	23	23	46	1.78
100508275--100508386	40	2.8	40	78	2	109	15	27	17	39	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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