genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87151550--87151813	40	6.6	40	82	6	238	24	21	27	26	1.99
87151596--87151813	79	2.7	80	81	6	255	25	21	27	26	1.99
87151546--87151836	80	3.7	80	78	5	295	25	21	26	26	1.99
87159715--87159998	40	7.2	39	87	4	333	22	23	28	25	1.99
87159715--87159998	119	2.4	119	82	5	378	22	23	28	25	1.99
87159715--87159998	79	3.6	79	84	4	360	22	23	28	25	1.99
87163103--87163177	38	1.9	40	89	5	118	21	24	28	26	1.99
87163219--87163459	43	5.6	43	92	0	392	12	25	31	31	1.92
87166913--87167174	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
87174322--87174464	41	3.5	41	82	1	162	27	27	12	32	1.93
87174320--87174479	82	2.0	82	80	5	180	27	26	12	33	1.92
87182169--87182253	28	3.1	27	82	1	98	36	18	25	18	1.94
87187031--87187252	118	1.9	119	85	6	308	24	27	23	24	2.00
87187010--87187252	40	6.1	40	85	7	300	24	27	23	24	2.00
87236370--87236520	81	1.9	81	84	5	207	27	17	27	27	1.97
87236369--87236522	55	2.9	52	80	8	175	27	16	27	27	1.97
87236370--87236525	27	5.7	27	80	6	154	26	16	28	28	1.97
87236369--87236542	27	6.4	27	78	5	136	27	16	28	28	1.97
87244376--87244552	27	6.5	27	81	3	160	26	15	28	28	1.96
87244376--87244526	82	1.9	81	85	4	214	27	16	27	27	1.97
87244368--87244552	82	2.3	81	77	2	201	27	15	28	29	1.96
87249498--87249592	27	3.5	26	81	8	109	41	20	22	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87249498--87249610	27	4.1	27	80	6	86	39	20	22	17	1.92
87255608--87255721	43	2.7	42	83	1	138	29	16	27	26	1.97
87259615--87259639	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
87261561--87261730	46	3.7	46	75	13	168	29	27	20	22	1.98
87261566--87261736	93	1.8	93	88	0	261	29	28	20	22	1.98
87262158--87262217	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
87264336--87264378	23	1.9	22	90	4	68	13	6	27	51	1.67
87290635--87290720	28	3.0	28	81	6	102	23	30	18	27	1.98
87290635--87290748	56	2.0	57	84	5	151	26	28	16	28	1.97
87295430--87295482	16	3.3	16	81	0	70	9	18	18	52	1.72
87301818--87301842	7	3.6	7	100	0	50	24	76	0	0	0.80
87308922--87308974	16	3.3	16	76	7	54	30	3	24	41	1.72
87318117--87318232	46	2.4	48	84	5	146	27	21	14	36	1.93
87320088--87320140	14	3.7	14	87	5	79	41	5	15	37	1.70
87322399--87322645	55	4.7	53	76	10	170	36	16	24	22	1.94
87322400--87322598	108	1.8	110	85	4	287	35	15	24	24	1.94
87325295--87325345	24	2.1	24	85	0	66	25	19	33	21	1.97
87325307--87325356	24	2.1	24	96	0	91	28	20	26	26	1.99
87327949--87327985	18	2.1	18	100	0	74	21	16	10	51	1.74
87329400--87329452	24	2.2	24	86	0	79	35	3	37	22	1.72
87330882--87330990	27	4.1	27	90	1	157	15	24	21	38	1.92
87334353--87334537	40	4.7	40	79	7	191	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87341591--87341775	40	4.7	40	79	6	198	25	26	22	25	2.00
87341591--87341773	79	2.3	81	79	8	196	25	26	21	26	2.00
87346973--87347073	24	4.2	24	90	0	157	34	1	42	20	1.64
87348505--87348609	27	3.9	27	83	5	124	17	23	21	37	1.94
87348505--87348613	54	2.0	53	85	5	148	16	23	21	38	1.93
87350539--87350794	55	4.8	54	77	10	226	35	16	24	23	1.94
87350547--87350747	108	1.8	110	84	2	280	33	16	24	24	1.96
87355631--87355744	50	2.3	50	81	3	140	28	20	28	22	1.98
87358454--87358559	33	3.5	30	79	8	101	42	25	18	13	1.87
87362679--87362797	29	4.2	29	78	2	125	26	30	13	29	1.94
87362685--87362793	58	1.9	57	84	5	148	24	32	14	28	1.95
87362865--87362902	19	2.1	19	90	5	60	18	36	15	28	1.92
87364151--87364183	16	2.1	16	100	0	66	12	6	33	48	1.65
87365271--87365297	9	3.0	9	100	0	54	22	55	22	0	1.44
87368654--87368686	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
87374876--87375358	47	10.3	47	91	0	759	27	30	9	32	1.88
87384636--87384666	14	2.2	14	94	0	53	38	29	16	16	1.90
87390449--87390501	20	2.7	20	84	0	70	33	5	7	52	1.53
87391965--87391989	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
87394766--87394795	13	2.2	14	94	5	53	70	23	0	6	1.11
87395601--87395639	15	2.6	14	84	11	51	46	2	0	51	1.14
87395620--87395660	20	2.0	21	85	4	57	41	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87401955--87401989	12	2.9	12	86	0	52	8	25	40	25	1.84
87403040--87403144	40	2.7	40	89	1	158	32	28	18	20	1.96
87404604--87404676	34	2.1	34	87	5	103	31	24	20	23	1.98
87408568--87408618	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
87416466--87416505	17	2.3	17	82	4	53	10	27	45	17	1.80
87418120--87418271	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
87418120--87418299	55	3.3	55	90	0	261	31	28	13	26	1.94
87426809--87426943	51	2.7	50	80	4	166	27	25	20	26	1.99
87428622--87428910	50	5.7	50	81	3	285	24	16	26	32	1.96
87428668--87428857	101	1.9	101	88	0	290	22	19	27	30	1.98
87432837--87432972	56	2.4	56	90	2	211	33	24	15	27	1.95
87441423--87441581	43	3.7	44	78	5	173	23	16	28	31	1.96
87445585--87445645	30	2.0	30	83	0	77	31	21	3	44	1.68
87451444--87451558	44	2.6	44	81	0	149	26	16	26	30	1.97
87452933--87453027	43	2.2	42	85	3	127	24	16	25	33	1.96
87460490--87460649	56	2.9	56	78	5	173	20	17	33	28	1.95
87469392--87469547	56	2.8	54	81	5	161	19	16	33	29	1.94
87476804--87476975	46	3.7	45	77	13	179	23	20	27	28	1.99
87476796--87476967	93	1.8	93	92	0	290	23	21	27	27	1.99
87487284--87487329	24	1.9	24	86	0	65	56	19	15	8	1.65
87487545--87487630	28	3.0	28	84	3	109	27	15	27	29	1.96
87491640--87491812	46	3.8	45	75	14	165	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87491637--87491807	93	1.8	93	90	5	274	23	20	28	28	1.99
87492036--87492073	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
87499171--87499340	92	1.8	93	94	1	306	21	21	28	28	1.99
87503801--87503854	20	2.8	20	86	5	67	14	22	42	20	1.88
87504094--87504217	27	4.6	27	89	2	187	33	16	25	25	1.96
87504094--87504238	53	2.7	53	87	4	184	33	17	23	24	1.96
87504094--87504238	27	5.4	26	87	3	182	33	17	23	24	1.96
87508284--87508336	23	2.3	23	87	6	72	81	5	0	13	0.86
87508300--87508336	17	2.2	17	95	0	65	83	2	0	13	0.74
87508278--87508336	6	9.5	6	78	14	66	81	5	0	13	0.85
87511173--87511202	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
87519564--87519648	30	3.0	27	73	21	84	72	0	8	18	1.08
87529927--87529979	21	2.5	21	84	6	63	13	26	33	26	1.93
87532185--87532217	15	2.3	15	89	5	50	18	12	36	33	1.88
87533946--87534011	28	2.4	28	82	2	71	22	21	18	37	1.94
87535557--87535619	28	2.3	28	83	8	76	22	22	20	34	1.96
87536625--87536687	28	2.3	28	86	8	85	20	22	22	34	1.96
87541284--87541336	21	2.4	21	81	6	61	32	24	15	28	1.95
87556449--87556612	43	3.8	43	78	6	152	22	18	25	33	1.96
87557953--87558051	27	3.7	27	67	10	76	38	22	8	31	1.83
87558035--87558148	27	4.3	26	83	5	129	38	18	16	26	1.92
87558536--87558600	22	3.0	22	75	8	69	20	23	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87558759--87558866	27	4.0	26	83	5	117	19	23	20	37	1.95
87558759--87558866	54	2.0	53	83	1	135	19	23	20	37	1.95
87558983--87559095	6	18.3	6	66	18	54	20	20	12	46	1.82
87558983--87559074	25	3.7	25	82	0	121	20	21	11	45	1.83
87566236--87566459	40	5.6	40	87	3	297	25	23	25	25	2.00
87566240--87566459	83	2.7	80	88	5	293	24	24	26	25	2.00
87570558--87570788	40	5.8	40	91	1	331	22	27	24	24	2.00
87578805--87579035	40	5.8	40	91	1	331	22	27	25	24	2.00
87586035--87586254	40	5.4	40	85	3	271	24	22	25	27	2.00
87586041--87586254	83	2.7	80	86	4	270	24	22	26	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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