genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.335.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111065794--111065847	28	2.0	27	85	3	72	66	14	1	16	1.34
111065830--111065868	18	2.2	18	95	4	71	56	20	0	23	1.42
111066908--111066971	31	2.1	31	91	2	103	59	14	3	23	1.49
111067853--111067905	21	2.4	21	81	9	52	39	1	1	56	1.21
111068014--111068049	19	1.9	18	88	5	54	63	0	0	36	0.94
111072739--111072800	30	2.1	30	93	0	106	27	1	12	58	1.44
111073102--111073248	73	2.0	73	98	0	285	26	14	16	42	1.87
111074035--111074128	47	2.0	47	100	0	188	46	14	4	34	1.64
111074655--111074714	31	1.9	31	83	6	77	41	10	16	31	1.81
111078260--111078669	46	8.8	46	91	2	552	39	14	24	21	1.91
111078260--111078669	142	2.9	138	88	3	588	39	14	24	21	1.91
111081320--111081380	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
111082798--111082837	4	9.5	4	84	10	53	22	2	0	75	0.93
111082798--111082837	13	3.1	13	79	13	55	22	2	0	75	0.93
111082798--111082837	9	4.7	9	84	9	57	22	2	0	75	0.93
111082851--111082926	38	2.2	33	83	11	89	39	0	3	56	1.18
111082858--111082944	21	3.9	23	79	19	80	40	0	2	57	1.11
111082858--111082933	22	3.2	25	78	19	83	40	0	2	56	1.13
111082904--111082983	36	2.2	38	82	8	94	42	2	0	55	1.13
111082897--111082991	22	4.3	21	71	17	77	40	2	0	57	1.10
111083271--111083329	22	2.7	23	75	19	72	62	3	0	33	1.12
111083517--111083558	21	2.0	21	85	4	57	76	4	0	19	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111083753--111083785	14	2.5	14	90	9	52	60	3	0	36	1.12
111083759--111083811	22	2.4	23	76	17	60	60	3	0	35	1.15
111083851--111083906	22	2.6	22	81	13	71	58	1	1	37	1.19
111083896--111083940	13	3.6	13	72	22	51	51	6	0	42	1.28
111083953--111083981	14	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
111091534--111091577	22	2.0	22	91	8	72	38	0	0	61	0.96
111093862--111093925	31	2.1	31	85	2	85	32	14	12	40	1.83
111102089--111102245	60	2.6	60	81	7	181	17	14	18	49	1.79
111112092--111112262	85	2.0	85	80	2	191	28	14	18	39	1.89
111114608--111114653	19	2.3	20	82	14	60	47	8	6	36	1.60
111117202--111117389	64	3.0	63	82	3	243	44	6	6	42	1.56
111119887--111119966	35	2.2	37	82	8	94	51	6	0	42	1.27
111126796--111126840	19	2.4	19	80	0	54	42	2	2	53	1.25
111126841--111126886	19	2.5	19	89	3	67	52	2	0	45	1.13
111126788--111126903	43	2.6	44	80	14	114	49	1	1	47	1.22
111127986--111128029	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
111128052--111128162	47	2.3	47	75	20	115	49	3	3	43	1.37
111130629--111130686	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
111135067--111135243	50	3.5	50	89	2	266	35	16	22	26	1.95
111135221--111135460	31	7.7	31	87	0	327	28	18	25	27	1.98
111135459--111135491	7	4.7	7	100	0	66	45	15	27	12	1.81
111135498--111135623	47	2.7	48	85	2	157	29	15	25	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111146006--111146064	29	2.0	30	90	3	93	50	13	5	30	1.63
111151870--111152036	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
111151870--111152036	75	2.3	71	85	7	212	33	24	10	31	1.90
111155540--111155592	19	2.7	19	94	2	88	49	1	3	45	1.31
111158750--111158802	4	14.0	4	74	18	51	26	22	1	49	1.60
111158750--111158802	11	4.7	11	78	2	61	26	22	1	49	1.60
111167043--111167433	75	5.1	75	80	11	425	28	15	20	35	1.93
111167202--111167433	73	3.1	74	85	4	324	28	14	20	36	1.92
111167051--111167433	161	2.5	154	85	9	478	28	15	21	34	1.94
111169118--111169170	3	18.3	3	75	21	51	30	1	0	67	1.01
111169105--111169170	22	3.0	21	77	12	71	27	1	0	71	0.95
111169114--111169170	18	3.2	18	75	9	64	29	1	0	68	1.00
111169299--111169910	22	26.7	23	66	22	146	33	5	5	54	1.47
111169301--111169395	23	4.0	23	73	17	61	32	4	5	57	1.40
111169605--111169910	25	13.0	24	69	18	150	33	5	5	54	1.48
111169839--111169878	21	2.0	21	90	5	64	35	10	2	52	1.48
111175157--111175209	21	2.5	21	81	0	61	52	15	1	30	1.53
111175287--111175329	21	2.0	21	82	8	52	60	6	4	27	1.43
111175662--111175691	12	2.5	12	94	0	51	56	0	10	33	1.32
111175796--111175859	24	2.7	24	78	2	67	46	4	9	39	1.57
111176668--111176725	26	2.2	26	84	9	73	75	1	15	6	1.09
111177906--111178183	73	3.7	73	84	8	348	32	20	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111178091--111178271	87	2.1	87	86	4	249	38	17	16	28	1.90
111178182--111178337	73	2.2	72	88	4	233	35	19	15	30	1.92
111178016--111178330	160	2.0	161	92	1	524	34	19	16	29	1.94
111189838--111189871	5	6.6	5	90	6	50	79	2	0	17	0.86
111189838--111189871	11	3.2	11	91	4	52	79	2	0	17	0.86
111196104--111196142	20	1.9	20	84	5	51	71	7	5	15	1.26
111203177--111203210	11	3.3	11	92	8	54	29	0	0	70	0.87
111203205--111203262	22	2.6	22	75	0	53	17	12	8	62	1.54
111203974--111204001	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
111205089--111205328	130	1.8	131	82	6	308	32	15	9	42	1.80
111205108--111205577	126	3.7	125	75	7	398	31	15	10	42	1.80
111206769--111206808	21	1.9	21	84	0	53	45	0	2	52	1.14
111207119--111207161	18	2.4	18	92	7	70	44	0	0	55	0.99
111210716--111210786	37	1.9	37	88	0	106	18	16	12	52	1.75
111221116--111221181	14	5.1	14	65	20	54	65	0	0	34	0.93
111221116--111221179	25	2.6	25	100	0	128	64	0	0	35	0.94
111223796--111223878	35	2.4	35	85	0	103	34	19	16	28	1.94
111228297--111228447	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
111231656--111231713	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
111231925--111231956	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
111232051--111232292	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
111232051--111232300	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111238580--111238699	53	2.3	53	91	2	188	29	18	25	27	1.98
111248724--111248748	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
111252622--111252715	23	3.7	25	79	9	77	62	4	4	28	1.33
111252695--111252874	3	60.3	3	69	11	84	62	2	7	27	1.36
111254377--111254417	16	2.4	18	84	8	50	73	4	4	17	1.19
111256696--111256872	64	2.8	64	87	10	249	31	8	17	42	1.79
111256991--111257386	41	9.9	41	86	6	499	19	18	27	33	1.96
111257006--111257386	80	4.8	82	90	5	568	19	18	28	33	1.96
111256991--111257386	119	3.3	118	86	5	521	19	18	27	33	1.96
111258053--111258087	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
111263353--111263529	64	2.8	64	87	10	249	31	8	17	42	1.79
111263648--111264048	41	9.9	41	86	3	526	20	18	27	33	1.96
111263663--111264048	81	4.8	82	93	2	622	20	18	27	33	1.96
111264716--111264750	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
111265310--111265338	15	1.9	15	100	0	58	34	17	0	48	1.47
111267113--111267156	21	2.1	21	95	4	81	54	4	6	34	1.47
111267076--111267183	47	2.2	50	85	12	145	53	5	4	36	1.45
111267076--111267329	24	9.6	26	66	25	115	55	3	4	35	1.39
111267189--111267273	16	5.3	15	71	26	50	56	1	4	37	1.28
111267195--111267274	34	2.4	33	83	8	99	58	1	3	36	1.24
111267138--111267270	59	2.3	59	75	10	137	57	2	3	36	1.29
111267252--111267305	22	2.3	23	81	6	65	59	3	5	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111267614--111267691	3	26.0	3	69	10	52	61	1	5	32	1.26
111268963--111269010	20	2.4	20	96	0	87	20	22	16	39	1.92
111269765--111269807	20	2.2	20	95	0	77	30	27	18	23	1.98
111277288--111277313	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
111281561--111281790	126	1.8	126	94	0	406	38	16	16	28	1.90
111282314--111282355	18	2.3	18	84	8	50	59	11	4	23	1.51
111282344--111282521	3	59.3	3	69	15	68	64	3	3	28	1.28
111282374--111282482	23	4.5	24	69	14	71	64	2	1	31	1.18
111282391--111282429	14	2.7	15	88	4	62	76	0	0	23	0.78
111282377--111282424	20	2.4	21	86	6	64	70	0	0	29	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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