genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62913869--62913902	15	2.2	16	94	5	61	61	17	8	11	1.54
62916476--62916658	50	3.7	49	86	4	242	30	26	16	25	1.97
62916483--62916666	101	1.8	99	89	2	287	29	27	17	25	1.97
62918710--62918948	49	4.8	49	79	3	271	29	26	17	26	1.98
62919598--62919657	30	2.0	30	83	6	77	28	25	6	40	1.80
62921711--62921743	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
62924486--62924724	49	4.8	49	82	3	289	28	28	17	25	1.98
62930775--62930950	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
62930772--62930943	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
62935269--62935460	40	4.8	40	79	7	178	25	21	27	25	2.00
62935269--62935451	79	2.3	81	82	7	214	25	22	27	25	2.00
62935322--62935476	79	2.0	79	81	7	181	26	20	27	25	1.99
62941451--62941703	37	6.6	39	81	11	194	24	27	22	25	2.00
62941451--62941653	37	5.4	37	85	8	243	25	27	21	25	1.99
62941451--62941704	111	2.2	116	79	13	278	25	27	22	25	2.00
62944101--62944344	49	4.9	49	77	11	244	28	29	17	24	1.97
62950240--62950412	45	3.8	45	76	15	176	20	19	30	29	1.97
62954645--62954827	38	4.6	41	79	8	168	25	21	27	25	2.00
62964835--62965093	39	6.7	40	85	9	310	25	22	27	24	2.00
62964835--62965093	75	3.3	77	86	10	318	25	22	27	24	2.00
62971589--62972056	38	11.1	38	72	19	324	30	15	24	29	1.96
62971589--62971876	86	3.4	86	88	0	452	30	14	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62971707--62972008	133	2.3	133	92	0	489	29	15	23	31	1.95
62971797--62972008	47	4.7	46	82	14	280	29	16	24	30	1.96
62971589--62971961	171	2.2	166	84	9	486	30	15	24	30	1.95
62971840--62972044	85	2.4	85	99	0	401	28	16	25	29	1.96
62971619--62972042	218	1.9	219	93	0	724	30	15	24	30	1.95
62972914--62973028	27	4.3	27	81	6	72	31	23	8	36	1.85
62972934--62973198	54	4.9	54	87	1	370	27	21	9	40	1.85
62972932--62973198	81	3.3	81	87	5	405	27	21	10	40	1.85
62972932--62973198	27	9.9	27	82	4	333	27	21	10	40	1.85
62973210--62973401	27	7.3	27	82	4	203	36	19	18	25	1.94
62973217--62973401	54	3.5	54	84	3	225	36	19	19	24	1.95
62973600--62973679	27	3.0	26	87	3	97	21	22	20	36	1.95
62973770--62973828	22	2.7	22	78	0	55	22	25	20	32	1.98
62974184--62974358	6	28.8	6	70	17	121	20	16	13	49	1.79
62974184--62974352	30	5.8	30	81	10	197	20	16	13	49	1.78
62974184--62974358	85	2.1	85	94	0	305	20	16	13	49	1.79
62979384--62979800	50	8.6	49	77	8	352	26	19	29	24	1.98
62979381--62979805	97	4.4	96	79	8	389	26	19	29	24	1.98
62983049--62983133	35	2.3	36	90	6	127	20	18	9	51	1.73
62987152--62987196	18	2.6	16	82	10	54	57	0	4	37	1.19
62999100--62999177	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
62999130--62999457	174	1.9	174	95	0	593	30	13	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63001256--63001568	27	11.6	27	86	2	369	40	21	7	30	1.81
63001256--63001640	54	7.1	54	82	4	393	40	21	8	30	1.82
63001278--63001623	27	12.8	28	82	6	198	40	21	7	30	1.82
63001256--63001622	81	4.5	81	81	4	287	40	21	7	30	1.82
63001605--63001680	27	2.8	26	70	7	71	36	22	9	31	1.86
63001661--63002259	27	22.2	27	87	1	817	33	20	21	24	1.97
63003050--63003093	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
63007615--63007639	13	1.9	13	100	0	50	16	8	0	76	1.02
63007926--63007969	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
63012492--63012516	13	1.9	13	100	0	50	16	8	0	76	1.02
63012803--63012846	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
63017361--63017387	12	2.2	12	100	0	54	22	11	0	66	1.22
63017671--63017714	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
63019109--63019219	27	4.1	27	83	6	145	19	21	22	36	1.96
63019109--63019237	27	4.8	26	84	5	141	20	22	20	35	1.96
63019109--63019219	54	2.1	54	96	0	204	19	21	22	36	1.96
63019368--63019473	6	17.3	6	76	14	92	18	17	14	49	1.80
63019374--63019453	31	2.6	31	89	0	115	18	17	15	48	1.81
63026383--63026560	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
63026384--63026539	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
63026380--63026560	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
63031816--63031857	20	2.0	20	82	13	50	11	33	28	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63036456--63036577	46	2.7	46	93	0	208	21	20	27	30	1.98
63041641--63041874	38	6.0	38	72	12	134	35	23	18	21	1.95
63041709--63041778	22	3.2	21	92	8	113	37	25	20	17	1.94
63041859--63041903	16	2.8	16	86	0	63	33	26	17	22	1.96
63044709--63044763	22	2.5	22	76	5	58	61	3	29	5	1.35
63044799--63044841	21	2.0	21	86	8	61	69	0	13	16	1.19
63047308--63047372	27	2.5	26	76	11	71	38	10	7	43	1.68
63048651--63048958	153	2.0	153	100	0	616	39	23	11	25	1.87
63053113--63053149	16	2.4	16	86	8	51	35	18	2	43	1.65
63056877--63056918	15	2.8	16	82	10	61	76	0	19	4	0.96
63061587--63061980	47	8.3	47	90	2	572	31	8	30	29	1.87
63061587--63061980	96	4.1	94	91	1	572	31	8	30	29	1.87
63061603--63061980	143	2.6	143	89	2	584	31	8	30	29	1.86
63062098--63062176	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
63064037--63064223	43	4.4	43	93	2	324	22	16	35	25	1.95
63064205--63064278	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
63064572--63064743	80	2.2	79	88	5	249	28	20	27	23	1.99
63064572--63064832	40	6.6	39	81	9	221	26	21	28	24	1.99
63064572--63064838	120	2.2	119	79	8	274	26	20	28	23	1.99
63073781--63074074	51	5.7	51	74	18	184	28	30	10	30	1.90
63073784--63074044	103	2.5	104	79	15	283	29	29	9	31	1.89
63073784--63074073	104	2.8	103	76	19	298	28	29	10	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63077141--63077327	43	4.3	44	86	12	253	37	12	21	27	1.90
63077132--63077366	88	2.7	88	82	14	281	39	13	20	26	1.90
63080699--63080723	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
63099526--63099573	20	2.4	20	79	6	53	27	22	8	41	1.82
63101073--63101116	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
63104157--63104389	45	5.2	45	95	0	403	26	20	15	38	1.92
63108888--63108947	22	2.7	22	82	5	68	83	3	5	8	0.90
63109870--63109904	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
63123637--63123702	21	3.0	22	84	8	73	31	4	28	34	1.78
63126843--63126889	13	3.7	13	78	10	53	78	2	8	10	1.04
63126856--63126906	23	2.3	21	83	9	66	76	3	7	11	1.13
63126881--63126911	16	1.9	16	93	0	53	70	6	6	16	1.29
63129164--63129217	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
63143263--63143419	49	3.2	48	93	3	262	31	7	30	29	1.85
63143537--63143615	37	2.1	37	88	4	115	24	20	31	24	1.98
63148550--63148795	49	4.9	50	82	2	298	26	18	26	28	1.98
63167010--63167237	49	4.7	49	74	5	178	30	19	25	25	1.98
63171771--63171869	28	3.5	28	92	0	153	52	15	7	25	1.67
63173957--63174010	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
63174255--63174377	48	2.5	48	81	3	140	27	14	26	31	1.95
63179472--63179586	47	2.5	46	85	1	140	28	8	12	50	1.69
63182163--63182827	40	16.6	40	95	0	1161	28	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63197843--63197882	14	3.1	14	79	13	50	30	0	0	70	0.88
63201660--63201878	48	4.6	48	80	4	210	36	28	16	18	1.93
63201650--63201878	96	2.4	95	79	7	248	35	28	17	18	1.93
63205196--63205254	27	2.2	26	84	3	73	35	20	23	20	1.96
63205217--63205278	31	2.0	32	87	3	90	35	22	24	17	1.95
63205940--63206058	27	4.4	27	88	0	157	24	22	20	32	1.98
63214202--63214261	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
63215003--63215170	27	6.3	27	89	0	221	25	20	19	34	1.96
63217962--63218186	42	5.3	42	77	12	194	35	26	16	21	1.95
63217941--63218186	84	2.9	84	88	2	350	34	27	16	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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