genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39807542--39807605	18	3.4	18	67	12	56	18	26	21	32	1.97
39814104--39814148	21	2.2	20	84	4	54	0	24	2	73	0.95
39814863--39814947	30	2.7	30	80	10	91	50	9	12	27	1.71
39816436--39816756	127	2.5	127	86	4	389	37	19	14	27	1.91
39817683--39817922	3	80.3	3	70	13	102	62	4	7	25	1.40
39819480--39819648	44	3.8	45	81	2	182	29	24	17	28	1.97
39819480--39819648	89	1.9	88	82	3	214	29	24	17	28	1.97
39819679--39819864	88	2.1	88	83	4	223	27	20	23	27	1.99
39820026--39820146	64	1.9	64	94	0	215	36	15	17	30	1.91
39826152--39826469	127	2.5	127	84	2	370	37	18	14	28	1.91
39827153--39827250	27	3.7	26	78	8	99	58	5	4	32	1.39
39827594--39827618	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
39828933--39828957	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
39831080--39831377	40	7.5	40	90	3	451	25	27	23	23	2.00
39831080--39831381	120	2.5	120	95	2	529	25	27	22	24	2.00
39835453--39835529	13	5.8	13	73	4	55	35	15	2	46	1.60
39835453--39835562	53	2.1	53	81	3	123	32	17	2	47	1.62
39835621--39835686	25	2.6	25	92	0	105	34	24	18	22	1.96
39836292--39836421	67	2.0	66	95	1	233	25	22	20	31	1.98
39841264--39841296	3	11.3	3	87	6	50	36	3	0	60	1.12
39841701--39841755	27	2.0	27	82	6	67	69	7	16	7	1.35
39842676--39842776	47	2.1	47	81	3	114	22	18	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39846782--39846813	15	2.1	15	100	0	64	68	6	6	18	1.32
39847937--39847976	14	2.5	17	80	11	50	65	0	5	30	1.14
39848945--39848991	20	2.3	20	79	13	60	65	8	0	25	1.20
39857647--39857735	44	2.0	44	86	4	126	44	8	2	43	1.48
39859221--39859267	21	2.3	21	85	3	69	53	2	4	40	1.32
39859271--39859389	30	4.0	29	78	10	109	42	0	0	55	1.11
39859256--39859357	36	2.5	43	71	26	103	46	0	0	52	1.07
39859891--39859925	17	2.1	17	89	10	54	57	2	0	40	1.14
39883986--39884036	20	2.5	20	83	0	66	9	7	39	43	1.67
39886664--39886697	16	2.1	16	88	0	50	38	17	0	44	1.49
39890327--39890382	22	2.5	22	79	5	58	32	14	12	41	1.83
39892383--39892497	60	1.9	60	80	7	135	29	23	17	29	1.97
39892488--39892533	20	2.3	20	85	3	67	28	21	17	32	1.96
39895051--39895109	30	2.0	30	86	0	82	23	27	25	23	2.00
39896189--39896328	48	2.9	48	92	1	219	30	23	19	27	1.98
39913921--39913946	7	3.7	7	100	0	52	30	26	11	30	1.92
39929697--39929977	46	6.1	46	82	3	289	42	14	21	20	1.88
39929705--39929972	91	2.9	92	84	1	322	42	14	22	20	1.88
39929715--39929977	137	1.9	137	85	0	364	42	15	21	20	1.89
39930258--39930291	17	2.1	17	94	5	61	52	0	11	35	1.38
39933207--39933254	25	1.9	25	95	0	87	39	14	10	35	1.80
39933769--39933798	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39936770--39936919	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
39936794--39936977	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.97
39939821--39939865	15	3.2	13	87	12	54	73	2	8	15	1.18
39949006--39949049	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
39950456--39950523	16	4.2	16	96	0	127	25	0	35	39	1.56
39950858--39950909	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
39950742--39951038	59	5.0	58	66	18	164	50	4	3	41	1.38
39950742--39951034	120	2.4	121	93	1	491	50	4	3	41	1.39
39953711--39953745	8	4.5	8	85	7	54	85	2	11	0	0.69
39953714--39953743	15	1.9	16	93	6	53	83	3	13	0	0.77
39955325--39955416	32	2.9	32	83	3	105	57	15	5	21	1.58
39955530--39955585	23	2.4	23	80	11	60	37	1	0	60	1.07
39955527--39955591	31	2.1	31	82	5	78	36	1	0	61	1.05
39956533--39956740	53	3.9	53	85	4	251	33	11	27	27	1.91
39956533--39956740	106	2.0	105	85	4	285	33	11	27	27	1.91
39958377--39958517	21	6.8	21	68	12	69	19	18	13	48	1.80
39958378--39958576	42	4.8	42	76	7	183	19	20	13	46	1.84
39958384--39958568	81	2.2	83	82	4	232	20	20	13	45	1.84
39964616--39964826	21	10.2	21	73	2	151	20	18	15	45	1.85
39964618--39964803	42	4.4	42	83	0	219	18	19	15	46	1.84
39964618--39964803	84	2.2	84	87	0	255	18	19	15	46	1.84
39972913--39972954	13	3.2	13	87	12	59	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39972914--39972955	17	2.5	17	92	0	66	0	23	0	76	0.79
39973173--39973199	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
39977718--39977901	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
39977718--39977898	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
39977799--39977948	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
39985564--39985747	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
39985564--39985744	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
39985645--39985794	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
39992241--39992267	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
39995491--39995571	39	2.1	39	100	0	162	35	32	9	22	1.87
39999994--40000041	14	2.9	17	74	25	50	54	0	0	45	0.99
39999998--40000044	16	2.9	16	75	12	51	55	0	0	44	0.99
40008550--40008607	24	2.3	26	85	5	75	27	20	18	32	1.97
40011947--40011974	10	2.8	10	100	0	56	85	0	0	14	0.59
40017102--40017297	49	3.9	49	86	7	277	27	29	13	29	1.94
40017102--40017291	101	1.9	99	88	6	285	27	29	13	28	1.94
40018996--40019281	29	9.8	29	78	4	209	22	24	13	39	1.91
40029292--40029492	29	6.9	29	79	6	183	22	24	13	38	1.91
40029417--40029547	56	2.3	58	80	7	153	29	24	8	38	1.85
40029292--40029556	29	9.2	29	77	6	171	24	24	13	38	1.91
40033079--40033198	46	2.6	46	81	2	132	30	18	26	24	1.98
40033219--40033390	49	3.5	48	77	5	159	27	21	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40038816--40038880	32	2.0	32	84	0	85	41	9	4	44	1.57
40038649--40039052	145	2.8	145	93	1	690	37	10	11	40	1.75
40038961--40039025	32	2.0	32	84	0	85	41	9	4	44	1.57
40049705--40049781	39	2.0	39	94	0	136	20	16	27	35	1.95
40067854--40067888	15	2.2	16	90	5	54	48	0	0	51	1.00
40068343--40068381	20	2.0	20	84	0	51	46	2	0	51	1.14
40070196--40070327	40	3.4	39	74	12	117	26	19	23	30	1.98
40082107--40082151	16	2.8	17	80	13	67	26	0	22	51	1.49
40082107--40082150	15	2.8	15	86	6	61	27	0	20	52	1.47
40082138--40082377	96	2.5	97	83	6	283	40	1	18	40	1.60
40082429--40082954	126	4.2	126	89	2	783	33	17	21	27	1.96
40082429--40082954	251	2.1	252	88	2	792	33	17	21	27	1.96
40086019--40086108	45	2.0	45	97	0	171	54	7	4	33	1.49
40086260--40086309	20	2.4	22	83	10	68	38	0	32	30	1.58
40086260--40086317	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
40086260--40086323	31	2.1	31	88	5	94	40	0	28	31	1.57
40092411--40092454	19	2.1	21	84	12	56	34	20	15	29	1.94
40096538--40096571	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
40102014--40102121	54	2.0	54	100	0	216	46	24	12	16	1.82
40104169--40104394	112	2.0	112	97	0	425	35	22	14	27	1.93
40106976--40107006	16	1.9	16	93	0	53	29	16	12	41	1.85
40108924--40108964	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40115213--40115334	61	2.0	61	81	0	145	30	15	18	36	1.92
40117552--40117607	27	2.1	27	86	0	76	37	12	21	28	1.90
40141367--40141596	48	5.0	48	72	16	198	28	25	19	27	1.98
40142545--40142720	38	4.6	38	88	4	237	29	23	22	23	1.99
40146455--40146660	40	5.2	40	91	0	324	23	22	24	28	1.99
40164256--40164396	27	5.2	27	84	6	180	35	22	24	17	1.95
40164256--40164396	54	2.6	54	92	2	230	35	22	24	17	1.95
40166020--40166101	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
40167067--40167100	14	2.4	14	90	0	50	44	11	29	14	1.81
40167457--40167663	53	3.8	53	76	4	182	37	17	24	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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