genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  238  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78669957--78670050	27	3.5	26	79	5	98	29	7	23	39	1.82
78670049--78670123	27	2.8	27	85	4	98	28	20	17	34	1.95
78671804--78671868	32	2.0	32	96	0	121	26	29	24	20	1.99
78676413--78676451	20	2.0	20	84	0	51	69	2	2	25	1.14
78678034--78678192	43	3.7	42	78	5	124	24	17	24	33	1.96
78678034--78678150	44	2.7	44	77	7	116	23	17	25	33	1.96
78678383--78678430	20	2.3	21	86	10	64	41	0	22	35	1.54
78698936--78699048	42	2.7	43	79	8	133	23	17	24	33	1.96
78698936--78699057	43	2.9	43	77	9	117	22	17	25	34	1.96
78702163--78702214	26	2.0	26	85	7	70	36	3	15	44	1.65
78702349--78702446	44	2.2	44	94	0	178	29	16	23	30	1.96
78705327--78705547	60	3.7	60	78	6	169	38	13	23	24	1.91
78705384--78705612	30	7.6	30	78	3	219	37	12	22	27	1.90
78705384--78705590	90	2.3	90	83	0	261	36	12	23	27	1.91
78772267--78772651	47	8.1	47	95	1	680	31	8	30	28	1.87
78772770--78772847	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
78774709--78774742	16	2.1	16	94	0	59	17	11	35	35	1.87
78774747--78774818	29	2.5	29	86	4	92	27	16	30	25	1.97
78775176--78775273	39	2.4	39	86	5	133	27	22	27	22	1.99
78775210--78775443	79	2.9	79	80	5	267	24	21	28	25	1.99
78775210--78775443	119	2.0	119	82	3	292	24	21	28	25	1.99
78775130--78775430	40	7.6	40	80	8	278	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78778910--78779387	47	10.1	47	93	4	795	31	8	30	29	1.87
78779506--78779583	37	2.1	37	83	2	95	24	16	30	28	1.97
78784231--78784331	44	2.2	48	84	10	131	26	31	18	22	1.97
78784379--78784486	46	2.4	45	78	12	114	25	26	15	32	1.96
78792825--78792864	20	2.0	20	100	0	80	40	20	10	30	1.85
78800571--78800752	40	4.6	40	90	2	269	26	26	22	24	2.00
78803609--78803653	1	45.0	1	95	0	81	0	0	97	2	0.15
78823127--78823298	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
78823127--78823298	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
78823154--78823331	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
78825186--78825233	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
78825281--78825336	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
78825270--78825336	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
78825385--78825504	45	2.6	47	92	5	208	28	19	20	31	1.97
78825387--78825504	23	5.1	23	92	4	202	27	19	21	31	1.97
78825719--78825782	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
78827566--78827756	99	1.9	100	89	1	294	28	27	18	25	1.98
78827566--78827754	50	3.8	50	83	0	227	28	28	18	24	1.98
78835003--78835190	50	3.8	49	81	5	191	29	26	19	24	1.98
78840345--78840386	16	2.6	17	77	11	52	54	7	0	38	1.28
78840925--78840985	32	1.9	32	93	0	104	39	8	8	44	1.64
78843684--78843803	46	2.6	47	85	2	152	26	22	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78856414--78856465	23	2.3	23	86	6	79	23	23	13	40	1.89
78858629--78858974	184	1.9	183	91	0	566	40	10	20	28	1.86
78873449--78873503	12	5.0	11	79	14	60	20	7	1	70	1.20
78873449--78873503	22	2.5	22	79	8	58	20	7	1	70	1.20
78873476--78873514	12	3.2	12	85	7	53	15	7	2	74	1.15
78875623--78875686	32	2.0	32	100	0	128	21	6	15	56	1.62
78878054--78878443	73	5.3	73	74	6	324	37	14	21	26	1.92
78878872--78879025	42	3.7	41	75	8	139	32	15	22	29	1.95
78888714--78888890	27	6.6	27	82	4	169	30	27	15	26	1.96
78888714--78888890	55	3.3	54	81	4	196	30	27	15	26	1.96
78888735--78888889	82	1.9	80	85	5	213	30	27	15	26	1.96
78897575--78897800	40	5.7	40	95	2	402	30	20	27	21	1.98
78900668--78900844	27	6.6	27	82	4	169	30	27	15	26	1.96
78900668--78900844	55	3.3	54	81	4	196	30	27	15	26	1.96
78900689--78900843	82	1.9	80	85	5	213	30	27	15	26	1.96
78906434--78906516	28	3.0	29	87	5	109	26	31	15	26	1.96
78906591--78906627	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
78906600--78906636	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
78909299--78909452	42	3.6	42	79	6	159	29	14	23	31	1.95
78918577--78918754	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78918598--78918753	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78921117--78921210	48	2.0	48	89	0	143	27	21	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78925002--78925108	25	4.3	25	75	0	97	26	13	20	40	1.89
78925062--78925126	25	2.6	25	82	4	78	30	18	13	36	1.90
78928965--78929052	42	2.1	42	93	2	151	21	21	36	20	1.95
78930018--78930152	68	2.0	68	81	8	159	33	17	26	22	1.96
78941303--78941445	44	3.3	42	80	7	144	23	16	27	32	1.96
78941303--78941445	42	3.3	42	79	11	137	23	16	27	32	1.96
78942269--78942444	46	3.8	46	77	12	198	20	19	29	30	1.97
78942266--78942436	93	1.8	93	92	0	288	20	20	29	29	1.98
78944969--78945180	46	4.6	45	78	4	194	27	20	29	22	1.98
78945017--78945223	46	4.6	44	81	9	168	26	20	29	23	1.99
78953083--78953179	51	1.9	51	95	0	176	34	13	19	32	1.91
78956907--78957037	28	4.7	28	84	3	156	25	14	33	25	1.94
78978505--78978591	43	2.0	43	97	0	165	32	5	25	36	1.80
78982012--78982176	43	3.9	42	78	8	172	23	17	25	33	1.96
78982054--78982163	42	2.6	42	81	4	123	25	18	24	31	1.97
78983711--78983865	42	3.7	42	83	5	204	31	24	13	30	1.94
78984671--78984699	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
78985509--78985561	26	2.0	26	100	0	106	45	30	7	16	1.75
78987222--78987369	51	2.9	51	91	4	237	27	23	15	33	1.95
78987393--78987511	52	2.3	52	92	0	202	25	25	15	34	1.94
78987393--78987508	24	4.4	27	79	15	145	25	25	14	34	1.94
78991727--78991982	40	6.5	40	88	5	353	23	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78993455--78993537	43	1.9	43	87	0	121	22	16	31	28	1.96
78994588--78994656	30	2.3	30	94	0	129	21	23	33	21	1.97
78994859--78994912	28	1.9	28	92	0	90	18	18	38	24	1.93
78998127--78998156	15	2.0	15	93	0	51	56	16	6	20	1.62
79006810--79006980	27	6.3	27	77	0	135	36	18	19	26	1.94
79006810--79006980	54	3.2	53	79	3	162	36	18	19	26	1.94
79006810--79006980	81	2.1	81	84	0	216	36	18	19	26	1.94
79009039--79009216	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
79009060--79009215	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
79014179--79014377	27	7.4	27	82	3	240	35	17	19	28	1.94
79014179--79014376	80	2.5	80	90	3	299	35	17	19	27	1.94
79018207--79018353	51	2.9	51	93	2	251	27	26	14	31	1.95
79018377--79018471	28	3.6	27	79	13	108	27	21	14	36	1.92
79018389--79018466	24	3.0	25	81	10	95	25	20	15	38	1.92
79024950--79025127	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
79024951--79025106	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
79024947--79025127	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
79032236--79032261	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
79033623--79033800	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
79033624--79033779	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
79033620--79033800	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
79037531--79037727	43	4.6	43	91	0	299	25	29	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79043958--79043997	20	2.0	20	100	0	80	20	30	15	35	1.93
79044779--79044870	45	2.0	45	97	0	175	25	11	17	45	1.82
79045017--79045060	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
79047998--79048250	68	3.9	64	76	13	194	30	16	28	23	1.97
79048067--79048250	67	2.8	64	74	14	171	29	17	30	22	1.96
79052651--79052698	23	2.1	23	100	0	96	29	20	12	37	1.90
79055611--79055654	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
79067716--79067776	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
79072103--79072143	20	2.0	20	85	0	55	12	0	24	63	1.28
79076845--79077028	38	4.7	37	71	17	140	44	1	3	51	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349