genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9182440--9182545	26	4.2	26	91	4	180	30	7	25	36	1.84
9182440--9182545	50	2.1	51	92	3	178	30	7	25	36	1.84
9184151--9184282	27	5.0	25	85	9	149	18	25	21	34	1.96
9184151--9184264	54	2.1	54	93	3	194	16	25	23	34	1.95
9187667--9187820	11	15.6	10	65	24	62	63	3	2	29	1.25
9187732--9187868	19	6.9	19	73	22	97	63	5	2	29	1.27
9187768--9187827	18	3.2	19	79	13	63	68	5	0	26	1.10
9187779--9187856	28	2.8	28	86	11	92	67	5	1	25	1.18
9187652--9187847	8	20.6	9	66	24	75	65	4	2	28	1.24
9187779--9187848	9	7.8	8	78	21	68	68	4	1	25	1.16
9187780--9187902	19	7.2	16	71	24	76	64	4	1	30	1.22
9187728--9187868	31	4.8	30	71	17	109	63	4	2	29	1.26
9187728--9187888	31	5.4	31	73	16	103	62	4	2	30	1.30
9189802--9189866	10	6.7	10	83	13	91	26	3	0	70	1.01
9189802--9189884	20	4.4	19	83	10	100	25	2	1	71	1.06
9189794--9189865	30	2.4	29	90	2	108	25	2	0	72	0.98
9189794--9189847	10	5.3	11	86	10	71	24	1	0	74	0.92
9189794--9189884	9	9.7	9	80	10	94	25	2	1	71	1.04
9201746--9201992	40	6.2	40	88	1	309	29	27	19	23	1.98
9210160--9210380	40	5.7	40	88	4	283	27	28	20	23	1.99
9214790--9214828	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
9215037--9215112	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9222005--9222043	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
9222255--9222330	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
9223740--9223768	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
9226675--9226712	20	1.9	20	94	0	67	42	2	21	34	1.67
9226917--9227023	9	11.7	9	68	16	51	68	2	1	27	1.14
9226917--9226985	18	3.9	17	75	11	59	69	2	2	24	1.16
9226948--9227003	26	2.2	26	83	6	69	67	1	1	28	1.10
9226921--9227004	44	1.9	44	85	9	118	67	3	2	26	1.19
9226969--9227170	19	10.5	19	67	19	82	57	3	1	36	1.28
9227069--9227132	27	2.4	27	91	0	110	54	3	1	40	1.25
9227069--9227150	27	3.0	26	78	19	80	56	3	1	39	1.25
9227058--9227158	9	11.0	9	69	21	59	56	3	0	38	1.25
9234140--9234166	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
9237522--9237645	41	3.1	41	65	21	109	26	27	11	34	1.91
9237452--9237684	78	3.0	78	90	1	335	25	26	12	35	1.92
9237563--9237682	37	3.1	37	65	17	100	25	28	13	32	1.93
9242020--9242049	15	1.9	16	93	6	53	63	0	6	30	1.20
9242131--9242174	20	2.4	17	88	11	61	65	0	34	0	0.93
9243132--9243167	17	2.1	17	100	0	72	22	27	25	25	2.00
9245518--9245635	37	3.1	37	65	13	87	26	26	12	34	1.92
9245966--9246008	9	4.7	9	88	5	68	86	0	11	2	0.67
9245954--9246000	17	2.4	21	76	23	57	85	0	8	6	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9247170--9247207	19	2.0	19	90	10	60	31	26	7	34	1.85
9257756--9257797	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
9259343--9259404	28	2.2	28	82	8	72	58	4	8	29	1.48
9259642--9259691	22	2.2	22	83	13	66	44	0	0	56	0.99
9263898--9263922	7	3.6	7	100	0	50	12	16	0	72	1.13
9268928--9269057	24	5.4	24	88	4	181	37	5	37	19	1.75
9268929--9269050	48	2.5	48	92	6	210	36	4	38	20	1.74
9270434--9270544	27	4.2	26	81	5	123	18	23	20	37	1.94
9274267--9274306	18	2.2	18	95	0	71	20	27	17	35	1.95
9287539--9287704	25	6.8	25	71	13	87	33	16	27	21	1.95
9287812--9287882	25	2.9	24	77	4	70	39	15	26	18	1.90
9289226--9289281	28	2.0	28	96	0	103	44	17	10	26	1.82
9290265--9290348	42	2.0	42	90	0	132	20	22	13	44	1.86
9292677--9292748	25	3.0	24	76	11	67	33	20	29	16	1.95
9292691--9292755	23	2.7	23	75	13	60	29	23	32	15	1.95
9305248--9305297	25	2.0	25	100	0	100	32	8	20	40	1.81
9305884--9305937	26	2.1	25	82	6	63	44	16	14	24	1.85
9306492--9306526	18	1.9	18	100	0	70	31	0	28	40	1.57
9309539--9309573	18	1.9	18	100	0	70	62	17	0	20	1.32
9312273--9312451	41	4.4	40	83	6	209	39	21	21	16	1.92
9312285--9312441	82	1.9	82	88	5	237	38	20	22	17	1.93
9312608--9312705	7	13.4	7	70	8	52	27	1	24	46	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9312620--9312700	21	3.7	21	75	12	81	28	1	25	44	1.62
9312623--9312716	46	2.0	46	95	0	170	29	2	25	42	1.67
9312776--9312871	36	2.7	36	80	13	101	23	0	38	37	1.55
9312955--9313017	22	2.9	22	88	2	92	28	3	44	23	1.69
9313018--9313121	7	14.7	7	70	8	59	21	0	30	48	1.51
9313042--9313161	21	5.6	21	67	12	57	21	0	35	43	1.53
9313061--9313130	28	2.5	28	86	6	88	20	0	35	44	1.52
9313071--9313129	15	4.1	15	78	6	59	18	0	35	45	1.50
9313078--9313159	36	2.3	36	84	0	101	21	0	36	41	1.54
9313383--9313592	67	3.0	71	88	5	304	53	10	9	26	1.64
9313730--9313773	18	2.4	18	85	7	54	22	40	0	36	1.54
9315685--9315740	23	2.5	22	72	8	60	33	16	25	25	1.95
9317979--9318012	17	1.9	18	94	5	61	35	11	29	23	1.90
9318324--9318422	43	2.3	43	89	0	153	24	18	29	28	1.98
9320072--9320100	15	1.9	15	100	0	58	44	0	13	41	1.44
9320070--9320112	15	3.2	13	78	18	52	37	0	13	48	1.43
9320125--9320172	20	2.5	20	86	10	64	25	6	2	66	1.26
9320719--9320755	19	1.9	19	100	0	74	43	29	10	16	1.82
9323804--9323886	36	2.3	36	81	10	89	32	22	22	21	1.98
9325316--9325365	10	5.0	10	85	9	75	22	8	2	68	1.26
9326025--9326058	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
9329449--9329487	21	1.9	20	84	5	51	53	10	5	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9338499--9338535	17	2.2	17	100	0	74	56	16	5	21	1.59
9346295--9346333	20	1.9	20	89	5	60	7	20	15	56	1.63
9350709--9350762	24	2.3	24	84	9	67	48	7	0	44	1.31
9350845--9350894	13	3.7	13	81	5	55	36	4	0	60	1.16
9350913--9350970	20	2.7	23	71	20	61	41	5	0	53	1.23
9350913--9350971	24	2.4	25	80	5	66	40	5	0	54	1.23
9350944--9351013	21	3.4	20	74	5	68	30	4	2	62	1.28
9351476--9351540	34	1.9	34	90	0	103	18	7	10	63	1.50
9351476--9351553	34	2.3	34	86	0	102	21	7	8	61	1.51
9355072--9355121	15	3.5	15	82	15	61	24	24	10	42	1.85
9363138--9363710	210	2.7	210	93	1	968	29	18	21	30	1.97
9365682--9365735	24	2.2	25	86	6	74	44	7	0	48	1.31
9365818--9365863	16	3.0	15	90	6	67	32	2	0	65	1.05
9365906--9365951	24	1.9	24	86	0	65	39	6	0	54	1.26
9365927--9365989	20	3.2	19	72	12	56	31	4	3	60	1.33
9365924--9365993	19	3.5	19	70	14	61	31	4	2	61	1.30
9366454--9366531	34	2.3	34	86	0	102	21	11	7	58	1.57
9368055--9368092	19	2.0	19	100	0	76	42	10	15	31	1.81
9372152--9372263	54	2.1	54	84	3	145	39	23	22	15	1.91
9372152--9372263	27	4.1	27	82	7	111	39	23	22	15	1.91
9372680--9372714	8	4.4	8	88	0	52	2	28	22	45	1.67
9378166--9378207	20	2.1	20	90	0	66	42	11	0	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9387173--9387261	23	3.9	23	90	0	115	10	4	34	50	1.56
9394236--9394262	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
9394247--9394280	9	3.9	9	88	7	52	55	8	2	32	1.45
9397186--9397230	6	7.5	6	87	0	63	80	0	6	13	0.91
9402588--9402614	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
9402599--9402632	9	3.9	9	88	7	52	58	5	2	32	1.37
9402599--9402632	17	2.0	17	94	0	59	58	5	2	32	1.37
9407214--9407259	21	2.2	21	84	3	58	50	17	10	21	1.77
9414321--9414537	46	4.7	47	91	2	300	21	23	13	41	1.88
9416603--9416634	11	2.9	11	100	0	64	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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