genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61225752--61225919	43	3.9	43	96	0	300	26	20	29	23	1.99
61225981--61226046	30	2.2	30	83	8	80	56	19	6	18	1.62
61226733--61226761	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
61226928--61226966	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
61231961--61232139	9	19.3	9	72	12	103	37	1	13	48	1.50
61231961--61232127	71	2.4	69	83	5	203	38	1	13	47	1.50
61231937--61232150	114	1.9	114	84	3	288	38	0	13	47	1.49
61232032--61232177	48	3.0	48	70	19	124	39	1	12	47	1.50
61231997--61232181	87	2.1	86	83	9	225	38	1	11	47	1.50
61232255--61232310	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
61232516--61233395	358	2.5	358	97	0	1667	37	12	15	35	1.84
61233445--61233482	20	1.9	20	88	0	58	47	10	10	31	1.72
61233843--61234176	183	1.8	183	98	0	650	41	14	17	26	1.87
61245081--61245110	14	2.2	13	94	5	51	36	16	0	46	1.47
61247993--61248140	40	3.7	40	91	0	233	21	26	20	31	1.98
61256577--61256724	40	3.7	40	91	0	233	21	26	20	31	1.98
61260039--61260087	15	3.5	15	68	21	52	30	0	51	18	1.47
61260038--61260098	26	2.3	26	94	0	113	29	0	49	21	1.50
61260054--61260101	11	4.0	11	75	19	51	31	0	45	22	1.53
61260379--61260436	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
61260413--61260456	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
61260693--61260736	21	2.0	22	91	4	72	43	38	0	18	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61260810--61260908	41	2.4	41	93	3	164	20	23	21	35	1.96
61260873--61260928	26	2.2	25	81	12	62	16	23	23	37	1.93
61260840--61260975	67	2.0	67	94	0	236	19	20	19	39	1.92
61260810--61261016	108	1.9	108	90	3	328	20	22	20	37	1.95
61260910--61261127	41	5.3	40	88	4	285	20	22	20	37	1.94
61261342--61261422	18	4.4	18	71	15	58	66	4	20	7	1.36
61264848--61265031	79	2.3	81	82	7	225	24	22	27	25	2.00
61264847--61265031	40	4.7	40	83	6	225	24	22	27	25	2.00
61264900--61265064	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
61266545--61266583	20	1.9	21	89	5	62	20	28	17	33	1.96
61269708--61269793	27	3.2	27	81	3	75	39	22	12	25	1.89
61269747--61269863	27	4.3	27	82	2	112	40	19	18	21	1.92
61270209--61270246	18	2.1	18	95	0	67	21	18	18	42	1.90
61272079--61272147	21	3.4	21	84	11	74	65	1	21	11	1.33
61272126--61272168	6	7.0	6	78	5	50	67	2	27	2	1.15
61272114--61272160	19	2.5	19	89	3	69	68	2	23	6	1.24
61272114--61272167	19	2.9	19	86	2	56	68	1	24	5	1.21
61278156--61278518	47	7.6	47	91	3	541	34	8	29	28	1.87
61278156--61278518	143	2.6	143	89	3	563	34	8	29	28	1.87
61290780--61290876	34	3.0	31	83	8	106	28	26	22	21	1.99
61299864--61299980	62	1.9	61	87	5	175	50	4	4	41	1.41
61300394--61300444	19	2.7	18	88	11	75	39	0	3	56	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61300395--61300445	5	10.4	5	77	10	52	37	0	3	58	1.16
61304531--61304698	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
61304554--61304698	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
61305888--61305963	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
61312582--61312692	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
61312605--61312748	40	3.6	39	85	5	182	22	26	25	25	2.00
61337791--61338059	48	5.6	48	77	7	235	28	17	27	25	1.97
61337786--61338058	96	2.8	96	78	3	298	28	18	27	25	1.98
61339084--61339177	28	3.4	28	98	0	179	21	21	41	15	1.90
61341483--61341696	40	5.4	40	88	2	290	24	22	27	26	2.00
61349567--61349780	40	5.5	39	88	7	294	23	23	28	24	2.00
61356661--61356877	40	5.5	40	84	4	255	23	22	26	27	2.00
61356703--61356863	79	2.0	80	89	3	245	23	21	28	26	1.99
61362373--61362551	46	3.8	49	76	13	171	28	29	21	20	1.98
61362380--61362551	93	1.8	93	91	0	281	27	29	21	20	1.98
61366244--61366308	32	2.0	32	100	0	130	44	0	6	49	1.27
61366286--61366333	15	3.3	14	77	8	51	47	2	2	47	1.25
61378708--61378877	93	1.8	93	93	0	295	28	29	21	21	1.98
61378700--61378875	46	3.8	46	80	15	209	28	29	20	21	1.98
61380164--61380258	50	1.9	49	93	2	163	26	14	27	31	1.95
61388916--61388987	23	3.1	23	79	0	90	19	18	19	43	1.89
61389208--61389264	29	2.0	29	89	0	87	17	15	40	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61397166--61397235	26	2.7	26	88	0	104	22	28	24	24	1.99
61405083--61405163	21	3.9	21	70	12	67	27	16	27	29	1.97
61409121--61409157	17	2.1	18	90	5	58	27	10	32	29	1.90
61416735--61416911	85	2.1	85	89	0	264	23	32	23	20	1.98
61418431--61418596	36	4.8	35	86	3	194	43	28	9	18	1.81
61418422--61418616	35	5.6	35	84	3	171	43	30	9	16	1.80
61418422--61418596	71	2.5	70	79	5	203	43	29	9	17	1.80
61422147--61422312	42	4.0	42	76	8	135	21	17	25	34	1.95
61427295--61427412	40	2.9	40	85	6	148	26	24	26	22	2.00
61434129--61434421	146	2.0	146	95	0	532	25	25	14	34	1.94
61434860--61435105	68	3.6	68	85	3	307	23	19	19	37	1.94
61437309--61437436	45	2.8	46	80	4	145	22	22	13	41	1.88
61440468--61440582	37	3.1	37	87	2	151	26	27	17	27	1.98
61440709--61440852	48	3.0	48	95	0	252	30	27	7	34	1.85
61440822--61441011	94	2.0	94	86	0	263	25	31	11	31	1.91
61440822--61440986	47	3.5	47	93	0	267	24	31	13	30	1.93
61446664--61446725	32	1.9	32	96	0	115	32	8	8	51	1.60
61447122--61447191	27	2.6	27	97	2	131	38	11	14	35	1.82
61450381--61450420	11	3.4	11	81	18	53	55	0	27	17	1.43
61450391--61450417	14	1.9	14	100	0	54	55	0	22	22	1.44
61456769--61456801	10	3.4	10	87	4	50	90	0	9	0	0.44
61456769--61456804	18	2.1	16	90	10	54	88	0	11	0	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61461590--61461622	17	1.9	17	88	11	50	48	0	15	36	1.45
61464178--61464372	74	2.6	73	83	1	228	26	24	21	28	1.99
61464253--61464397	37	3.9	36	71	15	125	25	27	20	26	1.99
61464179--61464409	37	6.2	36	69	13	121	24	24	21	29	1.99
61464251--61464485	111	2.1	111	81	3	276	23	24	22	28	1.99
61466800--61467265	235	2.0	237	93	0	810	24	24	10	40	1.87
61467769--61467838	35	2.0	35	97	0	131	62	12	8	15	1.52
61473019--61473197	48	3.7	48	81	1	198	30	30	13	25	1.94
61481186--61481299	43	2.7	41	82	9	124	22	18	28	29	1.97
61483549--61483582	10	3.0	12	83	16	54	35	32	0	32	1.58
61488435--61488524	45	2.0	45	95	0	162	36	0	24	38	1.56
61488870--61488991	47	2.6	47	94	0	208	36	13	22	27	1.92
61488970--61489163	55	3.6	54	85	4	257	35	18	24	21	1.95
61491713--61491737	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
61499798--61499822	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
61506132--61506243	24	4.6	24	76	2	89	25	27	16	29	1.97
61506132--61506243	49	2.3	48	83	7	129	25	27	16	29	1.97
61506613--61506650	19	2.0	20	89	5	60	21	7	0	71	1.11
61509457--61509519	31	2.0	31	87	0	90	34	15	19	30	1.93
61513083--61513141	24	2.5	24	85	0	73	27	32	18	22	1.97
61513559--61513597	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
61515774--61515913	43	3.2	44	77	12	141	31	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61517857--61517922	17	3.9	17	75	18	66	63	0	1	34	1.04
61518178--61518254	19	3.7	19	72	25	59	62	1	5	31	1.25
61518198--61518331	30	4.3	30	71	20	98	62	0	2	33	1.15
61518177--61518302	44	2.9	45	79	8	127	61	0	4	32	1.22
61518265--61518325	7	8.1	7	79	13	68	62	0	0	37	0.96
61518177--61518323	23	6.6	23	72	15	98	61	0	4	34	1.20
61522017--61522131	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
61522042--61522131	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
61528836--61528874	14	2.7	15	80	8	53	30	5	7	56	1.49
61529859--61529948	28	3.2	27	81	7	101	31	21	25	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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