genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70529652--70529842	40	4.8	40	90	3	217	27	27	20	24	1.99
70529623--70529841	80	2.8	79	80	6	237	28	27	20	23	1.99
70529696--70529841	40	3.7	40	92	3	224	28	26	20	23	1.99
70536259--70536483	40	5.6	40	82	4	265	25	24	26	24	2.00
70536259--70536519	80	3.3	80	80	5	278	26	22	25	25	2.00
70536259--70536483	120	1.9	121	83	6	296	25	24	26	24	2.00
70541076--70541145	29	2.5	29	79	6	83	10	35	8	45	1.68
70543367--70543408	4	10.0	4	85	14	50	76	0	2	21	0.90
70549248--70549281	14	2.4	14	90	0	50	35	2	20	41	1.68
70550966--70551290	48	6.8	47	78	5	262	28	18	28	23	1.98
70550961--70551289	144	2.3	144	82	2	392	27	18	29	24	1.98
70552404--70552443	21	1.9	21	84	0	53	12	32	30	25	1.92
70552883--70552926	15	2.9	15	89	0	70	11	13	13	61	1.57
70556014--70556099	45	1.9	44	90	6	138	24	13	24	37	1.92
70562503--70562570	6	12.0	6	75	12	63	75	5	0	19	1.01
70562503--70562570	23	3.0	23	80	2	75	75	5	0	19	1.01
70564003--70564036	18	1.9	17	94	5	59	73	0	11	14	1.10
70564083--70564117	17	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
70566370--70566421	9	6.0	8	77	16	50	78	0	21	0	0.74
70566370--70566429	19	3.0	20	90	7	95	76	0	23	0	0.78
70568366--70568593	46	5.0	46	92	1	332	38	14	24	21	1.92
70568872--70568925	15	3.4	17	72	12	51	50	3	18	27	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70573886--70574059	85	2.0	85	82	2	206	29	18	17	34	1.94
70578134--70578183	20	2.5	20	90	0	82	44	24	18	14	1.86
70578374--70578400	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
70585560--70585619	4	15.0	4	82	6	77	26	1	25	46	1.62
70587160--70587203	22	2.0	22	90	0	70	36	22	22	18	1.95
70603868--70603995	43	3.0	42	77	7	132	32	25	15	26	1.95
70611715--70611742	10	2.8	10	100	0	56	57	10	0	32	1.33
70613030--70613098	35	2.0	35	97	0	129	43	11	13	31	1.79
70620209--70620256	20	2.3	22	85	7	64	37	2	0	60	1.09
70620211--70620268	20	3.0	20	78	16	59	41	1	0	56	1.09
70620833--70620879	17	2.8	16	84	12	58	51	2	0	46	1.13
70620853--70620898	20	2.3	20	81	7	58	45	0	2	52	1.13
70621996--70622051	30	1.9	28	89	7	85	25	35	0	39	1.56
70622106--70622164	31	1.9	31	89	3	93	23	30	1	44	1.64
70627044--70627101	19	2.7	21	78	19	66	50	0	1	48	1.11
70627085--70627117	16	2.0	17	88	5	50	54	6	0	39	1.25
70627645--70627728	34	2.5	34	76	7	82	40	1	14	44	1.53
70627720--70627761	22	1.9	22	100	0	84	47	0	14	38	1.44
70627661--70627818	86	1.8	86	93	2	273	38	1	18	41	1.61
70631080--70631210	49	2.7	49	84	2	174	22	28	22	27	1.99
70632626--70632700	37	2.0	37	97	0	141	50	5	20	24	1.68
70635567--70635716	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70635591--70635774	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
70640007--70640156	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
70640031--70640214	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
70663298--70663468	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
70663291--70663465	46	3.8	46	78	14	207	29	29	20	20	1.98
70670815--70670986	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
70670808--70670983	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
70672892--70673017	48	2.7	48	87	2	184	30	19	23	26	1.98
70673039--70673155	46	2.6	44	81	11	123	28	20	27	23	1.99
70674355--70674393	21	1.9	21	94	5	71	10	38	30	20	1.86
70679217--70679404	49	3.8	49	84	2	241	26	18	25	29	1.98
70679212--70679404	100	1.9	100	94	0	341	26	18	24	30	1.98
70682816--70683005	38	4.9	38	84	3	211	30	25	21	23	1.99
70682838--70683005	76	2.2	77	88	5	250	29	24	21	25	1.99
70686591--70686750	38	4.2	38	86	3	214	30	24	22	23	1.99
70686561--70686721	76	2.1	78	89	2	245	32	24	20	21	1.97
70690789--70690955	47	3.5	46	80	9	169	27	19	29	23	1.98
70690789--70690964	50	3.7	48	76	13	161	27	19	28	23	1.98
70694427--70694493	34	1.9	35	85	8	93	44	11	23	19	1.84
70697124--70697254	65	2.0	65	95	0	235	24	14	17	43	1.86
70703373--70703420	26	2.0	22	84	15	60	43	6	10	39	1.64
70704687--70704725	20	1.9	21	84	5	53	20	0	10	69	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70709205--70709263	27	2.2	27	87	0	82	23	22	10	44	1.83
70714035--70714066	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
70714283--70714661	50	7.5	50	75	7	345	29	25	17	27	1.98
70714270--70714661	151	2.6	151	92	1	651	29	25	18	27	1.98
70714470--70714652	101	1.8	101	85	0	258	30	24	18	27	1.98
70715009--70715055	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
70725025--70725295	48	5.6	51	77	14	197	23	29	19	28	1.98
70725023--70725297	94	2.9	94	83	6	315	23	28	20	27	1.99
70724978--70725295	147	2.2	146	80	8	332	24	27	19	28	1.99
70727554--70727636	43	1.9	43	97	0	157	39	24	13	22	1.90
70731482--70731521	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
70732632--70733001	47	7.8	48	72	11	255	23	28	20	27	1.99
70736232--70736262	16	1.9	16	100	0	62	54	12	19	12	1.70
70739376--70739677	27	11.2	27	77	7	256	38	21	10	29	1.86
70739383--70739701	81	3.9	79	80	5	284	40	20	10	29	1.85
70739715--70739909	27	7.2	27	84	3	259	35	19	20	25	1.96
70739688--70739908	54	4.1	53	80	10	209	37	19	18	25	1.94
70739580--70739910	81	4.1	81	77	9	264	38	19	16	26	1.92
70740052--70740082	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
70740113--70740182	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
70740112--70740207	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
70740113--70740207	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70742459--70742775	27	11.8	26	74	4	166	38	21	11	28	1.89
70742459--70742752	108	2.7	108	78	7	310	38	21	11	28	1.89
70742459--70742692	54	4.3	54	76	7	217	38	21	11	28	1.88
70742604--70742927	81	4.0	78	81	9	242	35	19	17	26	1.94
70742704--70742926	27	8.3	27	89	2	315	34	20	19	24	1.96
70743129--70743198	25	2.8	25	95	0	122	28	25	21	24	1.99
70743129--70743223	25	3.8	25	86	6	113	29	24	22	24	1.99
70747980--70748025	13	3.5	13	87	0	56	2	23	45	28	1.65
70771165--70771203	16	2.5	16	87	4	62	58	0	12	28	1.34
70773481--70773643	42	3.8	42	80	8	147	30	26	17	25	1.97
70774894--70774924	15	2.1	15	100	0	62	38	9	12	38	1.77
70781893--70782005	23	4.8	23	76	14	83	34	14	22	29	1.93
70781893--70782005	46	2.4	46	78	12	115	34	14	22	29	1.93
70800551--70800577	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
70800614--70800647	15	2.2	16	94	5	61	82	0	17	0	0.67
70802273--70802340	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
70802447--70802514	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
70802622--70802693	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
70802162--70802662	174	2.9	174	97	0	941	31	24	13	29	1.94
70810582--70810649	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
70810471--70810798	174	1.9	174	94	0	584	30	24	14	30	1.95
70810751--70810829	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70815076--70815116	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
70816331--70816360	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
70820676--70820713	18	2.0	20	85	10	53	39	2	18	39	1.65
70826761--70826945	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
70826814--70826978	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
70829425--70829787	46	7.7	49	77	12	293	23	28	19	27	1.98
70829421--70829790	94	3.9	94	76	14	329	24	28	19	27	1.98
70829428--70829788	140	2.5	142	83	7	450	24	28	19	27	1.98
70836032--70836088	27	2.1	27	83	6	71	36	19	21	22	1.95
70836067--70836159	27	3.4	27	86	0	105	23	18	19	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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