genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96784815--96785035	46	4.8	46	83	9	288	29	27	20	22	1.99
96798133--96798220	27	3.2	27	86	1	113	26	12	29	31	1.93
96800669--96800843	54	3.3	54	80	7	185	29	27	15	27	1.96
96800694--96800842	27	5.6	27	84	3	158	29	27	16	26	1.97
96801367--96801420	26	2.1	26	100	0	108	24	25	7	42	1.80
96804028--96804173	37	4.0	37	94	1	249	26	31	18	23	1.97
96804028--96804173	73	2.0	73	93	1	247	26	31	18	23	1.97
96804381--96804565	47	3.9	47	90	0	280	25	28	12	33	1.92
96815795--96816164	27	13.7	27	89	1	490	30	14	16	38	1.88
96816157--96816219	27	2.3	27	86	0	81	41	17	19	22	1.90
96816608--96816700	35	2.7	35	86	1	134	38	18	16	26	1.91
96816610--96816732	34	3.6	34	82	3	140	34	20	17	26	1.95
96825726--96825811	26	3.3	26	77	3	93	17	12	29	40	1.86
96825811--96825878	34	2.0	34	94	0	118	25	11	17	45	1.82
96825795--96825881	34	2.9	29	73	17	77	22	10	21	44	1.82
96830044--96830088	20	2.2	20	100	0	90	44	20	17	17	1.87
96846056--96846084	13	2.2	13	100	0	58	31	51	6	10	1.62
96852713--96852769	26	2.2	26	90	6	89	43	24	19	12	1.85
96852713--96852781	26	2.8	25	82	10	70	43	23	18	14	1.87
96854672--96854713	21	2.0	21	90	0	66	38	7	16	38	1.76
96858479--96858653	46	3.8	46	78	15	180	28	28	20	22	1.99
96858491--96858561	20	3.2	20	66	27	54	28	28	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96858484--96858673	46	4.1	44	71	18	109	28	27	20	23	1.99
96861489--96861529	21	1.9	22	85	14	59	58	4	4	31	1.40
96861924--96861955	5	6.4	5	100	0	64	62	0	0	37	0.95
96863707--96863731	13	1.9	13	100	0	50	40	8	32	20	1.81
96866651--96866731	29	2.8	29	78	10	76	55	1	3	39	1.25
96867105--96867154	26	1.9	26	83	0	64	32	2	4	62	1.25
96867695--96867744	25	2.0	25	96	0	91	34	4	4	58	1.36
96867777--96867827	26	1.9	26	84	4	66	62	0	1	35	1.06
96872097--96872268	46	3.7	46	74	9	170	23	20	26	29	1.99
96872089--96872261	93	1.9	93	95	2	312	23	21	26	28	1.99
96874112--96874190	39	2.0	39	100	0	158	17	15	30	36	1.91
96878337--96878514	27	6.6	27	83	5	198	27	15	27	29	1.96
96878339--96878493	82	1.9	81	88	4	231	27	15	27	29	1.96
96880702--96880938	43	5.5	43	91	2	368	27	28	20	23	1.99
96884442--96884756	47	6.6	49	93	3	520	34	7	28	29	1.85
96884442--96884756	96	3.3	96	94	1	535	34	7	28	29	1.85
96892489--96892610	43	2.8	43	91	4	185	23	31	22	22	1.99
96894612--96894830	46	4.7	46	79	5	253	22	18	27	31	1.97
96897989--96898053	26	2.5	26	73	16	71	63	0	1	35	1.04
96898850--96898892	21	2.0	22	82	13	54	46	2	0	51	1.13
96902322--96902499	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
96902323--96902478	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96902319--96902499	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
96910376--96910499	27	4.6	27	86	2	149	25	16	29	29	1.96
96910376--96910499	55	2.3	54	85	1	158	25	16	29	29	1.96
96912994--96913239	122	2.0	122	99	0	483	30	13	17	38	1.88
96924521--96924563	17	2.5	17	88	3	59	25	0	0	74	0.82
96924521--96924563	12	3.7	12	78	6	52	25	0	0	74	0.82
96925566--96925592	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
96929906--96930017	32	3.6	32	69	13	99	34	15	25	24	1.94
96929886--96930116	61	3.8	61	83	1	293	33	15	25	25	1.95
96939764--96939797	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
96947900--96948103	43	4.7	43	93	0	345	29	29	19	21	1.97
96949593--96949642	23	2.2	23	82	13	59	40	18	16	26	1.90
96949677--96949766	27	3.3	26	81	9	101	21	20	18	40	1.92
96949758--96950376	27	22.7	27	88	3	812	37	16	14	30	1.89
96950168--96950237	34	2.1	34	94	0	122	42	17	11	28	1.83
96952344--96952372	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
96955661--96955686	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
96956752--96957034	47	5.9	47	90	3	431	29	30	7	32	1.85
96956752--96957034	96	3.0	96	93	1	462	29	30	7	32	1.85
96960584--96960679	9	11.0	9	80	7	101	34	0	18	46	1.49
96960793--96960831	19	2.0	20	85	9	55	33	0	7	58	1.26
96961117--96961161	19	2.3	20	81	14	58	62	6	2	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96963637--96963663	14	1.9	14	100	0	54	37	0	29	33	1.58
96964789--96964866	22	3.3	22	77	19	93	32	46	0	21	1.52
96964789--96964847	28	2.1	28	90	0	91	30	47	0	22	1.51
96964789--96964866	15	5.4	14	77	10	68	32	46	0	21	1.52
96965099--96965225	42	3.1	42	83	4	168	26	19	19	33	1.96
96965095--96965244	40	3.7	40	83	3	183	29	20	20	30	1.97
96965301--96965450	40	3.8	40	76	8	144	26	22	19	32	1.97
96967643--96967707	25	2.6	25	76	9	69	49	20	15	15	1.80
96968850--96968885	18	2.1	17	89	5	54	33	5	8	52	1.55
96977696--96978258	293	1.9	293	87	1	815	33	16	20	29	1.94
96986076--96986135	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
96986103--96986244	71	2.1	69	82	5	171	30	21	26	21	1.98
96993550--96993689	67	2.1	67	86	2	190	31	22	27	18	1.97
96996043--96996192	43	3.5	43	75	5	151	30	16	22	31	1.95
96998315--96998600	56	5.1	56	87	2	387	32	24	15	27	1.95
96998546--96998641	43	2.2	43	83	3	113	32	22	15	29	1.95
97002306--97002388	43	1.9	43	92	0	139	16	20	33	28	1.95
97006860--97007009	43	3.5	43	74	8	144	29	15	24	31	1.95
97009063--97009309	56	4.4	56	85	3	329	33	23	14	28	1.94
97009254--97009351	43	2.3	43	83	3	117	32	23	15	28	1.95
97010929--97011099	85	2.0	85	98	0	333	38	8	26	26	1.85
97012374--97012921	47	11.6	47	92	2	755	33	9	29	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97015344--97015418	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
97015476--97015828	40	8.9	40	90	2	534	24	20	28	26	1.99
97015476--97015828	79	4.5	80	90	2	534	24	20	28	26	1.99
97017744--97019081	47	28.3	47	93	4	2237	29	30	8	31	1.87
97017744--97019081	96	14.1	94	94	3	2237	29	30	8	31	1.87
97023427--97023776	40	8.8	40	92	0	560	26	29	21	23	1.99
97025193--97026098	49	18.1	47	73	20	561	28	31	8	30	1.88
97025193--97025684	99	5.0	95	79	15	491	29	31	8	30	1.87
97025659--97025714	25	2.3	25	88	11	89	26	32	12	28	1.93
97025824--97026101	151	1.9	147	84	13	381	28	31	8	30	1.88
97031260--97032598	47	28.3	47	91	5	2087	31	8	30	29	1.87
97034500--97034856	40	8.9	40	91	0	536	26	28	21	24	1.99
97034915--97034989	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
97037383--97037923	47	11.5	47	87	7	672	27	29	9	32	1.88
97037383--97037907	286	1.9	279	83	7	684	27	30	9	32	1.89
97042826--97043005	40	4.6	40	82	2	105	23	26	24	25	2.00
97042861--97043005	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
97052337--97052525	40	4.7	40	92	2	308	24	26	22	26	2.00
97066049--97066235	96	1.9	96	91	0	302	12	32	15	40	1.84
97067001--97067039	16	2.4	17	86	4	53	48	33	5	12	1.63
97068398--97068460	29	2.2	29	85	0	81	31	12	25	30	1.93
97072172--97072215	20	2.2	20	87	0	61	36	25	4	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97072294--97072422	42	3.0	42	78	6	136	31	27	13	28	1.94
97082895--97083196	27	11.2	27	82	5	342	27	21	9	41	1.84
97083201--97083395	27	7.2	27	78	6	189	34	16	19	28	1.94
97083200--97083396	54	3.6	54	84	1	209	35	17	19	28	1.94
97083209--97083394	81	2.3	81	85	1	239	34	16	19	28	1.94
97083595--97083677	27	3.1	27	84	8	107	20	20	21	37	1.95
97083765--97083823	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
97083988--97084061	27	2.8	27	80	10	80	18	22	20	37	1.94
97084204--97084280	6	12.8	6	84	10	104	19	16	14	49	1.80
97084179--97084280	30	3.4	30	91	1	159	18	17	15	48	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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