Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  18  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5134049--5134116
35
2.0
34
82
2
82
36
8
1
52
1.42
5134170--5134227
19
3.1
19
78
14
66
31
5
0
63
1.16
5140799--5140826
12
2.3
12
100
0
56
28
7
17
46
1.75
5142233--5142260
13
2.2
13
100
0
56
53
14
0
32
1.41
5142680--5142746
34
1.9
35
84
3
91
49
10
5
34
1.62
5143729--5143763
18
1.9
18
88
11
54
14
2
2
80
0.95
5149292--5149351
30
2.0
30
83
3
75
31
6
8
53
1.57
5152344--5152473
56
2.4
53
81
8
138
56
11
8
23
1.62
5152389--5152435
25
1.9
23
83
12
58
61
8
10
19
1.53
5152366--5152473
56
1.9
56
83
7
139
56
12
8
23
1.62
5154588--5154645
17
3.5
17
69
19
50
53
0
3
43
1.17
5166021--5166059
19
2.1
19
95
0
69
10
23
10
56
1.63
5167541--5167573
13
2.4
14
85
5
50
57
0
0
42
0.98
5169462--5169582
35
3.7
33
82
8
140
47
4
7
39
1.53
5169684--5169745
30
2.1
30
82
11
76
38
3
3
54
1.32
5170919--5170956
18
2.0
20
90
10
62
42
5
0
52
1.24
5172016--5172093
31
2.6
30
83
6
86
50
12
3
33
1.59
5173757--5173792
16
2.3
16
95
4
65
72
5
2
19
1.17
5174557--5174658
51
2.0
51
96
0
186
52
5
0
40
1.32
5174776--5174855
28
2.9
27
80
12
90
56
2
16
25
1.53
5174793--5174855
14
4.5
14
77
0
54
55
3
15
25
1.55
5178725--5178762
19
1.9
19
89
5
58
50
2
2
44
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5178725--5178769
19
2.3
19
84
7
54
48
2
4
44
1.35
5185684--5185733
26
2.0
24
88
7
73
30
0
6
64
1.18
5186278--5186323
15
2.9
16
75
12
58
69
0
0
30
0.89
5186245--5186315
27
2.5
29
76
19
87
63
1
0
35
1.03
5189232--5189293
27
2.3
26
76
13
63
48
11
1
38
1.49
5191215--5191387
93
1.9
93
88
2
267
28
28
20
22
1.98
5191208--5191377
46
3.7
47
75
13
172
30
28
19
21
1.98
5191259--5191402
46
3.1
46
73
14
134
29
27
19
22
1.98
5193842--5194089
130
1.9
131
89
2
392
36
16
19
27
1.93
5199817--5199889
36
2.0
36
97
0
137
36
17
8
36
1.80
5204257--5204350
26
3.4
26
69
18
82
54
2
5
38
1.35
5204256--5204354
34
3.2
34
60
28
85
53
2
5
39
1.34
5204257--5204371
57
2.0
57
98
0
221
53
1
7
36
1.40
5208385--5208671
158
1.8
157
85
3
407
32
10
11
45
1.74
5211578--5211620
22
2.0
22
95
0
77
27
25
20
25
1.99
5215698--5215739
10
3.9
11
81
15
52
73
11
11
2
1.18
5215689--5215733
17
2.5
17
85
7
54
80
6
11
2
0.99
5216803--5216830
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
5219720--5219777
25
2.2
24
80
14
62
58
1
1
37
1.18
5224523--5224582
31
2.0
30
90
3
93
66
0
5
28
1.12
5224831--5224877
8
5.6
8
79
18
51
25
0
0
74
0.82
5224971--5225018
20
2.4
20
83
13
55
41
6
0
52
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5224979--5225028
20
2.4
21
83
3
66
36
6
2
56
1.36
5234633--5234672
21
1.9
21
84
0
53
60
10
7
22
1.54
5234965--5234995
15
2.0
16
93
6
55
29
0
0
70
0.87
5239412--5239443
16
2.0
16
93
0
55
34
6
9
50
1.60
5241488--5241585
32
3.1
32
80
5
110
29
4
4
62
1.32
5242011--5242068
30
1.9
31
89
3
91
51
8
13
25
1.70
5242047--5242100
24
2.2
24
86
0
81
57
11
7
24
1.58
5243367--5243511
72
2.0
72
100
0
290
38
17
11
32
1.85
5249400--5249446
22
2.2
21
84
3
58
36
21
8
34
1.84
5249417--5249495
19
4.2
19
87
9
117
34
16
11
37
1.85
5249419--5249505
36
2.4
36
76
16
108
34
16
11
37
1.84
5249852--5249963
45
2.5
45
89
1
163
21
32
14
32
1.93
5250065--5250666
89
6.8
89
81
8
655
29
21
16
32
1.95
5250113--5250666
176
3.1
175
88
5
703
28
21
16
33
1.95
5250789--5250944
41
3.8
41
73
14
131
23
21
25
30
1.99
5250830--5251448
84
7.4
84
89
4
944
25
21
22
31
1.98
5250830--5251450
167
3.7
168
90
3
957
24
21
22
31
1.98
5250830--5251448
251
2.5
251
90
3
951
25
21
22
31
1.98
5252398--5252504
1
107.0
1
71
0
79
8
5
0
85
0.72
5252397--5252504
7
15.7
7
89
6
125
9
5
0
85
0.75
5258146--5258192
21
2.2
21
81
11
51
34
21
6
38
1.79
5258163--5258260
19
5.2
19
88
7
146
35
16
10
37
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5258183--5258254
36
2.0
36
97
0
135
36
13
12
37
1.83
5258605--5258692
44
2.0
44
88
0
131
50
14
11
23
1.76
5261478--5261522
13
3.4
13
82
14
56
26
0
2
71
0.98
5262311--5262361
18
2.8
18
77
14
50
54
0
5
39
1.24
5263284--5263321
6
6.3
6
90
0
58
18
21
18
42
1.90
5273333--5273358
13
2.0
13
100
0
52
23
23
15
38
1.92
5275700--5275837
3
46.3
3
67
7
57
28
8
3
59
1.44
5275828--5275890
25
2.5
24
80
10
63
36
7
1
53
1.40
5276227--5276282
21
2.5
23
83
13
64
23
12
1
62
1.39
5280398--5280443
24
1.9
24
86
8
67
41
4
6
47
1.49
5280465--5280498
17
2.0
17
88
11
52
70
8
0
20
1.13
5293503--5293545
21
2.0
21
82
8
52
25
16
32
25
1.96
5294205--5294277
18
3.9
19
94
3
123
36
10
15
36
1.82
5294753--5294804
14
3.6
14
76
19
52
38
1
0
59
1.08
5294788--5294837
26
1.9
26
83
0
64
36
4
0
60
1.16
5305962--5306012
18
2.8
18
85
5
59
29
5
3
60
1.38
5306629--5306777
62
2.4
62
85
3
183
32
9
12
44
1.75
5308239--5308335
39
2.5
39
100
0
194
32
27
13
25
1.93
5308808--5308842
17
2.1
17
88
0
52
45
0
2
51
1.16
5308917--5309477
280
2.0
278
97
0
1068
39
6
15
38
1.73
5314087--5314140
19
2.8
19
97
2
99
33
25
14
25
1.95
5318963--5319000
18
2.1
18
90
0
58
60
7
2
28
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5318979--5319033
23
2.4
22
79
11
58
58
3
5
32
1.38
5321291--5321344
27
2.0
27
82
7
65
46
1
1
50
1.23
5321403--5321453
22
2.3
24
77
19
65
64
5
1
27
1.27
5323623--5323660
20
1.9
19
85
15
51
34
5
0
60
1.19
5325217--5325275
31
1.9
30
83
16
77
62
0
6
30
1.21
5325854--5325891
20
1.9
19
85
15
51
60
0
5
34
1.19
5333404--5333448
20
2.2
20
80
7
56
80
0
15
4
0.87
5334572--5334642
35
2.0
35
94
0
124
16
25
30
26
1.97
5342031--5342139
11
9.9
11
73
20
59
77
3
13
4
1.05
5342045--5342129
8
10.0
8
69
20
57
78
2
15
3
0.98
5342043--5342145
44
2.3
43
82
14
122
78
2
12
5
1.04
5342044--5342128
9
9.8
9
69
12
61
80
2
14
3
0.95
5342871--5342941
35
2.0
35
94
0
124
15
26
32
25
1.95
5344102--5344345
127
1.9
127
89
3
375
31
20
23
24
1.98
5344157--5344517
172
2.1
172
93
1
616
29
20
24
25
1.99
5344102--5345043
299
3.2
297
81
7
1161
30
20
24
25
1.98
5344577--5345051
172
2.8
172
87
0
691
30
19
24
25
1.98
5344314--5344771
127
3.6
127
93
0
754
30
19
24
25
1.98
5344867--5345006
45
3.1
45
89
0
208
26
19
27
27
1.99
5346517--5346555
20
1.9
19
85
10
51
33
5
0
61
1.18
5346630--5346655
12
2.2
12
100
0
52
23
7
0
69
1.14
5349000--5349046
19
2.3
21
89
10
80
70
4
0
25
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5354829--5354887
21
2.7
22
79
10
68
62
5
1
30
1.26
5360274--5360318
11
4.1
11
82
0
54
35
0
4
60
1.17
5360618--5360705
19
4.3
19
67
24
54
30
6
5
56
1.49
5372553--5373513
72
13.0
72
84
7
1070
31
16
19
33
1.94
5372545--5373513
151
6.5
145
86
6
1119
31
16
18
33
1.93
5372553--5373517
223
4.3
222
84
6
1140
31
16
18
33
1.94
5372545--5373723
151
7.8
147
83
8
1089
31
16
18
33
1.93
5373440--5373610
93
1.8
93
86
2
245
26
20
20
32
1.97
5373510--5373723
79
2.7
78
83
5
252
30
16
17
35
1.92
5373706--5373784
30
2.6
30
91
0
131
21
7
32
37
1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349