genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3209471--3209505	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
3210781--3210830	25	2.0	26	88	4	75	38	2	2	58	1.21
3216544--3216586	22	2.0	22	100	0	86	67	0	27	4	1.10
3226545--3226829	43	6.6	43	81	3	324	26	18	27	27	1.98
3226547--3226829	129	2.2	130	83	5	360	26	19	26	27	1.99
3232588--3232706	9	12.6	9	75	10	94	31	0	20	47	1.56
3232592--3232694	39	2.7	41	76	20	107	31	0	21	46	1.58
3232603--3232700	27	3.5	27	81	8	106	31	1	20	46	1.57
3232590--3232700	57	1.9	57	87	0	159	31	0	20	46	1.57
3232621--3232695	39	1.9	39	94	0	132	34	0	20	45	1.51
3232821--3233429	205	3.0	205	98	0	1155	32	14	19	33	1.92
3233562--3233611	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
3239335--3239367	15	2.2	15	89	10	50	72	3	0	24	0.98
3239496--3239539	16	2.6	17	78	7	54	47	2	6	43	1.42
3239702--3239877	72	2.4	72	82	5	194	37	33	1	27	1.67
3240091--3240127	16	2.5	14	91	8	56	48	32	0	18	1.49
3240918--3241018	41	2.4	43	80	8	111	29	21	14	33	1.94
3241196--3241272	40	1.9	41	86	7	113	27	20	16	35	1.95
3242110--3242157	7	6.7	7	76	4	51	43	2	0	54	1.12
3242111--3242149	15	2.6	14	88	8	51	43	0	0	56	0.99
3242110--3242154	22	2.0	22	86	0	63	46	2	0	51	1.13
3249832--3249881	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3254461--3254510	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
3269930--3270012	42	2.0	43	82	2	105	50	1	7	40	1.38
3270146--3270177	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
3278954--3278983	14	2.1	15	93	6	53	23	6	13	56	1.60
3281501--3281539	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
3281500--3281539	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
3285606--3285704	10	10.6	9	70	19	60	32	1	2	64	1.11
3285605--3285678	30	2.5	30	80	12	89	35	1	1	62	1.12
3287331--3287616	3	94.3	3	66	11	73	59	2	10	27	1.43
3287336--3287496	18	9.5	17	70	12	100	58	1	10	29	1.39
3295783--3295845	30	2.1	30	93	0	90	58	11	3	26	1.47
3296389--3296435	19	2.6	19	81	15	55	65	2	0	31	1.04
3301814--3301865	22	2.7	20	75	18	56	69	9	1	19	1.26
3304978--3305056	27	2.9	27	79	5	79	21	31	12	34	1.91
3305780--3305834	23	2.4	23	75	6	58	63	1	3	30	1.22
3306026--3306125	28	3.6	27	76	14	98	31	3	1	65	1.15
3306231--3306394	86	1.9	84	86	8	233	30	10	20	38	1.87
3307397--3307444	23	2.2	23	85	14	66	62	0	0	37	0.95
3308830--3308864	17	2.1	17	100	0	70	28	54	0	17	1.43
3309387--3309424	10	3.8	10	86	6	51	23	5	0	71	1.07
3309440--3309478	19	2.0	21	90	10	64	35	0	0	64	0.94
3315925--3316051	64	2.0	64	92	0	209	29	19	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3316156--3316399	133	1.8	134	88	4	377	28	20	20	31	1.97
3316163--3316439	133	2.1	133	83	6	339	29	18	21	30	1.97
3316832--3317042	45	4.7	45	71	14	175	27	18	22	30	1.98
3316254--3316917	355	1.9	355	89	1	1044	29	18	21	29	1.97
3316254--3316917	178	3.7	178	90	1	1012	29	18	21	29	1.97
3316786--3317185	134	3.0	133	91	1	631	30	18	21	30	1.96
3316430--3317361	311	3.0	312	76	9	1063	30	18	21	29	1.97
3317056--3317429	177	2.1	178	81	6	429	31	18	20	29	1.96
3317634--3317668	17	2.1	17	100	0	70	28	54	0	17	1.43
3317686--3317711	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
3318241--3318283	22	2.0	22	86	9	61	34	0	0	65	0.93
3325366--3325422	23	2.5	22	81	15	64	42	12	7	38	1.70
3329463--3329507	19	2.4	20	79	20	53	2	33	0	64	1.06
3330016--3330058	14	3.0	14	80	16	52	51	2	0	46	1.13
3332558--3332800	132	1.8	132	86	3	355	37	17	17	27	1.92
3362451--3362491	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
3374311--3374368	18	3.0	19	73	16	57	67	3	3	25	1.22
3382151--3382193	11	3.9	11	76	11	52	46	0	0	53	1.00
3382817--3382868	23	2.3	23	86	0	68	28	1	1	67	1.12
3384507--3384540	17	2.0	17	88	11	52	70	0	2	26	1.01
3407240--3407306	5	12.8	5	77	17	57	77	0	2	19	0.89
3407247--3407308	23	2.6	24	76	16	67	77	0	4	17	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3412753--3412779	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
3416383--3416409	13	2.1	13	100	0	54	29	18	7	44	1.77
3424019--3424046	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
3424825--3424879	21	2.7	20	88	5	74	40	21	10	27	1.87
3424825--3424879	20	2.7	21	85	5	76	40	21	10	27	1.87
3427466--3427498	13	2.5	13	100	0	66	63	6	0	30	1.18
3428809--3428861	21	2.5	22	81	12	65	32	1	5	60	1.31
3429566--3429636	36	2.0	36	94	0	124	52	5	9	32	1.58
3429643--3429686	20	2.2	20	83	0	52	43	2	2	52	1.26
3432081--3432154	30	2.5	30	80	4	78	41	4	6	47	1.49
3433427--3433471	24	1.9	24	86	4	65	62	0	2	35	1.08
3441048--3441080	15	2.3	15	90	10	52	60	0	0	39	0.97
3458218--3458454	73	3.2	72	82	8	296	30	17	18	32	1.94
3458434--3458468	14	2.5	14	95	0	61	20	20	2	57	1.54
3458305--3458838	162	3.3	158	81	11	626	30	17	19	32	1.95
3458380--3458543	89	1.8	89	90	0	265	31	18	17	33	1.94
3458448--3458771	75	4.3	75	82	6	404	29	17	18	34	1.94
3458463--3458760	153	2.0	148	88	3	434	30	17	19	32	1.95
3458809--3458865	29	2.0	29	86	6	80	21	19	33	26	1.97
3460507--3460554	25	2.0	24	87	4	69	33	4	2	60	1.27
3461013--3461068	21	2.6	21	86	10	78	26	7	1	64	1.29
3461140--3461180	21	2.0	21	85	0	55	36	4	4	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3461384--3461420	19	2.0	18	89	5	56	37	0	8	54	1.30
3465564--3465601	20	1.9	20	100	0	76	31	5	31	31	1.80
3467750--3467777	6	4.7	6	100	0	56	50	17	0	32	1.47
3472925--3472967	22	2.0	21	82	17	52	44	20	0	34	1.52
3473366--3473572	35	6.0	35	85	4	276	34	22	13	29	1.92
3473410--3473572	69	2.4	69	92	1	265	36	22	12	28	1.91
3475220--3475251	6	5.2	6	96	3	55	0	62	0	37	0.95
3475306--3475359	25	2.1	26	86	3	74	3	33	3	59	1.33
3477453--3477477	11	2.3	11	100	0	50	56	28	8	8	1.57
3478772--3478832	31	2.0	31	83	6	79	36	18	6	39	1.76
3488642--3488675	17	2.0	17	88	0	50	41	0	5	52	1.25
3489766--3489944	88	2.0	87	96	1	331	31	24	13	30	1.94
3493221--3493263	18	2.4	18	84	7	52	18	2	4	74	1.10
3498484--3498799	46	6.7	47	75	13	188	25	18	31	24	1.98
3508939--3508989	25	2.0	27	88	7	79	25	3	3	66	1.26
3509065--3509098	16	2.1	17	94	5	61	38	0	0	61	0.96
3520436--3520627	104	1.8	105	85	6	271	23	17	11	47	1.80
3521002--3522023	132	7.7	132	97	0	1855	28	17	24	29	1.97
3522061--3522252	40	4.8	40	82	7	217	30	23	20	25	1.99
3522056--3522250	82	2.4	82	87	5	254	30	24	20	24	1.98
3523829--3523873	24	1.9	23	90	4	72	31	0	2	66	1.04
3523829--3523873	23	2.0	23	86	8	65	31	0	2	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3528645--3528750	53	2.0	53	98	0	203	48	20	14	16	1.81
3535019--3535068	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
3539658--3539707	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
3540104--3540780	226	3.0	226	94	1	1149	35	11	16	36	1.85
3540808--3540866	31	1.9	31	96	0	109	37	10	10	42	1.73
3544708--3544740	15	2.2	15	94	0	57	39	6	15	39	1.72
3552730--3552809	42	1.9	42	97	0	151	52	7	13	26	1.67
3555219--3555285	35	2.0	33	82	8	82	38	10	4	46	1.59
3555407--3555456	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
3560038--3560087	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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