genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57183545--57183598	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
57183824--57184052	50	4.6	49	81	7	243	25	18	26	29	1.98
57183826--57184052	99	2.3	98	84	6	271	25	18	25	29	1.98
57185847--57185930	27	3.1	27	85	0	114	32	19	20	28	1.96
57185912--57186079	27	6.3	27	78	6	135	39	21	8	29	1.84
57186030--57186385	27	13.2	27	85	1	372	31	21	7	39	1.81
57186030--57186385	81	4.4	81	83	1	426	31	21	7	39	1.81
57186622--57186673	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
57186720--57186779	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
57186898--57186970	31	2.4	31	88	0	101	20	19	12	47	1.81
57186898--57186995	6	15.8	6	70	17	67	19	19	14	46	1.83
57186929--57186995	25	2.7	25	92	0	107	19	20	13	46	1.83
57186898--57186995	31	3.4	29	75	16	96	19	19	14	46	1.83
57188882--57188964	27	3.1	27	85	0	112	31	19	21	27	1.97
57188919--57189042	54	2.3	54	79	5	135	37	20	12	29	1.90
57188946--57189103	27	5.8	26	79	7	120	38	22	8	30	1.84
57189092--57189419	27	12.2	27	86	2	365	30	21	7	40	1.80
57189092--57189419	81	4.1	81	84	0	406	30	21	7	40	1.80
57189656--57189707	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
57189746--57189804	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
57192312--57192348	17	2.2	17	90	0	56	64	2	21	10	1.37
57192330--57192384	12	4.6	12	73	15	51	63	0	23	12	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57194666--57194738	31	2.4	31	88	0	101	20	19	12	47	1.81
57194666--57194763	6	15.8	6	70	17	67	19	19	14	46	1.83
57194697--57194763	25	2.7	25	92	0	107	19	20	13	46	1.83
57194666--57194763	31	3.4	29	75	16	96	19	19	14	46	1.83
57196643--57196714	27	2.7	27	82	4	101	34	19	19	26	1.96
57196696--57196792	27	3.6	27	87	0	113	41	20	8	29	1.81
57196696--57196845	81	1.9	81	80	5	178	41	22	7	28	1.81
57196776--57196850	27	2.8	27	85	0	96	41	26	6	25	1.80
57196842--57197170	27	12.2	27	85	3	403	31	21	6	40	1.79
57196788--57197170	81	4.7	81	83	3	405	32	22	6	38	1.80
57197675--57197772	6	15.8	6	70	17	67	19	20	13	46	1.83
57197706--57197772	25	2.7	25	95	0	116	19	22	11	46	1.82
57197675--57197772	31	3.4	30	78	16	116	19	20	13	46	1.83
57199643--57199713	27	2.6	27	86	0	97	30	16	23	28	1.97
57199708--57199805	27	3.6	27	86	4	135	39	20	8	31	1.82
57199681--57199804	54	2.3	54	81	5	144	37	20	12	29	1.89
57199708--57199876	54	3.1	54	79	6	175	39	21	8	31	1.83
57199788--57199862	27	2.8	27	83	0	96	41	24	6	28	1.80
57199830--57200155	27	12.1	27	83	2	334	31	20	6	41	1.77
57199840--57200155	81	3.9	81	82	2	375	32	19	6	41	1.76
57199854--57200155	134	2.2	135	86	2	428	31	20	5	42	1.76
57200695--57200758	25	2.6	25	89	0	101	20	20	10	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57200655--57200756	31	3.5	31	72	15	99	21	19	12	46	1.83
57201777--57201827	25	2.0	25	100	0	102	41	3	23	31	1.73
57203986--57204195	27	7.8	27	80	6	201	38	20	8	31	1.83
57203986--57204188	54	3.8	54	80	4	230	39	21	8	30	1.83
57203986--57204242	27	9.5	27	77	6	137	38	22	8	30	1.85
57204234--57204285	27	1.9	27	84	7	70	40	15	17	26	1.89
57204740--57204804	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
57204963--57205064	27	3.8	27	81	5	116	18	25	21	34	1.96
57205214--57205311	31	3.2	31	86	2	126	20	16	14	48	1.80
57205231--57205320	6	14.7	6	71	17	60	20	15	15	48	1.80
57212799--57212890	39	2.4	39	98	0	175	34	9	13	42	1.77
57228038--57228241	40	5.1	40	86	1	264	33	22	18	25	1.96
57235601--57235635	17	2.0	18	88	5	54	20	37	25	17	1.94
57238663--57238714	26	1.9	28	84	7	72	21	11	9	57	1.62
57239505--57239636	50	2.6	51	80	3	158	34	15	12	37	1.85
57239822--57239871	27	1.9	25	88	8	73	26	0	18	56	1.42
57242534--57242766	49	4.7	50	83	4	292	24	17	28	28	1.97
57242639--57242722	28	3.2	28	64	25	74	25	15	29	29	1.96
57245179--57245276	49	2.0	49	95	0	178	42	21	6	29	1.77
57249147--57249270	40	3.1	41	80	6	114	39	17	8	34	1.79
57249147--57249253	20	5.4	19	80	8	97	39	18	8	33	1.81
57249204--57249282	20	4.0	20	83	0	68	37	17	7	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57249450--57249528	22	3.5	22	91	5	115	32	22	21	22	1.98
57250904--57251139	105	2.3	104	94	1	418	16	26	36	20	1.93
57252457--57252501	23	2.0	23	82	8	56	33	20	13	33	1.91
57252808--57252916	50	2.1	52	83	6	134	41	14	13	30	1.85
57254547--57254611	18	3.6	18	80	12	71	12	26	0	61	1.31
57255810--57255866	30	1.9	30	92	0	96	50	5	17	26	1.67
57256490--57256533	23	1.9	23	81	9	54	34	18	11	36	1.86
57256635--57256708	9	8.7	9	69	25	54	55	20	0	24	1.43
57256636--57256703	10	6.8	10	73	20	54	54	22	0	23	1.45
57258179--57258362	53	3.4	53	76	3	163	22	24	16	35	1.95
57260959--57261013	27	2.0	27	100	0	110	20	29	14	36	1.92
57262793--57262977	40	4.6	40	80	3	219	23	27	23	25	2.00
57270974--57271158	40	4.6	40	80	3	219	23	27	23	25	2.00
57279793--57279831	16	2.7	15	88	11	55	76	0	5	17	0.96
57282080--57282104	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
57285689--57285750	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
57287546--57287579	7	4.6	7	89	10	50	29	2	0	67	1.05
57290437--57290475	20	2.0	20	84	0	51	17	23	2	56	1.53
57298007--57298213	53	3.8	54	76	4	202	21	24	17	37	1.94
57304368--57304479	27	4.2	27	88	3	165	23	13	22	41	1.89
57304365--57304479	53	2.2	53	88	0	176	22	15	21	40	1.91
57308054--57308125	27	2.7	27	93	2	119	26	19	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57310241--57310414	6	28.3	6	73	13	140	49	14	17	17	1.80
57310250--57310411	43	3.9	43	76	17	146	49	14	18	17	1.80
57310262--57310379	31	3.8	31	78	12	143	48	16	18	16	1.82
57310264--57310414	37	4.2	37	76	13	154	49	15	17	17	1.81
57310304--57310414	25	4.7	25	78	15	119	48	15	18	18	1.81
57310926--57311092	27	6.2	27	79	8	153	28	20	17	34	1.95
57310928--57311085	81	2.0	80	85	1	217	27	21	17	33	1.96
57310971--57311092	54	2.3	54	88	0	172	27	20	18	33	1.96
57310938--57311119	81	2.3	79	81	7	197	28	18	19	34	1.95
57311050--57311201	54	2.8	54	84	2	153	28	9	22	38	1.86
57311074--57311201	27	4.7	27	82	0	157	28	8	22	39	1.84
57311074--57311208	54	2.5	54	86	0	198	29	8	22	38	1.85
57313176--57313368	6	31.3	6	72	16	119	48	13	17	20	1.81
57313190--57313284	37	2.6	37	81	0	118	47	14	17	20	1.83
57313264--57313346	37	2.2	37	84	0	112	45	14	19	20	1.85
57313202--57313368	25	6.7	25	76	10	98	47	13	17	20	1.82
57313898--57314042	27	5.4	26	80	10	132	25	18	17	37	1.93
57313882--57314042	54	3.0	53	77	5	162	26	19	16	37	1.93
57313895--57314043	81	1.8	81	84	5	203	26	18	18	36	1.94
57313894--57314076	81	2.3	80	80	8	192	27	16	18	37	1.92
57314031--57314157	27	4.7	27	82	0	155	30	8	21	39	1.83
57314008--57314174	54	3.1	54	82	2	194	31	9	19	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57319175--57319264	23	3.8	23	74	12	69	36	20	18	24	1.95
57319197--57319290	47	1.9	49	85	6	129	36	20	19	24	1.95
57319197--57319264	24	2.9	23	76	8	75	38	20	17	23	1.93
57332323--57332392	25	2.8	25	80	4	79	21	22	28	27	1.99
57332597--57332811	27	8.0	27	84	2	252	25	19	18	36	1.94
57332598--57332819	81	2.7	81	88	2	313	24	19	18	37	1.93
57332804--57333010	82	2.6	81	85	7	262	29	8	20	42	1.81
57332802--57333010	27	7.7	27	83	4	235	29	8	20	41	1.81
57332804--57333105	27	11.2	27	84	5	146	32	8	21	37	1.83
57333003--57333116	27	4.2	27	93	0	183	38	7	23	29	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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