Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  92  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28138685--28138745
5
12.0
5
76
13
54
22
3
0
73
0.97
28140511--28140552
20
2.0
20
86
4
57
50
14
26
9
1.73
28142598--28142726
33
3.8
33
73
7
116
22
26
17
34
1.96
28145287--28145320
16
2.2
16
90
10
54
8
5
5
79
1.05
28147645--28147678
17
2.0
17
88
11
52
50
11
11
26
1.73
28148132--28148176
20
2.2
20
88
0
63
48
2
13
35
1.54
28150570--28150626
30
1.9
30
85
0
78
21
31
31
15
1.94
28163645--28163757
27
4.2
27
84
4
138
25
16
17
39
1.91
28175979--28176035
26
2.2
26
80
3
60
29
19
15
35
1.93
28180147--28180287
66
2.1
70
84
9
184
31
21
29
18
1.97
28191013--28191038
11
2.4
11
100
0
52
7
15
15
61
1.55
28198093--28198131
20
1.9
20
89
5
60
46
7
7
38
1.61
28201572--28201745
40
4.4
40
92
2
282
25
27
22
24
2.00
28205668--28205707
18
2.1
20
90
9
66
27
30
17
25
1.97
28310523--28310624
37
2.8
37
77
20
110
26
20
27
25
1.99
28314484--28314667
40
4.7
40
86
7
234
24
21
27
26
1.99
28314537--28314667
39
3.3
39
93
3
210
24
20
28
26
1.99
28314484--28314667
78
2.3
81
84
7
236
24
21
27
26
1.99
28314484--28314699
78
2.7
79
81
7
217
25
21
26
25
1.99
28322502--28322687
40
4.7
40
87
5
243
24
22
26
26
2.00
28322502--28322720
80
2.7
79
82
10
232
26
21
26
26
1.99
28333624--28333662
20
2.1
19
90
9
62
66
23
0
10
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28338614--28338668
25
2.2
26
83
9
69
34
7
10
47
1.66
28341218--28341392
46
3.8
46
76
7
158
30
23
15
30
1.95
28343426--28343567
46
3.1
46
72
17
139
30
30
18
19
1.96
28345355--28345432
22
3.6
22
89
1
113
28
23
16
32
1.96
28345824--28345877
19
2.9
19
86
8
67
70
0
7
22
1.12
28346731--28346762
13
2.5
13
100
0
64
50
12
0
37
1.41
28347331--28347364
15
2.3
15
89
0
50
17
0
0
82
0.67
28357859--28357914
13
4.5
13
75
20
57
46
17
0
35
1.49
28358602--28358634
16
2.2
15
89
10
50
18
0
0
81
0.68
28358602--28358634
5
6.6
5
90
10
50
18
0
0
81
0.68
28363048--28363080
5
6.6
5
86
13
50
18
0
0
81
0.68
28363424--28363495
36
2.0
36
100
0
144
38
16
25
19
1.92
28366875--28366932
30
2.0
29
86
3
80
53
5
3
37
1.40
28373449--28373522
31
2.5
30
80
8
89
21
32
22
22
1.98
28376256--28376318
33
1.9
33
90
0
99
38
25
17
19
1.93
28376397--28376455
25
2.4
25
85
0
82
28
27
15
28
1.96
28379671--28380255
47
12.3
47
90
2
819
33
9
28
29
1.88
28379671--28380255
192
3.1
192
91
1
908
33
9
28
29
1.88
28380374--28380452
37
2.1
37
88
0
113
24
17
31
26
1.97
28388402--28388623
40
5.6
39
86
6
272
24
27
22
24
2.00
28388383--28388623
116
2.0
120
82
7
298
24
27
22
25
2.00
28396332--28396554
40
5.6
40
83
8
235
25
26
22
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28396332--28396553
79
2.8
80
80
10
233
25
27
22
25
2.00
28398748--28398815
29
2.4
28
83
9
84
33
5
10
50
1.61
28403317--28403415
24
4.1
23
90
5
144
37
5
37
20
1.75
28403732--28403819
45
2.0
45
97
0
167
21
23
13
40
1.89
28416759--28416896
40
3.5
40
92
3
208
25
28
21
23
1.99
28423052--28423084
13
2.4
14
90
5
50
39
6
6
48
1.53
28423668--28423809
47
3.0
47
94
1
241
28
12
14
45
1.81
28424588--28424808
45
5.0
45
89
2
297
24
20
28
26
1.99
28437785--28437893
37
2.9
37
90
2
157
28
29
18
23
1.98
28438102--28438780
47
14.1
47
87
5
926
26
30
12
30
1.93
28438143--28438219
22
3.4
22
66
16
66
23
29
12
33
1.92
28438102--28438780
98
7.0
94
87
5
926
26
30
12
30
1.93
28438102--28438780
145
4.7
142
89
5
936
26
30
12
30
1.93
28465671--28465904
29
8.1
30
76
10
150
35
12
25
25
1.92
28465659--28465882
115
1.9
115
86
1
315
33
12
26
26
1.92
28471175--28471199
13
1.9
13
100
0
50
28
0
0
72
0.86
28474189--28474332
40
3.6
40
80
9
125
26
27
22
24
2.00
28476092--28476121
8
3.8
8
90
0
51
50
13
23
13
1.77
28480270--28480328
30
1.9
31
89
3
93
47
3
22
27
1.67
28480367--28480399
15
2.1
17
88
11
52
54
0
21
24
1.45
28480472--28480561
45
2.0
45
91
0
144
47
4
23
24
1.70
28481264--28481307
17
2.6
17
81
0
52
54
2
2
40
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28482347--28482537
56
3.4
56
90
0
283
26
15
25
32
1.95
28488652--28488812
56
2.9
56
87
2
218
24
13
25
36
1.92
28490921--28490948
13
2.2
13
100
0
56
25
42
7
25
1.80
28492267--28492368
42
2.4
43
83
6
127
30
21
16
31
1.96
28501216--28501366
43
3.5
42
77
4
140
33
25
14
27
1.94
28507572--28507601
13
2.3
13
100
0
60
56
13
6
23
1.60
28514103--28514159
25
2.3
26
79
14
66
21
14
28
36
1.92
28515833--28516038
46
4.5
46
77
11
167
23
29
18
28
1.98
28515870--28516041
94
1.8
92
86
7
249
23
29
18
28
1.98
28515870--28516038
46
3.6
46
80
6
180
23
29
18
28
1.97
28519444--28519487
8
5.6
8
82
12
56
54
20
22
2
1.56
28519444--28519487
16
2.8
16
89
6
63
54
20
22
2
1.56
28521618--28521650
16
2.1
16
94
0
57
42
30
6
21
1.77
28523624--28523788
43
3.9
42
70
12
122
22
18
26
32
1.97
28531178--28531271
40
2.3
40
83
7
111
48
11
7
31
1.67
28531171--28531271
20
4.9
20
77
10
89
48
10
6
33
1.65
28535040--28535620
47
12.4
47
94
0
995
32
8
29
29
1.87
28535738--28535816
37
2.1
37
88
4
115
25
18
30
25
1.98
28539693--28539725
8
4.1
8
100
0
66
12
63
12
12
1.52
28557461--28557531
31
2.2
33
82
7
83
18
7
9
64
1.45
28586225--28586267
5
8.2
5
82
17
52
79
0
2
18
0.85
28586225--28586269
11
4.2
11
78
21
51
77
0
2
20
0.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28592198--28592501
47
6.5
47
92
0
491
32
8
29
28
1.87
28592619--28592697
37
2.1
37
83
4
97
25
20
29
25
1.99
28602502--28602654
47
3.3
47
71
12
161
29
28
18
22
1.98
28602441--28602709
46
5.8
46
71
11
190
30
28
19
21
1.97
28602448--28602713
93
2.9
93
89
0
406
29
28
19
21
1.98
28608082--28608137
8
6.9
8
93
2
94
12
0
10
76
1.01
28610673--28610707
15
2.3
15
95
0
61
51
8
14
25
1.70
28611685--28611710
13
2.0
13
100
0
52
15
30
38
15
1.88
28614521--28614565
22
2.0
22
83
8
56
33
20
4
42
1.72
28615810--28616079
47
5.8
46
81
7
262
23
29
18
28
1.98
28615808--28616073
140
1.9
141
85
5
369
22
29
19
28
1.98
28620321--28620381
31
1.9
32
86
3
88
37
16
22
22
1.93
28620397--28620448
27
2.0
26
84
3
68
34
21
26
17
1.95
28623956--28623987
14
2.4
13
90
10
55
18
6
12
62
1.50
28630188--28630363
46
3.8
45
76
12
171
21
18
28
30
1.97
28630184--28630355
93
1.8
93
91
2
283
21
19
29
29
1.97
28638048--28638158
44
2.5
44
82
4
127
29
27
18
24
1.98
28638048--28638172
43
2.9
43
80
4
126
32
27
16
24
1.96
28640285--28640379
25
3.8
25
83
6
115
28
21
25
25
1.99
28647927--28648033
38
2.8
38
98
0
205
25
23
14
36
1.93
28647949--28648050
31
3.1
31
85
9
114
24
23
15
36
1.94
28648259--28648367
25
4.4
25
86
7
134
27
22
22
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28648415--28648461
20
2.3
20
92
7
78
34
19
10
36
1.86
28650421--28650578
43
3.7
42
73
10
142
25
16
24
33
1.96
28657267--28657449
40
4.6
40
81
7
187
24
20
27
28
1.99
28657267--28657446
80
2.3
81
83
10
212
23
20
27
27
1.99
28657320--28657486
78
2.1
80
81
6
189
24
19
28
27
1.99
28671630--28671695
28
2.3
29
81
2
71
31
24
3
40
1.70
28686755--28686809
29
1.9
29
85
3
76
18
18
41
21
1.90
28688246--28688317
36
2.0
36
94
0
126
56
18
12
12
1.66
28693463--28693517
29
1.9
29
85
3
76
18
18
41
21
1.90
28694955--28695026
36
2.0
36
94
0
126
56
18
12
12
1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349