genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90220152--90220424	46	5.9	46	94	0	395	20	23	14	41	1.89
90222555--90222602	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
90222549--90222604	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
90227516--90227551	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
90227496--90227558	26	2.5	25	80	14	60	28	23	0	47	1.52
90227503--90227543	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
90227706--90227791	21	3.9	23	80	10	90	37	25	22	15	1.93
90228163--90228220	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
90228166--90228224	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
90229159--90229186	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
90232186--90232307	43	2.8	42	80	6	120	31	19	22	27	1.98
90232185--90232358	87	2.0	88	80	7	194	32	17	20	29	1.96
90232554--90232663	51	2.2	51	88	0	166	36	17	14	31	1.90
90232707--90233736	44	22.6	44	71	11	306	33	16	19	30	1.94
90232704--90232921	89	2.5	88	81	3	233	31	15	21	31	1.94
90232886--90233141	141	1.8	141	85	0	359	31	14	21	32	1.93
90233257--90233372	46	2.5	46	85	4	153	39	18	14	26	1.90
90233213--90233736	89	5.8	89	77	8	434	35	17	19	28	1.94
90233243--90233730	133	3.6	133	77	9	407	35	17	18	28	1.94
90238159--90238184	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
90238200--90238245	18	2.6	18	89	0	65	2	30	2	65	1.16
90238188--90238241	22	2.5	22	75	6	56	1	24	1	72	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90238336--90238408	27	2.7	27	86	0	110	27	30	24	17	1.97
90248121--90248235	51	2.3	51	91	4	182	58	6	5	29	1.46
90255367--90255585	83	2.6	81	83	10	196	51	2	7	38	1.44
90255403--90255623	47	5.0	46	77	16	241	51	1	7	38	1.41
90255452--90255635	38	4.4	37	74	19	136	53	1	6	38	1.37
90255403--90255638	130	1.8	130	86	5	343	52	2	7	38	1.41
90258250--90258284	15	2.3	15	100	0	70	22	0	5	71	1.07
90258427--90258464	12	3.2	12	77	7	51	60	5	5	28	1.40
90262358--90262392	18	1.9	18	88	0	52	65	8	2	22	1.34
90262700--90262733	8	4.0	8	92	7	50	26	2	0	70	1.01
90263940--90263981	21	2.0	21	95	0	75	61	4	2	30	1.29
90265826--90265879	21	2.6	21	80	11	58	42	1	1	53	1.22
90265835--90265878	20	2.2	20	84	8	54	40	2	2	54	1.25
90266727--90266796	25	2.8	25	81	10	72	62	1	1	34	1.13
90266811--90266871	9	7.0	8	74	17	50	67	1	0	31	1.01
90266814--90266864	19	2.7	20	77	17	54	66	1	0	31	1.03
90266975--90267009	18	2.0	17	88	5	52	25	2	0	71	1.00
90266980--90267018	18	2.2	18	86	9	53	33	5	0	61	1.18
90277686--90277735	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
90282315--90282364	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
90286324--90286453	35	3.7	35	85	4	172	30	12	22	35	1.91
90287617--90288032	48	8.9	46	74	7	293	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90287618--90288028	93	4.4	91	79	4	304	24	28	20	27	1.99
90287620--90287975	91	3.8	93	80	3	369	24	27	20	27	1.99
90287618--90288032	184	2.2	188	80	5	473	24	28	20	26	1.99
90292464--90292544	40	2.0	40	100	0	162	29	12	14	43	1.82
90292464--90292527	21	3.1	21	67	24	64	26	12	15	45	1.82
90295470--90295510	8	5.1	8	93	0	73	73	14	0	12	1.11
90299194--90299309	23	5.0	23	74	17	96	39	19	20	19	1.93
90299210--90299309	24	4.3	23	79	12	105	41	20	21	18	1.91
90301713--90301755	19	2.2	20	87	4	61	67	0	0	32	0.91
90302175--90302222	21	2.3	20	79	10	51	29	4	2	64	1.23
90302177--90302245	18	3.6	18	76	9	57	30	2	1	65	1.16
90307963--90308001	21	1.9	20	84	5	51	41	2	0	56	1.13
90315081--90315105	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
90318804--90318837	7	4.9	7	100	0	68	29	14	0	55	1.40
90328539--90328605	33	2.0	33	94	0	116	40	20	13	25	1.89
90331779--90331856	37	2.1	37	83	6	97	43	5	14	37	1.67
90332373--90332407	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
90347142--90347186	22	2.1	22	84	12	58	44	11	6	37	1.66
90351718--90351773	23	2.4	24	80	14	64	69	1	23	5	1.18
90355249--90355351	34	3.0	34	95	0	179	31	10	9	48	1.70
90356384--90356443	29	2.1	29	81	3	68	41	3	26	28	1.71
90356990--90357115	47	2.7	47	86	0	162	23	15	30	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90364352--90364390	20	2.0	20	94	0	69	41	5	23	30	1.76
90365551--90365592	21	2.0	21	86	9	59	61	0	2	35	1.09
90367146--90367226	27	3.0	27	81	5	74	22	16	4	56	1.58
90367197--90367356	81	2.0	82	86	1	223	20	15	8	56	1.64
90367144--90367362	28	8.0	27	71	12	144	21	15	7	55	1.64
90367652--90367722	34	2.1	34	84	5	90	25	9	15	49	1.75
90367869--90368140	138	2.0	138	86	1	384	26	22	15	36	1.93
90369116--90369280	87	1.9	86	86	3	233	27	14	21	36	1.92
90369758--90369833	37	2.1	37	95	5	136	32	10	18	38	1.85
90371700--90371740	18	2.3	18	91	8	66	39	0	0	60	0.96
90374897--90374958	31	2.0	31	100	0	124	19	16	41	22	1.89
90377194--90377232	16	2.4	17	95	4	71	41	5	33	20	1.74
90377330--90377411	35	2.4	35	87	2	112	28	17	24	30	1.97
90378092--90378304	102	2.1	102	87	1	302	20	21	28	29	1.98
90390757--90390782	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
90394629--90394682	25	2.3	23	80	20	60	31	3	1	62	1.23
90394761--90394802	19	2.1	19	86	13	57	38	4	0	57	1.20
90394794--90394858	18	3.8	18	72	24	59	32	4	0	63	1.15
90394711--90394858	10	14.3	11	65	27	58	33	6	0	60	1.21
90394800--90394869	33	2.1	35	86	10	101	31	4	1	62	1.23
90406922--90407399	44	10.9	44	86	0	661	30	14	28	26	1.95
90408951--90409024	32	2.3	33	84	6	91	33	6	0	59	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90420844--90421156	46	6.6	45	73	13	179	28	19	28	23	1.98
90424876--90424923	25	1.9	25	100	0	96	27	20	20	31	1.98
90429413--90429440	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
90431130--90431173	18	2.3	20	88	7	65	63	4	0	31	1.14
90435472--90435510	21	1.9	21	94	5	71	23	30	35	10	1.88
90436632--90436901	46	5.7	47	75	12	209	22	30	19	28	1.98
90436629--90436906	94	3.0	94	77	9	282	23	29	18	27	1.98
90439387--90439411	6	4.2	6	100	0	50	16	36	0	48	1.46
90440258--90440287	14	2.1	14	100	0	60	6	20	20	53	1.67
90450682--90450749	33	2.1	33	100	0	136	42	0	5	51	1.26
90453511--90453650	27	5.2	28	87	5	166	35	21	24	19	1.96
90455269--90455404	26	5.2	26	95	0	236	36	24	4	34	1.75
90458502--90458563	32	1.9	32	83	0	79	41	14	9	33	1.79
90466742--90466854	48	2.4	48	83	3	129	30	27	15	26	1.96
90476731--90477038	45	6.9	45	89	2	408	26	28	22	22	1.99
90477036--90477150	38	3.0	38	93	0	194	33	26	20	19	1.96
90480459--90480489	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
90480456--90480495	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
90480681--90480935	55	4.8	53	82	7	227	21	25	16	36	1.94
90480728--90480928	108	1.8	110	87	4	300	22	25	16	34	1.95
90485224--90485582	47	7.6	47	91	1	547	29	29	8	32	1.87
90485224--90485582	96	3.8	95	90	3	508	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90492309--90492339	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
90492531--90492785	55	4.8	54	81	7	265	21	24	16	37	1.94
90492578--90492778	108	1.8	110	88	4	309	22	25	16	35	1.95
90494436--90494550	42	2.7	42	86	0	140	29	26	15	27	1.96
90494347--90494592	132	1.9	132	80	5	291	27	26	17	29	1.98
90499681--90499712	14	2.3	14	94	0	55	53	0	0	46	1.00
90501007--90501053	19	2.5	19	96	0	85	38	10	23	27	1.88
90507267--90507343	25	3.1	25	90	0	118	42	20	18	18	1.89
90510591--90510678	44	2.0	44	100	0	176	50	25	6	18	1.71
90512822--90512866	14	3.1	15	84	12	58	40	13	11	35	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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