genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94474331--94474551	46	4.8	45	78	8	196	23	29	19	27	1.98
94474377--94474550	94	1.9	92	85	4	242	24	30	18	26	1.98
94486226--94486274	24	1.9	24	84	12	62	36	6	10	46	1.63
94491424--94491692	47	5.7	46	75	13	203	21	29	20	28	1.98
94491431--94491694	93	2.8	91	80	5	280	21	29	20	28	1.98
94499876--94499901	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
94504861--94504904	22	2.0	23	86	13	65	38	6	0	54	1.27
94507648--94507819	49	3.6	47	75	8	159	26	29	18	26	1.98
94507880--94507967	46	1.9	46	88	0	131	28	29	13	28	1.94
94513652--94513687	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
94519809--94519958	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
94519833--94520016	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
94521883--94522014	49	2.7	49	81	4	158	21	27	21	29	1.99
94522033--94522156	48	2.6	48	90	0	194	25	24	18	32	1.97
94523466--94523498	11	3.1	11	91	4	50	81	0	18	0	0.68
94527584--94528107	47	11.1	47	93	3	803	27	29	8	33	1.87
94527634--94527712	25	3.3	25	69	16	85	32	29	3	34	1.75
94527595--94528107	139	3.6	142	89	5	783	27	29	9	33	1.88
94530862--94531130	39	6.9	39	89	4	389	25	28	21	24	1.99
94530862--94531172	78	4.0	79	85	5	373	25	27	21	25	1.99
94530862--94531172	117	2.6	116	84	5	401	25	27	21	25	1.99
94531108--94531206	37	2.7	36	82	14	114	24	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94533437--94533897	45	10.1	47	86	9	613	27	28	9	34	1.89
94533459--94533897	91	4.8	92	85	10	570	27	28	10	33	1.89
94533448--94533943	136	3.6	136	77	15	449	27	28	10	34	1.89
94535293--94535418	57	2.2	57	95	2	227	22	22	9	46	1.80
94604798--94604992	101	2.0	98	96	3	363	24	23	13	39	1.90
94605054--94605103	21	2.4	21	86	6	75	36	38	2	24	1.67
94605664--94605827	39	4.2	39	87	8	228	26	25	20	27	1.99
94605664--94605827	77	2.1	78	86	7	228	26	25	20	27	1.99
94605682--94605863	38	4.8	38	84	6	133	26	24	20	28	1.99
94611402--94611585	40	4.6	39	84	6	212	23	22	28	25	1.99
94619280--94619463	40	4.7	40	82	8	216	23	22	28	25	2.00
94627253--94627437	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
94627306--94627470	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
94631725--94631764	21	1.9	21	84	0	53	30	22	20	27	1.98
94641883--94642038	47	3.3	46	81	4	163	26	30	10	31	1.91
94645854--94646329	40	11.9	40	89	0	695	26	28	20	24	1.99
94648094--94648349	40	6.5	40	88	3	333	22	22	27	26	1.99
94657068--94657146	40	2.0	39	85	2	104	30	31	20	17	1.96
94660860--94660925	32	2.1	32	94	0	114	48	16	10	24	1.78
94678422--94678485	31	2.1	31	96	0	119	42	15	23	18	1.89
94691165--94698526	611	12.0	611	91	2	11799	35	19	18	26	1.95
94704436--94704544	48	2.2	49	95	4	186	35	14	10	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94704448--94704544	48	2.0	48	100	0	194	35	15	10	39	1.81
94706290--94706393	42	2.5	41	83	7	129	23	23	28	25	1.99
94706269--94706430	41	3.9	40	73	18	143	21	23	27	27	1.99
94709896--94709943	22	2.2	22	96	0	87	39	10	10	39	1.74
94712112--94712223	27	4.2	26	88	5	143	35	23	24	16	1.95
94712112--94712223	54	2.1	54	88	3	163	35	23	24	16	1.95
94712605--94712688	42	2.0	42	92	0	141	19	22	19	39	1.93
94725226--94725286	9	6.1	9	72	20	50	60	1	4	32	1.28
94725876--94725957	24	3.3	24	76	17	71	70	0	23	6	1.09
94735984--94736145	41	3.9	40	74	18	152	22	22	27	27	1.99
94744240--94744401	41	3.9	40	75	18	161	20	22	28	27	1.99
94749151--94749183	17	1.9	17	93	0	57	75	0	6	18	1.00
94754045--94754256	40	5.3	40	81	1	230	25	23	25	25	2.00
94764475--94764652	27	6.6	27	83	3	205	26	14	28	29	1.95
94764476--94764631	82	1.9	81	88	3	233	26	14	28	29	1.95
94764472--94764652	82	2.2	81	83	2	229	27	14	28	29	1.96
94773684--94773724	20	2.0	20	100	0	82	31	9	19	39	1.84
94773687--94773730	20	2.2	20	91	0	70	31	4	18	45	1.69
94778492--94778521	16	1.9	15	93	6	51	26	0	3	70	1.03
94781488--94781611	27	4.6	27	70	9	92	27	23	15	33	1.95
94782606--94782680	31	2.4	31	93	0	123	17	30	32	20	1.95
94787583--94787715	43	3.1	41	75	11	117	29	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94788352--94788422	25	2.9	25	91	2	108	43	19	8	28	1.80
94789916--94789945	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
94790301--94790346	24	1.9	24	82	8	58	50	26	4	19	1.66
94790393--94790431	20	1.9	21	89	5	62	17	17	2	61	1.46
94790412--94790442	16	2.0	16	93	6	55	19	19	0	61	1.35
94812706--94812780	33	2.2	34	85	4	107	38	18	8	34	1.80
94828120--94828283	43	3.8	43	76	6	136	28	18	24	28	1.98
94828132--94828272	42	3.3	41	75	13	115	28	19	23	29	1.98
94836299--94836612	47	6.7	46	71	11	183	28	18	29	23	1.98
94839256--94839326	37	1.9	37	94	0	124	25	32	19	22	1.98
94839470--94839606	46	3.0	46	82	0	166	24	31	10	34	1.89
94839620--94839978	47	7.2	47	83	12	450	25	29	11	32	1.92
94839739--94839816	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
94839764--94839838	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
94839823--94839862	19	2.1	19	100	0	80	27	30	10	32	1.89
94839776--94839909	66	2.0	66	98	0	259	26	29	11	32	1.92
94839682--94839978	160	1.9	160	96	0	549	25	29	12	32	1.92
94839729--94839956	113	2.0	113	98	0	438	25	28	12	32	1.92
94839852--94839929	25	3.2	25	64	29	69	29	28	10	32	1.90
94844313--94844365	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
94845851--94845934	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
94848112--94848213	26	3.9	26	80	5	107	45	25	12	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94857785--94857884	42	2.4	42	81	6	114	28	19	21	32	1.97
94860282--94860336	28	2.0	28	100	0	110	27	0	25	47	1.52
94865403--94865469	35	2.0	33	85	11	91	62	1	4	31	1.24
94866914--94866966	21	2.5	21	100	0	106	18	22	33	24	1.97
94869040--94869147	26	4.2	26	95	0	189	33	7	23	36	1.83
94870731--94870895	27	6.1	27	82	2	179	16	23	24	36	1.94
94870731--94870895	54	3.1	54	91	1	251	16	23	24	36	1.94
94870731--94870895	81	2.0	81	86	4	226	16	23	24	36	1.94
94885360--94885403	16	2.7	16	82	10	54	81	0	11	6	0.86
94887081--94887145	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
94888986--94889093	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
94891149--94891324	46	3.8	46	78	14	200	21	20	28	29	1.98
94891146--94891317	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	28	1.98
94894533--94894571	15	2.7	15	92	4	62	35	2	5	56	1.35
94903002--94903033	16	2.0	16	93	0	55	46	6	9	37	1.61
94909462--94909571	57	1.9	57	81	7	134	25	18	21	34	1.96
94919880--94919943	31	2.1	31	100	0	128	42	21	3	32	1.69
94920679--94920762	25	3.4	25	70	6	71	34	16	25	23	1.95
94920779--94920937	25	6.4	25	70	10	85	37	21	22	18	1.94
94920834--94920881	23	2.1	23	88	0	69	33	16	25	25	1.96
94920874--94920948	26	2.9	26	82	4	89	38	22	21	17	1.93
94923764--94923813	19	2.5	20	83	3	66	28	12	4	56	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94927690--94927897	54	3.9	54	77	6	188	22	24	16	36	1.94
94927876--94927997	47	2.6	47	94	0	208	24	25	13	36	1.93
94929963--94930071	54	2.0	54	100	0	218	44	5	23	26	1.75
94933269--94933329	25	2.5	24	81	10	70	19	31	21	27	1.97
94935751--94935796	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
94948802--94948982	40	4.6	40	80	4	179	23	25	24	25	2.00
94959599--94959635	15	2.5	15	95	0	65	13	29	27	29	1.94
94959698--94959814	44	2.7	44	89	2	182	29	14	25	29	1.95
94970356--94970627	39	7.0	39	93	0	436	22	29	26	21	1.99
94973621--94973790	39	4.3	39	83	8	202	25	21	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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