genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20334226--20334375	75	2.0	75	98	0	291	34	8	20	37	1.82
20334616--20334650	15	2.4	15	90	4	54	74	0	22	2	0.95
20336232--20336275	21	2.1	21	100	0	88	15	18	22	43	1.88
20341521--20341652	39	3.4	39	93	0	210	29	20	27	22	1.99
20341521--20341670	78	1.9	78	82	2	185	29	21	27	22	1.99
20341521--20341670	39	3.8	39	89	1	122	29	21	27	22	1.99
20345319--20345361	11	4.1	11	79	11	54	60	0	0	39	0.97
20345318--20345355	20	2.0	20	94	5	69	60	0	0	39	0.97
20352961--20353013	25	2.1	25	96	0	97	45	30	3	20	1.69
20361959--20361991	16	2.1	16	88	11	50	39	12	3	45	1.57
20367141--20367233	37	2.5	37	91	0	159	18	15	31	35	1.91
20375328--20375356	15	1.9	15	100	0	58	6	10	20	62	1.50
20379381--20379431	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
20379384--20379431	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
20382498--20382548	12	4.1	13	76	16	54	41	3	17	37	1.68
20382500--20382548	25	2.0	25	91	0	80	38	4	18	38	1.70
20385120--20385199	38	2.1	38	95	0	142	53	0	13	32	1.40
20390123--20390170	23	2.1	22	81	11	53	16	8	6	68	1.35
20397049--20397091	18	2.4	18	88	7	61	34	13	23	27	1.93
20397058--20397093	18	2.0	18	100	0	72	33	16	22	27	1.95
20397737--20397818	35	2.3	35	89	2	119	41	30	10	17	1.83
20401936--20401967	12	2.7	12	95	0	55	46	3	0	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20404111--20404180	16	4.4	17	90	3	76	38	2	25	32	1.71
20404110--20404180	32	2.2	32	82	5	90	38	4	25	32	1.75
20404127--20404181	16	3.4	16	94	0	83	40	3	23	32	1.72
20404166--20404255	44	2.0	46	86	4	130	32	5	26	35	1.80
20404841--20404876	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
20404883--20404960	40	2.0	40	94	0	138	33	19	6	41	1.77
20405064--20405089	10	2.6	10	100	0	52	88	11	0	0	0.52
20406847--20406904	17	3.6	17	71	21	61	62	0	1	36	1.06
20407186--20407294	20	5.6	19	76	17	100	57	0	6	34	1.30
20407237--20407295	7	8.7	7	73	26	56	57	1	3	37	1.25
20407237--20407310	27	2.8	27	76	13	73	60	1	2	35	1.19
20414817--20414862	19	2.5	19	77	19	53	56	4	0	39	1.19
20431632--20431664	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
20431960--20432170	92	2.3	92	92	0	350	18	25	14	42	1.88
20431950--20432172	46	4.8	46	87	1	304	18	24	14	41	1.89
20438135--20438171	13	2.8	13	91	0	56	2	24	43	29	1.68
20439616--20439651	13	2.7	14	91	8	58	66	0	0	33	0.92
20443332--20443413	25	3.2	25	71	19	71	57	7	2	32	1.39
20444087--20444145	29	2.0	30	90	3	93	57	13	1	27	1.46
20445229--20445354	64	2.0	64	87	0	180	45	12	13	28	1.80
20446999--20447114	60	1.9	60	81	6	137	28	15	16	39	1.89
20453266--20453398	71	1.9	71	91	0	221	39	15	17	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20453691--20453725	6	5.5	6	87	12	52	65	0	20	14	1.26
20453646--20453776	63	2.1	63	85	9	178	52	6	15	25	1.65
20453754--20453789	13	2.8	13	91	4	56	77	0	5	16	0.94
20456559--20456606	12	4.2	12	76	10	55	33	2	2	62	1.18
20457059--20457183	59	2.1	59	89	0	187	26	16	13	43	1.85
20460400--20460443	12	3.8	12	81	3	54	40	0	9	50	1.34
20460405--20460444	14	2.9	14	88	0	62	40	0	10	50	1.36
20460404--20460444	16	2.6	16	88	0	64	41	0	9	48	1.36
20461361--20461403	19	2.0	21	83	16	54	32	4	6	55	1.47
20464586--20464625	21	1.9	21	94	0	71	32	12	17	37	1.87
20469204--20469294	44	2.1	44	87	4	130	49	10	10	28	1.72
20470298--20470485	102	1.8	103	80	5	229	36	10	17	36	1.84
20472835--20472910	37	2.1	37	100	0	152	42	15	13	28	1.85
20479717--20480127	154	2.7	154	96	0	734	28	16	26	28	1.97
20483197--20483246	25	2.0	25	92	0	82	56	8	20	16	1.65
20483188--20483247	25	2.7	21	76	18	66	51	8	21	18	1.72
20484787--20484892	38	2.8	37	78	7	115	35	16	19	27	1.94
20489372--20489426	26	2.1	26	96	0	101	25	30	9	34	1.87
20511236--20511292	20	3.0	20	78	17	59	57	0	15	26	1.38
20513964--20514104	20	7.1	20	66	0	66	37	19	21	21	1.94
20513993--20514105	40	2.8	40	82	0	136	38	20	22	18	1.93
20531448--20531529	43	1.9	43	82	9	105	26	12	25	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20533912--20534002	45	2.0	45	97	0	173	28	12	26	32	1.92
20536544--20536593	25	2.0	25	88	0	73	32	22	18	28	1.97
20536637--20536695	20	3.0	20	94	0	100	37	11	20	30	1.89
20536745--20536890	25	6.0	24	87	5	188	28	19	22	30	1.98
20536746--20536890	47	3.0	48	84	10	188	28	19	22	29	1.98
20544826--20544893	33	2.0	34	94	2	120	58	4	5	30	1.41
20547592--20547637	21	2.2	21	92	0	74	21	13	26	39	1.90
20552153--20552337	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
20552153--20552337	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
20558951--20559135	40	4.7	40	80	7	216	26	27	21	24	1.99
20558951--20559133	79	2.3	81	83	7	223	26	27	21	24	1.99
20567080--20567112	10	3.3	10	95	0	57	3	21	48	27	1.64
20579701--20579727	14	1.9	14	100	0	54	29	3	22	44	1.70
20582222--20582256	3	11.7	3	87	0	52	0	25	0	74	0.82
20585636--20585681	24	2.0	22	83	8	56	47	0	2	50	1.13
20585675--20585719	22	2.0	23	83	12	58	55	2	0	42	1.12
20585702--20585741	21	2.0	21	85	5	55	70	2	0	27	1.01
20587787--20587823	12	3.0	12	96	4	65	32	8	32	27	1.86
20596645--20596682	19	2.0	19	100	0	76	26	5	26	42	1.76
20596784--20597046	131	2.0	131	96	0	490	29	9	30	30	1.89
20602007--20602058	13	4.2	12	85	7	52	25	13	21	40	1.89
20602014--20602067	13	4.2	13	81	11	67	24	14	20	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20605700--20605761	25	2.4	26	86	2	90	25	12	20	40	1.89
20605700--20605761	13	4.8	13	90	4	90	25	12	20	40	1.89
20607726--20607781	13	4.4	13	90	4	87	26	8	21	42	1.82
20613198--20613240	18	2.4	18	84	7	52	58	6	6	27	1.50
20614465--20614498	14	2.5	13	81	9	50	0	14	5	79	0.91
20618567--20618626	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
20622646--20622676	15	2.1	15	93	0	53	45	0	6	48	1.28
20623628--20623677	24	2.1	24	88	0	73	48	14	14	24	1.80
20626556--20626591	18	2.0	18	94	0	63	50	8	0	41	1.33
20628809--20628858	21	2.5	21	81	15	61	72	8	0	20	1.10
20628878--20628963	26	3.5	25	77	16	90	61	2	4	31	1.29
20628951--20628987	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
20628887--20628983	49	2.0	48	82	6	115	59	1	6	32	1.29
20628846--20628983	26	5.7	25	70	20	87	60	2	5	31	1.33
20630916--20631447	83	6.2	83	90	5	735	28	19	19	32	1.96
20631274--20631300	10	2.7	10	100	0	54	37	7	22	33	1.82
20631108--20631447	176	1.9	180	86	4	485	28	19	18	33	1.96
20631191--20631447	93	2.8	93	85	6	323	29	19	17	33	1.95
20643342--20643390	20	2.5	21	81	18	61	71	8	0	20	1.11
20643489--20643525	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
20648941--20649008	29	2.2	32	82	12	90	39	0	2	57	1.14
20648939--20649008	28	2.4	30	85	7	90	41	0	2	55	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20650388--20650453	34	1.9	34	84	3	87	56	6	1	36	1.34
20650382--20650443	16	3.7	16	72	19	54	51	4	1	41	1.33
20652135--20652179	22	2.0	22	83	8	56	73	11	2	13	1.19
20655408--20655652	132	1.9	132	91	0	400	28	17	19	34	1.94
20655404--20655696	132	2.2	132	85	2	374	31	16	17	34	1.93
20655404--20655759	132	2.7	132	81	3	369	29	17	18	33	1.94
20655809--20656056	130	1.9	130	84	1	327	25	18	20	35	1.96
20659259--20659521	41	6.4	41	87	1	352	36	23	20	19	1.95
20660555--20660586	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
20663355--20663607	134	1.9	134	96	0	472	19	9	18	51	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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