genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5374735--5374808	21	3.1	26	74	21	81	6	16	4	72	1.21
5374746--5374803	21	2.8	21	97	2	109	6	15	3	74	1.17
5375508--5375576	32	2.2	32	100	0	138	26	11	5	56	1.57
5375655--5375714	27	2.2	27	82	14	70	31	8	8	51	1.62
5375709--5375755	18	2.5	20	86	13	73	31	6	4	57	1.43
5377420--5377483	31	2.1	31	90	0	101	23	21	17	37	1.94
5377709--5377807	26	3.8	26	89	0	135	27	19	24	29	1.98
5377857--5377923	20	3.3	20	89	4	100	34	20	8	35	1.84
5377857--5377924	9	6.7	11	73	17	58	35	20	8	35	1.84
5388610--5388651	4	10.5	4	100	0	84	50	0	23	26	1.50
5389645--5389930	136	2.1	137	96	0	529	31	24	19	25	1.98
5390178--5390230	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
5391717--5391826	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
5393659--5394229	228	2.5	227	91	2	932	28	21	19	29	1.98
5394068--5394361	89	3.3	89	76	8	301	28	20	19	32	1.96
5393659--5394358	44	15.5	44	68	10	261	28	21	19	30	1.97
5398692--5398730	8	4.9	8	80	0	51	10	2	2	84	0.81
5399075--5399112	14	2.7	14	76	15	51	71	2	2	23	1.12
5406236--5406302	30	2.2	30	97	2	125	28	23	17	29	1.97
5407084--5407125	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
5415379--5415496	59	2.0	59	98	0	227	38	8	5	47	1.58
5424969--5425026	16	3.5	16	76	11	55	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5428307--5428398	19	4.9	19	92	5	161	36	10	16	35	1.84
5428328--5428384	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
5428307--5428405	36	2.7	37	89	9	150	37	10	17	35	1.83
5434107--5434164	14	3.9	14	76	12	53	81	3	12	3	0.95
5434113--5434175	8	7.6	8	77	19	58	84	1	9	4	0.84
5435131--5435357	43	5.3	43	67	16	148	32	22	20	24	1.98
5435121--5435412	84	3.4	84	85	3	415	32	22	21	23	1.98
5435414--5436412	207	4.8	207	93	0	1619	29	17	23	29	1.97
5436769--5436947	18	9.9	18	87	4	247	37	9	15	36	1.80
5436777--5436947	35	4.8	35	94	2	270	38	9	15	36	1.81
5438163--5438271	43	2.5	43	86	0	146	36	27	12	22	1.91
5439846--5439882	15	2.4	16	82	13	51	48	43	8	0	1.32
5441127--5441198	35	2.1	36	84	10	96	41	5	2	50	1.40
5441163--5441226	27	2.4	27	87	10	87	37	1	4	56	1.30
5441362--5441403	21	2.0	21	85	0	57	38	9	7	45	1.64
5441778--5441868	21	4.2	20	72	17	67	32	3	5	58	1.37
5441817--5441855	20	2.0	20	85	10	53	33	2	7	56	1.41
5441904--5441950	21	2.3	20	85	3	58	36	4	4	55	1.39
5441904--5441951	20	2.3	21	85	3	62	35	4	4	56	1.38
5442027--5442070	19	2.4	18	85	11	54	31	4	11	52	1.57
5457100--5457135	14	2.6	14	90	0	54	22	22	5	50	1.70
5457046--5457258	89	2.4	87	86	1	282	30	17	19	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5457224--5457476	54	4.6	54	92	1	407	30	15	17	37	1.91
5457712--5457823	44	2.5	44	92	0	188	20	22	31	25	1.98
5459548--5459595	23	2.0	23	84	8	60	37	6	4	52	1.46
5459763--5459804	21	2.0	21	85	0	57	38	9	7	45	1.64
5460433--5460476	19	2.4	18	85	11	54	31	4	11	52	1.57
5462703--5462764	20	3.0	20	92	7	97	4	11	0	83	0.78
5462704--5462765	13	4.7	13	76	9	63	3	12	0	83	0.75
5466527--5466564	20	1.9	20	88	0	58	63	0	0	36	0.95
5469220--5469262	6	7.0	6	78	5	50	23	2	0	74	0.93
5469510--5469547	3	12.7	3	94	0	67	34	2	0	63	1.09
5469990--5470031	22	1.9	22	85	9	59	38	7	2	52	1.42
5476485--5476527	22	2.0	22	85	0	59	58	6	0	34	1.25
5479412--5479481	19	3.6	19	76	3	77	32	37	14	15	1.88
5479410--5479496	39	2.3	39	91	2	149	31	37	11	19	1.87
5479431--5479495	19	3.3	20	72	6	71	32	40	10	16	1.84
5481508--5481551	22	2.0	22	82	8	54	38	4	0	56	1.20
5483522--5483563	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
5484035--5484098	28	2.3	29	81	8	87	3	4	23	68	1.23
5484044--5484112	27	2.7	25	89	10	104	4	4	20	71	1.21
5484044--5484109	25	2.5	28	90	9	104	4	4	21	69	1.24
5484936--5484993	30	1.9	30	89	0	89	44	25	6	22	1.77
5485092--5485126	13	2.7	13	100	0	70	45	5	14	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5485105--5485430	77	4.3	75	80	8	324	34	18	17	29	1.93
5484768--5485358	254	2.4	249	84	6	772	37	18	16	28	1.92
5485411--5485446	14	2.7	13	87	8	54	61	2	13	22	1.46
5485374--5486203	88	9.7	82	78	12	518	34	19	19	26	1.95
5485585--5485619	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
5485342--5485696	91	4.0	89	84	6	458	38	16	17	28	1.91
5485023--5486237	413	2.9	399	76	13	1072	34	19	18	27	1.95
5485599--5485774	77	2.3	78	87	3	239	34	18	19	27	1.96
5485779--5485920	74	1.9	75	88	2	214	26	23	20	29	1.99
5485779--5485941	74	2.1	75	84	7	213	30	20	20	28	1.98
5485263--5486234	336	2.9	326	82	9	1075	34	19	18	26	1.95
5485850--5486182	181	1.9	176	86	4	470	34	21	18	25	1.96
5486191--5486286	49	2.0	49	95	0	174	32	21	15	30	1.95
5486240--5486463	72	3.0	72	84	9	281	33	19	16	30	1.94
5486120--5486358	121	2.0	121	92	0	397	32	20	17	29	1.95
5486427--5486532	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
5486383--5486731	141	2.5	141	95	2	612	37	21	16	24	1.93
5486671--5486829	72	2.2	72	88	1	230	42	21	13	22	1.87
5486704--5486949	122	2.0	123	88	3	372	40	22	13	23	1.89
5486829--5487002	70	2.5	69	87	2	233	34	23	14	27	1.94
5495188--5495223	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
5497253--5497294	13	3.2	13	80	12	50	59	4	0	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5497258--5497297	15	2.6	16	80	11	57	55	7	0	37	1.29
5497600--5497641	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
5498113--5498185	20	3.4	22	85	11	105	4	1	19	75	1.04
5499597--5499624	13	2.2	13	100	0	56	14	0	14	71	1.15
5506494--5506554	21	3.0	21	74	13	65	57	0	1	40	1.08
5507840--5508018	41	4.4	40	88	4	227	36	22	18	21	1.95
5507840--5508018	81	2.2	83	87	6	249	36	22	18	21	1.95
5509435--5509903	131	3.6	130	79	5	487	34	18	19	27	1.95
5512562--5513488	44	21.1	43	84	4	1001	26	31	14	26	1.95
5512562--5513488	88	10.6	88	85	2	1125	26	31	14	26	1.95
5512562--5513489	307	3.0	307	88	1	1328	26	31	14	27	1.95
5513684--5515132	132	11.0	131	86	2	1682	27	24	17	29	1.97
5514479--5514673	43	4.5	43	66	6	113	26	22	21	30	1.98
5514773--5515107	43	7.7	43	66	10	142	27	25	17	30	1.97
5516788--5516822	10	3.4	10	88	7	52	0	14	0	85	0.59
5518935--5519043	5	22.6	5	79	20	126	41	16	21	21	1.90
5518940--5519049	19	6.0	19	81	18	135	41	15	20	21	1.89
5518925--5519043	24	5.0	24	88	11	190	42	15	21	21	1.89
5518935--5519027	29	3.4	29	92	7	151	41	17	20	20	1.90
5518935--5519066	38	3.5	38	76	20	143	41	15	21	21	1.89
5518925--5519065	48	2.9	47	84	10	187	41	14	21	21	1.89
5520549--5521005	131	3.5	131	79	5	492	34	17	19	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5524358--5524409	19	2.7	20	84	6	70	26	38	1	32	1.68
5526533--5526562	10	3.1	10	95	4	53	6	10	0	83	0.81
5526917--5527050	64	2.1	64	98	0	259	38	11	3	46	1.59
5526930--5527064	64	2.1	64	90	4	211	40	9	3	45	1.54
5527098--5527167	23	3.0	24	87	4	106	28	17	8	45	1.77
5527341--5527424	15	5.8	15	75	13	95	44	1	0	54	1.07
5527341--5527422	28	2.9	28	90	5	121	43	1	0	54	1.07
5527537--5527867	9	37.4	9	79	4	298	48	12	2	36	1.56
5527537--5527867	53	6.4	53	84	6	421	48	12	2	36	1.56
5527599--5527867	35	7.9	35	76	10	155	47	12	2	37	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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