genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51372522--51372608	38	2.3	38	97	0	165	26	14	26	32	1.95
51373204--51373388	40	4.6	40	77	9	182	24	23	28	24	2.00
51373204--51373388	80	2.3	81	84	6	225	24	23	28	24	2.00
51384065--51384123	16	3.5	17	81	9	68	22	5	6	66	1.36
51386832--51386886	12	4.6	12	73	15	51	63	0	23	12	1.29
51391976--51392011	17	2.1	17	100	0	72	5	25	27	41	1.77
51397251--51397295	20	2.3	20	84	3	65	42	11	13	33	1.79
51397310--51397482	43	4.0	43	78	6	181	32	26	15	26	1.95
51398165--51398198	17	2.0	17	88	11	52	64	17	2	14	1.40
51406057--51406100	18	2.5	19	85	10	58	47	6	9	36	1.62
51410539--51410572	17	2.0	17	94	0	59	38	23	5	32	1.79
51410541--51410580	17	2.4	17	82	0	53	42	25	2	30	1.68
51411326--51411496	31	5.5	31	95	0	306	28	26	16	28	1.97
51411520--51411695	42	4.2	42	96	0	307	33	18	15	32	1.92
51411843--51411909	24	2.8	24	84	4	82	26	22	26	23	2.00
51412723--51412784	27	2.3	27	80	5	72	22	24	17	35	1.95
51412816--51413051	27	8.7	27	80	3	213	30	7	20	41	1.79
51412928--51413084	54	2.9	53	81	6	181	29	11	20	38	1.87
51412901--51413084	81	2.3	81	82	3	219	28	9	20	40	1.84
51412926--51413084	27	5.9	26	78	8	140	29	11	20	38	1.88
51413086--51413236	27	5.6	27	86	0	203	38	4	25	31	1.76
51413088--51413236	81	1.8	81	88	0	226	38	4	24	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51413086--51413280	27	7.2	27	85	1	194	37	7	25	30	1.83
51413086--51413236	54	2.8	54	89	0	230	38	4	25	31	1.76
51417553--51417708	45	3.5	45	87	6	205	25	28	21	25	1.99
51420163--51420299	40	3.5	39	83	7	163	24	20	27	28	1.99
51428191--51428310	40	3.0	41	83	11	144	24	19	26	30	1.98
51429798--51429935	47	3.0	47	94	1	242	43	14	13	28	1.84
51431513--51431775	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
51439434--51439693	40	6.6	40	84	5	289	27	27	20	24	1.99
51439434--51439693	79	3.3	77	84	5	292	27	27	20	24	1.99
51472666--51472915	37	6.6	39	79	13	213	26	28	20	25	1.99
51472666--51472915	72	3.3	77	81	9	248	26	28	20	25	1.99
51480565--51480826	40	6.6	40	87	3	316	27	27	20	24	1.99
51480565--51480826	119	2.2	118	83	4	321	27	27	20	24	1.99
51480565--51480826	79	3.3	78	87	3	321	27	27	20	24	1.99
51491733--51491790	20	2.9	21	84	5	66	22	29	0	48	1.51
51513364--51513407	22	2.0	23	90	4	72	40	0	2	56	1.11
51522345--51522553	46	4.4	46	79	8	188	29	19	27	23	1.98
51522338--51522553	94	2.3	94	82	2	245	29	18	27	24	1.98
51523705--51523744	21	2.0	20	90	5	62	12	35	27	25	1.92
51524630--51524683	26	2.1	26	96	0	99	38	11	20	29	1.87
51528062--51528096	16	2.3	15	90	5	52	42	0	0	57	0.99
51529751--51529788	3	12.7	3	88	0	58	71	0	28	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51532636--51532676	20	2.0	22	85	9	59	41	7	7	43	1.60
51535790--51535839	26	1.9	26	83	0	64	46	20	6	28	1.74
51542124--51542161	10	3.6	10	86	13	58	39	0	0	60	0.97
51542126--51542161	11	3.3	11	85	14	56	36	0	0	63	0.94
51550282--51550447	43	3.9	43	81	2	183	27	15	24	33	1.95
51558952--51559018	27	2.5	26	78	2	80	40	13	16	29	1.87
51565658--51565725	26	2.6	25	79	9	73	41	23	5	29	1.78
51565663--51565919	79	3.2	80	80	6	281	39	19	10	30	1.85
51565663--51565921	27	9.7	27	73	7	199	39	19	10	30	1.85
51565905--51566216	27	11.6	27	87	0	399	37	17	18	25	1.93
51566461--51566512	27	2.0	26	84	3	68	21	26	19	32	1.97
51566600--51566830	98	2.4	98	89	0	345	19	21	25	33	1.97
51566852--51566932	27	3.0	27	82	5	76	18	23	22	35	1.95
51569120--51569378	27	9.7	25	75	15	123	40	20	10	28	1.85
51569146--51569379	27	8.7	26	77	8	139	40	19	10	29	1.85
51569120--51569379	80	3.3	78	86	3	333	40	20	10	28	1.85
51569143--51569379	53	4.4	52	79	6	226	40	19	10	29	1.85
51569184--51569375	107	1.8	106	85	3	269	41	18	10	29	1.83
51569363--51569719	27	13.2	27	86	1	428	37	18	19	25	1.94
51569120--51569474	80	4.4	80	82	6	299	39	18	13	28	1.89
51569945--51570026	27	3.1	26	82	5	92	19	19	20	40	1.92
51570148--51570195	20	2.4	20	78	0	60	12	18	31	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51570077--51570273	98	2.0	98	92	2	324	17	18	28	35	1.94
51570317--51570373	27	2.1	27	84	12	73	15	22	22	38	1.92
51571728--51572159	43	10.0	43	85	2	490	27	15	26	30	1.96
51575401--51575578	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
51575422--51575577	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
51583455--51583632	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
51583476--51583631	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
51587104--51587160	24	2.4	24	93	0	96	35	19	24	21	1.96
51588518--51588675	43	3.7	43	78	13	130	31	23	17	27	1.97
51588523--51588669	42	3.4	42	79	10	138	31	23	17	27	1.97
51598715--51598892	47	3.8	46	80	14	177	23	28	18	29	1.98
51598761--51598891	50	2.7	47	87	6	167	22	29	19	28	1.98
51598960--51599006	22	2.3	21	85	10	62	23	29	4	42	1.73
51606542--51606719	40	4.5	40	90	3	254	24	21	28	25	1.99
51614499--51614676	40	4.5	40	85	6	229	23	21	28	26	1.99
51622241--51622278	20	1.9	20	89	10	60	18	31	39	10	1.85
51624846--51624921	31	2.5	31	93	0	125	32	19	5	42	1.74
51642765--51642962	27	7.3	27	83	4	229	28	24	7	39	1.82
51642765--51642962	81	2.4	81	89	1	290	28	24	7	39	1.82
51642954--51643143	27	7.1	27	76	9	149	38	21	10	30	1.86
51642952--51643143	54	3.6	53	78	9	194	39	20	9	30	1.85
51642966--51643118	80	1.9	80	93	0	261	40	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51642984--51643209	27	8.3	27	76	4	186	38	18	11	32	1.86
51644132--51644201	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
51644131--51644214	25	3.4	24	83	8	98	29	22	22	25	1.99
51644421--51644503	31	2.7	31	92	3	134	30	15	25	28	1.96
51644531--51644599	33	2.1	34	83	2	86	21	17	26	34	1.95
51646777--51646974	27	7.3	27	81	4	193	28	23	7	39	1.82
51646791--51646974	54	3.4	54	84	1	226	29	23	6	40	1.80
51646777--51646974	81	2.4	81	84	3	245	28	23	7	39	1.82
51646966--51647156	27	7.1	27	77	10	169	39	21	9	29	1.85
51646973--51647129	54	2.9	53	86	4	208	40	19	8	31	1.83
51646973--51647131	81	2.0	81	91	0	255	39	20	8	31	1.83
51646978--51647219	27	8.9	27	77	8	114	40	19	9	31	1.82
51647273--51647364	27	3.4	27	87	3	123	32	20	26	20	1.97
51648172--51648241	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
51648171--51648266	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
51648172--51648266	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
51649664--51649720	20	2.9	20	85	10	66	42	7	19	31	1.78
51649777--51649873	26	3.8	26	86	4	128	27	19	18	34	1.95
51650427--51650465	20	1.9	21	89	5	62	30	5	2	61	1.31
51652679--51652953	39	7.1	39	94	0	471	21	26	29	22	1.99
51661609--51661683	20	3.8	20	87	6	102	38	10	18	32	1.85
51661733--51661852	26	4.7	26	84	2	163	27	23	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51661733--51661852	52	2.3	52	88	2	181	27	23	22	26	1.99
51663453--51663529	29	2.7	29	91	0	118	29	29	14	25	1.95
51663753--51663789	16	2.3	16	90	0	56	8	21	21	48	1.76
51664839--51664871	16	2.0	17	94	5	59	9	6	36	48	1.60
51670905--51670969	28	2.3	28	94	0	112	66	0	7	26	1.19
51686627--51686672	18	2.7	17	87	9	67	56	0	0	43	0.99
51686628--51686667	18	2.2	18	95	0	71	62	0	0	37	0.95
51690187--51690234	24	2.0	24	100	0	96	20	33	20	25	1.97
51695280--51695313	10	3.4	10	91	0	50	26	29	29	14	1.95
51702015--51702168	67	2.3	65	85	7	193	32	16	29	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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