genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13391500--13391951	143	3.2	142	94	1	786	32	8	29	29	1.87
13394485--13394586	33	3.1	33	81	1	125	29	25	15	29	1.96
13394496--13394750	65	3.9	66	76	5	167	29	22	12	34	1.91
13394506--13394750	33	7.5	33	81	3	210	30	22	12	35	1.91
13394727--13394788	33	1.9	31	84	12	81	25	20	14	38	1.91
13395433--13395480	21	2.2	22	82	14	64	35	16	0	47	1.47
13404603--13404753	51	3.0	50	81	3	189	26	18	26	28	1.98
13406790--13406906	27	4.3	27	85	4	112	28	13	19	38	1.90
13406833--13407092	27	9.7	27	82	5	262	31	11	20	36	1.88
13406841--13407071	80	2.9	80	82	8	256	32	12	19	35	1.88
13406861--13407092	107	2.2	106	83	5	297	30	11	20	37	1.88
13407408--13407471	28	2.3	28	91	0	101	29	37	14	18	1.90
13414355--13414562	103	2.0	103	96	1	382	20	20	34	24	1.97
13417733--13417773	21	2.0	21	100	0	82	24	24	34	17	1.96
13421276--13421361	25	3.5	24	71	7	73	20	26	19	32	1.97
13423856--13423883	12	2.3	12	100	0	56	67	0	21	10	1.20
13427496--13427692	108	1.8	109	92	1	333	30	9	17	42	1.81
13433668--13433715	20	2.4	20	73	13	53	39	22	2	35	1.66
13446657--13446738	43	1.9	43	95	2	148	47	12	6	34	1.66
13446770--13446808	19	2.1	19	90	4	62	41	12	2	43	1.56
13449784--13449810	10	2.7	10	100	0	54	40	25	0	33	1.56
13453901--13453953	24	2.2	24	86	0	70	56	7	1	33	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13458822--13458854	12	2.8	12	90	4	50	54	0	3	42	1.15
13462511--13462577	32	2.1	32	85	2	89	40	13	2	43	1.59
13468048--13468097	26	1.9	26	91	0	82	12	22	26	40	1.88
13479211--13479261	23	2.2	23	96	0	93	62	7	1	27	1.33
13484318--13484356	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
13484582--13484679	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
13484584--13484672	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
13487211--13487267	24	2.4	24	96	0	105	15	15	45	22	1.84
13488099--13488144	21	2.2	21	100	0	92	19	32	26	21	1.97
13493324--13493355	16	2.0	16	93	0	55	34	0	18	46	1.49
13494184--13494208	12	2.1	12	100	0	50	16	16	8	60	1.58
13495867--13495906	19	2.0	20	85	4	55	32	7	17	42	1.77
13500506--13500542	19	2.0	18	89	5	56	35	0	5	59	1.20
13501689--13501745	10	5.3	10	77	22	62	38	1	21	38	1.64
13501699--13501753	16	3.3	16	68	26	51	38	3	20	38	1.70
13501690--13501771	34	2.4	34	93	2	139	37	3	21	36	1.72
13504562--13504711	21	7.1	21	70	10	74	45	18	19	17	1.86
13504562--13504716	42	3.7	42	79	3	150	45	17	20	16	1.85
13505168--13505226	17	3.1	18	85	11	66	47	6	0	45	1.29
13520009--13520072	28	2.2	28	81	8	76	48	3	0	48	1.17
13521375--13521426	18	2.9	18	91	0	68	51	0	1	46	1.12
13529873--13530138	94	2.9	90	76	8	223	25	19	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13530946--13531064	55	2.2	54	80	5	132	24	25	26	23	2.00
13531714--13531752	20	2.0	19	90	5	60	33	12	23	30	1.92
13543383--13543439	28	2.0	28	100	0	114	33	31	10	24	1.89
13545359--13545408	26	1.9	26	95	0	91	30	32	24	14	1.94
13545326--13545589	104	2.6	102	90	3	404	29	29	20	19	1.97
13545917--13545981	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
13545924--13545981	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
13548084--13548167	43	2.0	43	97	0	159	35	10	14	39	1.81
13548750--13548808	28	2.1	28	93	6	102	54	11	3	30	1.53
13549407--13549895	246	2.0	252	84	6	656	39	11	9	38	1.75
13551023--13551116	37	2.5	37	83	10	120	41	1	1	56	1.13
13552150--13552275	45	2.8	45	96	0	225	34	13	36	15	1.86
13552518--13552694	41	4.4	41	86	3	243	35	23	23	17	1.95
13552933--13552972	14	2.9	14	80	0	53	7	0	22	70	1.12
13553378--13553411	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
13558331--13558482	42	3.5	42	83	2	187	29	17	17	34	1.94
13567721--13567749	14	2.1	14	100	0	58	37	27	13	20	1.91
13570896--13570922	12	2.2	12	100	0	54	22	22	0	55	1.44
13570984--13571114	64	2.0	64	89	0	199	41	18	10	29	1.84
13572968--13573014	22	2.1	22	84	7	60	29	0	19	51	1.47
13579033--13579070	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
13580108--13580287	95	1.9	95	81	0	216	36	22	16	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13582082--13582126	8	5.5	8	80	15	56	51	2	0	46	1.13
13582665--13582702	18	2.2	17	86	13	51	44	0	2	52	1.14
13582730--13582769	15	2.5	17	84	15	50	45	0	2	52	1.14
13582862--13582887	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
13586346--13586411	18	3.8	18	88	5	93	30	7	25	36	1.84
13589955--13590033	30	2.6	31	73	18	76	45	12	13	27	1.80
13598381--13598426	21	2.2	21	96	0	83	21	28	10	39	1.87
13606945--13607019	18	4.2	18	88	6	116	32	13	22	32	1.93
13617140--13617251	52	2.1	54	93	3	192	38	0	17	42	1.56
13623172--13623219	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
13623228--13623325	43	2.3	43	92	3	162	32	7	11	48	1.66
13627907--13627956	19	2.7	18	81	9	64	34	2	16	48	1.57
13627968--13628060	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
13630909--13630945	9	4.2	9	93	3	58	24	10	21	43	1.84
13632233--13632300	18	3.8	18	71	7	59	58	1	2	36	1.22
13634835--13635067	9	25.1	9	67	17	88	59	4	2	33	1.31
13634963--13635025	20	3.2	19	78	14	58	58	3	3	34	1.30
13635459--13635578	10	12.2	10	76	7	86	25	0	5	68	1.15
13635441--13635557	19	6.3	18	76	12	85	26	0	4	69	1.07
13635441--13635488	18	2.8	17	82	14	62	31	0	2	66	1.03
13635514--13635570	30	1.9	29	92	3	96	26	0	5	68	1.11
13635451--13635558	9	11.3	9	72	11	65	25	0	4	70	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13635814--13635885	19	3.8	18	72	18	58	59	2	2	34	1.26
13635888--13635960	19	3.9	17	78	20	67	64	4	0	31	1.12
13635904--13635959	18	3.1	18	82	10	53	64	3	0	32	1.11
13636350--13636398	16	2.9	17	87	6	66	8	10	2	79	1.01
13636348--13636409	16	3.9	16	78	19	60	9	11	1	77	1.06
13637976--13638037	9	7.0	9	73	23	51	37	0	1	61	1.06
13637976--13638038	28	2.4	27	86	7	85	38	0	1	60	1.07
13638028--13638074	21	2.4	19	82	10	58	25	0	6	68	1.13
13638001--13638103	20	5.1	21	77	13	83	28	0	5	65	1.22
13637973--13638132	10	16.7	9	68	19	74	33	1	3	61	1.21
13650649--13650689	21	2.0	21	90	0	64	31	7	36	24	1.83
13650685--13650731	12	3.9	12	82	0	58	29	0	53	17	1.44
13650685--13650734	24	2.1	24	88	7	75	30	0	52	18	1.46
13650700--13650738	6	6.5	6	81	0	51	30	0	51	17	1.46
13655600--13655630	15	2.1	15	100	0	62	32	25	0	41	1.56
13658393--13658440	16	3.1	16	72	6	53	41	2	0	56	1.11
13658771--13658795	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
13660473--13660511	22	1.9	21	85	15	55	58	0	7	33	1.26
13661615--13661664	12	4.2	11	82	10	55	82	2	4	12	0.90
13674099--13674166	32	2.1	33	83	8	86	20	0	17	61	1.34
13677967--13678000	10	3.6	9	92	4	50	64	2	0	32	1.08
13679434--13679501	34	2.0	34	97	0	127	29	22	5	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13685075--13685131	29	2.0	28	82	3	69	21	33	1	43	1.63
13691964--13692004	18	2.2	19	87	12	59	34	0	4	60	1.18
13692417--13693420	503	2.0	503	94	0	1756	29	11	23	36	1.89
13695561--13695718	42	3.7	42	83	9	160	28	26	14	30	1.95
13695646--13695769	47	2.7	46	84	2	158	29	26	16	28	1.97
13695787--13695966	31	5.8	31	90	2	272	25	26	20	27	1.99
13695942--13696070	50	2.5	51	87	5	181	25	21	16	36	1.94
13696073--13696102	11	2.7	11	100	0	60	23	36	20	20	1.95
13707540--13707595	27	2.2	25	90	9	87	10	3	8	76	1.12
13707483--13707614	60	2.3	57	82	6	149	9	8	8	73	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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