genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74887137--74887191	12	4.5	12	78	17	60	0	52	0	47	1.00
74887131--74887183	12	4.3	12	77	17	56	0	54	0	45	0.99
74891793--74891891	52	1.9	52	89	4	155	37	14	16	32	1.88
74902544--74902821	29	9.5	28	74	12	150	37	12	26	23	1.91
74902544--74902820	59	4.7	59	76	10	262	37	12	26	23	1.91
74902544--74902863	88	3.6	88	88	2	480	35	13	26	24	1.93
74902561--74902862	59	5.1	59	74	10	242	34	14	27	23	1.93
74906323--74906484	42	3.9	42	80	3	182	28	19	23	28	1.98
74906323--74906484	84	1.9	84	83	2	209	28	19	23	28	1.98
74908149--74908174	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
74909225--74909400	51	3.5	51	88	6	227	29	14	28	27	1.95
74910319--74910368	7	7.3	7	86	4	75	46	36	0	18	1.49
74910326--74910364	13	2.9	13	92	3	60	48	33	0	17	1.48
74918812--74919028	46	4.7	46	74	8	208	27	28	22	21	1.99
74918863--74919032	92	1.8	89	86	12	245	27	28	22	21	1.99
74919449--74919508	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
74926454--74926527	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
74929704--74929968	46	5.7	46	71	12	218	27	26	21	23	1.99
74929709--74929972	93	2.8	93	94	0	456	27	27	21	23	1.99
74929755--74929919	47	3.5	47	75	11	194	28	27	20	24	1.99
74935084--74935167	40	2.1	40	95	0	150	32	13	22	32	1.92
74937483--74937546	27	2.4	27	91	0	101	29	15	23	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74939905--74940174	49	5.7	49	75	9	211	25	28	20	25	1.99
74939905--74940126	98	2.4	91	81	6	237	25	29	19	24	1.99
74940059--74940218	46	3.5	48	78	6	145	25	28	19	26	1.99
74940005--74940266	92	2.8	95	80	7	245	22	27	20	29	1.98
74941960--74942142	53	3.4	51	77	11	181	34	19	24	22	1.96
74942230--74942293	29	2.2	29	91	0	101	46	9	25	18	1.79
74943871--74944041	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
74943866--74944038	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
74944461--74944520	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
74951441--74951612	46	3.7	46	79	13	208	27	28	22	21	1.99
74951446--74951616	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
74952036--74952095	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
74959347--74959404	28	2.0	29	86	3	82	29	32	12	25	1.92
74959614--74959656	16	2.7	16	88	0	68	11	23	16	48	1.78
74962061--74962244	67	2.8	64	77	8	194	28	17	30	22	1.97
74967087--74967396	49	6.5	48	92	2	484	31	8	30	29	1.86
74967087--74967396	96	3.2	95	92	2	496	31	8	30	29	1.86
74967087--74967396	145	2.2	143	91	2	512	31	8	30	29	1.86
74967515--74967593	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
74969701--74969884	64	2.8	64	76	8	185	23	29	16	29	1.97
74970617--74970677	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74983186--74983257	20	3.6	20	98	0	135	19	31	31	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74985353--74985508	43	3.6	44	79	9	187	23	19	26	29	1.98
74987413--74987517	27	3.9	27	81	12	117	36	20	24	18	1.95
74987406--74987517	54	2.1	54	86	6	156	36	21	24	17	1.95
74997844--74997950	27	3.9	27	83	11	121	35	21	24	18	1.96
75001479--75001673	49	3.9	49	76	7	214	26	18	26	28	1.98
75001481--75001663	100	1.8	100	92	0	312	25	18	26	29	1.98
75003419--75003533	29	4.0	28	82	6	124	29	28	13	27	1.95
75003416--75003531	57	2.0	57	86	3	162	29	30	13	26	1.94
75003754--75003808	16	3.4	16	82	0	56	12	20	20	47	1.82
75003758--75003808	24	2.2	23	86	10	68	11	19	19	49	1.79
75012248--75012286	18	2.2	18	100	0	78	25	5	25	43	1.75
75017332--75017481	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
75017356--75017539	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
75021762--75021796	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
75022054--75022078	13	1.9	13	100	0	50	8	8	12	72	1.29
75024208--75024392	39	4.7	39	83	2	237	32	14	22	31	1.93
75024208--75024392	78	2.4	78	90	1	282	32	14	22	31	1.93
75035197--75035316	44	2.8	42	85	8	145	23	15	28	32	1.95
75035202--75035361	43	3.7	43	77	9	155	23	16	28	30	1.97
75057349--75057381	11	3.0	11	95	0	57	27	24	27	21	1.99
75066498--75066543	20	2.3	20	85	3	58	63	13	0	23	1.30
75079144--75079299	42	3.7	42	81	2	168	29	16	25	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75080758--75081063	150	2.0	150	97	0	576	22	26	30	20	1.98
75100803--75100848	23	2.0	23	95	0	83	19	15	8	56	1.65
75102898--75102939	21	2.0	21	85	0	57	30	30	9	28	1.89
75104859--75104973	28	4.1	28	77	5	99	28	26	14	29	1.95
75105186--75105236	16	3.2	16	82	0	57	19	19	13	47	1.83
75114630--75114666	18	2.1	18	100	0	74	29	5	16	48	1.68
75116579--75116640	26	2.3	27	91	2	99	25	16	20	37	1.93
75116591--75116647	26	2.2	26	83	3	69	24	19	22	33	1.97
75116754--75116787	5	6.8	5	100	0	68	41	17	20	20	1.91
75125156--75125245	27	3.3	27	87	0	126	23	13	23	40	1.90
75125621--75125668	18	2.6	19	83	9	64	18	22	16	41	1.90
75129105--75129168	18	3.6	18	78	0	74	23	18	14	43	1.86
75130674--75130850	40	4.4	40	84	4	225	26	27	22	23	1.99
75135941--75135998	18	3.2	18	80	0	62	22	22	12	43	1.86
75144002--75144042	15	2.7	15	80	0	55	51	17	14	17	1.77
75150475--75150515	15	2.7	15	80	0	55	51	17	14	17	1.77
75158829--75159004	46	3.8	46	77	14	200	30	28	19	21	1.98
75158836--75159005	93	1.8	93	93	2	297	29	28	20	21	1.98
75165057--75165270	28	7.4	28	88	8	277	34	28	11	25	1.90
75172173--75172324	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
75172173--75172324	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
75176543--75176722	28	6.5	28	94	3	303	33	28	11	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75182587--75182853	40	6.7	40	93	0	446	31	20	26	22	1.98
75191040--75191304	40	6.7	40	92	2	428	30	20	26	22	1.98
75295939--75296012	29	2.6	29	84	4	87	27	16	32	24	1.96
75297434--75297663	41	5.8	40	85	8	231	29	26	21	23	1.99
75297516--75297662	39	3.7	40	91	2	215	30	25	20	23	1.98
75305597--75305828	40	5.8	40	89	3	281	27	27	21	23	1.99
75313821--75314049	40	5.8	39	89	5	268	27	27	21	24	1.99
75313801--75314048	79	3.2	80	84	4	308	28	27	20	23	1.99
75330159--75330370	40	5.3	40	90	2	268	25	28	21	25	1.99
75330159--75330416	80	3.2	80	81	7	242	25	27	20	25	1.99
75334571--75334707	52	2.7	50	78	6	159	33	24	14	27	1.94
75345859--75346056	64	3.0	66	78	10	172	31	16	29	23	1.96
75345896--75346078	64	2.8	64	79	7	210	30	16	30	23	1.96
75355993--75356054	14	4.6	14	70	20	51	48	3	3	45	1.34
75356287--75356325	20	2.0	19	90	5	60	43	0	10	46	1.37
75360071--75360195	40	3.1	40	84	0	178	12	23	17	46	1.82
75360071--75360180	20	5.5	20	70	0	76	14	25	15	44	1.84
75372391--75372523	45	2.9	45	86	1	176	35	27	15	21	1.94
75373112--75373169	25	2.3	25	85	5	73	44	20	5	29	1.73
75377759--75377798	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
75383984--75384158	48	3.7	45	78	6	179	29	19	28	23	1.98
75383983--75384158	94	1.9	94	89	5	275	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75385444--75385483	21	2.0	20	90	5	62	10	37	30	22	1.87
75387848--75388154	53	5.8	53	80	3	330	35	13	23	27	1.92
75387853--75388161	106	2.9	106	85	1	422	35	12	24	26	1.92
75387848--75388154	159	1.9	159	81	3	368	35	13	23	27	1.92
75391592--75391626	10	3.4	10	84	7	52	17	11	14	57	1.66
75391592--75391625	11	3.2	11	87	4	52	17	8	14	58	1.61
75394156--75394221	18	3.5	18	75	10	53	71	1	22	4	1.13
75396292--75396343	24	2.2	24	83	10	63	34	11	9	44	1.73
75398153--75398207	28	2.0	27	82	10	67	32	20	21	25	1.97
75415622--75415803	40	4.6	40	90	2	269	25	23	27	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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