genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60278995--60279044	25	2.0	25	100	0	100	32	20	24	24	1.98
60283114--60283221	26	4.2	26	92	0	180	31	7	24	37	1.83
60284819--60284905	27	3.2	27	87	9	124	16	22	25	35	1.94
60291239--60291315	27	2.9	27	86	0	100	33	19	20	25	1.96
60291561--60291636	22	3.5	22	88	0	116	13	28	26	31	1.93
60294119--60294168	23	2.2	23	89	7	75	10	26	22	42	1.84
60298677--60298706	14	2.1	15	93	6	53	53	6	3	36	1.44
60308916--60309098	40	4.6	40	82	6	210	25	24	27	22	2.00
60308914--60309098	80	2.3	81	85	4	241	25	23	27	23	2.00
60310733--60310784	23	2.3	23	86	6	70	9	15	3	71	1.27
60321570--60321609	21	1.9	21	84	0	53	35	2	25	37	1.69
60322872--60323064	40	4.8	40	89	1	264	25	20	27	25	1.99
60328485--60328514	15	2.0	15	93	0	51	56	13	0	30	1.37
60331996--60332253	40	6.6	40	84	6	280	27	27	20	24	1.99
60339898--60340159	40	6.6	40	87	3	316	27	27	20	24	1.99
60345080--60345193	29	4.0	28	81	8	131	28	28	14	27	1.96
60345071--60345181	58	1.9	57	85	1	150	27	29	15	27	1.96
60350239--60350290	23	2.3	22	75	15	52	44	13	15	26	1.84
60350507--60350535	14	2.0	15	93	6	51	55	13	13	17	1.70
60352555--60352596	17	2.4	18	84	8	59	21	28	0	50	1.49
60356100--60356132	12	2.5	14	90	9	52	63	0	21	15	1.30
60356053--60356185	63	2.1	64	86	8	182	47	6	21	24	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60356161--60356186	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
60360122--60360297	46	3.8	46	77	15	193	21	19	29	30	1.97
60360119--60360290	93	1.8	93	92	4	294	21	19	29	29	1.98
60361818--60361895	41	1.9	40	86	2	111	47	5	16	30	1.68
60361869--60361905	13	2.9	12	88	11	56	67	0	13	18	1.23
60361869--60361905	6	5.8	6	90	6	56	67	0	13	18	1.23
60365384--60365559	46	3.8	46	77	10	187	28	29	20	21	1.98
60365392--60365562	93	1.8	93	91	0	279	27	29	21	22	1.99
60365392--60365578	46	4.0	45	73	18	134	27	29	20	22	1.98
60373731--60373794	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
60373818--60373867	24	2.1	24	81	7	57	30	28	12	30	1.92
60373823--60374292	94	5.0	94	96	0	841	40	18	10	30	1.84
60380680--60380872	39	5.0	39	89	0	271	27	19	27	25	1.99
60384054--60384127	37	2.0	37	100	0	148	21	10	27	40	1.86
60388559--60388713	42	3.7	42	79	5	152	34	14	20	30	1.92
60392342--60392388	23	2.0	23	91	0	76	34	12	17	36	1.87
60399366--60399419	27	2.0	27	92	0	90	48	5	16	29	1.69
60405832--60405873	22	2.0	22	86	13	63	54	0	0	45	0.99
60405835--60405868	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
60406541--60407837	650	2.0	650	98	0	2486	35	13	20	30	1.91
60412523--60412764	124	2.0	124	96	0	448	28	16	25	29	1.97
60422973--60423008	10	3.6	10	89	10	56	27	0	5	66	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60423899--60423942	20	2.2	20	84	8	54	59	9	2	29	1.41
60426633--60426691	28	2.1	28	100	0	118	38	20	10	30	1.86
60430308--60430376	34	2.0	34	97	0	129	47	10	11	30	1.73
60431913--60432003	40	2.3	40	94	0	155	32	12	12	42	1.79
60432406--60432505	50	2.0	50	92	0	164	28	19	19	34	1.95
60436435--60436471	14	2.4	16	82	8	51	29	24	0	45	1.53
60440990--60441091	37	2.7	39	83	3	136	19	16	23	40	1.91
60448292--60448316	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
60449912--60449974	31	2.0	31	100	0	126	30	9	22	38	1.86
60450106--60450341	48	4.9	48	77	2	213	28	18	29	23	1.98
60450118--60450291	96	1.8	96	86	2	251	28	18	30	22	1.97
60463823--60463910	45	2.0	45	93	0	149	25	12	23	38	1.90
60465231--60465255	13	1.9	13	100	0	50	12	32	32	24	1.91
60475491--60475754	92	2.9	92	80	11	283	30	18	27	23	1.97
60475486--60475784	46	6.4	47	75	12	244	31	17	27	23	1.97
60475583--60475809	48	4.8	47	77	14	139	31	18	26	23	1.97
60480181--60480217	11	3.5	11	78	14	51	51	13	0	35	1.41
60480180--60480220	20	2.0	20	100	0	82	48	17	0	34	1.47
60481485--60481612	64	2.0	64	98	0	247	46	6	5	42	1.52
60484210--60484251	19	2.2	19	100	0	84	54	4	0	40	1.21
60486911--60487041	48	2.7	48	87	0	190	29	25	19	25	1.99
60495474--60495609	73	1.9	73	88	0	209	28	11	15	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60507170--60507535	49	7.7	49	77	8	301	24	27	19	28	1.99
60507173--60507540	94	3.9	96	75	12	314	24	27	19	27	1.99
60517183--60517209	13	2.1	13	100	0	54	0	37	22	40	1.54
60518132--60518445	47	6.6	47	71	13	182	24	27	18	28	1.98
60518281--60518452	94	1.8	94	89	2	274	25	29	18	27	1.98
60522261--60522285	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
60525568--60525790	48	4.6	48	78	2	198	28	19	27	24	1.99
60527236--60527407	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
60527238--60527460	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
60527236--60527460	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
60527392--60527469	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60531713--60531746	9	3.7	9	96	4	59	23	32	0	44	1.54
60535008--60535178	39	4.3	40	88	3	222	25	28	21	25	1.99
60535010--60535231	40	5.6	39	83	6	216	25	27	21	25	1.99
60535008--60535231	79	2.8	79	80	8	240	25	27	20	25	1.99
60535163--60535240	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60539590--60539779	48	4.0	48	88	2	274	26	25	20	27	1.99
60545658--60545907	48	5.2	48	85	0	313	28	26	16	28	1.97
60547458--60547512	21	2.6	21	97	0	101	16	40	25	18	1.91
60550987--60551250	40	6.7	40	86	7	319	25	22	27	25	2.00
60550988--60551283	80	3.7	78	82	7	300	26	21	27	24	2.00
60550987--60551283	119	2.5	118	80	10	313	26	21	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60559073--60559336	40	6.7	40	86	7	319	25	22	27	25	2.00
60559074--60559369	80	3.7	78	82	7	300	26	21	27	24	2.00
60559073--60559369	119	2.5	118	80	10	313	26	21	27	24	2.00
60564744--60565063	48	6.7	48	74	9	276	26	18	29	25	1.98
60564731--60565053	96	3.4	96	85	2	418	26	18	29	26	1.98
60566983--60567021	21	1.9	20	89	5	60	46	25	2	25	1.66
60570298--60570342	21	2.1	21	87	0	63	26	4	24	44	1.72
60572638--60572727	43	2.1	43	97	0	171	44	17	6	31	1.75
60574059--60574098	21	2.0	20	90	5	62	47	22	2	27	1.64
60576099--60576180	10	7.6	10	75	17	67	84	9	3	2	0.84
60576113--60576180	9	7.6	8	74	19	55	83	11	4	0	0.78
60576100--60576180	29	2.9	26	78	10	90	83	9	3	2	0.85
60576114--60576178	26	2.5	26	82	7	78	83	12	4	0	0.80
60578082--60578319	47	5.3	47	62	20	141	27	17	26	28	1.98
60578037--60578359	88	3.7	88	92	1	533	27	17	27	27	1.98
60578349--60579260	44	21.0	43	70	13	458	32	17	23	26	1.96
60578362--60579280	132	7.1	132	89	3	1407	32	16	23	27	1.96
60578913--60579281	118	3.0	118	83	10	504	33	15	24	26	1.95
60579111--60579282	88	2.0	88	81	9	208	31	14	25	28	1.95
60579281--60580288	87	11.7	87	84	7	1120	36	20	22	19	1.95
60579808--60580288	79	5.7	79	77	13	444	38	20	22	18	1.94
60579920--60580248	43	7.6	44	70	18	203	37	21	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60580052--60580202	46	3.4	44	78	11	182	37	20	23	19	1.95
60580810--60580862	18	3.3	18	65	29	55	15	52	7	24	1.68
60581352--60581558	3	67.3	3	68	20	60	28	6	3	60	1.40
60581344--60581421	9	8.6	9	74	12	52	28	3	1	66	1.17
60581636--60581847	118	1.8	115	84	8	293	31	3	5	59	1.36
60584147--60584334	40	4.7	40	96	0	340	31	20	27	21	1.98
60592812--60592999	40	4.7	40	96	0	340	31	20	27	21	1.98
60597104--60597288	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
60597085--60597288	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
60601128--60601310	40	4.6	40	83	6	196	24	20	27	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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