genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76835744--76835990	40	6.6	39	77	17	192	25	21	27	25	1.99
76865774--76865861	27	3.3	26	82	4	104	21	21	20	36	1.95
76867363--76867419	27	2.1	27	100	0	114	47	19	14	19	1.82
76869981--76870165	27	6.9	27	83	2	176	39	22	7	30	1.82
76877414--76877567	51	3.0	51	97	0	281	32	7	27	32	1.84
76877745--76877823	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
76898341--76898565	40	5.6	40	83	2	272	23	27	24	24	2.00
76898305--76898565	80	3.3	80	82	3	285	23	26	24	25	2.00
76904789--76905215	42	10.2	42	83	1	469	36	22	18	22	1.95
76923194--76923316	41	3.0	41	83	4	149	28	28	21	21	1.99
76923581--76923916	27	12.4	27	76	7	173	29	8	19	41	1.81
76923585--76923818	81	2.9	81	78	6	206	29	8	19	43	1.80
76923909--76923989	27	3.0	27	76	7	92	28	19	19	32	1.97
76931572--76931831	127	2.0	128	93	0	441	34	12	14	38	1.84
76936002--76936157	47	3.3	47	88	0	231	28	30	8	32	1.88
76940954--76941024	25	2.8	25	91	2	115	26	23	23	25	2.00
76943911--76943954	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
76946602--76946742	50	2.8	49	85	6	178	30	19	29	21	1.97
76951139--76951184	22	2.1	22	100	0	92	26	19	8	45	1.79
76954575--76954606	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
76954672--76954726	24	2.3	24	93	0	92	29	14	7	49	1.70
76959791--76960106	165	1.9	165	88	0	470	33	29	14	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76966248--76966272	9	2.8	9	100	0	50	72	12	0	16	1.13
76970819--76970996	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76970840--76970995	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76974538--76975074	108	5.0	107	89	2	738	28	21	8	41	1.83
76974533--76975074	27	20.1	27	82	5	612	28	21	8	41	1.83
76975092--76975279	27	7.0	27	83	1	216	35	18	19	26	1.95
76975478--76975560	27	3.1	26	86	5	112	20	22	20	36	1.95
76976087--76976193	6	17.8	6	78	18	116	20	14	14	50	1.77
76976062--76976193	30	4.4	31	91	4	191	21	17	13	47	1.82
76976678--76976711	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
76978137--76978236	49	2.0	51	88	3	150	32	10	21	37	1.86
76979221--76979391	86	2.0	85	86	1	234	42	12	18	26	1.87
76988087--76988137	25	2.1	25	81	3	59	27	17	21	33	1.96
76996263--76996323	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
76996263--76996323	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
76999183--76999304	57	2.1	59	83	8	162	24	19	5	50	1.70
77003991--77004205	39	5.5	39	86	4	283	45	21	2	30	1.66
77004111--77004175	16	3.6	17	70	29	55	44	23	1	30	1.62
77003985--77004205	116	1.9	116	86	4	320	44	21	2	31	1.66
77007269--77007325	28	2.0	28	83	12	73	15	26	21	36	1.93
77007406--77007505	33	3.0	33	76	5	121	20	23	15	42	1.89
77007483--77007527	22	2.0	22	91	0	72	26	22	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77014534--77014626	27	3.4	27	87	0	96	32	13	18	35	1.90
77014521--77014628	54	2.0	54	81	0	126	30	14	16	37	1.89
77014622--77015269	54	12.1	54	83	4	733	31	10	19	39	1.84
77014566--77015278	27	26.7	26	79	8	616	31	10	18	39	1.84
77014540--77015269	160	4.6	161	82	4	836	31	10	19	39	1.85
77015593--77015658	28	2.4	28	84	0	78	25	33	15	25	1.95
77024112--77024171	31	1.9	31	100	0	120	28	6	21	43	1.78
77024775--77024813	20	2.0	20	100	0	78	23	30	30	15	1.95
77024778--77024824	20	2.3	20	88	0	67	21	27	31	19	1.97
77028315--77028344	6	5.0	6	100	0	60	16	16	0	66	1.25
77033730--77033773	22	2.0	23	90	4	72	72	20	4	2	1.13
77036605--77036658	27	2.0	27	100	0	108	37	14	14	33	1.88
77041678--77041741	28	2.3	28	83	0	74	21	18	34	25	1.96
77042057--77042516	27	17.1	27	82	2	487	38	20	10	30	1.86
77042071--77042516	134	3.3	134	84	4	549	38	20	10	30	1.86
77046402--77046620	56	3.9	56	83	5	275	27	15	24	32	1.95
77046406--77046620	112	1.9	112	86	5	310	26	15	25	32	1.96
77048285--77048309	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
77049033--77049143	55	2.0	55	100	0	222	37	18	9	35	1.82
77054078--77054129	12	4.4	12	78	2	52	73	1	0	25	0.94
77055418--77055458	20	2.0	20	90	4	64	41	0	2	56	1.13
77055480--77055531	11	4.8	10	80	13	50	42	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77056366--77056428	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
77059921--77059979	31	1.9	30	89	3	91	22	13	37	27	1.91
77060776--77060819	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
77061118--77061168	13	3.8	13	92	5	75	76	0	9	13	1.02
77063265--77063317	16	3.2	16	82	15	63	75	3	13	7	1.15
77063273--77063325	16	3.4	16	78	5	63	75	1	15	7	1.11
77067433--77067735	40	7.6	40	90	2	405	24	20	27	27	1.99
77069647--77069825	27	6.6	27	83	4	198	26	15	27	30	1.96
77069647--77069825	55	3.3	55	81	6	202	26	15	27	30	1.96
77069648--77069804	82	1.9	82	88	2	235	26	15	28	29	1.96
77069644--77069825	82	2.2	82	83	1	231	26	15	27	30	1.96
77069730--77069836	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
77077880--77078057	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
77077881--77078036	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
77077877--77078057	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
77077962--77078068	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
77081496--77081554	31	1.9	30	89	3	91	22	13	37	27	1.91
77082352--77082395	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
77085027--77085089	28	2.2	28	86	5	83	33	28	4	33	1.78
77089141--77089323	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
77089120--77089323	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
77090456--77090575	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77097047--77097229	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
77097045--77097229	40	4.7	40	79	10	209	25	28	22	23	1.99
77098359--77098478	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
77099331--77099382	23	2.3	23	96	3	97	36	17	3	42	1.67
77102962--77103095	25	5.4	24	75	12	83	34	26	16	22	1.95
77103153--77103218	25	2.6	25	90	0	105	31	21	19	27	1.97
77113659--77113825	46	3.6	45	77	6	174	22	29	19	28	1.98
77113653--77113822	94	1.8	93	84	6	236	23	29	18	28	1.98
77113504--77113825	47	6.8	48	70	17	192	24	29	18	27	1.98
77120189--77120358	47	3.6	47	94	0	295	38	12	22	26	1.90
77121964--77122254	40	7.3	40	82	8	324	23	20	27	28	1.99
77121967--77122254	120	2.4	120	90	1	427	23	20	28	28	1.99
77125840--77126229	55	7.4	54	73	12	272	35	16	24	23	1.95
77125941--77126123	100	1.8	100	81	4	226	35	15	22	25	1.94
77125840--77126217	209	1.8	209	91	1	632	35	16	24	24	1.95
77126041--77126239	108	1.8	108	83	3	265	36	16	23	24	1.94
77129223--77129270	21	2.3	21	88	0	69	29	27	29	14	1.95
77129477--77129507	15	2.1	15	93	0	53	19	19	12	48	1.81
77130458--77130686	49	4.8	50	75	8	201	26	30	16	27	1.97
77130457--77130686	96	2.4	95	81	7	254	26	30	16	26	1.97
77130458--77130734	49	5.7	49	73	11	173	25	29	17	27	1.97
77135288--77135319	16	1.9	17	93	6	57	31	25	6	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77139145--77139303	27	5.9	27	79	11	166	35	21	23	19	1.96
77139163--77139306	54	2.7	54	91	2	227	35	22	23	18	1.96
77140900--77140981	26	3.2	26	91	0	137	35	23	7	34	1.82
77144129--77144336	53	3.9	54	78	5	197	22	25	17	34	1.96
77144315--77144436	47	2.6	47	97	0	226	25	24	13	36	1.93
77151805--77151874	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
77151805--77151902	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
77162502--77162571	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
77162502--77162599	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
77165793--77165895	51	2.0	51	100	0	206	46	11	11	30	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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