genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54462814--54463001	43	4.4	42	79	7	182	32	23	18	26	1.97
54462837--54462994	86	1.8	85	84	8	212	32	25	17	24	1.96
54466462--54466595	27	5.0	27	91	0	205	40	17	15	26	1.90
54466469--54466595	54	2.4	54	95	0	227	40	17	15	26	1.90
54477955--54478387	47	9.1	47	93	1	695	32	9	29	28	1.88
54478506--54478584	37	2.1	37	85	0	104	25	18	29	26	1.98
54483718--54484143	47	9.1	47	94	3	745	32	8	29	29	1.87
54483718--54484143	96	4.5	96	95	3	762	32	8	29	29	1.87
54484262--54484338	35	2.1	36	85	4	102	24	18	31	25	1.97
54485165--54485238	29	2.6	29	91	0	112	25	31	16	27	1.96
54485220--54485322	43	2.4	43	98	0	197	27	34	15	22	1.94
54487236--54487657	92	4.5	94	86	11	518	29	28	8	33	1.87
54487236--54487657	48	9.0	46	85	11	524	29	28	8	33	1.87
54493178--54493279	19	5.3	20	75	15	92	21	0	0	78	0.75
54493183--54493266	17	4.9	16	79	15	80	21	0	0	78	0.75
54493179--54493288	38	2.8	39	78	16	122	22	0	0	77	0.77
54493177--54493252	33	2.5	29	80	14	91	21	0	0	78	0.74
54493265--54493304	18	2.2	18	90	0	62	32	0	2	65	1.06
54493328--54493387	30	2.0	31	87	9	88	25	1	0	73	0.93
54493344--54493387	15	2.9	15	77	12	54	27	0	0	72	0.85
54493409--54493478	19	3.7	19	77	11	63	18	2	1	77	0.97
54493501--54493705	25	8.5	25	69	19	84	27	0	0	72	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54493526--54493564	17	2.4	16	83	8	51	35	0	2	61	1.10
54493563--54493713	79	2.0	81	75	18	148	23	0	0	76	0.79
54493572--54493716	33	4.7	31	76	19	135	22	0	0	77	0.76
54493563--54493707	60	2.4	57	78	13	159	24	0	0	75	0.80
54493599--54493712	5	23.8	5	70	19	75	22	0	0	77	0.77
54493573--54493713	48	3.1	44	80	16	155	21	0	0	78	0.76
54493733--54493911	34	5.4	34	71	13	97	28	1	0	69	1.02
54493785--54493910	26	4.5	27	73	20	100	26	1	0	71	1.00
54493574--54493867	19	16.4	18	66	16	87	26	2	0	71	1.01
54493763--54493918	17	8.5	20	71	23	73	26	1	0	71	0.99
54493831--54493913	6	13.8	6	73	14	55	24	2	0	73	0.95
54493881--54493934	26	2.0	28	85	7	76	31	0	1	66	1.02
54494053--54494112	18	3.3	17	77	13	57	31	0	0	68	0.90
54494079--54494114	13	2.7	13	91	4	54	30	0	0	69	0.89
54494188--54494243	28	2.1	27	87	9	80	23	0	5	71	1.06
54494236--54494289	24	2.2	24	80	6	65	35	1	0	62	1.06
54494416--54494525	40	2.7	42	77	9	120	25	0	0	73	0.89
54494427--54494483	24	2.3	24	84	3	69	26	1	0	71	0.95
54494472--54494521	11	4.6	11	82	12	68	26	0	0	74	0.83
54494474--54494528	12	4.8	12	80	12	62	25	0	0	74	0.82
54494445--54494537	40	2.5	38	77	13	95	27	0	0	72	0.85
54494639--54494681	8	5.1	8	83	10	59	11	2	0	86	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54494639--54494685	17	2.8	18	81	12	64	12	2	0	85	0.70
54494663--54494759	36	2.7	36	76	12	103	25	2	4	68	1.19
54494691--54494744	18	3.1	18	75	20	60	29	0	5	64	1.16
54494762--54494817	18	3.1	18	73	12	51	32	0	0	67	0.91
54494778--54494833	23	2.4	23	85	8	69	33	0	0	66	0.92
54494866--54494998	32	4.6	27	72	17	81	25	0	1	72	0.93
54494876--54495012	23	6.3	22	72	21	94	24	0	1	73	0.91
54494924--54495030	35	3.1	34	67	17	71	18	0	0	80	0.77
54494892--54495034	58	2.4	59	83	6	182	22	0	0	76	0.82
54494921--54495042	16	7.6	16	75	13	92	18	0	0	80	0.76
54495214--54495543	43	7.5	44	71	21	191	31	26	8	33	1.86
54509137--54509360	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
54509137--54509360	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
54510990--54511058	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
54510981--54511068	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
54513453--54513579	46	2.8	46	95	0	218	20	22	27	29	1.99
54518719--54518812	27	3.5	27	79	5	102	31	26	13	27	1.94
54518956--54519074	32	3.7	32	75	9	98	41	21	5	31	1.77
54523730--54523913	27	6.8	26	79	6	188	29	10	19	40	1.86
54523730--54523969	54	4.4	55	80	7	199	30	10	19	39	1.86
54523717--54523926	27	7.8	26	75	9	165	29	10	19	41	1.84
54523730--54523912	81	2.3	81	92	0	303	28	10	19	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54526894--54526932	13	3.1	13	88	3	53	17	30	33	17	1.94
54537595--54537725	27	4.9	27	89	1	183	31	9	19	38	1.85
54543036--54543195	40	4.0	40	88	3	225	23	21	27	28	1.99
54550866--54551041	40	4.4	40	88	3	241	24	21	28	25	1.99
54555756--54555825	33	2.1	33	86	0	95	28	28	17	25	1.97
54561014--54561123	39	2.8	39	95	0	202	21	30	24	22	1.99
54571496--54571687	40	4.8	40	88	2	253	25	28	21	23	1.99
54571513--54571806	40	7.5	39	81	10	232	24	28	22	24	2.00
54571496--54571727	118	2.0	118	82	5	281	25	28	21	24	1.99
54571665--54571806	39	3.6	39	79	12	148	22	28	23	26	1.99
54572112--54572190	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
54572172--54572317	43	3.4	43	100	0	292	26	35	15	22	1.94
54574167--54574244	37	2.1	36	88	2	111	25	32	17	24	1.97
54574363--54574796	47	9.1	47	95	2	760	29	30	8	32	1.87
54580274--54580298	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
54583146--54583233	38	2.3	39	84	9	110	35	7	10	46	1.67
54588137--54588210	23	3.3	23	73	12	64	21	21	16	40	1.91
54588122--54588210	45	1.9	47	84	8	121	22	21	16	39	1.92
54593079--54593127	20	2.5	19	80	9	53	55	22	2	20	1.54
54594129--54594237	29	3.8	29	87	0	128	27	32	14	25	1.95
54596076--54596116	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
54600005--54600229	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54600007--54600229	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
54601362--54601481	56	2.1	56	96	0	222	23	22	9	45	1.81
54607952--54608176	40	5.7	40	84	5	260	25	27	22	25	2.00
54607919--54608176	80	3.3	79	82	8	258	25	26	21	26	2.00
54607954--54608169	119	1.8	120	83	7	287	25	26	21	26	2.00
54609305--54609424	56	2.1	56	96	0	222	22	24	9	44	1.82
54609743--54609825	29	2.9	29	90	0	121	26	32	14	26	1.95
54614101--54614212	58	1.9	58	94	3	199	38	10	14	36	1.81
54615286--54615317	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
54619219--54619326	26	4.2	26	90	0	171	32	6	25	36	1.81
54620765--54620840	26	2.8	26	86	4	89	34	19	13	32	1.90
54620945--54621111	27	6.2	27	89	5	250	17	23	23	34	1.96
54620945--54621111	81	2.1	81	95	2	300	17	23	23	34	1.96
54623760--54623817	28	2.0	29	90	3	91	24	13	34	27	1.93
54631896--54632119	49	4.5	49	86	3	288	29	26	17	26	1.98
54633762--54633817	15	3.7	15	77	17	71	62	12	14	10	1.55
54636829--54637007	49	3.6	49	90	0	259	31	27	15	25	1.96
54636872--54637053	99	1.8	100	84	9	255	30	26	15	27	1.96
54647853--54648167	45	7.1	45	84	3	379	24	15	25	34	1.94
54648801--54648843	22	2.0	22	85	0	59	11	6	27	53	1.63
54650485--54650604	28	4.2	28	88	1	159	26	15	33	25	1.95
54658060--54658125	28	2.4	28	89	0	96	22	16	36	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54658113--54658138	13	2.0	13	100	0	52	23	7	38	30	1.83
54671381--54671565	40	4.6	40	81	3	219	24	24	28	23	2.00
54671383--54671601	80	2.7	78	82	6	219	24	24	27	23	2.00
54672900--54673022	63	2.0	63	96	0	228	19	23	24	32	1.97
54679571--54679790	40	5.6	41	77	10	219	25	23	26	24	2.00
54686928--54686956	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
54688772--54688842	37	1.9	37	100	0	142	16	22	12	47	1.80
54690234--54690267	16	2.0	17	88	11	52	26	29	38	5	1.80
54690522--54690572	27	1.9	26	84	4	66	17	27	17	37	1.93
54695614--54696092	47	10.1	47	90	4	739	28	30	8	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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