genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71932610--71932712	52	2.0	52	83	9	131	40	0	15	42	1.53
71947783--71947815	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
71951255--71951386	47	2.7	50	83	6	173	28	18	29	23	1.97
71952326--71952366	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
71957048--71957202	27	5.7	27	76	3	150	36	18	20	25	1.94
71960205--71960243	19	2.1	19	100	0	78	58	20	0	20	1.39
71961043--71961073	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
71967114--71967175	31	2.0	31	100	0	124	41	9	12	35	1.76
71981851--71982027	47	3.7	47	83	7	198	24	29	20	25	1.99
71983710--71983745	18	2.0	18	100	0	72	38	11	11	38	1.76
71985240--71985449	21	10.1	21	74	4	149	42	20	22	14	1.88
71985257--71985454	42	4.7	42	83	3	220	44	19	21	14	1.86
71985252--71985433	63	2.9	63	80	3	188	42	19	22	14	1.88
71986490--71986543	27	2.0	27	92	3	92	27	18	1	51	1.56
71988103--71988262	75	2.1	75	97	0	302	23	25	26	23	2.00
71989400--71989578	21	8.5	21	69	4	110	43	20	21	15	1.88
71989400--71989595	42	4.7	42	79	4	191	43	19	21	15	1.87
71991362--71991420	23	2.5	25	82	17	74	52	1	1	44	1.21
71991352--71991416	30	2.3	27	78	7	67	53	1	1	43	1.19
71993714--71993792	40	2.0	40	100	0	158	34	22	10	32	1.88
71994888--71994936	24	2.0	24	100	0	98	28	10	36	24	1.88
71995705--71995745	19	2.1	19	86	13	57	26	34	4	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72000836--72000914	40	2.0	40	100	0	158	34	22	10	32	1.88
72001078--72001143	33	2.0	33	93	0	114	39	15	21	24	1.91
72002831--72002882	23	2.4	22	78	18	63	38	1	1	57	1.21
72003022--72003065	20	2.1	21	83	4	54	75	9	11	4	1.19
72007891--72007928	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72008158--72008328	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
72008153--72008325	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
72015481--72015518	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72015747--72015868	46	2.7	46	93	0	199	29	27	21	21	1.98
72015745--72015887	46	3.1	45	84	6	137	29	27	20	21	1.98
72019927--72019966	20	2.0	21	90	5	64	47	17	2	32	1.61
72029864--72029936	36	2.0	36	100	0	146	35	27	20	16	1.94
72031543--72031599	21	2.7	22	79	15	59	14	12	1	71	1.21
72032110--72032282	89	1.9	89	97	0	328	34	12	16	36	1.86
72035860--72035888	12	2.4	12	100	0	58	24	0	6	68	1.13
72035871--72035919	26	2.0	26	88	8	75	34	0	4	61	1.15
72042237--72042315	30	2.6	31	78	8	81	53	5	17	24	1.64
72044250--72044791	270	2.0	270	97	0	1030	33	10	20	34	1.88
72047500--72047565	33	2.0	33	90	0	105	19	7	39	33	1.80
72063853--72063950	51	1.9	51	83	4	126	34	11	14	39	1.81
72068455--72068600	46	3.1	45	70	9	114	30	17	28	24	1.97
72073953--72074713	391	1.9	390	84	3	1014	22	25	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72082441--72082561	39	3.1	39	95	2	208	23	31	23	20	1.98
72088541--72088754	20	10.8	20	84	2	261	38	24	21	14	1.92
72091455--72091510	27	2.0	28	93	3	96	71	8	7	12	1.30
72092869--72092913	15	2.9	15	86	3	63	62	0	37	0	0.96
72092869--72092921	16	3.3	15	76	12	52	60	0	39	0	0.97
72093751--72093809	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
72097702--72097799	43	2.3	43	87	0	142	24	16	25	33	1.96
72102097--72102150	27	2.0	27	81	0	63	44	11	1	42	1.50
72102319--72102361	21	2.1	20	82	4	50	0	25	0	74	0.82
72104272--72104441	44	4.0	43	72	9	132	25	17	25	31	1.97
72106684--72106752	21	3.1	21	66	15	50	23	10	24	42	1.85
72106688--72106775	45	2.0	45	93	0	149	23	9	25	42	1.83
72107656--72107683	13	2.2	13	100	0	56	64	7	14	14	1.48
72110362--72110426	34	1.9	34	96	0	121	38	13	3	44	1.60
72110404--72110442	17	2.6	14	78	21	51	51	17	0	30	1.46
72110409--72110443	17	2.1	17	100	0	70	51	17	0	31	1.45
72111129--72111173	23	2.0	23	81	0	54	11	26	15	46	1.79
72113401--72113578	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72113402--72113557	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72113398--72113578	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72119010--72119069	30	2.0	30	96	3	113	26	13	23	36	1.92
72121495--72121672	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72121496--72121651	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72121492--72121672	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72124163--72124187	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
72124190--72124240	21	2.3	23	83	6	70	72	3	21	1	1.11
72132479--72132686	53	3.9	54	82	4	240	22	25	17	35	1.95
72132490--72132678	55	3.5	53	82	5	227	21	24	18	35	1.95
72132665--72132786	47	2.6	47	92	5	210	26	24	13	36	1.92
72135613--72135706	40	2.3	40	92	0	152	27	18	24	29	1.98
72136676--72136814	55	2.5	55	89	0	206	25	30	27	15	1.96
72140420--72140637	111	2.0	112	95	0	393	25	26	30	17	1.98
72145918--72146012	40	2.4	40	92	0	163	28	15	25	30	1.96
72161093--72161184	48	1.9	48	88	4	141	40	21	4	33	1.73
72161387--72161417	15	2.1	15	93	0	53	35	22	16	25	1.94
72165523--72165609	42	2.1	42	83	12	108	33	14	21	29	1.94
72166614--72166733	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
72167861--72168085	40	5.7	40	84	5	278	24	22	27	24	2.00
72172530--72172561	14	2.3	14	100	0	64	21	18	21	37	1.94
72176496--72176647	42	3.6	42	80	3	171	30	16	24	28	1.96
72212223--72212371	66	2.2	66	81	9	169	32	16	28	21	1.95
72212247--72212429	66	2.8	64	77	11	187	30	16	30	22	1.96
72229914--72229949	17	2.0	18	89	10	56	16	38	19	25	1.92
72235202--72235456	39	6.5	39	84	1	341	31	3	19	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72248933--72249110	55	3.2	55	83	0	221	29	14	23	32	1.94
72250678--72250722	23	2.0	23	95	0	81	37	13	26	22	1.91
72250714--72250769	23	2.4	23	75	0	58	51	10	14	23	1.73
72252400--72252595	75	2.6	75	86	3	252	34	20	18	25	1.96
72252417--72252622	75	2.7	75	84	3	227	32	21	19	26	1.98
72259782--72260051	75	3.6	75	88	0	360	33	20	19	27	1.96
72259845--72260045	40	5.3	40	65	13	118	32	19	19	28	1.96
72259813--72259924	35	3.1	35	70	16	109	32	21	17	28	1.96
72259826--72259941	35	3.2	35	70	15	108	34	22	16	26	1.95
72259782--72260088	75	4.1	75	87	0	355	32	20	20	26	1.97
72259948--72260067	35	3.3	35	65	11	96	30	20	21	27	1.98
72259948--72260084	35	3.8	35	67	9	94	29	20	22	27	1.98
72262789--72262821	16	2.0	17	88	5	50	69	15	6	9	1.34
72266657--72266706	16	3.0	17	71	11	50	44	2	2	52	1.24
72267867--72267903	16	2.3	16	90	0	56	13	13	21	51	1.75
72267821--72268217	62	6.3	62	93	0	542	24	13	15	46	1.82
72267848--72267949	34	3.1	34	62	25	83	23	16	14	45	1.85
72268119--72268153	16	2.2	16	94	0	61	14	17	20	48	1.81
72267821--72268217	124	3.2	126	90	1	618	24	13	15	46	1.82
72268189--72268224	16	2.2	16	100	0	72	13	19	16	50	1.79
72268513--72268543	15	2.0	16	93	6	55	22	6	38	32	1.80
72270179--72270356	43	4.2	43	89	2	247	27	8	20	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72271008--72271056	21	2.3	21	89	0	71	36	32	22	8	1.84
72272159--72272196	18	2.1	18	85	9	51	0	39	2	57	1.12
72277575--72277619	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
72277648--72277761	28	3.9	28	71	19	81	26	21	27	25	1.99
72277640--72277784	61	2.4	61	85	8	179	26	20	26	26	1.99
72280960--72281366	47	8.6	47	94	1	688	29	29	8	32	1.87
72280960--72281366	143	2.9	143	94	0	710	29	29	8	32	1.87
72285651--72285884	40	5.9	40	78	7	203	24	28	22	24	1.99
72286190--72286268	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
72286250--72286351	42	2.4	43	98	1	197	26	35	15	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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