genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29358618--29358700	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
29358920--29358989	25	2.8	25	84	0	86	25	22	24	27	2.00
29359868--29359953	27	3.1	27	79	11	102	39	8	12	39	1.73
29359872--29359953	29	2.9	28	82	10	105	37	7	13	41	1.72
29359955--29360053	27	3.7	27	82	4	121	27	8	23	41	1.82
29359955--29360072	27	4.4	26	78	5	119	26	10	22	40	1.86
29359955--29360057	53	1.9	53	82	2	125	27	9	22	40	1.85
29360085--29360149	27	2.4	27	84	0	76	41	9	23	26	1.84
29362350--29362566	40	5.5	40	87	4	273	22	23	27	25	2.00
29362350--29362566	79	2.7	80	84	6	273	22	23	27	25	2.00
29366047--29366123	25	3.1	25	83	1	75	24	19	23	32	1.97
29366054--29366113	25	2.4	25	88	0	84	26	21	28	23	1.99
29367004--29367166	27	6.0	27	76	9	82	31	7	17	43	1.76
29367094--29367189	27	3.6	26	81	4	120	27	7	21	43	1.79
29367221--29367339	27	4.4	27	83	0	121	37	7	23	31	1.83
29370092--29370241	46	3.3	46	84	4	180	30	18	26	25	1.98
29371038--29371077	21	2.0	20	85	5	53	12	35	25	27	1.92
29376890--29377399	47	10.7	47	94	2	853	31	8	30	29	1.87
29376911--29377399	143	3.4	143	95	1	867	32	8	29	29	1.87
29376890--29377399	96	5.4	94	94	3	853	31	8	30	29	1.87
29377518--29377595	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
29378810--29379041	40	5.8	40	90	0	365	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29382784--29383630	47	17.7	47	95	1	1356	32	9	29	28	1.89
29383749--29383827	37	2.1	37	85	0	104	25	18	29	26	1.98
29385828--29385852	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
29398337--29398381	24	1.9	23	86	13	65	33	8	24	33	1.86
29402535--29402563	11	2.6	11	100	0	58	48	0	0	51	1.00
29407738--29407770	17	1.9	17	100	0	66	51	12	18	18	1.76
29410109--29410278	46	3.7	46	76	7	141	26	20	29	23	1.99
29415010--29415045	18	2.0	18	94	0	63	25	13	16	44	1.85
29418778--29418808	8	3.9	8	100	0	62	38	51	0	9	1.35
29422454--29422550	36	2.6	37	93	3	169	32	5	13	48	1.64
29422545--29422613	9	7.7	9	85	0	93	30	8	14	46	1.75
29422545--29422613	18	3.8	18	90	0	111	30	8	14	46	1.75
29422856--29423106	27	9.3	27	78	8	129	42	21	7	28	1.81
29422856--29423086	54	4.3	54	82	4	252	40	20	8	30	1.82
29422873--29423081	81	2.6	80	85	4	276	42	21	8	28	1.81
29422856--29423150	54	5.4	54	78	8	242	42	19	8	29	1.81
29422873--29423106	81	2.9	80	81	6	274	43	20	8	27	1.80
29422848--29423162	27	11.7	26	77	13	117	41	19	8	29	1.82
29423117--29423169	27	2.0	27	92	0	88	37	11	16	33	1.85
29423271--29423325	27	2.0	27	85	0	74	30	14	23	30	1.94
29423463--29423531	27	2.6	27	83	0	84	23	23	18	34	1.96
29423700--29423759	28	2.2	27	87	3	84	20	26	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29423723--29423797	33	2.3	33	90	0	114	24	21	25	29	1.99
29431254--29431287	17	1.9	18	88	5	52	55	5	5	32	1.48
29438547--29438698	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
29438547--29438698	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
29449084--29449108	13	1.9	13	100	0	50	20	24	40	16	1.91
29457467--29457593	49	2.6	49	87	5	168	22	29	18	28	1.98
29457325--29457599	142	1.9	142	84	2	365	26	29	16	28	1.97
29462655--29462711	27	2.1	27	93	0	96	43	8	5	42	1.58
29462655--29462729	27	2.9	27	86	5	84	41	8	5	45	1.56
29463034--29463207	49	3.5	49	84	1	240	29	28	17	24	1.97
29463034--29463215	99	1.8	99	92	2	312	29	28	17	24	1.97
29470628--29471035	47	8.7	47	95	1	716	32	8	29	29	1.86
29471009--29471141	70	1.9	70	96	1	250	27	11	28	33	1.91
29471223--29471301	37	2.1	37	85	0	104	25	18	29	26	1.98
29472517--29472707	40	4.8	40	85	3	251	26	21	26	25	1.99
29476546--29476862	47	6.7	47	94	0	537	33	8	29	29	1.86
29476833--29476965	70	1.9	70	98	0	257	28	12	27	32	1.92
29477051--29477129	37	2.1	37	88	0	113	24	20	30	25	1.98
29481842--29481901	17	3.5	17	80	8	77	11	10	1	76	1.09
29481823--29481916	6	16.0	6	75	16	54	13	7	1	77	1.03
29490108--29490284	49	3.6	47	75	11	178	23	30	19	26	1.98
29490055--29490282	98	2.3	96	82	5	262	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29500443--29500569	46	2.8	45	83	12	161	28	18	29	23	1.97
29500448--29500626	44	4.0	44	78	10	159	28	16	29	25	1.97
29504795--29504949	40	3.6	40	80	18	193	27	27	23	21	1.99
29504860--29504884	12	2.1	12	100	0	50	36	24	16	24	1.94
29504820--29504924	52	2.0	52	100	0	210	29	26	20	22	1.99
29518320--29518462	40	3.6	40	92	1	216	26	27	23	21	1.99
29523262--29523291	14	2.1	14	93	0	51	53	40	0	6	1.27
29524933--29524957	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
29525637--29525686	21	2.3	22	80	13	59	28	36	0	36	1.58
29525950--29526009	15	4.1	15	76	8	70	46	30	0	23	1.52
29526132--29526216	38	2.2	40	89	4	129	17	0	32	49	1.47
29526235--29526470	41	5.8	41	83	5	237	19	22	22	36	1.95
29529693--29529816	44	2.8	45	84	11	157	27	19	30	22	1.98
29529695--29529856	44	3.5	44	78	13	150	28	19	29	22	1.98
29532211--29532285	31	2.4	31	90	0	123	18	36	32	13	1.90
29534020--29534227	40	5.1	40	88	6	206	37	20	21	21	1.95
29534020--29534185	81	2.0	81	81	6	194	38	19	20	21	1.93
29535205--29535245	21	1.9	21	90	5	64	21	7	31	39	1.81
29536784--29536821	6	6.3	6	100	0	76	0	0	31	68	0.90
29539392--29539431	8	4.7	9	87	12	66	42	0	0	57	0.98
29539392--29539431	17	2.4	17	91	8	64	42	0	0	57	0.98
29539425--29539944	133	3.9	133	98	0	1004	21	10	17	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29542019--29542058	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
29548204--29548251	21	2.3	21	100	0	96	22	18	58	0	1.39
29548554--29549004	43	10.5	43	83	6	416	27	19	22	29	1.98
29548558--29548971	129	3.2	128	85	3	465	28	20	22	29	1.98
29550308--29550346	20	2.0	20	100	0	78	41	5	15	38	1.69
29555428--29555575	29	5.2	29	80	8	137	26	30	15	27	1.96
29555429--29555575	58	2.6	57	82	7	181	26	29	15	27	1.96
29562949--29563013	28	2.3	28	89	5	96	32	26	7	33	1.85
29563129--29563214	33	2.9	28	74	17	73	24	26	18	30	1.98
29563171--29563225	29	1.9	28	81	3	65	23	25	20	30	1.98
29563657--29563697	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
29564294--29564327	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
29570531--29570562	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
29570811--29570931	28	4.3	28	93	0	197	33	26	7	32	1.84
29571047--29571118	27	2.6	27	86	4	99	23	26	18	31	1.97
29571037--29571126	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
29571047--29571137	27	3.2	28	82	4	94	23	26	18	31	1.97
29571580--29571620	9	4.6	9	81	0	55	26	0	4	68	1.10
29572673--29572817	29	5.1	28	79	9	114	26	29	15	28	1.96
29572673--29572817	58	2.5	57	83	6	177	26	29	15	28	1.96
29588304--29588484	47	3.9	46	78	11	183	28	17	28	25	1.98
29588304--29588485	44	3.9	44	77	14	163	28	17	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29595904--29595932	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
29596505--29596554	15	3.3	15	75	25	52	42	40	0	18	1.50
29596602--29596656	21	2.6	23	75	16	55	29	40	0	30	1.57
29596920--29596979	15	4.1	15	76	8	70	43	30	1	25	1.64
29597205--29597399	41	4.7	42	83	6	222	19	21	21	37	1.94
29597205--29597440	41	5.8	41	81	5	178	21	19	20	37	1.94
29597722--29597751	15	2.0	15	93	0	51	33	16	13	36	1.88
29598028--29598067	15	2.7	15	88	0	53	10	5	20	65	1.42
29600633--29600763	44	3.0	44	85	8	169	28	19	30	21	1.98
29600636--29600797	44	3.5	44	81	12	159	29	19	29	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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