genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65780024--65780157	42	3.2	42	94	0	241	34	20	13	32	1.91
65780305--65780374	25	2.8	26	84	4	90	28	24	22	24	1.99
65781184--65781249	27	2.4	27	80	5	80	19	24	18	37	1.93
65781299--65781508	27	7.7	27	75	8	124	30	10	19	39	1.86
65781527--65781638	27	4.1	27	83	0	116	38	6	22	33	1.79
65786936--65787036	24	4.2	24	94	0	157	32	1	40	24	1.67
65788360--65788470	27	4.1	27	79	5	100	16	22	22	38	1.92
65788360--65788470	54	2.1	53	83	5	134	16	22	22	38	1.92
65791617--65791655	19	2.1	19	85	9	53	28	10	2	58	1.44
65793250--65793306	30	2.0	28	86	6	78	52	3	28	15	1.59
65797678--65797828	39	3.9	39	89	0	239	23	20	27	28	1.99
65802687--65802823	46	3.0	46	82	2	168	25	30	7	36	1.83
65802797--65802988	47	4.1	48	86	6	250	25	30	11	32	1.91
65807326--65807494	46	3.7	46	74	13	175	23	20	27	28	1.99
65807319--65807489	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
65811017--65811054	20	1.9	20	89	10	60	57	7	10	23	1.58
65819090--65819186	30	3.2	31	71	11	85	29	15	26	27	1.96
65825485--65825532	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
65835078--65835103	13	2.0	13	100	0	52	15	38	38	7	1.76
65841679--65841802	6	20.2	6	71	19	71	4	20	2	72	1.14
65841687--65841804	13	9.7	12	72	23	70	4	21	2	72	1.14
65841705--65841747	17	2.5	17	84	3	50	4	25	0	69	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65841734--65841780	20	2.4	20	85	3	60	4	19	4	72	1.18
65841734--65841794	19	3.2	20	82	11	67	4	18	3	73	1.14
65845189--65845314	39	3.2	39	89	0	189	21	19	27	31	1.97
65845668--65845721	19	2.7	22	78	21	73	25	9	20	44	1.81
65851992--65852063	34	2.1	34	87	5	101	27	22	20	29	1.99
65861876--65862176	39	7.6	39	91	4	403	24	27	22	25	2.00
65870427--65870655	40	5.7	40	96	0	413	30	20	27	21	1.98
65879075--65879342	40	6.7	40	94	0	455	31	19	26	22	1.98
65883050--65883076	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
65886918--65887096	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
65888383--65888697	47	6.6	47	88	2	450	30	12	30	26	1.93
65888357--65888697	145	2.4	145	92	2	555	30	12	30	26	1.93
65888530--65888605	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
65888671--65888761	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
65888906--65889013	37	2.9	37	92	0	171	24	18	30	26	1.98
65904187--65904241	28	1.9	29	81	3	67	45	1	23	29	1.63
65904725--65904895	43	4.0	44	77	7	156	27	15	24	32	1.96
65915468--65915497	15	2.0	15	93	0	51	26	10	26	36	1.88
65917998--65918173	45	4.0	45	86	2	241	26	28	21	23	1.99
65917997--65918164	90	1.9	88	92	4	284	25	29	22	23	1.99
65924352--65924397	19	2.5	19	86	6	60	47	0	8	43	1.34
65926647--65926724	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65926677--65927004	174	1.9	174	95	0	593	29	14	25	30	1.95
65932962--65933056	37	2.7	34	83	15	115	27	22	28	22	1.99
65932986--65933068	37	2.2	37	85	10	107	27	22	25	24	2.00
65935526--65935622	41	2.4	41	89	8	153	23	14	34	27	1.94
65935606--65935679	29	2.6	29	85	10	98	25	17	31	25	1.97
65935988--65936175	39	4.8	40	85	4	231	23	21	28	25	1.99
65939632--65940109	187	2.5	188	93	1	832	31	9	30	28	1.89
65939632--65940109	234	2.0	236	92	1	798	31	9	30	28	1.89
65939632--65940109	47	10.1	47	94	0	787	31	9	30	28	1.89
65940272--65940350	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
65941739--65941811	34	2.1	34	85	5	94	28	21	19	30	1.98
65942363--65942397	17	2.0	17	88	5	52	20	42	31	5	1.75
65945233--65945257	10	2.5	10	100	0	50	12	24	32	32	1.91
65945537--65945709	27	6.5	27	84	2	208	23	14	20	41	1.89
65945537--65945868	81	4.3	79	73	13	233	25	13	20	40	1.89
65945718--65945883	27	6.2	27	86	0	181	25	14	19	40	1.90
65945717--65946059	54	6.6	54	78	8	345	24	13	20	41	1.88
65945597--65945824	120	1.9	120	88	0	348	25	13	19	41	1.88
65945771--65946000	122	1.9	122	89	1	363	23	13	20	42	1.88
65945893--65946059	27	6.2	27	85	0	228	22	13	20	43	1.87
65945747--65946015	149	1.8	149	88	0	412	24	13	20	41	1.88
65945549--65946071	176	3.0	176	95	1	937	24	13	19	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65946683--65946767	27	3.1	28	77	3	66	31	5	10	51	1.60
65949324--65949384	18	3.3	18	75	11	61	63	4	14	16	1.46
65953055--65953232	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
65953056--65953211	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
65953052--65953232	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
65958222--65958312	17	5.2	17	69	20	62	61	3	4	30	1.31
65958228--65958284	28	1.9	29	86	10	80	66	3	1	28	1.18
65958422--65958463	19	2.2	19	86	0	57	57	0	4	38	1.20
65958443--65958479	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
65958443--65958476	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
65958433--65958494	32	1.9	32	83	6	81	59	0	3	37	1.13
65960030--65960150	44	2.8	44	87	0	161	27	23	17	31	1.97
65960218--65960489	131	2.1	131	88	0	400	28	21	16	33	1.96
65963167--65963337	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
65963171--65963341	46	3.7	46	78	13	197	21	21	28	29	1.98
65972237--65972698	47	9.7	47	91	1	726	29	29	8	33	1.86
65972237--65972698	96	4.9	94	94	1	735	29	29	8	33	1.86
65972294--65972700	143	2.9	137	90	4	525	30	28	7	33	1.86
65974662--65974686	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
65981942--65982161	79	2.7	79	81	8	250	26	20	26	25	1.99
65981942--65982135	40	4.8	40	83	5	241	25	21	27	25	1.99
65986043--65986224	40	4.6	40	81	6	208	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65986093--65986257	79	2.1	79	82	6	192	25	20	28	26	1.99
65999455--65999624	40	4.3	40	90	1	252	29	30	17	22	1.97
66002739--66002982	55	4.6	54	77	8	207	22	22	16	37	1.93
66009450--66009621	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
66009443--66009618	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
66016804--66016976	46	3.7	46	78	13	201	30	30	19	20	1.97
66016811--66016982	93	1.8	93	96	0	317	29	29	20	20	1.98
66019642--66019721	23	3.3	24	86	10	110	28	23	21	26	1.99
66019773--66019839	20	3.3	20	85	4	91	29	17	11	40	1.86
66020746--66020875	27	4.7	27	76	11	111	30	6	19	43	1.77
66020832--66020889	27	2.2	26	84	3	71	29	8	24	37	1.85
66020841--66020995	54	2.9	53	82	4	161	36	8	23	30	1.85
66020879--66020995	54	2.2	54	90	0	180	38	7	25	28	1.83
66020879--66020995	27	4.3	27	86	4	146	38	7	25	28	1.83
66024692--66024768	30	2.6	30	93	0	127	22	41	19	16	1.90
66026735--66026822	44	2.0	44	97	0	167	42	15	19	22	1.89
66030402--66030547	50	2.9	50	87	1	204	30	27	15	26	1.96
66033313--66033345	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
66035684--66035764	27	3.0	26	80	7	72	34	20	23	20	1.97
66036483--66036546	27	2.4	27	89	0	92	26	20	18	34	1.96
66037021--66037348	162	2.0	162	98	0	629	24	30	13	31	1.93
66041837--66042005	42	4.1	42	78	4	164	30	25	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66047056--66047139	31	2.7	31	92	1	143	23	26	16	33	1.96
66048530--66048707	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
66048551--66048706	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
66060927--66061145	39	5.6	40	84	6	227	24	20	28	26	1.99
66061001--66061180	78	2.3	79	82	4	213	25	20	28	25	1.99
66068789--66069008	40	5.6	40	84	5	209	24	20	28	26	1.99
66070422--66070558	68	2.0	68	100	0	274	23	24	14	37	1.92
66074295--66074371	30	2.5	30	81	8	93	24	23	16	35	1.95
66077505--66077678	56	3.1	56	90	0	267	29	13	23	33	1.93
66077505--66077711	112	1.8	111	82	4	263	28	13	24	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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