genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23426658--23426751	26	3.5	26	78	7	82	38	18	21	22	1.93
23427407--23427852	27	16.3	27	81	5	493	24	21	19	34	1.96
23427548--23427645	35	3.0	35	71	16	95	24	28	16	30	1.96
23427873--23428230	27	13.3	27	83	2	359	31	8	19	40	1.82
23427837--23428023	81	2.3	81	80	1	196	32	9	20	37	1.85
23443147--23443360	42	5.1	42	79	7	204	28	26	15	29	1.96
23446774--23446840	27	2.5	27	79	11	75	50	2	1	44	1.26
23462077--23462191	46	2.5	46	87	5	151	27	19	31	21	1.97
23463446--23463487	22	2.0	22	90	4	68	9	35	30	23	1.87
23465868--23465892	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
23470751--23470775	13	1.9	13	100	0	50	16	8	4	72	1.24
23476397--23476421	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
23480845--23480885	14	2.9	15	85	10	59	48	12	9	29	1.72
23481434--23481496	30	2.1	30	82	5	74	52	0	0	47	1.00
23489161--23489218	11	5.0	12	74	14	50	53	0	0	46	1.00
23495165--23495208	22	2.0	22	100	0	88	31	18	27	22	1.97
23500006--23500150	71	2.0	71	97	0	272	33	12	20	34	1.90
23500059--23501033	490	2.0	490	97	0	1842	37	8	21	32	1.84
23502049--23502091	13	3.3	13	83	9	52	72	0	11	16	1.13
23502045--23502091	17	2.7	18	86	6	69	72	0	10	17	1.12
23502057--23502091	9	4.0	9	88	7	54	71	0	11	17	1.14
23502134--23502167	4	8.2	4	87	6	50	70	0	29	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23503659--23503719	22	2.7	22	72	20	54	47	3	19	29	1.65
23503828--23503938	45	2.5	45	83	0	150	23	18	15	42	1.88
23504184--23504239	18	3.2	18	79	2	60	35	10	16	37	1.83
23506307--23506391	34	2.5	34	90	3	127	25	20	23	30	1.98
23510967--23511186	111	2.0	111	91	0	359	38	10	10	40	1.73
23511223--23511346	57	2.1	58	82	2	160	27	16	5	50	1.68
23513957--23514078	25	4.9	25	73	14	83	32	21	25	20	1.97
23514023--23514112	26	3.5	26	78	4	85	36	24	23	15	1.94
23519974--23520016	17	2.5	17	92	0	68	18	25	23	32	1.97
23521071--23521145	24	3.2	23	69	16	55	17	30	17	34	1.93
23521305--23521448	24	6.0	24	70	9	105	18	24	20	36	1.95
23523295--23523387	44	2.1	44	94	4	161	22	7	23	46	1.77
23523730--23524144	138	3.0	138	97	0	787	23	13	19	44	1.86
23528420--23528465	23	2.0	23	86	0	65	41	2	19	36	1.64
23529519--23529558	19	2.1	19	100	0	80	47	0	5	47	1.24
23529592--23529631	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
23532009--23532047	18	2.2	18	90	4	62	48	5	0	46	1.24
23537705--23537843	25	5.6	24	77	12	79	21	22	20	35	1.96
23537731--23537827	50	1.9	50	82	0	122	20	22	19	37	1.95
23540483--23540521	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
23540951--23541032	25	3.2	26	78	13	82	20	20	21	36	1.95
23541001--23541131	25	5.3	24	71	14	90	22	22	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23541061--23541129	24	2.8	25	75	18	74	23	21	18	36	1.95
23542421--23542445	12	2.1	12	100	0	50	40	8	24	28	1.83
23542511--23542549	20	2.0	20	89	0	60	23	2	17	56	1.53
23546222--23546272	15	3.4	15	82	15	61	50	5	1	41	1.37
23546649--23546692	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
23546671--23546721	16	3.2	16	72	22	54	45	0	0	54	0.99
23546712--23546753	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
23546716--23546752	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
23547300--23547345	13	3.2	14	77	22	51	41	13	8	36	1.75
23548083--23548177	40	2.4	40	87	3	129	35	23	20	21	1.96
23548045--23548212	40	4.3	40	79	8	123	33	23	20	23	1.97
23548105--23548496	152	2.5	154	83	4	486	29	22	20	27	1.99
23548852--23548896	14	3.2	14	78	12	56	26	0	24	48	1.51
23549018--23549059	7	6.0	7	81	10	50	14	0	50	35	1.43
23549018--23549059	13	3.0	14	79	10	50	14	0	50	35	1.43
23549456--23549492	14	2.6	14	86	4	56	18	0	32	48	1.49
23552513--23552544	13	2.4	14	94	5	57	37	0	9	53	1.34
23552958--23553007	21	2.4	21	82	0	55	30	18	46	6	1.73
23553389--23553552	43	3.8	44	86	3	208	26	29	16	27	1.97
23553389--23553552	87	1.9	87	85	2	231	26	29	16	27	1.97
23554109--23554153	18	2.4	19	88	11	74	46	26	0	26	1.53
23554390--23554535	73	2.0	73	98	0	283	42	7	17	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23555603--23555821	109	2.0	109	100	0	438	31	16	15	36	1.90
23558143--23558190	22	2.3	20	79	13	53	52	0	2	45	1.12
23558696--23558754	21	2.8	21	92	0	91	32	10	32	25	1.89
23560468--23560498	15	2.1	15	93	0	53	51	0	0	48	1.00
23560684--23560751	34	2.0	34	97	0	127	51	2	16	29	1.59
23564750--23564803	20	2.6	21	82	11	67	37	0	5	57	1.22
23564793--23564831	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
23564789--23564830	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
23566968--23567195	46	5.0	46	88	1	305	40	14	24	20	1.90
23571466--23571496	6	5.2	6	96	0	53	54	16	12	16	1.71
23572288--23572345	20	2.6	21	84	15	73	3	29	0	67	1.07
23572357--23572402	22	2.1	22	88	8	67	17	10	0	71	1.13
23572405--23572452	3	16.7	3	79	16	57	35	0	2	62	1.07
23577178--23577227	26	1.9	26	95	0	91	34	12	16	38	1.85
23579808--23579855	23	2.1	23	100	0	96	8	12	20	58	1.60
23586501--23586527	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
23594769--23594959	93	2.1	93	100	0	382	28	18	21	30	1.97
23594862--23595529	210	3.2	209	87	2	875	30	18	21	29	1.97
23596146--23596183	20	1.9	19	94	5	67	34	5	5	55	1.45
23598830--23598901	37	1.9	37	88	0	108	27	2	13	55	1.52
23601856--23601938	41	2.0	41	95	0	148	50	15	20	13	1.77
23608011--23608226	40	5.4	40	92	1	337	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23622544--23622576	12	2.8	12	95	4	59	24	0	6	69	1.10
23628081--23628283	40	5.1	40	92	2	311	21	23	29	26	1.99
23635978--23636169	38	5.1	38	89	5	266	22	20	29	27	1.99
23635978--23636166	77	2.5	76	88	7	278	22	20	28	28	1.99
23640261--23640382	46	2.5	48	80	14	126	20	27	11	40	1.86
23640813--23640883	20	3.5	19	73	17	56	73	1	8	16	1.15
23640794--23640898	44	2.6	36	78	20	95	77	1	6	14	1.06
23640833--23640898	9	7.1	9	73	17	55	80	1	4	13	0.94
23642375--23642417	15	2.8	15	79	13	52	60	6	0	32	1.23
23643680--23643881	40	5.1	40	92	3	311	21	23	29	25	1.99
23651560--23651763	40	5.1	40	90	2	304	21	22	29	26	1.99
23653117--23653202	38	2.3	38	93	0	145	18	29	19	32	1.96
23653116--23653231	38	3.1	38	85	0	133	22	25	18	33	1.97
23654552--23654726	43	4.1	42	75	7	156	25	16	24	34	1.95
23654551--23654662	44	2.6	44	82	10	133	24	16	24	35	1.94
23658191--23658217	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
23669420--23669583	42	3.9	42	78	6	161	29	15	26	28	1.96
23671534--23671635	6	17.5	6	93	2	165	81	1	0	16	0.78
23673288--23673326	4	9.8	4	83	10	53	71	0	2	25	0.98
23683632--23683810	90	2.0	90	88	2	270	43	12	17	26	1.84
23687026--23687154	64	2.0	63	92	1	213	33	6	12	47	1.68
23701631--23701787	56	2.8	56	90	0	242	31	15	19	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23726907--23726949	18	2.4	19	76	11	54	16	44	23	16	1.86
23745288--23745424	60	2.3	60	81	6	143	28	24	20	27	1.99
23745417--23745460	20	2.3	19	84	11	54	27	29	18	25	1.98
23747819--23747862	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
23748673--23748712	21	1.9	21	89	0	62	25	30	25	20	1.99
23755252--23755277	13	2.0	13	100	0	52	38	7	38	15	1.76
23761449--23761497	25	2.0	25	95	0	89	30	30	8	30	1.86
23761855--23761879	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
23778244--23778341	28	3.5	28	90	1	153	27	13	27	31	1.94
23781683--23781867	47	3.9	47	87	0	262	33	10	28	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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