genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59085669--59085701	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
59088600--59088683	43	2.0	43	85	0	114	27	15	22	34	1.94
59105120--59105297	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59105121--59105276	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59105117--59105297	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59113223--59113400	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59113224--59113379	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59113220--59113400	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59119695--59119733	18	2.2	18	95	0	69	48	5	15	30	1.66
59128159--59128261	22	4.5	22	87	6	143	25	25	19	30	1.98
59128159--59128261	46	2.3	44	88	5	143	25	25	19	30	1.98
59128465--59128545	20	4.0	20	79	7	83	33	4	19	41	1.73
59128480--59128556	40	1.9	40	86	2	109	32	6	19	41	1.77
59128480--59128578	40	2.5	40	77	12	96	33	6	19	41	1.76
59131762--59131815	20	2.7	20	94	0	90	12	24	37	25	1.91
59133655--59133878	40	5.6	40	87	3	299	24	22	27	26	2.00
59133654--59133878	81	2.8	80	89	2	328	24	22	27	26	2.00
59139807--59139852	24	1.9	24	86	8	67	39	4	15	41	1.67
59143605--59143775	43	4.0	43	76	12	154	28	15	24	30	1.96
59147251--59147596	47	7.3	47	92	3	500	32	9	30	27	1.89
59147447--59147568	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
59151392--59151582	40	4.8	40	89	1	242	26	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59153629--59153703	38	2.0	38	89	5	116	29	18	28	24	1.98
59153757--59154037	40	7.1	40	87	3	392	24	20	28	25	1.99
59157351--59157656	47	6.6	47	88	5	383	32	9	30	27	1.89
59157351--59157656	137	2.2	140	82	9	381	32	9	30	27	1.89
59161423--59161634	40	5.3	40	84	3	241	28	28	20	22	1.98
59161427--59161634	81	2.6	80	81	6	240	28	28	20	22	1.98
59163682--59163756	38	2.0	38	89	5	116	29	18	28	24	1.98
59163810--59164172	40	9.1	40	89	0	523	24	21	27	25	1.99
59167506--59167762	47	5.4	47	90	3	365	33	8	30	27	1.87
59167613--59167734	22	5.3	22	62	21	61	32	10	30	26	1.90
59170841--59170957	6	19.0	6	68	18	62	48	14	17	18	1.81
59170862--59170937	31	2.5	31	86	0	107	47	14	18	19	1.83
59171573--59171793	27	8.2	27	84	3	203	26	20	18	34	1.95
59171574--59171793	54	4.1	54	82	4	255	26	20	17	35	1.95
59171574--59171793	81	2.7	81	82	1	253	26	20	17	35	1.95
59174738--59174804	21	3.2	21	61	23	50	40	26	7	25	1.82
59174727--59174807	42	1.9	42	100	0	162	39	24	8	27	1.84
59174734--59174802	18	3.2	23	61	23	58	39	27	7	26	1.82
59174940--59175057	34	3.6	34	69	23	117	27	18	11	42	1.84
59174956--59175050	30	3.1	30	67	24	88	25	21	12	41	1.88
59176528--59176623	49	2.0	49	100	0	192	37	12	23	26	1.91
59176610--59176799	82	2.4	81	90	4	298	37	14	21	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59176751--59176952	28	7.6	27	73	13	170	37	14	23	23	1.92
59176761--59176911	24	6.0	24	74	11	140	40	15	22	21	1.91
59176752--59176937	52	3.6	52	90	0	273	38	15	23	22	1.92
59176971--59177146	51	3.5	51	87	0	244	31	11	25	31	1.92
59176971--59177175	51	4.0	50	82	6	234	31	12	25	30	1.93
59177803--59177836	18	1.9	18	88	5	52	52	8	11	26	1.67
59177824--59178096	6	45.3	6	75	14	242	49	13	16	20	1.80
59177845--59178084	85	2.9	85	90	5	316	48	13	17	20	1.81
59178214--59178295	27	3.1	27	79	11	89	36	24	23	15	1.94
59178452--59178510	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
59178598--59178680	27	3.1	26	89	5	121	36	21	22	19	1.95
59178879--59179075	27	7.3	27	80	2	126	25	18	19	36	1.94
59178878--59179074	54	3.7	53	77	6	180	25	18	19	36	1.94
59178882--59179074	81	2.4	81	83	0	242	25	19	18	36	1.94
59179079--59179650	27	21.2	27	85	3	731	41	10	21	26	1.85
59181932--59181960	12	2.4	12	100	0	58	27	6	6	58	1.50
59186928--59187026	49	2.0	49	100	0	198	36	10	25	28	1.88
59187081--59187205	24	4.8	27	80	12	154	38	13	22	25	1.91
59187070--59187205	52	2.6	52	91	2	220	36	13	23	25	1.92
59187070--59187220	28	5.7	27	80	13	179	35	13	24	26	1.92
59187239--59187443	51	4.0	51	90	1	286	31	14	23	30	1.94
59197526--59197780	55	4.8	53	80	6	250	36	15	25	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59197536--59197733	108	1.8	110	88	2	310	34	15	26	24	1.94
59197849--59197893	23	1.9	24	86	4	65	44	11	22	22	1.84
59199359--59199522	43	3.9	42	84	5	197	31	25	15	27	1.96
59199359--59199515	86	1.8	85	85	6	219	30	25	16	27	1.97
59204772--59204917	29	5.1	29	84	2	161	27	32	15	25	1.95
59210118--59210203	46	1.9	45	83	4	111	30	29	19	20	1.97
59214086--59214231	29	5.1	28	82	4	150	26	30	15	28	1.95
59216033--59216076	18	2.3	19	80	15	54	43	2	2	52	1.26
59220613--59220788	46	3.8	45	80	10	203	20	21	30	28	1.98
59220609--59220781	93	1.9	93	95	0	310	20	21	30	27	1.98
59223698--59223766	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
59223689--59223776	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
59225617--59225842	115	2.0	115	98	0	434	43	8	23	24	1.81
59226277--59226451	46	3.8	45	72	11	149	21	18	29	30	1.97
59226273--59226445	93	1.9	93	90	2	276	21	18	30	29	1.97
59228135--59228192	30	2.0	30	89	3	91	43	12	8	36	1.73
59242961--59243002	22	1.9	22	90	0	66	19	30	26	23	1.98
59243851--59243886	19	1.9	18	88	5	54	33	33	19	13	1.91
59260392--59260425	16	2.2	16	94	5	61	26	5	14	52	1.64
59263743--59263779	19	2.0	19	89	5	58	32	24	32	10	1.90
59263852--59263932	28	2.9	29	81	3	94	27	13	32	27	1.94
59271388--59271433	16	2.9	16	96	0	83	54	17	21	6	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59272441--59272664	40	5.7	40	85	7	264	25	22	27	25	2.00
59272441--59272664	79	2.8	80	83	9	262	25	22	27	25	2.00
59272494--59272698	79	2.6	79	83	6	211	26	21	26	25	1.99
59279737--59279960	40	5.7	40	84	7	255	24	21	27	25	1.99
59279737--59279993	79	3.3	79	82	9	249	25	21	27	25	1.99
59281448--59281550	28	3.6	28	85	2	118	30	14	29	26	1.95
59292317--59292427	55	2.0	55	94	0	195	40	20	7	31	1.80
59292705--59293297	295	2.0	295	100	0	1186	36	18	10	34	1.85
59299548--59299625	31	2.5	31	87	2	122	29	25	16	28	1.97
59299845--59299914	25	2.8	25	89	4	97	24	21	27	27	1.99
59300724--59300788	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
59300746--59300797	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
59300827--59301027	27	7.4	27	77	7	140	32	9	17	40	1.82
59301059--59301150	27	3.4	27	84	0	103	41	6	22	29	1.79
59302154--59302356	31	6.5	31	94	0	343	29	17	24	28	1.97
59304496--59304666	93	1.8	93	94	0	306	28	27	21	22	1.99
59304491--59304663	46	3.7	46	77	15	203	29	26	21	22	1.99
59307397--59307522	46	2.7	46	92	0	207	21	22	26	30	1.99
59309747--59309940	27	7.2	27	82	3	203	29	21	8	40	1.83
59309758--59309940	54	3.4	53	85	2	240	30	22	7	39	1.82
59309747--59309940	80	2.4	81	83	2	230	29	21	8	40	1.83
59309972--59310094	27	4.6	27	76	6	124	42	21	8	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59309972--59310094	54	2.3	55	78	4	142	42	21	8	28	1.81
59309939--59310095	81	1.9	81	84	5	210	41	19	10	28	1.84
59310051--59310158	27	3.9	27	77	13	94	43	17	7	31	1.77
59310053--59310181	27	4.7	27	76	11	82	41	19	8	31	1.81
59311086--59311155	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
59311085--59311168	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
59311303--59311393	42	2.2	42	95	0	164	34	12	19	34	1.89
59311418--59311496	31	2.6	30	87	2	113	29	20	22	27	1.98
59320848--59321039	47	4.1	47	90	1	269	32	11	31	25	1.91
59321013--59321149	46	3.0	46	85	2	186	35	8	30	24	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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