genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85095741--85095847	40	2.6	41	82	1	126	31	28	15	24	1.96
85098051--85098225	27	6.6	27	86	5	230	26	15	28	30	1.96
85098051--85098225	53	3.3	53	85	5	212	26	15	28	30	1.96
85098051--85098225	80	2.2	82	82	6	232	26	15	28	30	1.96
85104780--85104867	45	2.0	45	100	0	176	27	20	21	30	1.98
85106224--85106403	28	6.5	28	93	2	276	26	14	28	30	1.95
85106224--85106403	55	3.3	54	91	3	270	26	14	28	30	1.95
85106224--85106403	83	2.2	82	91	1	288	26	14	28	30	1.95
85110730--85110856	27	4.7	27	74	9	116	25	13	18	42	1.86
85114598--85114676	27	3.0	27	88	1	97	20	13	24	41	1.88
85123161--85123232	34	2.2	33	87	7	101	27	23	18	30	1.97
85128710--85128875	46	3.6	46	78	13	196	28	29	20	21	1.98
85128709--85128880	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
85128753--85128896	46	3.1	44	75	15	132	29	28	19	22	1.98
85139238--85139299	24	2.6	25	82	12	76	35	25	16	22	1.94
85139237--85139396	24	6.7	24	64	8	74	33	26	13	25	1.94
85145400--85145492	34	2.8	34	83	4	100	18	23	24	33	1.97
85150552--85150709	24	6.6	24	65	8	79	34	27	12	25	1.92
85153952--85153981	15	2.0	15	100	0	60	60	0	6	33	1.23
85154419--85154511	41	2.2	42	81	5	100	24	15	27	32	1.95
85155486--85155516	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
85161009--85161102	39	2.5	38	84	3	109	47	9	4	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85161042--85161105	20	3.3	20	65	14	53	48	7	3	40	1.48
85163762--85164243	47	10.2	47	90	3	734	31	8	31	29	1.87
85163952--85164025	22	3.3	22	65	10	60	29	9	31	29	1.89
85163762--85164243	96	5.1	94	89	3	734	31	8	31	29	1.87
85166295--85166440	43	3.4	43	97	0	274	21	15	34	28	1.94
85166422--85166495	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
85166846--85167258	40	10.3	40	85	4	557	28	20	27	23	1.99
85167248--85167408	40	3.9	40	80	7	169	22	21	29	26	1.99
85167297--85167386	45	2.0	45	97	0	171	21	20	30	28	1.98
85170786--85171267	47	10.2	47	90	3	734	30	8	31	29	1.87
85170786--85171267	96	5.1	94	89	3	734	30	8	31	29	1.87
85171386--85171464	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
85175858--85175969	29	4.0	27	73	13	91	25	32	13	28	1.94
85175867--85175979	58	2.0	57	83	11	142	26	31	12	29	1.93
85178272--85178321	7	7.3	7	73	13	50	42	0	14	44	1.44
85178546--85178617	5	14.4	5	74	0	54	36	5	18	40	1.74
85178546--85178611	25	2.6	25	87	0	87	34	6	18	40	1.75
85180172--85180204	15	2.2	15	100	0	66	0	27	0	72	0.85
85180383--85180409	11	2.5	11	100	0	54	37	0	0	62	0.95
85181020--85181070	27	1.9	26	84	11	68	33	1	1	62	1.17
85181780--85181816	18	2.1	18	89	0	56	48	10	10	29	1.72
85182922--85182950	15	1.9	15	100	0	58	34	44	6	13	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85185150--85185186	19	2.0	19	89	5	58	5	8	62	24	1.44
85201811--85201945	60	2.2	61	87	5	186	38	5	8	48	1.55
85203884--85203933	25	2.0	25	92	0	82	48	12	20	20	1.80
85206233--85206324	28	3.4	28	82	10	120	35	15	22	26	1.94
85206348--85206546	51	3.9	51	92	0	335	31	15	25	27	1.95
85210107--85210158	26	2.0	26	100	0	104	23	23	26	26	2.00
85210874--85210923	24	2.1	23	82	10	57	60	2	2	36	1.20
85212661--85212689	15	1.9	15	100	0	58	48	20	3	27	1.66
85216239--85216286	17	2.9	17	78	3	53	43	0	8	47	1.33
85216254--85216292	13	3.0	13	88	0	51	46	0	5	48	1.24
85216245--85216296	17	3.1	17	80	0	59	46	0	7	46	1.31
85228089--85228147	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
85228118--85228166	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
85230706--85230785	31	2.4	34	80	14	87	36	17	10	36	1.83
85232177--85232347	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
85232172--85232344	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
85239742--85239912	45	3.8	45	80	13	215	29	28	21	21	1.98
85239747--85239915	92	1.8	92	94	2	304	28	28	21	21	1.98
85240335--85240394	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
85241304--85241427	25	5.0	24	74	11	72	29	20	25	23	1.99
85241318--85241433	50	2.3	51	83	2	137	30	20	27	21	1.98
85241347--85241433	25	3.5	25	78	12	97	29	21	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85250073--85250432	200	1.8	200	88	1	551	36	12	18	32	1.88
85251595--85251659	18	3.6	18	95	0	112	15	21	36	26	1.93
85252708--85252788	40	2.0	41	90	2	128	28	12	24	34	1.92
85255575--85255633	9	6.6	9	78	7	66	40	16	11	30	1.85
85255575--85255633	18	3.3	18	81	9	75	40	16	11	30	1.85
85255575--85255633	27	2.2	27	87	0	82	40	16	11	30	1.85
85255718--85255742	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
85255719--85255756	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
85257931--85258207	46	5.9	47	74	10	201	27	19	30	23	1.98
85260528--85260651	43	2.9	43	86	5	155	22	28	20	28	1.99
85265391--85265424	17	2.1	17	88	5	52	44	8	29	17	1.79
85267167--85267210	21	2.1	21	95	0	79	27	15	25	31	1.96
85269443--85269494	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
85281618--85281768	27	5.6	27	88	1	194	24	15	29	31	1.95
85281617--85281768	55	2.8	55	86	2	200	24	15	28	30	1.96
85289326--85290204	440	2.0	439	99	0	1733	35	11	22	30	1.89
85290201--85290378	27	6.6	26	83	6	178	26	15	28	29	1.96
85290202--85290357	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
85290198--85290378	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
85301679--85301966	146	2.0	146	98	0	558	27	20	23	28	1.99
85319931--85320113	79	2.3	81	83	9	225	23	23	27	25	2.00
85319931--85320115	40	4.6	41	81	11	208	23	23	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85319984--85320148	79	2.1	78	82	8	192	24	21	27	26	1.99
85325674--85325740	20	3.3	20	91	4	109	34	10	20	34	1.87
85325685--85325740	11	5.5	11	71	16	57	33	10	21	33	1.88
85325787--85325890	25	4.2	25	83	9	106	29	20	20	29	1.97
85326105--85326168	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
85335156--85335200	12	2.9	17	69	30	55	33	26	24	15	1.95
85337269--85337310	18	2.2	20	83	8	52	52	11	0	35	1.38
85338439--85338489	21	2.4	21	86	3	66	43	9	15	31	1.80
85342225--85342258	17	2.0	17	88	11	52	44	11	14	29	1.81
85344010--85344048	18	2.2	18	86	9	53	10	20	7	61	1.52
85346075--85346104	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
85349307--85349448	40	3.6	40	92	2	225	25	26	23	24	2.00
85355338--85355740	27	15.0	27	74	9	315	27	16	16	39	1.91
85355340--85355711	54	6.9	54	85	3	425	27	16	15	39	1.90
85355338--85355733	81	4.9	80	82	4	388	27	16	16	39	1.91
85360206--85360293	24	3.7	24	84	6	108	25	29	17	28	1.97
85360206--85360316	48	2.3	47	84	6	134	26	29	17	27	1.97
85360174--85360316	72	2.0	73	82	6	175	25	28	16	28	1.97
85361018--85361066	20	2.4	21	82	6	64	18	10	0	71	1.13
85378325--85378380	28	2.0	28	100	0	112	25	25	17	32	1.97
85387495--85387552	24	2.5	24	88	2	91	41	22	15	20	1.90
85387498--85387592	24	4.0	23	80	2	73	38	18	20	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85387554--85387610	24	2.4	23	85	8	71	31	15	29	22	1.95
85387604--85387654	27	2.0	26	88	7	77	37	21	23	17	1.94
85392067--85392246	42	4.2	42	85	5	211	33	23	17	26	1.96
85393329--85393353	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
85397998--85398577	48	12.0	48	91	0	872	37	6	23	31	1.81
85398707--85398857	37	4.1	37	94	1	259	24	17	31	25	1.97
85403468--85403648	40	4.6	40	80	4	179	25	23	25	24	2.00
85419657--85419777	43	2.8	43	92	1	190	23	18	28	30	1.97
85424432--85424582	43	3.5	43	76	11	139	24	19	25	31	1.98
85425255--85425290	16	2.3	15	86	9	54	36	0	0	63	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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