genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80078783--80078890	44	2.5	44	84	3	128	32	22	16	28	1.96
80078920--80079164	44	5.5	44	72	6	129	31	16	20	31	1.94
80078926--80079165	132	1.8	133	81	6	299	31	16	20	32	1.94
80079686--80079713	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
80080712--80080788	24	3.2	24	88	0	109	35	3	40	20	1.71
80082219--80082330	27	4.2	26	85	7	143	16	24	23	36	1.94
80082219--80082330	54	2.1	54	89	3	172	16	24	23	36	1.94
80083851--80083904	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
80084153--80084288	49	2.7	51	86	2	195	27	18	25	29	1.98
80096260--80096315	9	6.4	9	82	10	55	82	0	16	1	0.76
80096258--80096317	20	2.8	20	82	9	66	83	0	15	1	0.73
80096258--80096318	22	2.9	21	80	17	65	81	0	14	3	0.80
80097186--80097367	44	4.1	44	75	8	181	29	17	24	28	1.97
80097357--80097950	119	5.0	119	95	0	1017	33	17	18	29	1.94
80097874--80098302	83	5.1	83	95	1	759	33	19	20	27	1.96
80103758--80103799	11	3.7	11	79	17	50	69	2	0	28	1.01
80105428--80105466	19	2.1	18	85	4	51	71	2	0	25	0.98
80109518--80109825	154	2.0	154	96	0	571	44	15	13	25	1.83
80111925--80112210	47	6.1	47	93	0	437	32	10	30	27	1.89
80112329--80112407	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
80114422--80114495	8	8.9	8	78	11	69	32	0	2	64	1.07
80114415--80114468	15	3.6	15	87	0	63	33	0	1	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80114435--80114495	9	7.0	9	77	17	58	31	0	1	67	1.01
80114422--80114469	15	3.1	15	87	3	69	29	0	2	68	1.01
80114719--80114767	14	3.4	14	82	2	62	14	0	40	44	1.45
80114721--80114858	65	2.1	65	84	0	177	20	0	34	44	1.57
80114764--80114858	21	4.4	22	69	18	74	23	1	29	46	1.59
80115620--80115831	40	5.3	40	91	2	318	24	25	18	32	1.97
80115620--80115838	81	2.7	80	91	2	323	23	25	18	32	1.97
80115620--80115838	121	1.8	120	90	3	350	23	25	18	32	1.97
80115811--80115862	24	2.1	24	82	3	59	34	25	9	30	1.88
80117936--80118069	27	5.0	27	83	9	175	21	25	19	33	1.97
80117936--80118075	54	2.6	54	89	3	210	21	25	19	34	1.96
80117935--80118097	54	3.0	52	83	10	179	22	24	19	33	1.97
80120864--80120911	21	2.3	20	76	13	53	27	0	4	68	1.07
80121642--80121667	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
80121772--80121828	24	2.4	25	91	5	91	15	7	14	63	1.51
80126293--80126946	327	2.0	327	100	0	1308	26	20	20	32	1.97
80129234--80129411	89	2.0	89	100	0	356	38	17	8	34	1.82
80129473--80129588	44	2.7	43	83	11	132	27	24	19	28	1.99
80136459--80136577	44	2.7	42	80	15	127	27	22	20	29	1.98
80138208--80138266	24	2.5	24	83	5	75	23	0	1	74	0.91
80138210--80138267	25	2.4	24	78	16	66	22	0	1	75	0.89
80140037--80140127	45	2.0	45	97	0	173	38	19	14	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80144816--80144879	31	2.1	31	100	0	128	46	9	18	25	1.79
80144894--80144989	26	3.8	26	71	20	60	71	4	4	19	1.19
80144941--80144987	13	3.7	12	86	11	58	78	2	2	17	0.94
80145040--80145090	21	2.4	21	90	6	77	78	1	7	11	1.04
80145040--80145090	7	7.3	7	73	8	50	78	1	7	11	1.04
80145059--80145098	14	2.9	13	85	3	53	80	0	5	15	0.88
80145059--80145111	27	2.0	26	82	10	63	75	0	5	18	0.99
80148403--80148450	6	8.5	6	81	9	57	68	2	0	29	1.01
80151436--80151463	14	2.0	14	100	0	56	78	0	0	21	0.75
80151558--80151624	20	3.6	19	79	16	70	71	0	1	26	0.94
80151538--80151624	17	5.1	17	71	9	70	72	0	3	24	1.00
80151556--80151700	16	8.4	17	68	22	56	66	1	2	28	1.13
80157540--80157739	30	6.7	30	78	6	176	39	13	25	22	1.90
80157545--80157769	60	3.8	59	71	10	197	39	12	25	22	1.90
80157523--80157770	89	2.8	89	81	5	268	38	13	25	21	1.91
80157516--80157770	119	2.1	119	91	0	402	38	13	25	22	1.91
80157512--80157770	30	8.7	31	75	9	155	38	13	25	22	1.91
80157518--80157799	60	4.7	60	69	6	180	39	13	24	23	1.90
80157518--80157811	119	2.5	119	84	2	304	38	13	24	23	1.91
80161199--80161267	28	2.5	28	85	4	86	34	11	26	27	1.91
80161683--80161723	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
80168311--80168371	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80170090--80170115	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
80171421--80171502	28	2.9	28	85	7	112	35	10	25	28	1.90
80173130--80173166	18	2.1	17	90	5	56	40	2	13	43	1.58
80181333--80181394	26	2.3	26	86	8	81	41	20	20	16	1.90
80184410--80184463	20	2.7	20	76	21	67	46	12	0	40	1.42
80186050--80186097	23	2.1	22	84	3	60	18	8	2	70	1.22
80186857--80186918	21	2.9	22	75	15	58	19	32	25	22	1.97
80197870--80197899	8	3.6	8	95	4	51	23	16	0	60	1.36
80207071--80207102	14	2.3	14	94	0	55	31	0	0	68	0.90
80209484--80209703	39	5.6	39	84	9	231	24	27	21	25	1.99
80209484--80209703	77	2.8	79	82	12	251	24	27	21	25	1.99
80209484--80209703	117	1.9	117	81	12	274	24	27	21	25	1.99
80217402--80217610	39	5.3	39	91	4	307	24	27	22	25	2.00
80217402--80217661	78	3.3	78	85	8	309	24	27	22	25	2.00
80221640--80221682	22	2.0	22	100	0	86	46	11	4	37	1.61
80225768--80225802	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
80229577--80229644	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
80229746--80229824	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
80229292--80229793	174	2.9	174	96	0	923	31	24	14	29	1.94
80239812--80239869	25	2.3	26	90	3	91	32	17	22	27	1.96
80241641--80241755	27	4.3	27	76	4	106	28	17	27	26	1.97
80241719--80241863	54	2.7	54	69	6	132	33	17	24	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80241819--80241888	27	2.6	27	88	0	86	31	17	30	21	1.96
80242607--80242670	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
80243571--80243627	15	3.9	15	93	2	98	33	0	12	54	1.38
80247396--80247474	30	2.6	29	75	15	79	65	0	8	25	1.21
80247429--80247478	20	2.6	18	79	17	55	68	0	8	24	1.16
80248247--80248293	23	2.0	23	100	0	94	42	12	21	23	1.87
80248595--80248626	6	5.7	6	92	7	50	15	0	0	84	0.63
80253053--80253081	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
80254860--80254916	30	1.9	30	82	13	73	45	10	8	35	1.70
80261739--80261768	12	2.4	13	94	5	53	70	0	0	30	0.88
80270171--80270391	40	5.6	40	89	2	331	23	23	26	26	2.00
80278286--80278505	40	5.6	40	92	3	358	23	22	27	26	2.00
80285181--80285270	42	2.1	43	81	6	103	31	18	21	28	1.97
80293525--80293746	47	4.7	45	76	9	162	29	19	28	22	1.98
80300523--80300627	52	2.0	52	98	0	201	34	20	6	38	1.79
80302826--80303086	39	6.7	40	86	8	319	25	21	27	24	1.99
80302826--80303086	77	3.3	79	86	8	313	25	21	27	24	1.99
80310794--80310996	74	2.7	79	83	12	264	25	22	27	24	2.00
80310794--80310996	40	5.3	39	86	8	253	25	22	27	24	2.00
80315872--80315960	38	2.3	40	88	3	128	28	28	19	24	1.98
80315970--80316114	39	3.8	39	82	13	162	22	29	22	24	1.99
80323833--80324092	39	6.7	40	87	9	319	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80332998--80333063	32	1.9	35	85	11	93	50	15	1	33	1.53
80334203--80334370	27	6.2	27	83	2	169	41	22	7	29	1.80
80334197--80334347	81	1.9	81	83	2	196	41	20	7	29	1.81
80334203--80334371	81	2.1	81	81	4	189	41	21	7	29	1.80
80334282--80334408	27	4.7	28	78	7	120	40	22	7	29	1.81
80334282--80334408	54	2.4	54	78	2	139	40	22	7	29	1.81
80334399--80334479	27	3.0	27	83	0	99	34	18	20	25	1.96
80336397--80336557	43	3.8	42	82	11	184	31	25	18	24	1.97
80349636--80349667	16	2.0	16	93	0	55	56	15	3	25	1.54
80351856--80351946	39	2.3	39	90	0	137	27	24	26	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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