genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68736544--68736603	22	2.7	22	78	0	66	21	25	21	31	1.98
68742990--68743100	55	2.0	55	89	0	168	19	20	31	27	1.97
68749131--68749176	23	2.0	23	83	8	58	28	4	41	26	1.74
68749922--68750002	34	2.4	34	93	0	135	32	23	20	23	1.98
68757661--68757831	94	1.8	93	83	5	229	25	29	18	26	1.98
68757661--68757831	47	3.7	46	80	14	167	25	29	18	26	1.98
68760376--68760460	43	2.0	43	82	13	104	24	16	31	27	1.96
68761955--68761989	18	1.9	18	88	0	52	48	0	5	45	1.26
68772835--68772974	54	2.6	53	84	5	174	32	17	25	24	1.97
68774342--68774370	13	2.2	13	100	0	58	55	20	0	24	1.44
68784409--68784631	40	5.6	40	86	3	236	24	20	28	26	1.99
68784484--68784666	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
68807567--68807632	34	2.0	33	88	8	98	22	24	22	30	1.99
68812570--68812660	42	2.2	41	84	7	112	32	17	20	28	1.96
68828042--68828173	27	4.9	27	78	7	99	37	20	9	31	1.85
68828013--68828188	54	3.3	54	77	4	167	39	20	9	30	1.84
68828167--68828360	27	7.2	27	83	2	219	32	21	5	40	1.76
68828153--68828268	54	2.1	54	82	3	135	37	18	5	37	1.74
68828140--68828310	81	2.1	81	81	4	193	33	21	7	38	1.80
68828167--68828360	81	2.4	81	87	1	291	32	21	5	40	1.76
68828596--68828647	27	2.0	26	84	3	68	19	28	19	32	1.96
68828690--68828749	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68828868--68828961	6	15.3	6	73	12	75	18	17	14	50	1.79
68828868--68828940	31	2.4	31	88	0	101	19	17	13	49	1.80
68831535--68831699	46	3.6	46	75	14	167	23	18	27	30	1.98
68838156--68838326	46	3.7	46	80	6	213	22	21	27	29	1.99
68841787--68841867	34	2.4	33	81	6	92	29	22	25	22	1.99
68845852--68846036	40	4.6	39	78	8	183	25	23	26	23	2.00
68856620--68856797	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
68856641--68856796	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
68859488--68859512	11	2.3	11	100	0	50	56	28	0	16	1.41
68861803--68861854	26	2.0	26	88	7	79	48	17	0	34	1.48
68864983--68865030	24	2.0	24	95	0	87	16	14	37	31	1.89
68870860--68871044	40	4.6	40	81	6	194	23	28	23	24	2.00
68870860--68871044	80	2.3	81	84	6	216	23	28	23	24	2.00
68876122--68876238	58	2.0	58	96	0	216	33	5	24	35	1.80
68885962--68885988	13	2.1	13	100	0	54	33	0	7	59	1.25
68900976--68901092	58	2.0	58	96	0	216	35	24	5	33	1.80
68908976--68909061	45	1.9	45	95	0	154	38	25	11	24	1.89
68921808--68921889	43	1.9	43	84	0	110	32	21	13	31	1.92
68922059--68922083	11	2.3	11	100	0	50	56	28	0	16	1.41
68924373--68924424	26	2.0	26	88	7	79	48	17	0	34	1.48
68928685--68928869	40	4.6	40	81	3	219	23	27	24	25	2.00
68936633--68936816	40	4.6	40	82	4	228	22	27	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68936633--68936816	79	2.3	80	84	6	221	22	27	25	25	2.00
68936597--68936816	40	5.6	40	77	10	220	23	26	24	25	2.00
68946390--68946571	39	4.6	39	89	4	256	24	23	26	24	2.00
68946392--68946542	81	1.9	79	91	2	248	23	23	26	25	2.00
68955404--68955450	22	2.2	22	85	11	62	40	6	10	42	1.65
68955695--68956297	152	4.0	152	96	0	1028	42	15	8	34	1.76
68959204--68959374	40	4.3	38	75	16	134	24	26	21	28	1.99
68959237--68959381	40	3.7	40	78	7	143	24	27	22	25	2.00
68967375--68967468	40	2.3	40	90	3	145	25	28	22	23	1.99
68970183--68970305	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
68970167--68970351	47	3.9	47	91	0	289	33	11	28	26	1.92
68970556--68970707	37	4.1	38	93	3	247	23	19	30	26	1.98
68978777--68978888	27	4.2	26	84	11	136	37	23	24	15	1.93
68978777--68978888	54	2.1	54	86	3	154	37	23	24	15	1.93
68995592--68995768	27	6.6	27	83	6	198	42	20	8	28	1.81
68995587--68995768	54	3.4	53	84	3	222	42	20	8	29	1.81
68995592--68995745	81	1.9	81	86	5	222	40	22	9	27	1.84
68995586--68995768	81	2.3	81	81	5	219	42	20	8	28	1.82
68999509--68999691	54	3.4	53	82	7	210	38	19	10	31	1.85
68999510--68999690	80	2.2	81	83	6	226	39	18	10	31	1.85
68999508--68999705	27	7.4	27	78	10	174	38	18	11	31	1.86
69000197--69000259	32	2.0	32	84	6	83	25	22	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69003720--69003889	45	3.7	47	77	17	160	28	29	21	21	1.98
69003720--69003889	93	1.8	93	93	1	297	28	29	21	21	1.98
69004307--69004366	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
69009384--69009559	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
69009381--69009552	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
69016924--69017050	45	2.8	46	92	2	204	19	21	29	29	1.98
69016938--69017034	46	2.3	41	79	13	99	20	19	29	29	1.97
69025375--69025417	22	2.0	22	81	9	52	16	30	4	48	1.66
69034097--69034124	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
69034174--69034216	12	3.6	12	83	0	59	67	2	6	23	1.27
69034503--69034561	16	3.7	15	81	16	66	22	1	1	74	1.00
69034504--69034595	6	14.8	6	68	25	50	20	2	5	71	1.16
69034504--69034561	17	3.6	16	82	11	66	20	1	1	75	0.97
69038055--69038187	46	2.9	46	85	3	160	33	27	20	18	1.96
69038055--69038232	47	3.8	47	80	5	173	33	26	19	20	1.97
69042803--69042939	46	3.0	46	85	2	186	24	30	8	35	1.86
69042913--69043104	47	4.1	47	88	1	251	24	31	11	31	1.91
69047143--69047614	40	11.8	40	87	0	667	25	27	22	24	2.00
69049102--69049237	46	3.0	45	85	3	182	25	30	8	36	1.86
69049211--69049400	47	4.1	47	86	4	242	25	29	12	33	1.92
69049211--69049401	92	2.1	93	84	5	253	25	29	12	32	1.92
69051599--69051782	79	2.3	82	82	8	220	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69051599--69051782	40	4.7	40	83	7	216	25	27	23	23	2.00
69058219--69058403	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
69058200--69058403	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
69063776--69063800	9	2.8	9	100	0	50	68	12	0	20	1.21
69068841--69069008	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
69068864--69069008	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
69070194--69070268	38	2.0	37	97	2	141	32	24	12	32	1.91
69076895--69077062	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
69076918--69077062	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
69083938--69084045	39	2.8	39	84	2	128	27	18	27	25	1.98
69083977--69084071	39	2.4	39	80	3	102	25	21	29	24	1.99
69087871--69088002	39	3.4	40	85	2	126	28	29	19	21	1.98
69087914--69088021	39	2.8	39	92	2	173	25	31	20	22	1.98
69098911--69098997	27	3.3	26	82	4	102	33	21	25	19	1.97
69105855--69105892	16	2.4	16	90	0	58	36	0	0	63	0.95
69105843--69105898	24	2.2	26	81	6	71	35	0	0	64	0.94
69108949--69108993	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
69110686--69110914	53	4.3	53	76	6	192	37	17	24	20	1.93
69111468--69111529	30	2.1	30	100	0	124	38	6	16	38	1.74
69117639--69117861	40	5.6	39	83	5	171	26	27	20	24	1.99
69117637--69117861	80	2.8	80	83	7	253	27	28	20	24	1.99
69117639--69117861	120	1.9	119	83	4	288	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69185818--69185988	93	1.8	93	93	0	297	28	28	20	22	1.99
69185817--69185985	46	3.7	45	78	10	189	28	27	20	23	1.98
69186411--69186471	30	2.0	30	84	6	79	32	24	8	34	1.85
69187280--69187347	27	2.5	27	79	9	75	27	29	16	26	1.97
69187349--69187557	27	7.7	27	82	4	179	33	11	15	38	1.84
69187349--69187553	81	2.5	81	80	4	234	33	11	16	39	1.84
69187825--69188307	238	2.1	223	84	8	609	30	31	16	21	1.96
69188217--69188253	17	2.1	19	90	10	60	21	43	24	10	1.84
69194728--69194782	29	1.9	28	96	0	92	41	18	0	40	1.50
69195996--69196085	44	2.1	43	87	2	126	34	27	16	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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