genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38468588--38468773	80	2.3	82	88	3	272	25	27	21	25	1.99
38472778--38472856	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
38472974--38473460	47	10.4	47	94	0	816	28	29	8	32	1.87
38472974--38473457	186	2.6	186	93	0	815	28	29	8	32	1.88
38477342--38477400	19	2.9	21	87	10	95	35	10	30	23	1.88
38477340--38477413	21	3.6	21	85	7	107	35	12	29	22	1.91
38480706--38480752	17	2.9	16	81	6	51	14	4	2	78	0.99
38480707--38480752	24	1.9	24	82	8	58	15	4	2	78	1.01
38485076--38485153	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
38485107--38485430	171	1.9	173	91	1	535	30	14	23	31	1.95
38491529--38491635	51	2.1	51	87	3	153	35	16	7	40	1.77
38498032--38498259	50	4.7	51	79	11	253	26	19	30	24	1.98
38498035--38498212	95	1.9	95	87	4	261	26	19	29	24	1.98
38515724--38515801	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
38515755--38516080	173	1.9	174	92	0	546	30	14	23	31	1.94
38522166--38522272	51	2.1	51	87	3	153	35	16	7	40	1.77
38528681--38528908	50	4.7	51	79	11	253	26	19	30	24	1.98
38528684--38528861	95	1.9	95	87	4	261	26	19	29	24	1.98
38532906--38532989	27	3.1	27	86	1	107	38	21	22	17	1.94
38535496--38535539	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
38537954--38537991	19	2.0	19	100	0	76	42	5	15	36	1.70
38538203--38538441	50	4.9	50	82	8	267	29	18	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38538269--38538442	95	1.8	95	87	2	260	28	20	26	24	1.99
38539708--38539760	26	2.0	26	96	0	97	41	24	3	30	1.72
38541031--38541206	47	3.7	47	77	12	171	22	28	21	27	1.99
38541031--38541157	49	2.7	47	85	7	159	25	28	21	25	1.99
38541031--38541204	96	1.8	96	82	5	226	22	28	21	27	1.99
38548602--38548829	96	2.4	96	81	12	258	25	32	16	24	1.96
38548759--38548873	46	2.5	46	84	9	148	26	31	16	25	1.96
38549705--38549798	47	2.0	47	95	0	170	26	17	6	50	1.70
38550293--38550890	301	2.0	301	95	0	1088	28	10	22	38	1.87
38557712--38557883	43	4.0	43	75	12	156	32	20	18	27	1.96
38572301--38572344	23	2.0	22	86	13	63	40	18	15	25	1.90
38572384--38572553	27	6.3	27	80	4	166	22	15	18	43	1.87
38572545--38572672	27	4.7	27	84	1	141	39	14	13	32	1.85
38572546--38572672	54	2.4	54	82	2	157	40	14	12	32	1.84
38572776--38572817	18	2.3	18	76	8	50	21	40	26	11	1.88
38575332--38575375	23	1.9	23	85	0	61	50	29	4	15	1.64
38576078--38576178	43	2.4	42	81	8	116	29	22	19	27	1.98
38580724--38580968	49	4.9	49	79	3	256	29	26	17	26	1.98
38581217--38581269	27	2.0	27	84	0	70	39	13	7	39	1.73
38586570--38586617	25	1.9	25	86	0	69	33	25	10	31	1.89
38586660--38586698	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
38586659--38586698	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38593192--38593242	25	2.0	25	84	0	66	27	23	21	27	1.99
38593282--38593314	11	3.1	11	91	8	59	36	18	18	27	1.94
38596043--38596273	49	4.7	49	80	4	275	30	26	17	25	1.97
38596044--38596280	100	2.4	99	84	3	289	30	27	17	25	1.97
38627128--38627237	6	17.8	6	69	15	73	49	13	19	18	1.80
38627140--38627237	25	3.7	25	77	15	106	47	14	19	18	1.82
38627142--38627215	31	2.4	31	93	0	121	45	14	20	18	1.85
38627133--38627237	31	3.6	30	73	15	103	48	14	19	18	1.81
38627904--38627962	27	2.2	27	93	0	100	32	16	13	37	1.88
38628001--38628206	27	7.7	26	78	9	137	27	6	22	43	1.78
38627982--38628207	53	4.2	54	77	5	188	26	7	23	42	1.80
38635507--38635648	57	2.5	57	80	1	158	33	25	13	27	1.93
38641817--38642014	41	4.5	42	72	14	132	30	26	18	24	1.98
38641759--38641984	92	2.5	92	88	0	326	31	26	18	23	1.97
38641911--38642014	43	2.5	43	85	3	131	30	29	17	22	1.96
38648850--38649001	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
38648850--38649001	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
38655981--38656080	6	16.3	6	75	19	91	49	14	17	20	1.80
38655981--38656080	31	3.3	31	84	6	116	49	14	17	20	1.80
38656199--38656258	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
38656183--38656442	98	2.7	98	97	1	486	31	21	26	20	1.98
38656627--38656846	27	8.1	27	85	0	251	41	6	20	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38656840--38656991	27	5.7	27	76	11	127	28	8	22	40	1.83
38656870--38656991	26	4.6	27	81	9	117	28	9	21	40	1.83
38656843--38656991	53	2.8	54	79	8	162	28	8	21	41	1.82
38665106--38665311	41	4.4	49	68	22	149	31	24	17	26	1.97
38665132--38665342	41	4.9	41	75	13	156	29	26	18	25	1.98
38665087--38665315	92	2.5	92	89	1	352	30	25	18	25	1.98
38665226--38665342	43	2.8	42	86	3	155	28	28	18	24	1.98
38671357--38671408	27	1.9	27	84	7	70	30	21	21	26	1.98
38675867--38676077	92	2.3	92	88	1	307	31	24	17	26	1.97
38678315--38678634	96	3.4	93	74	10	285	28	19	25	26	1.98
38678298--38678668	48	7.8	48	72	9	201	28	19	25	26	1.99
38678300--38678705	186	2.2	187	81	3	469	28	19	25	26	1.99
38686719--38686785	26	2.5	27	80	2	73	49	23	2	23	1.64
38686794--38687084	27	10.9	26	74	11	187	40	18	8	32	1.81
38686719--38686991	80	3.4	80	80	5	309	42	18	7	31	1.78
38686781--38686991	53	3.9	53	80	5	228	41	16	8	34	1.78
38686780--38687002	27	8.3	26	79	8	191	40	17	8	33	1.80
38686743--38687002	53	4.8	52	78	9	211	41	18	8	31	1.80
38686743--38687056	81	3.9	81	79	2	256	40	19	7	32	1.80
38687048--38687425	27	14.0	27	83	0	407	36	18	20	24	1.94
38687047--38687425	135	2.8	134	89	0	560	36	18	20	24	1.94
38687851--38687916	22	3.0	22	73	8	62	19	22	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38688272--38688338	25	2.7	25	79	9	82	22	19	10	47	1.79
38690331--38690397	26	2.5	26	80	2	71	43	25	7	23	1.80
38690331--38690603	80	3.4	81	82	4	313	39	18	9	31	1.83
38690331--38690603	53	5.1	53	80	3	262	39	18	9	31	1.83
38690331--38690621	27	10.9	27	77	5	234	39	19	9	31	1.84
38690393--38690668	27	10.3	27	77	3	180	38	18	9	33	1.83
38690660--38691334	27	25.0	27	88	0	875	36	18	20	24	1.95
38691778--38691825	22	2.2	22	81	7	53	22	27	20	29	1.99
38691994--38692063	27	2.7	26	80	10	79	21	22	17	38	1.93
38692148--38692214	25	2.7	25	81	9	91	20	17	11	49	1.79
38708194--38708235	20	2.1	20	86	0	57	57	0	30	11	1.35
38720907--38721081	48	3.6	48	74	12	153	28	20	29	21	1.98
38720904--38721086	96	1.9	96	85	6	255	27	20	28	22	1.99
38723113--38723168	26	2.2	26	83	0	67	46	21	12	19	1.83
38723172--38723350	20	8.9	20	78	2	162	39	26	21	12	1.89
38723171--38723346	40	4.4	40	81	2	192	39	27	20	13	1.89
38726921--38727093	37	4.7	37	83	0	186	28	15	27	28	1.96
38730510--38730682	48	3.6	48	77	13	187	26	21	30	21	1.99
38730510--38730689	96	1.9	96	85	6	249	26	21	30	22	1.99
38735181--38735369	55	3.5	53	85	5	254	21	24	17	35	1.95
38735355--38735476	47	2.6	47	90	1	192	26	22	13	37	1.91
38736500--38736529	12	2.5	12	94	0	51	36	23	16	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38741789--38741983	54	3.6	53	77	10	189	21	24	18	35	1.95
38753767--38754976	584	2.1	584	97	0	2258	34	21	15	28	1.94
38755702--38755811	25	4.3	26	93	4	165	30	22	18	29	1.97
38755702--38755811	51	2.2	49	88	8	159	30	22	18	29	1.97
38755862--38755918	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
38755963--38756010	25	1.9	25	91	0	78	29	12	22	35	1.91
38763745--38763853	26	4.3	26	87	4	138	30	22	19	27	1.98
38763903--38763959	20	2.8	20	91	0	87	33	19	10	36	1.86
38763905--38763979	20	3.8	21	84	6	70	33	21	9	36	1.85
38767216--38767432	40	5.5	40	82	4	246	25	23	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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