genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11512804--11513050	132	1.9	131	86	0	350	33	20	14	31	1.93
11512596--11513149	210	2.6	211	88	2	826	36	18	14	30	1.90
11512936--11513379	77	5.8	77	85	4	574	35	20	15	29	1.93
11520528--11520642	53	2.1	54	83	12	148	31	27	14	26	1.95
11534996--11535053	24	2.5	22	78	13	64	65	5	3	25	1.29
11535278--11535340	3	21.0	3	79	12	67	61	0	4	33	1.17
11540080--11540133	21	2.5	20	85	8	63	62	3	1	31	1.23
11540096--11540141	20	2.3	20	85	7	58	56	2	2	39	1.24
11545490--11545594	54	1.9	54	100	0	210	31	24	19	24	1.98
11550065--11550113	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
11552924--11553018	27	3.4	27	76	13	88	38	35	6	18	1.77
11553942--11553986	3	14.7	3	86	4	63	64	2	0	33	1.06
11556445--11556621	49	3.7	49	79	10	177	25	18	24	30	1.98
11556445--11556634	96	1.9	98	85	6	260	26	18	25	30	1.98
11559517--11559567	18	2.8	18	87	0	75	50	1	0	47	1.12
11562053--11562087	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
11567672--11567723	25	2.1	25	100	0	104	25	15	32	26	1.95
11571703--11571753	22	2.4	21	77	6	57	9	3	9	76	1.14
11571735--11571763	11	2.5	12	94	5	51	20	6	0	72	1.07
11571936--11571972	18	2.1	18	89	0	56	56	0	0	43	0.99
11576818--11576879	30	2.1	30	87	6	90	41	9	1	46	1.46
11581803--11582753	120	7.9	120	83	1	1008	28	28	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11583799--11583830	7	4.6	7	100	0	64	0	28	0	71	0.86
11585753--11585803	23	2.4	21	83	9	59	29	3	0	66	1.09
11587370--11587412	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
11593832--11593886	24	2.4	23	81	6	58	21	5	1	70	1.16
11602445--11602486	22	2.0	21	86	9	59	54	0	16	28	1.42
11606106--11606140	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
11609024--11609091	34	2.0	34	97	0	127	39	11	5	42	1.66
11610844--11610914	24	2.8	25	72	23	67	46	2	2	47	1.31
11614105--11614133	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
11614646--11614709	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
11615637--11615680	15	2.9	15	82	0	61	36	2	13	47	1.56
11618161--11618209	23	2.1	23	88	0	71	48	4	4	42	1.40
11622617--11622649	16	2.1	16	94	0	57	48	6	6	39	1.53
11622712--11622747	9	4.0	9	88	0	54	38	0	0	61	0.96
11628865--11628944	31	2.6	30	78	9	81	56	16	2	25	1.53
11632003--11632067	9	6.9	9	78	11	60	63	1	4	30	1.24
11634742--11634969	122	1.9	124	86	3	336	37	8	9	44	1.67
11639055--11639104	25	2.0	25	100	0	100	52	0	8	40	1.31
11639916--11639955	17	2.4	17	95	0	71	80	0	2	17	0.83
11639916--11639955	6	7.0	6	83	11	57	80	0	2	17	0.83
11645958--11646016	29	2.0	29	100	0	118	30	13	20	35	1.91
11651659--11651691	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11654029--11654103	28	2.7	28	77	8	89	24	22	22	30	1.99
11656670--11656752	39	2.1	39	88	0	121	42	18	16	22	1.89
11657468--11657508	21	2.0	21	85	0	55	24	2	29	43	1.67
11657562--11657610	22	2.3	22	89	3	73	18	0	44	36	1.50
11657629--11657665	14	2.6	14	91	0	56	21	0	37	40	1.54
11657805--11657854	23	2.2	23	82	3	57	26	4	26	44	1.72
11657841--11657939	50	2.0	51	88	6	148	23	4	33	39	1.73
11657926--11657965	15	2.8	14	85	7	53	20	2	27	50	1.61
11657910--11657973	21	3.0	21	78	10	67	21	3	32	42	1.69
11657910--11657968	7	8.3	7	77	3	55	18	3	35	42	1.67
11657381--11658062	313	2.2	303	82	6	793	30	2	22	44	1.66
11658104--11658140	13	2.7	14	87	8	58	43	2	5	48	1.40
11658197--11658236	19	2.1	19	90	0	62	75	2	2	20	1.04
11658500--11658547	18	2.6	18	78	15	53	27	33	0	39	1.57
11658667--11658705	20	2.0	20	94	0	69	17	10	12	58	1.61
11660914--11660942	12	2.3	13	94	5	51	65	3	6	24	1.33
11662302--11662354	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
11665926--11665953	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
11665932--11666333	104	3.8	105	94	1	709	33	5	4	56	1.42
11665932--11666333	209	1.9	209	95	1	725	33	5	4	56	1.42
11666227--11666267	13	3.4	12	78	21	50	29	0	4	65	1.13
11666556--11666609	9	6.0	9	82	0	72	44	14	1	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11666555--11666642	27	3.3	27	80	12	85	46	15	1	36	1.54
11671651--11671679	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
11672089--11672129	21	2.0	21	90	0	64	29	19	51	0	1.47
11672368--11672436	30	2.3	31	84	2	86	20	8	17	53	1.69
11672445--11672626	43	4.3	43	81	5	226	26	27	18	28	1.98
11672961--11673001	20	2.0	21	85	4	57	43	0	0	56	0.99
11679506--11679648	78	1.9	77	88	5	220	53	5	6	34	1.49
11680170--11680206	17	2.1	19	90	10	60	43	8	40	8	1.64
11682656--11682680	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
11690608--11690696	7	12.3	7	74	19	76	62	5	1	30	1.25
11690608--11690696	15	6.1	14	76	17	76	62	5	1	30	1.25
11690588--11690684	44	2.3	42	94	3	167	60	8	2	28	1.37
11693773--11693958	98	1.9	97	89	1	291	36	20	10	32	1.87
11695355--11695397	21	2.1	20	86	4	59	76	0	13	9	1.01
11697991--11698068	26	3.0	26	81	3	77	30	34	15	19	1.93
11699069--11699148	39	2.1	38	81	4	90	42	17	5	35	1.71
11704152--11704249	49	2.0	49	100	0	196	20	20	14	44	1.86
11706603--11706664	31	2.0	31	96	0	115	30	19	4	45	1.71
11706686--11706738	26	2.0	26	100	0	106	39	3	0	56	1.17
11709851--11709900	22	2.2	23	82	7	57	38	24	12	26	1.90
11718804--11718854	22	2.3	22	75	18	52	9	21	1	66	1.31
11718804--11718856	21	2.4	21	75	15	54	9	22	1	66	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11736455--11736488	18	1.9	17	88	5	50	82	0	17	0	0.67
11739948--11740004	24	2.4	24	87	0	78	14	3	61	21	1.47
11740019--11740057	18	2.2	18	85	0	51	5	10	53	30	1.56
11740026--11740069	18	2.4	18	88	0	61	11	6	59	22	1.55
11740059--11740113	18	2.8	20	86	8	69	12	1	63	21	1.38
11740038--11740132	24	4.0	24	75	5	84	11	3	61	24	1.45
11740127--11740197	18	3.9	18	74	7	72	18	7	57	16	1.61
11740127--11740198	12	6.5	12	68	18	57	18	6	58	16	1.60
11740145--11740192	15	3.2	15	69	0	51	16	6	58	18	1.59
11740206--11740285	30	2.7	30	86	0	106	8	8	57	25	1.57
11741298--11741327	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
11746667--11746704	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
11746764--11746837	31	2.4	31	95	0	130	25	20	14	39	1.91
11747197--11747240	15	2.8	15	81	18	54	2	9	4	84	0.85
11747210--11747245	18	1.9	18	88	5	54	5	8	5	80	1.01
11762527--11762556	11	2.8	11	95	5	53	83	0	0	16	0.65
11763211--11763334	39	3.2	38	80	7	124	36	23	18	21	1.95
11763744--11763778	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
11763705--11763783	22	3.6	22	71	8	54	24	0	29	46	1.53
11763759--11763806	25	1.9	25	87	8	71	18	0	41	39	1.51
11764059--11764106	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
11764054--11764103	22	2.3	21	82	3	64	22	0	32	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11763991--11764100	7	15.4	7	67	11	53	24	0	26	49	1.51
11764079--11764137	21	2.8	21	78	2	55	23	1	38	35	1.65
11764644--11764693	14	3.8	13	79	12	57	60	2	0	38	1.09
11771211--11771287	40	1.9	41	89	2	120	27	14	25	32	1.94
11771288--11771331	10	4.6	10	80	8	56	31	0	0	68	0.90
11771190--11771397	111	1.9	109	89	4	319	27	8	18	45	1.78
11772378--11772412	3	11.7	3	93	0	61	31	2	0	65	1.07
11772921--11772960	6	6.5	6	91	5	62	77	0	5	17	0.94
11773226--11773284	30	1.9	31	86	3	84	49	8	3	38	1.50
11773907--11773945	18	2.1	19	86	13	55	30	5	0	64	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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